还原论的细胞理论
人类对生命物质结构的认知是从整体观开始的。生命，就是指具有生命活动的一个整体人，或者一个整体动物。后来，随着解剖学的发展，我们认识到生物体是由各个功能系统组成的，如呼吸系统、消化系统、循环系统等等。后来又认识到，每个系统又是由一组器官组成的，如消化系统是由口、食管、胃、肝、胰、十二指肠、空肠、回肠、结肠、乙状结肠和肛门等器官组成的。等到显微镜发明以后，通过显微镜的观察，人们又发现一切器官都是由细胞组成的。在当时的认识水平上，细胞成了生命物质不可再分的最基本单位。因此，按照现代科学还原论的理论指导，人们就将细胞确认为生命的最基本物质。也就是说，在回答“什么是生命”这个问题时，可以回答说“细胞就是生命”，或者，“生命就是细胞”。这样就建立了生命的细胞学说。
还原论细胞理论的建立过程
17世纪的60～70年代，列文虎克、罗伯特·胡克和斯旺麦丹等人，利用刚刚发明的显微镜发现了细胞。到19世纪中期，也就是200年后，初步的细胞学说才由施莱登总结得出。施莱登是研究植物学的，所以，他的细胞学说主要是针对植物而言的。他认为，细胞是一切植物的结构的基本的活的单位，是一切植物赖以发展的基本实体。细胞是有生命的独立单位。植物的发育是靠新细胞的不断形成实现的。
在初步的细胞学说建立以后，施旺在施莱登研究的基础上，将细胞学说从植物学领域扩大到动物学和所有生物学领域。使细胞学说成为全部生物学的最基本的理论。施旺认为，异常繁多、丰富多彩的动物形态只有通过简单的基本形成物的不同组合才能产生出来。这些基本生成物，虽然有各种不同的变种，但是本质上处处都是一样的。就是说，它们都是细胞。有机体的基本部分不管怎样不同，它们都有一个普通的发育原则，这个原则便是细胞的形成。施旺宣称，他已经推倒了分隔动物界和植物界的巨大障碍，发现了基本结构的统一性。他说，所有的细胞，无论植物细胞还是动物细胞，均由细胞膜、细胞质、细胞核组成。
在细胞学说当中，菲尔绍也是功不可没的。细胞病理学的就是他创造的。他将细胞理论应用于对疾病的理解。菲尔绍认为，细胞是形成组织、器官、系统和个体的相互隶属的巨大形成链中始终不变的最后一环。在其下面，除了变化，再没有别的了。他认为，“疾病”实际上是改变了的“生命”。在正常和病理之间，并没有质的区别。生命过程和结构的通常程序及安置受到了疾病的干扰，但仍保持着即使是疾病也必须遵守的基本的过程和结构。这样，菲尔绍不但确定了疾病的定义，而且将细胞确定为疾病发生的位置。这样，细胞学说不但是生物学的基本原理，也成为医学的基本原理。从那时到现在，又有100多年的时间过去了。虽然后来有了基因理论的出现，但主导现代医学的仍然是微尔的细胞病理学。我们现在的绝大多数医学研究人员都是细胞病理学的信奉者和执行者。
贝尔纳对还原论细胞理论的最后加工的过程
一般研究者在研究细胞理论时，大部分到此结束。但是，我们后现代理论医学认为到此还不能结束。我们现在要说的是，细胞理论还有一个最后加工的过程。这个最后加工的过程是由法国的贝尔纳完成的。
按现在后现代科学的系统理论观点，细胞理论是机械论、还原论的产物。将复杂的生命运动归结为细胞的活动是片面的、不正确的。细胞只不过是生命系统中的一个物质层次，细胞处于复杂的相互作用之中。正是这些复杂的相互作用，才反映了生命的本质。而一个细胞的单纯的状态，并不能代表生命整体的状态。系统论与还原论是根本不同的两种观点。当我们站在系统论立场上指出还原论错误的同时，也应该认识到还原论产生的时代背景和历史必然性。我们不可能要求在当时科学水平的人们产生系统论思想。但是，当我们回顾历史的时候，却惊喜地发现，尽管当时的人们无法一步走到系统论的程度，他们还是在潜意识中感觉到单纯的细胞理论距生命整体较远，并缺少可操作性。无法在临床数据中广泛应用。正是为了解决细胞与整体之间的关系，法国的贝尔纳创立了一套“内环境平衡”的理论。这个理论以细胞理论为核心，解决了细胞与整体之间的关系问题，使细胞理论在临床实践中得以实行。即“初步给出一个说法”。不论这个说法正确与否，它的意义在于“可以按此方向行动”，正确与否是一回事，能否行动又是一回事。也正因为在临床实践中得以实行，才最终确立了细胞理论的存在。因为贝尔纳的工作，临床医学正式进入细胞医学阶段。与此同时，贝尔纳所倡导的实验方法，也被现代医学所接受。现代医学又称为细胞医学和实验医学。这都是与贝尔纳的工作分不开的。现代医学有许多开创者，而贝尔纳是现代医学的定型者、完成者。可以相当于物理学中的牛顿。当然，贝尔纳没有牛顿那么大的名气。正因为如此，贝尔纳去世时，在法国得到国葬的最高礼遇。