蔡元培先生的伟大志愿，就在于他一生想为中国造就人才，他一生走的路就是教育爱国大道。他教育不忘爱国，爱国不忘教育。
近代中国史上，人格最高尚的知识分子首推蔡元培。他在教育、学术、思想以至政治等方面，都有巨大的影响，他一生竭尽知识分子的责任，常倾向于革新的、进取的事物，具有开创及领导之功，不愧是一代宗师。
没有蔡元培就没有五四。一谈到“五四运动”，便会联想到蔡元培，没有北京大学的学生倡导风潮，推动文化改革，也就没有五四运动；没有北京大学校长的开明进取，支持学生的行动，也就没有五四运动。当时的北京大学校长正是蔡元培，他又是辛亥革命后首任的民国教育总长。
蔡元培出任教育总长以后的活动，较为人知，辛亥革命前的蔡元培，知者较少。无疑的，他的贡献主要是在进入民国以后。可是，若要探源他后半生的文化、思想、政治活动，他前半生的思想趋向、政治活动是不可忽略的。蔡元培是近代中国史上新旧过渡时期中一个成功的、典型的代表。
蔡元培生于同治六年（1867），家乡是浙江绍兴，和鲁迅同乡。绍兴便是人尽皆知的“师爷”产地。绍兴的文化气息很重，是盛产文人的地方。蔡元培的乳名叫阿培，入塾读书时才叫元培，字孑民。父亲是钱庄经理，蔡家数代从商，祖上没有读书登科的人。
蔡元培六岁入家塾读书，从《百家姓》、《千字文》读起，读完《四书》、《五经》。随后，老师就教他“八股文”，又称“制艺”或“时文”，作为应付科举考试之用。到光绪三年（1877），元培十一岁，父亲逝世，因他父亲为人宽厚，有贷必应，死后债台高筑，东家责令赔偿。世交分头募款欲以接济，但为元培母亲周氏所拒。由此可见，元培性情宽厚，是父亲的遗传，而不苟取，不妄言，则得诸母教。
蔡元培十四岁至十七岁的三、四年间，元培就教于同县一老秀才王懋修，在王老师的熏陶下，最崇拜宋儒。在受业期间，光绪九年（1883），元培十七岁入学补诸生（秀才），放弃“举子业”，专治小学和经学，广泛地自由读书，也就不再到王懋修处学习。离开私塾后，两年间在家设馆教书，并赴杭州参加乡试（考举人），首次落第。二十岁起不再教书，在同乡徐树兰举人家中读书。徐家建有“古越藏书楼”，书籍甚多，有此机会可以博览群书。他作学问、治经偏于训诂与哲理，治史则偏于儒林传、文苑传、艺文志等，这也是当时流行的求学方法。
光绪十五年（1889）二十三岁，元培参加浙江乡试，中了举人。次年赴北京参加会试，考中，成为贡士，必须再经殿试合格方为进士，但元培未即参加本科殿试，过了两年始成进士。梁启超乡试中举和他同年，可是会试累试名落孙山，可见在科举试途上，蔡元培比梁启超顺利得多了。原来考官王蒿隐欣赏他的文章，录取了他，因此便有人称元培是“蒿隐门人”。他是中二甲第三十四名进士，正考官翁同龢很欣赏，称赞他“年少通经，文极古藻，隽材也”。
光绪十九年（1893），也就是中进士的第二年，二十七岁，蔡元培得授翰林院庶吉士，掌编修国史。新科翰林是有资格往各省写字卖钱的，这叫做“打秋风”。七月间，蔡元培就有南方之行，先在广州小住，入冬后，又到潮州亲戚家，住在文咸街十号元发行商店里。曾为主人写了一副对联，联语为“过事虚怀观一是，与人和气察群言”，由此可见蔡元培待人接物的态度，一向是虚怀若谷，待人和气。
翌年，再进京参加“散馆”考试。因庶吉士经过一定的期限，须参加甄别考试，叫做散馆，合格的授以编修，不合格的改任知县。蔡元培顺利地通过散馆考试，升补翰林院编修。同年6月间，“甲午战争”爆发，京师顿时紧张起来，他在联合英、德以御日人的奏折上，和文廷式一齐署名。这年他又在李慈铭京寓中做了半年塾师。十一月间大文学家李慈铭逝世，元培为他的遗著《越缦堂日记》付梓。
