金元医家学说在理论上独树一帜、自成一家。在北方，彼此之间开展了热烈的争论，有力地推动了医学的发展。在这种学术氛围之下，培养了四位著名的医家——刘完素、张子和、李东垣、朱丹溪，后世称他们为“金元四大家”。刘完素被称为寒凉派，治病以降心火益肾水为主；张子和被称为攻下派，最拿手的是使用汗下吐治病；李东垣被称作补土派，喜用补中升气之方治病，创外伤内感之辨惑法；朱丹溪被称为滋阴派，认为人体“阳常有余，阴常不足”，治方常以凉润滋阴。虽然，张子和师承刘完素，但他们的医学理论却不同，用药法则也不同。师承关系上，更妙的是，朱丹溪向罗知悌习医，而罗知悌受业于刘完素，且旁通李东恒、张子和等之所长。但使用的方剂与医学理论又不相同，每个人自成一家，都有一套医学理论。
刘完素（1120一1200），字守真，号通玄处士，金代河间（今河北河间县）人，所以后人尊称他为刘河间。他是当时声名显赫的医家，他和他的弟子组成了“寒凉学派”，是中医历史上著名的“金元四大家”之一的“寒凉派”的创始人。
刘完素出身贫苦农民家庭，年轻时母亲身患重病，他四处为母求医，当时的医吏们嫌他俸金微薄不给他母亲治病，最后他母亲病死家中。从此他立志学医，年轻时就刻苦通读了《黄帝内经》。朝勤夕思，废寝忘食，十五年从不间断。相传他的这种做法感动仙人，因此仙人传授医术于他，极似扁鹊。他不爱做官，金章宗完颜景曾三度请他做官，但都被他拒绝。他一直在民间行医，深受当地人民的爱戴，现在在河间还留有他的遗址。
刘完素一生著作有《素问玄机原病式》、《宣明论方》、《三消论》、《伤寒标本心法类萃》等，其中《素问玄机原病式》最能代表其学术思想。在他的学术思想中认为各种疾病因火邪致病者居多。因此在治疗上他主要主张使用寒凉的药物，因此为寒凉派的代表人物。
张子和（1156—1228），名从正，字子和，号戴人，金代睢州考城人（今河南兰考县）。金元四大家之一，是使用“汗、吐、下”三法之高手。家族三世行医，自其祖母韩氏开始，到张从正这一代已经行医近百年的时间。幼年随父学医，到20岁时就开始四处悬壶出诊。他在继承父业之后又拜刘完素为师。由于勤奋好学，很快就享誉医林。后来经过别人的推荐，在金兴定中期被昭进京做御医。但由于他为人放荡不羁，无威仪，喜好读书喝酒，其高标远旨的攻邪思想又不被当时的医家们接受，最后决定隐居。
隐居后张子和潜心行医，一生共写了6部著作，但是由于年代久远，只留下了两部——《儒门事亲》15卷、《张子和心境别集》1卷。《儒门事亲》注重阐发邪实为病的理论，倡导攻下三法治疗诸病。书中以六邪归纳诸病之因，以三法治之，名之为“六门三法”，此即为该书所创立的“攻邪论”的主要思想。在学术思想上，他在继承师傅刘完素的思想的过程中不拘泥于师傅的思想，而具有新的见解，可以说他是一个具有革新思想的医学家。主张“古方不能尽治今病”。他认为疾病的发生是由于各种病邪的外侵，所以必须攻邪外出，不能使它停留体内，否则就进一步加重病情，因此后人称他为“攻邪派”。他强调在治病时应多用催发汗、催呕吐的药物。但他的观点遭到他人的反对，有的人说他是故弄玄虚。这就是他选择退出朝廷隐居的原因。
李东垣（1180一1251），字明之，名杲，金代真定（今河北正定县）人。他出身于商人兼地主家庭，幼年时母亲身患重病，家人也为他母亲请了很多医生，但因医术不高，母亲医治无效身故。李东垣悲痛之余，深感一个良医的重要性，从此他立志学医。为了求师拜学，他不惜重金拜易州人张元素为师，由于他勤奋学习，其师尽传其术。
