2001年1月20日，卡洛斯·阿罗约宣誓就任菲律宾第14任总统。这位身材娇小的女强人是继科·阿基诺夫人之后菲律宾的第二位女总统。阿罗约出身显赫世家，学识渊博。
阿罗约十分注重国际间的合作。她认为，在当今世界，一个国家只有多与其他国家合作，才能快速发展，只有合作才能双赢。阿罗约尤其重视地区合作，特别注重在经济竞争中发挥地区组织的作用。
东盟把中国和该地区其他集团的崛起看做既是竞争刺激，又是市场机会。东盟和中国正在举行拟议中的自由贸易协定，这将创造一个有着20亿人口，2万亿美元国内生产总值的大市场。对东盟国家来说，明显的收益是扩大对快速发展的中国市场的出口额。这也将加强东盟成为投资者向中国销售的平台地位。预计这一协定将使东盟对中国的销售额增长48％。阿罗约说，“为了我们各国的生存和繁荣，我们需要更密切地实现一体化。我们需要从地区角度思考问题，并加强地区联系。我们的国家和经济利益取决于该地区的命运以及我们同世界其他国家的联系。”
阿罗约是中国人民的老朋友，多年致力于中菲友好，为发展中菲关系作出了重要贡献。2001年10月30日，清华大学授予阿罗约名誉博士学位，以表彰她为中菲两国友好及她在学术方面所作出的贡献。
阿罗约认为，菲中两国关系“非常好”，菲中两国有着长达数世纪的经贸关系，菲律宾华裔曾为菲律宾渡过经济难关作出了很多贡献。目前华人在菲律宾的数量也很多，其中不少祖籍在中国福建省的菲律宾人仍然和老家保持着联系，这些有利条件将促进两国关系的发展。她还希望菲中在新世纪进一步发展经贸关系。2001年10月20日，阿罗约到上海参加亚太经济合作组织领导人非正式会议。她说，上海之行给她留下了深刻印象。她第一次来上海大约是25年前，以后又来过数次，可以说目睹了上海这20多年来的变化。看到上海自身建设的过程是“令人难忘的”，尤其是这座城市还保留了很多过去的好东西，如恢复了外滩的原貌等。阿罗约还称赞在上海进行的亚太经合组织会议的组织工作。
“9·11”事件以后，美国需要菲律宾的合作，布什总统很想提升美菲关系，他盛情邀请阿罗约访问美国。与美国合作反恐怖，可使美菲两国双赢。更重要的是菲律宾既可借美国的威力打击国内恐怖主义，又可大大提升菲美关系，从美国得到经济利益。她的访问很快成行。阿罗约对华盛顿来说不是一个陌生人。她20世纪60年代曾在乔治郡大学学习经济，和克林顿是同班同学。上任以来，阿罗约一直以雷厉风行的铁腕手段著称，被誉为“亚洲铁娘子”。她对政敌毫不留情，十分果断地使用军事力量，这一点倒也与布什有些相像。不久以后，布什回访菲律宾，宣布美菲关系升级，菲律宾成为美国“非北约的最重要盟友”。这样，菲律宾将和澳大利亚、埃及和以色列等国一样，有机会获得更多的美国先进武器装备。美国还将帮助菲律宾评估和增强其军事力量，实现军队的现代化。
然而，2004年7月的人质事件，严峻地考验了美菲关系，也极好地显示了阿罗约的外交胆略。这一年夏，伊拉克绑架人质事件屡屡发生，有好几个国家的人员被伊拉克武装分子绑架。伊拉克武装分子于7月7日绑架了在伊拉克工作的菲律宾籍卡车司机克鲁斯，并要求菲律宾撤回其驻伊救援队，否则将处死人质。人质事件在菲引起强烈反响，是顶住民众压力继续驻军伊拉克，还是为保全人质安全而撤军，这无疑让阿罗约总统左右为难。但阿罗约没有犹豫，及时进行了一系列果断处置。人质事件发生后，阿罗约总统立即下令，暂停向伊拉克派出新的劳工，禁止菲公民到伊拉克旅游，准备赴伊工作的120名菲律宾人也停止出境。同时，阿罗约立即召开紧急内阁会议，研究人质安全问题，立即派遣特别小组赴伊与绑架分子进行谈判，并请求印度尼西亚、马来西亚、利比亚和埃及等国穆斯林组织领导人帮助菲政府劝说绑架分子尽快释放人质。
美国多次敦促阿罗约坚定立场，没想到菲最后还是要撤军。美白宫发言人麦克莱伦说，布什对阿罗约感到失望，并称“菲政府的决定将向恐怖分子传达错误信号”。虽然撤军决定惹恼了美国等国，但却受到国内民众和政界的欢迎。特别是德拉克鲁斯的家乡人欢呼雀跃。参议员拉克松发表声明说，阿罗约向全国显示其为拯救人质生命而宁愿付出重大政治代价的决心，这是值得高度赞扬的。6名倡议政府撤军的众议员中，贝尔特兰还为美国对菲的态度感到愤怒，他称人质事件是美国发动对伊战争导致的，菲律宾人应对美国感到失望。阿罗约表示菲律宾仍将与其他国家团结起来，打击菲国内和国际的恐怖主义。阿罗约同时呼吁菲律宾的盟国能够理解，菲律宾处于一个特殊境地。与美国、澳大利亚、保加利亚和其他国家不同，菲律宾在中东地区有150万海外劳工，在伊拉克有4000名海外劳工，这是伊拉克人数最多的外国雇员群体。这些海外劳工的安全是她必须优先考虑的问题。她还表示，有些菲反对派和媒体夸张说，菲律宾与美国的战略伙伴关系出现了裂痕，这不是事实。她说，菲美之间有共同的政治传统，被历史永久联系在一起。
菲律宾是美国对伊战争和伊战后重建工作的坚定支持者。伊战结束后，菲政府曾向伊派遣200多人组成的特遣部队，并派送了大批菲劳工到伊工作。目前，菲约有51名军警驻扎在伊中南部，负责培训当地警察和维持社会治安。而菲在伊劳工则达4200人，这些劳工大多数是在美军营地从事清洁卫生、饮食等服务性工作。