这时，康、梁的维新变法正当全盛时期，蔡元培的思想也是偏向维新方面的。他在戊戌年间与友人合设了一个“东文学社”，学习日文。学习日文是求取外国知识的一条快捷方式。蔡元培早期的西洋知识，除了部分得自中译西书之外，主要是从日文书中得来的。
当时康、梁门下的人接踵而至，他最敬佩谭嗣同，又与梁启超有己丑年同年中举的关系，照说他会和康、梁同走维新路线，情形可料。可是，以他的性格却耻于与炙手可热的人相依附，维新派杨锐欲想拉拢，也被他拒绝。9月间，戊戌政变发生，保守派控制整个大局，百日维新的所有新政，除了京师大学堂仍然保留之外，全部都在转眼之间被推翻了。
蔡元培是同情维新派的，他深感变法的失败，是“由于不先培养革新之人才，而欲以少数人弋取政权，排斥顽旧，不能不情见势绌”。他虽非康党，因同情维新，又有深交被捕，难免被疑为维新派人物，只好卸职南归。这是蔡元培一生的转折点，他已经看出满清政府没有希望了。
蔡元培南归后，即在绍兴绅士徐树兰所办的一所叫“中西学堂”的中学任学堂监督（校长）。这是元培服务于新式学校的开始。校中分高小、初中和高中“三斋”。学科分文科、数学及理科等，外国语有英、法、日三种。蔡元培和黄仲玉及子女教员是当时绍兴一时之选，学生在日后更是人才辈出。如后来曾任北京大学校长、也就是蔡元培的后任蒋梦麟，和该校地质学教授王烈，便是那时候第一斋的小学生；中央研究院秘书马稷光和浙江教育科沈光烈，则是第三斋的高材生。
在中西学堂内，新旧的对立是很明显的，蔡元培因过于袒护新派，旧派的堂董时加压力。最后，他愤而辞职，以示不愿意与旧势力妥协。
蔡元培仍在中西学堂监督任内时，原配夫人为他生下了第二个儿子，叫做无忌，但不久王氏即因产后失调，与世长辞。还未满一周年，作媒请续弦的人很多，元培提出五个条件：一、女子须不缠足；二、须识字；三、男子不娶妾；四、男死后，女可再嫁；五、夫妇如不相合，可离婚。
男子娶妾，在当时是被认为天经地义，而再嫁和离婚则是惊世骇俗。单就此事，已可得知蔡元培的重视男女平等，打破传统社会陋习，其所受维新运动的影响是如何巨大。由于条件过苛，几经说媒，难觅合适女子为继室。一年后，始访得江西黄尔轩的女儿黄仲玉，天足、工书、有才学，遂在杭州结婚。
他们的婚礼别开生面，形式别致，贺词亦谐，有人知他主张男女平等，故意在贺宴上说：“倘黄夫人学行高于蔡先生，则蔡先生应以师礼视之，何止平等？倘黄夫人学行不及蔡先生，则蔡先生当以弟子视之，又何以平等？”蔡元培答道：“就学行言，固有先后，就人格言，总是平等。”说得全场无不首肯。
蔡元培离开中西学堂后，仍一心为教育事业奔走。庚子、辛丑之间，亦即1900～1901年，为绍兴侨农设一小学校。又在浙江省城议改某书院为师范学校，但为地方巨绅及当道所阻而未成功。在这年春，便转到南洋公学当特班总教习。
上海南洋公学是后来交通大学的前身，成立于光绪二十三年（1897），分为师范院、上院、中院和外院四部，外院即小学。光绪二十七年（1901）春增开一个“特班”，取录了42位私塾就读而又有志向西学的秀才、举人，预定教他们外国语言及经世之学，成绩优异者保送“经济特科”。蔡元培就是担任这个特班的总教习。
当时特班的学生都想学日文，元培便用他半生不熟的日文教学生选读政治、法律、外交、财政、经济、哲学等门类的专业书，要求学生每日撰写札记。其主旨“盖在启发青年求知欲，使广其吸收，由一己观念进之于国家，而拓之为世界。又以邦本在民，而民犹蒙昧，使青年善自培育其开发群众之才，一人自觉，而觉及人人。其所诏示，千言万法，一为之爱国”。在诸多学生中，他最欣赏邵力子、李叔同、黄炎培、王世澂、洪允祥等人。
蔡元培在上海的文化教育界中已日渐活跃。他所从事与新教育相关的有两件事：一是筹办“爱国女学校”，一是发起“中国教育会”。