李东垣所处的时代是金元混战年代，民族矛盾极为严重，社会兵连祸结，各种流行性疾病四处传播，人民生活不安定。李东垣看到人民患病大多数是因为饮食没有节制，劳累过度所致。如果在治疗时一味地采用刘完素寒凉攻伐的药物，常常会耽误病情。为此李东垣广泛地推广“内伤学说”，强调“内伤脾胃，百病由生”。在治疗上擅长温补脾胃，因此后人称其为“补土派”或者是“温补派”的门人。他的一生著书《内外伤辨惑论》、《脾胃论》、《兰室秘藏》、《医学发明》等，而其中《脾胃论》即为他的学术思想的代表作。
朱丹溪（1281—1358），名震亭，字彦修，元代婺州人（今浙江义乌），因家乡有小溪，所以后人尊称他为朱丹溪。丹溪幼年丧父，他和母亲相依为命。幼年好学，对看过的书籍过目不忘，即能成诵。早年习举子业，30岁时有志于医学，36岁时又从许文懿学理学，有“东南大儒”之称。一天，许文懿对朱丹溪说：“吾卧病久，非精于医者不能以起之，子聪明异常人，其肯游艺于医乎。”一提到学医，便引起了他痛苦的回忆，因为在他30岁时，母亲心脾疼痛，当时医生都束手无策，四方求治无效。回想起这一切，他就心胆俱裂，痛不可追。通过老师的开导。他认识到一个人只有精通一门技艺之后才有益于人，就算没做官，也就像做官一样普济天下，从此他便弃举子业，潜心学医。
元英宗至治三年，他来到杭州求学，得知罗知悌是刘完素的再传弟子，有真才实学，就决意从他学医。但由于罗知悌很难接近，朱丹溪在刚开始时多次吃闭门羹。但他依然心诚志坚，就这样竟然能恭候在门外长达三个月之久。他的这种求学的精神感动了罗知悌，从而授业于他。罗知悌果然名不虚传，不仅为刘完素的再传弟子，还旁通张子和、李东恒之学。朱丹溪虚心向他求教，从学多年，尽得其术而归，回到家中，他一举治愈了师傅的痼疾，因而名扬天下。
朱丹溪在治疗众多患者的临床实践中。认为人体“阳常有余，阴常不足”，他提倡滋阴降火，故后世称他为“滋阴派”。
吴又可创始温病学
吴又可（1582—1652），名有性，字又可，号淡斋。江苏震泽（今江苏省吴江县）人。一生从事中医传染病学研究，著有《温疫论》一书，阐发了传染病病因学说，为温病学派重要代表人物之一。其一生以医为业，是明末具有创新精神的著名医家。
温疫，相当于现代医学所讲的传染病，它对人类的危害性极强，在一定的外界环境条件下可以在人群中传播，造成流行。瘟疫流行时，发病迅速，症状剧烈，波及人数多，影响范围大，严重危害广大人民的生命健康。
明末清初，连年战争，灾荒不断，各种传染病不断流行。吴又可59岁那年（1641），江苏、河北、山东、浙江等省，温疫流行甚剧，他的家乡吴县一带也不例外。据《吴江县志》记载：“当时连年瘟疫流行，一巷百余家，无一家幸免；一门数十口，无一口幸存者。”当时医家按经典方法治疗，多不见效，死亡颇多。吴又可沉痛而深刻地批判医界泥古不化的害人思想说：“守古法不合今病，以今病简古书，原无明论，是以投剂不效。”（遵守古代的医法，不切合今天的病情，把今天的疾病去同古代医书对号，根本得不出明确的论断，所以，这样开方给药就不见效。）病愈急，药愈乱。这“干村辟历人遗失，万户萧疏鬼唱歌”的悲惨凄凉景象，使他感慨不已，愤然冲破习惯势力的桎梏，废弃仕途，不应科举，走上了研究医学的道路。他遇到的当务之急是“流行病”。他刻苦钻研前人及民间有关传染病的治疗经验。不怕传染，不辞辛苦地在病区、病家为患者诊治疫病。