但是由于封建礼教的束缚，文化的落后，严重地阻碍了它的发展。那些“身体发肤，受之父母。不可毁伤，孝之始也”的孝道，触犯了就要遭到杀身之祸。历史上有这样的例子：南朝时，一个叫唐赐的人临死前吐了20多条虫子，他的妻子和儿子按照他临死前的嘱咐，解剖了他的尸体，结果统治者以不孝不道的罪名，将母子斩首于街头。刑律规定不能剖尸验病，把这视为是对死者的伤害。
如果说在我国医学解剖史上值得大书特书的，当推清代医学家王清任（1768—1831）。王清任是河北玉田县人，他精于医术，在北京一带颇负盛名。在行医的过程中，他深感解剖知识的重要，“业医诊病，当先明脏腑”，否则“本源一错，万虑皆失”。他在研究了古代的一些脏腑书籍和图形后，发现里面存在着不少矛盾，于是憾慨地说：“著书不明脏腑，岂不是痴人说梦，治病不明脏腑。何异于盲子夜行。”于是他致力于人体脏腑的研究达42年。
据王清任自述，他在30岁那年，正在河北滦洲稻地镇行医，当时小儿瘟疫流行。每天都有病儿被夺去生命。在穷人以席代棺的义冢墓地，王清任每天清晨都去观看犬食之余的小儿尸体，十天之中，约看了二三十具完整的儿尸，可惜的是他始终没有见到横隔膜。以后在奉天和北京，他又三次去刑场察看尸体。在没有尸体供解剖研究用时，他就饲养家畜做比较解剖实验。他是我国解剖史上第一个做动物解剖实验的医学家。然而，他还是没有看到人的膈膜形态、位置，很不甘心。有一次，他出诊看病，偶然遇见一个亲眼见过横膈膜的人，王清任大喜过望，虚心求教，终于弄清了横膈膜的位置。公元1830年，王清任根据临床心得编写并绘有脏腑图谱的《医林改错》一书刊行于世。
对于清代著名的医学家王清任对于人体解剖的大胆实践，一些封建礼教的维护者辱骂其为“教人于赀胳堆中，杀人场上学医道”。凡此种种无不影响我国解剖学的进步。
综上看来，中国医学的理论在奠基时期就有着解剖实践的基础，虽然这种解剖在今天看来是粗浅的、简单的，但却可以看出古代医学家对科学事业的大胆探索和实践精神。
六淫七情的病因学说
枯林孤棹图中国医学认为人体内部各脏腑组织之间，以及人体和外界环境之间，永远处于相对平衡人体和外界环境之间，永远处于相对平衡的矛盾对立状态之下，一旦这种相对平衡遭到破环，人就要生病。然而，都有哪些因素会破坏这种相对平衡呢？
早在汉代，著名医学家张仲景提出了“千般疚难，不越三条”的观点。他认为，一是经络受了外邪，传入脏腑，引起内部疾病；二是四肢九窍受邪，血脉壅塞，引起外部疾病；三是纵欲过度，或受了金刃、虫兽的伤害而引起的疾病。到了宋代，陈无择根据张仲景的观点，提出了著名的“三因论”，把致病因素分为“外感六淫”、“内伤七情”以及饮食不节、劳倦、外伤等等，形成了中医的病因学说。
“六淫”，是指风、寒、暑、湿、燥、火六种自然气候（名叫“六气”）的“异”常变化。在通常情况下，随着季节的变迁，出现上述六种气候特点，本是正常的现象。但是如果气候反常，暴寒暴暖，当寒反暖，当热反凉，都容易使人受病。六淫致病，自外而入，称为外因。《三因极一病证方论》：“然六淫，天之常气，冒之则先自经络流入，内合于脏腑，为外所因。”