爱国女学校由蔡元培夫人黄仲玉首倡，取得上海犹太富商哈同夫人罗迦陵女士的独力支持，再由蔡元培和蒋观云等人租校舍，于光绪二十七年（1901）冬正式成立。早期学生人数仅有十名左右。中国教育会则由元培和上海文教界人士叶瀚、蒋观云、黄宗仰等人共同策划，由蔡元培任会长，成立于光绪二十八年（1902），主张革新，因无经济支持，早期仅从事文字方面的鼓吹而已。
光绪二十八年，元培三十五岁，开始学习拉丁文，天主教徒马相伯是他的老师。蔡元培认为拉丁文是欧洲各国语文的根本，各国语言多源于拉丁文，若不通晓，则无法了解西洋的一切古代文化。他还选派了24个学生，和他一齐向马相伯学习。后来，马相伯就以这批学生做基础，创立了震旦学院，也就是震旦大学的由来。
这一年，蔡元培趁暑假赴日本旅游，却遇上了东京留学界的“成城学校事件”。成城学校是专为中国学生而设的军官学校预备班，吴敬恒奉两广总督之命，带领速成师范学生到日本留学，其中9人拟入成城学校，清驻日公使拒绝保送。吴向公使抗议，被召日警驱逐出境。吴敬恒回国船中和蔡元培相遇。
两人“大谈立宪之不可成，皆知革命之不可已”。7月10日船抵上海，中国教育会同仁发起欢迎大会。会中决议由教育会自设学校，自教子弟，毋须赴日本留学。
于是教育会遂有自办学校的计划。
吴敬恒同入南洋公学任教，却因他发生了轰动一时的退学事件。同年10月17日，导火线是一个小小的墨水瓶，引起特班学生牺牲其保举经济特科的资格，相率退学，蔡元培也引咎辞职。而原因是吴敬恒和校方发生冲突，有十数名学生遭开除，吴亦辞去。
这个事件对清末学界的影响无比重大。蔡元培和吴敬恒、章太炎、蒋维乔等，便在中国教育会的二楼成立“爱国学社”，社员55人，都是南洋公学的退学生。
学社社员劝其姊妹就学，自此女校学生渐多。爱国学社成立后，蔡元培等几个具有进步和革新思想的人士，从此与一群热情奔放的青年学子日夕相处，彼此间互相影响，言论和思想都有了急剧的发展，不久便激起更大的浪潮，震撼了上海甚至整个中国。
光绪二十九年（1903）1月间，由于中国教育会的言论十分激烈，引起守旧人士利用《申报》加以讥评。吴敬恒主张在《苏报》上，由元培、章太炎和他轮流撰写文章跟他们对抗。邹容遗著3月间，章士钊等31名南京陆师学堂学生集体退学，在蔡元培的协助下加入爱国学社。同时，浙江大学堂也爆发学潮，退学生自建“新民塾”，并电请蔡元培和吴敬恒前往支持。
当时仇满的情绪已日益高涨，蔡元培发表《释仇满》一文，发表在《苏报》上。认为种族之别，一是血液，一是风习，满人血统与汉族混杂既久，其语言文字风习亦已为汉族所同化。所谓满人，不过是在政治上拥有世袭爵位、不管实业而坐食特权的一个记号而已。只要满人自觉放弃其特权，则汉人绝无杀尽满人的必要。
3月底，跟着又有拒俄运动的展开，蔡元培剪了头发，和志愿加入“拒俄义勇队”的96名学生，穿上制服，早晚训练，准备抵抗俄国侵占中国东三省。可是，清廷不但没有明白青年学子的爱国热诚，反以为他们是在阴谋造反，而加以强烈的压制，结果只有迫使急进的青年走向反清的道路。
5月间，邹容的《革命军》和章太炎的《驳康有为论革命书》两本巨著先后出版，尤其轰动一时。
中国教育会会长于此时改由黄宗卿担任，却闹起会与社谁为主体之争。章太炎主张不与学社合作，吴敬恒较袒护社员。蔡元培原本态度温和，不随便袒护一方，但一向保持和平态度的蔡元培却为吴敬恒的一句刻薄话所激怒，忿然道：“我本要上德国留学去，我辞去会和社的事。”
说罢即离去。众人虽予挽留，但他去意已决，略整行装后，于20日乘船离开上海，临行时各人都去送别。