经过一段时间的钻研和临床实践，他渐渐体会到以仲景之伤寒学说来论治当时流行的一些疾病，收效甚微，有时甚至事与愿违，遂产生了另创新路，以提高疗效的想法。他推究病源，创立“戾气”说，并根据自己的临床经验，逐渐形成一套温热病的论治方案，提高了疗效。他将这些经验经过整理著成《温疫论》一书。《温疫论》中所载传染病，包括伤寒、感冒、疟疾、痘疹（水痘、天花）、绞肠痧（霍乱）、疙瘩瘟（腺鼠疫）、虾蟆瘟（腮腺炎）、大头瘟、探头瘟、大麻风、鼠痿（颈淋巴结核）、流火丹毒、目赤肿痛（眼结膜炎、砂眼）、病瘅发黄（肝炎、黄疸）、斑疹、咽肿、疮疥疗肿等，内容广泛，是他亲历瘟疫流行，临床经验的总结。自此，不但瘟疫证治，有绳墨可循，而且又将温热与瘟疫，逐步合为一家，充实了中医学关于传染病的内容，为温病学说的创立起了奠基的作用。
吴氏认为：瘟疫病的发生，既不是由于四时不正之气，也不是因为外感邪气，而是人体感染了一种“戾气”。他说：“夫瘟疫之为病，非风、非寒、非暑、非湿，乃是天地间一种戾气所感。同时还特别强调提出这种戾气不是虚无缥缈的，而是物质的一种形式。”他说：“夫物者，气之化也，气者，物之变也。”肯定了气即是物，物即是气。他反对厚古薄今，墨守古法的医疗作风，在他的医疗著作里指出：“守古法，不合今病。”在这种注重实学观点指导下，吴氏潜心研究温病之病因、病证和传播径路，从而进一步认识到不是所有的温病都是感受一种“戾气”，而是许多种。所以又称之为“杂气”。他认为：“为病种种，是知气之不一也。”并且明确区分了伤寒与温病在病因上的不同，他说“伤寒感天地之正气，温病感天地之戾气”。同时指出戾气是可以防治的。吴又可关于瘟疫病病因的认识，最接近现代的微生物致病学说。是当时世界上最先进的理论；关于疫有九传的论述和对瘟疫病症候的详细观察，说明他充分认识到外感病的多样性和复杂性；他使用达原饮力图直捣膜原、驱邪外出的治疗思想，一直影响着后人对于外感热病的认识，至今仍然具有很大的指导意义。
吴又可创造性地提出“戾气”通过口鼻侵犯人体，使人感染瘟疫，而是香致病，既与戾气的量、毒力大小有关，也与人体抵抗力强弱有关，科学地预见了传染病的主要传染途径是从“口鼻而入”，突破了前人关于“外邪伤人皆从皮毛而入”的笼统观点。吴又可的勇气，鼓舞了清代的温病学家，他们不仅吸取了外感邪气“从口鼻而入”的观点，而且也大胆地提出了外感热病的不同传变规律的新学说，终于建立起与六经不同的另外的辨证体系，丰富了外感热病的治疗方法。
吴又可还提出，瘟疫病有强烈的传染性，不论是年老体迈的老人还是身强体壮的年轻人，都很容易感染瘟疫。并且在人和动物之间有着同等的机会感染瘟疫，有些瘟疫病可以在人和动物之间来回的传播。导致这些瘟疫的戾气也是不同的，不同的戾气导致的瘟疫的临床表现也是不一样的。吴又可毕生从事医学，治愈了很多传染病患者，其中有难以治愈的疑难杂症，同时吴又可还往往是出奇制胜。相传有一天，来了一位患者，这位患者被认为是传染病患者，大便不通，脘腹胀满，疼痛难忍，四肢强直不能动，卧如塑，目闭口张，舌强，问话不能答，脉实有力，苔生芒刺。根据证候，是一派实热象，病情危重。据患者儿子代诉，三日来已服承气汤三剂，每剂大黄用至一两左右，病仍不减。一般医家，遇到此况，一定会考虑另立治法的。然而，吴又可则不然，他仔细权衡了患者的脉症，认为“下证悉具，药轻病重也”，不但不改方剂，反而将方中大黄增至一两五钱，连服半月而痊愈。吴氏用药之妙，可见一斑。