“七情”，是指喜、怒、忧、思、悲、恐、惊七种不同的情志变化。如果人在精神上受到过度刺激，喜怒忧思过于强烈，会有害于人的五脏。中医常讲的“喜伤心”、“怒伤肝”、“思伤脾”、“忧伤肺”、“恐伤肾”就是这种意思。《红楼梦》中的林黛玉，本来体质就弱，再加上父母双亡，寄人篱下，时常嗟叹自己命运不好，忧愁自己和宝玉的婚事无人做主，所以身患肺病，吐血而死。王熙凤贪婪过度，经常耍弄权术，用心太过，喜怒无节，既伤肝又伤脾，所以身患下血淋漓之症，的确是“机关算尽太聪明，反误了卿卿性命”。
在中医的病因学中，有两个观点非常可贵：
第一，“邪气伤人，非常则变。”这里的“邪气”是泛指致病因素，意思是气候变化、饮食劳逸、精神活动，如果超越了正常限度，就会引起疾病。
第二，“正气存内，邪不可干。”这里的“正气”是泛指人体抵抗病邪的能力。意思是正气旺盛，邪气就不易侵犯人体。
尽管我国古代医家无法逾越时代的局限，对病因学的研究不可能精细到只有在高倍显微镜下才能见到的病菌、病毒、螺旋体、立克次体等的水平，但是他们在精细观察和深入思考的基础上，还是难能可贵地推测到了“从来者微，视之不见。听而不闻”的致病因素的存在。如早在秦汉之际《灵枢·玉版篇》上就曾经预见到痈疽脓血的形成。不是从天而降，也不是由地而生，是积微所造成的。《灵枢·贼风篇》上也说：有的人没有感觉到寒热的变化或精神上的刺激，也找不到明显的诱因而突然发病，是不是鬼神在作怪呢？实际上这是有“故邪”潜留体内，当人的精神情志有轻微的变化，气血运行稍有紊乱的时候，就会导致正邪相搏而病，这种致病因素细微莫测，看不见、听不到，就好像是鬼神在作怪一样。古人在当时的条件下，能提出“故邪”、“积微”的见解，明确表示了反对鬼神迷信思想，实在是太难能可贵了。
又如晋代葛洪关于恙虫病的记载也是很了不起的。恙虫病是一种急性传染病，是由于感染了一种叫做立克次体的病原体引起的。不过这种病原体需要一种媒介的帮助，才能够进入人体，这种媒介就是恙虫的幼虫——恙螨。葛洪称恙螨叫做“沙虱”，他在《抱朴子》一书中描述说：“沙虱大小如毛发的尖端，刚爬到人的皮肤上就钻进皮肤里……可以用针把它挑出来，它的颜色像丹砂那样红。”葛洪还在《肘后备急方》一书中描述沙虱进入人体时所引起的症状：“初得病时，皮肤发红，并起大小不等的赤癣，用手抚摸疼得像针扎一样。三天以后人就会感到身体的各个关节剧痛，发冷发热，赤疹变成疱疮。这种虫可以钻进人的骨头里，发病严重的可以致死。经现代研究证明，葛洪对于恙螨（沙虱）的观察和它进入人体后引起的症状的描述是正确的。在他以后，直到公元1810年日本人桥木伯寿才重新发现恙虫病因，但是要比葛洪晚了1000多年。
到了隋代，我国对于许多微生物、寄生虫引起的传染病有了更多的认识。巢元方的《诸病源候论》中不仅对“沙虱病”做了更加详细的记载，而且对血吸虫病、疥疮、炭疽病、绦虫病也都有所描述。如在《水毒侯》中说：“自三吴以东，及南诸山郡山县，有山谷溪源处，有水毒病。”这种水毒，“冬月蛰在土内”“夏月在水内”，“春秋辄得”。又说：“夏月在水内，人行水上，及以水洗浴，或因大雨潦时，仍逐水便流入人家，或遇道上牛马等迹内即停住。”经现代研究，这些记载和我们今天所知道的关于血吸虫病的流行地区、传染途径大体上是一致的。
至于各种病菌、病毒所造成的大规模的传染病，在我国史书或医籍上也有丰富的记载。但是古人把致病因素称为“戾气”、“疫气”、“疠气”，或者“疫疠之气”。