蔡元培离开上海不过半个月左右，轰动一时的“苏报案”便发生。章太炎和邹容被抓，吴敬恒逃匿，爱国学社亦遭波及而解散。案发时，蔡元培正船抵青岛，接到他哥哥蔡元坚发来的电报，说“清廷已与德使商定，电青岛德吏捕蔡某”云云。元培只好返沪，又重新参与上海志士的活动，这时，适逢俄人进兵奉天，蔡元培便与刘师培等发起“对俄同志会”，参加会员有百余人。
光绪三十年（1904），元培在《俄事警闻》上发表了一篇《新年梦》，主张说：“我们意中自然有个中国，但我们现在不切切实实造起一个国家来，怕永远没有机会了。”又提出了外交方面应办的三件事：一、恢复东三省。二、消灭各国的势力范围。三、撤去租界。这篇文章，颇能反映出他这时的思想。
对俄同志会并以《警钟日报》为机关报，报纸的编辑工作初由王小徐负责，其后嬗于蔡元培。他主持到这年6月间，因接任爱国女学校校长，编辑工作才由汪德渊接任。《警钟日报》后因揭载德人经营山东的密谋，触怒德国领事，报纸被封禁，拘去五人，上海的革命言论机关至此又遭遇挫折。
蔡元培重掌女校校政之后，除了在文字和教育方面努力鼓吹之外，与国内的秘密革命运动更建立了深厚的关系。1903年在东京成立的“军国民教育会”本因拒俄而起，但后来改组变成一个秘密从事革命活动的团体，并有“暗杀团”的组织，由杨笃生主其事。
军国民教育会会员黄兴归国后，创设“华兴会”，拟于1904年慈禧太后七十岁生辰之日，发动长沙等地起义。杨笃生回上海，别树“爱国协会”，由他担任会长，章士钊副之，蔡元培、陈独秀、蔡锷等也同时加入。
东京原有“浙学会”的组织，由陶成章主持。陶成章回沪后，和元培等人又在上海成立一个新的革命团体，叫做“光复会”，以扩大暗杀团组织为目的。跟着光复会的东京分部也正式成立，鲁迅等人也参加进来。元培加入光复会后，即邀请徐锡麟入会，并介绍徐与陶相识。
蔡元培参与暗杀组织，专学制造炸弹，赁屋购仪器药品，由黄兴带来十余枚弹壳，遂填以炸药。吴樾暗藏炸弹，计划行刺五大臣于北京车站，不幸炸药误发，竟以身殉。
1905年8月间，留日十七省革命志士在东京发起“中国同盟会”，以孙中山为总理，誓言“驱逐鞑虏，恢复中华，创立民国，平均地权”。本部之下，设立各省分会。上海分会由蔡元培担任分会长，光复会会员也大半加入同盟会籍。蔡元培以爱国女学校作为革命同志的接洽机关，并提供教员资格给徐锡麟、陶成章、杨笃生、黄兴等革命同志作为革命活动的社会身份。
同年，章太炎出狱，可是邹容却病死狱中。在邹容追悼大会上，蔡元培当众演说，痛诋清廷的暴虐，蔑视人权，听者无不动容。邹容墓前纪念塔落成，蔡元培又作演说，演辞特别警策，陈英士闻而感惜，返里变卖不动产，决心从事革命工作，他后来成就的事业实发端于此。
当时国内的革命人士主要集中策划暗杀和暴动，但暗杀工作不能顺利开展，革命的方针和步骤也无法确定，因此大家对革命的前景仍然非常黯淡。蔡元培的内心不免会有失落的感觉，因此改变一下生活环境的欲望便愈来愈强烈。到这年秋天，听闻清廷有派遣编修、检讨出洋留学之议，便决定进京销假，申请留学欧洲。临行，把同盟会干事一职托他弟子黄炎培代理，并将秘密文件及名单多种交给他保管。蔡元培离开上海，独自前往阔别了8年的北京。
光绪三十二年（1906）秋，蔡元培跑到北京，一心想申请去德国，但因政府绌于经费，无法派出。后在译学馆任教，等待出国时机。译学馆后来归并京师大学堂，而1912年京师大学堂改为北京大学，所以蔡元培这次在译学馆的任教，实在是服务于北大的第一次。他的《中国孙宝琦像伦理学史》一书就是在这段时期写成的。
1907年4月，清政府派孙宝琦为出使德国大使，孙宝琦允每月资助元培学费30两，而商务印书馆又与蔡元培订定每月送编译费百元。基本生活费用问题既已解决，元培遂随孙宝琦赴德留学。这一年蔡元培已四十一岁，作为一个留学生，年纪似乎大了一点；可是，他时常想争取进修机会以充实自己的学问，这种好学的精神，实在令人敬佩。