《温疫论》，成书于公元1642年，是吴又可惟一一部传世之作，共二卷。卷一载论文50篇，主要阐发温疫之病因、病机、证候、治疗，并从中参论温疫与伤寒的区别。卷二载论文30篇，着重叙述温疫的各种兼挟证治，还设立了多篇有关温疫的质疑正误及疫疠证治的辨论文章。
《温疫论》对后世的影响很大，清代一些著名医家如戴北山、杨栗山、刘松峰、叶天士、吴鞠通等，都或多或少地在《温疫论》的基础上有所发挥，有所创造。我国历代医家在与传染病斗争的实践中创造了温病学说。温病学说，渊源于《内经》，孕育于《伤寒论》，产生于金元，成熟于明清。在温病学说的发展过程中，《温疫论》作为我国第一部治疗传染病的专著的贡献是很大的。直至今天，我国应用温病学说的理、法、方、药治疗一些传染病，如流行性乙型脑炎、流行性感冒、麻疹、猩红热、痢疾等，取得了很高的疗效。
清代温病四大家
温病一词，最早出于《素问》，以后的《伤寒论》、《难经》、《诸病源候论》、《备急干金要方》等皆有记载。明代多次爆发大瘟疫。吴又可通过深入细致的临床体察，明确指出温疫并非伤寒，而创立一套辨证论治的方法，成为辨治外感温热病的新学术流派。清代中期以后，温病学派日趋壮大。叶天士、薛雪、吴鞠通、王孟英等成为该时期的代表人物，并称温病四大家。
叶天士（1667—1746），名桂，号香岩，别号南阳先生，晚号上津老人，江苏吴县人，清代杰出的医学家，是温病学派的主要代表人物之一。叶天士出生在一个医学世家，他的祖父、父亲都精通医术，尤其精通儿科。从12岁叶天士就开始跟随父亲学医，14岁时，他父亲辞世，于是拜他父亲的门人朱某为师，学习医术。十年的时间里，叶天士拜了17位老师，因为他懂得融会贯通。所以他的进步突飞猛进，开始以儿科为主，后因师从多人，从而扩展至各科。
叶天士是清代众多温病学家的代表，被誉为“温热大师”，他创立的温病卫气营血辨证论治纲领，为温病学说理论体系的形成奠定了坚实的基础；他在治疗杂病方面成绩也很突出，他提出的许多新见地和治法方药，在今天的临床上仍具有重要的指导意义和实用价值；由他口授、学生顾景文记录整理的《温热论》是为温病学奠定学科基础的重要著作。
在《温热论》一书中，叶天士首先阐述了温病的致病因素、感邪途径、邪犯部位、传变趋势和治疗方法，他明确提出了导致温病的主要原因是感受了温邪，突破了历代医家“伏寒化温”的认识，从而真正摆脱了热病皆伤寒的束缚，这就从根本上把温病和伤寒区分开来。叶天士把感受温邪的途径概括为“温邪上受，首先犯肺”。他又提出“卫气营血”的辨证论治和“辨舌验齿”等温病独特的诊断方法，从而形成了较完整的温病学理论诊治体系。
叶天士毕生医案很多，有《温热论》、《临证指南医案》、《叶氏医案存真》、《未刻本叶氏医案》。但都不是他亲笔著述，大都由他的门人整理而成。另外，还有一些著名的医案和著述托名于叶天士，可考的有《景岳全书发挥》、《叶氏医衡》、《医效秘传》、《本事方释义》、《女科症治》等等。
薛雪（166-1750），字生白，号一瓢、槐云道人、磨剑道人、牧牛老朽，江苏吴县人，与叶天士是同乡且与之齐名，但是二人常相互抨击，所以薛雪称自己的住所为“扫叶山庄”，称自己为“扫叶山人”。
薛雪自幼好学，很有才气，后来因为母亲多病，从而潜心研究医学，他一生的著作很多，有《医经原旨》、《湿热条辨》、《扫叶庄医案》、《温疟论》及《日讲杂记》等，他对温病中的湿热病症很有研究。在著作中专门对湿热病证的病因病机、辨证治疗进行了比较全面、系统地分析和讨论，特别是对湿热之邪在上、中、下三焦的辨证和治疗进行了系统论述。从而进一步充实、完善了温病学的内容。