综上所述，中医对于病因学的研究还是有很大成就的，只是由于当时技术条件的限制，不可能像今天研究得这样深入罢了。
《黄帝内经》
《黄帝内经》简称《内经》，是我国现存最早的第一部医学理论专著，也是我国传统医学四大经典著作之一。是第一部冠名中华民族先祖“黄帝”之名的传世巨著。书名首见于《汉书·艺文志方技略》《内经》中引用了古代医书多达20余种，如《上经》、《下经》、《揆度》、《奇恒》等等。由此我们可以看到《内经》是在其他更古老的医学文献基础上撰写的。
《黄帝内经》成书于2000年前的秦汉时期，其博大精深的科学阐述，不仅涉及医学，而且包罗天文学、地理学、哲学、人类学、社会学、军事学、数学、生态学等各项人类获得的科学成就。令人颇感惊讶的是，中华先祖们在《黄帝内经》里的一些深奥精辟的阐述，虽然早在2000年前，却揭示了许多现代科学试图证实或将要证实的成就。中国古代最著名的大医学家张仲景、华佗、孙思邈、李时珍等均深受《黄帝内经》思想的熏陶和影响，无不刻苦钻研之，深得其精要，而成为我国历史上一代名医。
《黄帝内经》，原书18卷。其中9卷名《素问》；另外9卷无书名，汉晋时被称为《九卷》或《针经》，唐以后被称为《灵枢》，非一人一时之作，主要部分形成于战国至东汉时期。每部分各为81篇，共162篇。《素问》主要论述了自然界变化的规律、人与自然的关系等；《灵枢》的核心内容为脏腑经络学说。内容非常广泛，有生理、病理、解剖、疾病的诊断和治疗，以及预防医学思想等各个方面。
《黄帝内经》是一部集医理、医论、医方于一体的综合性著作，它采用了对话的形式，以黄帝和上古著名医学先知岐伯等人，相互问答医学知识的形式阐述了重要的医学理论。这一著作是集多人的力量，用了几十年的时间才完成的，可以说汇集了当时中医界优秀理论的“百家之言”。其后，《黄帝内经》就被历代医家视作无上的经典。成为从古至今中医学不可背离的“立医之本”。据考证，由于当时的学术风气十分活跃。很多有所见解的人都把自己的观点诉诸文字、著书立说。医学界许多有见地、医理精深的医学家则共同著成了《黄帝内经》、《黄帝外经》、《扁鹊内经》、《扁鹊外经》《白氏内经》、《白氏外经》、《旁篇》等著作，这些都是非常完备而且见解高深的医学宝典，其间虽然也受到了儒家、道家、阴阳学家的影响，但是由于医学具有独特的思维方法，并存在着临床实践对于理论的使用和验证，与普通的哲学学派有着本质的区别。因此。这些医学典籍的问世标志着中医学的理论已经基本完善，从此，就形成了自成一体的中医学理论体系。由于历史的原因，今昔对比我们能见到的只有一部《黄帝内经》，另外六部著作已经佚失了，但从其内容和成就来看，的确非同寻常。很难想象，这样丰富的知识含量和完备的理论体系，在当时却只占同等水平的医学理论著作的七分之一，中医学的丰厚底蕴令人惊叹。
黄帝内经的基本理论——阴阳五行学说。阴先是用来和人体的五脏相配合，肝属木、心属火、脾属土、肺属金、肾属水。五脏中的一脏和其他四脏的关系，以拟五行中的一行对其他四行的关系。例如肝和心、脾、肺、肾之间的关系。是以木和火、土、金、水之间的关系来比拟的。五行学说认为木火土金水之间有着相互推动的作用，就是所谓“五行相生”；同时也有相互制约的作用，这就是所谓“五行相克”。它在中国古代医学的运用是，在说明人体内部脏器的联系时。当正常的生理状态下，便是有规律的活动；当病理的状态下，便是正常规律性的破坏。从而以阴阳五行学说为凭借，成了论证事物和事物之间有联系的概念，具有自发的辩证法思想，是中国古代医学的朴素唯物主义哲学。
《黄帝内经》在疾病的认识与治疗上注重整体观念，既强调人体本身是一整体，又强调人与自然环境密切相关，这是《黄帝内经》在论述生命和疾病的各种问题时都贯彻的思想原则，其特点是不重视人体的内在结构性，而强调功能的联系性。具体表现为人与天地自然是统一的；人体自身是统一的；人的身心是统一的；人与社会是统一的。强调精神与社会因素对人体及疾病的影响和预防，反对迷信鬼神。全面总结了秦汉以前的医学成就，标志着中国医学发展到理论总结阶段。
《黄帝内经》对医学成就中还有一点较为突出的是重视脏腑经络。《黄帝内经》认为五脏六腑是维系人生命的重要器官。并将人体的脏腑器官和人的各种功能联系起来。倡导对人体进行解剖。还指出人体每条经脉的循行走向以及所连属脏腑的相关性。这样在分析人的生理、病理和进行诊断治疗所主疾病时。就赋予了特殊重要的意义。《内经》所论述的脏腑经络学说，构成了中医学基本理论的核心内容，也是中医辨证论治最重要的理论基础。
在《黄帝内经》中也涉及到预防医学的思想。在《灵枢·本神篇》中有记载“故智者之养生也，必顺应四时而适寒暑……”说的就是有知识的人，他们采取的保健方法，一定是顺着春夏秋冬的季节时令，就可以延长生命而不易衰老了。
总之，《黄帝内经》全面地总结了秦汉以前的医学成就，并为后世中医学的发展提供了理论指导。它对中医学的致病因素、诊断方法、预防养生等方面进行了详尽的阐述，洋洋洒洒几十万言，可谓中医史上的一大壮举。对于所有学习和研究中医的人来说，它既是初学者必不可少的指路石，又是对中医学家的理论和临床有着重大指导意义的医学宝典。《黄帝内经》的问世，标志着中医学进入系统的理论总结阶段，其影响深远，历代著名的医家在理论和实践方面的建树，无一不吸纳了《黄帝内经》的学术思想。
张仲景与《伤寒杂病论》
张仲景（150—219），字机，东汉南阳郡涅阳人（今河南省邓县穰东镇），出身于没落的官僚家庭。其父亲张宗汉是个读书人，在朝廷做官，由于家庭的特殊条件，使他从小就有机会接触到许多典籍。据史书记载，张仲景天资聪颖，从小好学，又有优越的生活、学习条件，能博览群书，阅读各种著作。他从史书上看到扁鹊望诊齐桓公的故事，对扁鹊高超的医术产生钦佩。“余每览越人人虢之诊，望齐侯之色，未尝不慨叹其才秀也。”这为他后来成为一代名医奠定了基础。他从小嗜好医学，年轻时曾跟同郡张伯祖学医，经过多年的刻苦钻研和临床实践，声名大振，成为中国医学史上的一位杰出的医学家，并且其医术远超其师。
相传张仲景在汉灵帝时，被推荐为孝廉，官至长沙太守，因此后世尊称他为张长沙。他虽然身居要职，但仍然淡薄名利，鄙视荣势，憎恨官场角逐。由于当时社会政治极端黑暗，官府横征暴敛，朝廷官员腐败无能，兵祸绵延，农民起义此起彼伏，人民生活不安定。又加上民间疫病大流行，仅汉灵帝时，便发生过五次大疫，人民死亡极为严重，真是生灵涂炭，横尸遍野，惨不忍睹。而当时的政府衙门无心关心民生，只一味地争权夺势，这使张仲景更为怜悯百姓，萌发学医救民的愿望。