蔡元培在德留学，直至辛亥年（1911）革命成功，始回中国，前后有四年。他进入莱比锡大学专攻哲学，在校期间翻译德国哲学家包尔生所著的《伦理学原理》，由上海商务印书馆出版。在他初到柏林时，即闻徐锡麟起义于安庆，被执就义；不久，秋瑾又密谋在绍兴起义，也被捕遇害，光复会的力量大受摧残。
当时，吴敬恒、李石曾、张静江等在法国巴黎出版《新世纪》周报，宣传无政府主义，并反对君主立宪，提倡革命。蔡元培受无政府主义思想的影响，在德国也作精神上的呼应。辛亥年4月27日，黄兴所领导的广州起义虽然失败，却轰动全国，革命情绪自此更趋高涨。10月10日武昌起义。武昌光复后，鄂军政府旋告成立。
蔡元培得吴敬恒在伦敦寄出的信，始知武汉的消息。他在致吴敬恒的信中，有“弟恐不能久留此间”之语，暗示打算回国赴难、共同奋斗的意向。其后，接陈英士电报，催他回国。于是结束四年的留学生涯，取道西伯利亚东归。抵达上海之日，正是黄兴由武昌抵沪之时，即12月1日前后，孙中山尚未返国。他一时没有住处，蒋维乔留他住在爱国女学校内。
12月4日，各省代表议决以南京为临时政府所在地，黄兴当选为大元帅，黎元洪当选为副元帅。孙中山亦于年底返国，旋即当选为临时大总统，以1912年1月1日为中华民国元年元旦，此后改用阳历。是日孙中山就职于南京，着手组织内阁。各省代表会正式开会，通过国务员名单，各部门总长依次为：陆军黄兴、海军黄钟瑛、外交王宠惠、财政陈锦涛、司法伍廷芳、内务程德全、教育蔡元培、实业张謇、交通汤寿潜，中华民国第一次临时政府至此完全成立。
各部人选决定后，教育总长蔡元培因久居欧洲，对国内教育情形异常隔膜，特请蒋维乔帮助。二人并偕另一会计兼庶务职员，于1月4日晚上到达南京，住在一小旅馆中。5日，蔡元培正式就职，出席临时政府首次国务会议。会后，蔡元培往谒孙中山，请示教育部办公地点，孙回答说：“办公房屋要你自己去找。”连日奔走，一无办法。适遇江苏都督府内务司长马相伯，就商借碑亭巷内务司楼上空房三间作为办公处，随即迁入。其简陋情形，可想而知。
1月19日，教育部正式成立，当时全国各地仍然十分混乱，南北议和正在进行，清帝仍未退位，临时政府的政令未能有效推行。在这种情形下，蔡元培踏出了民国教育的第一步。
蔡元培自从四十五岁起，回国担任教育总长，后在北洋政府时代，又以国民党员的身份留在北京，担任北京大学校长。他一生最主要的贡献就是在北大校长的任内，其所树立的北大民主校风，源远流长，影响巨大。
北大作为五四运动的震源地，作为新中国的发祥地，对近代中国的影响是不言可喻的。“北大精神”就是“蔡元培精神”，这位北大之父，逝世于1940年，享寿七十二。他在辛亥革命前的生涯，简直是中国黎明前的奋斗纪录。他是从新旧过渡时期走过来的典型人物，他的言行典范和伟大的人格，感人至深，于今没有任何人会发生疑问。吴敬恒曾说：
蔡先生平时待人，对好人没有不尊敬，对坏人，也没有不宽恕。这个人只要有一点可取之处，总是待他很好。他惟一的志愿，一定要盼望中国出些了不得的大学问家。因为他抱了这种志愿，以前有了许多当仁不让的事。
对于蔡元培的人格，吴敬恒也说：
蔡先生之为人，真是所谓“君子和而不同”，他和哪一个人都很和气，然而他有一个“自己”。绝不是因为做人和气，就会人云亦云。蔡先生所到之地，谁和他相处，都像从前人交了程明道一样，如坐春风之中。不过虽坐春风之中，很感到有一种严肃之气。如果我们以之比古人，蔡先生很像周公，“不骄不吝”、“一沐三握发，一饭三吐哺”。什么事情，也是“仰而思之，夜以继日，幸而得之，坐以待旦”。俨如周公风度。
吴敬恒说蔡元培，在做人的态度上，对自己是“不骄不吝”，对人是“和而不同”，只要这个人有一技之长，没有不取其长，绝不问其短处如何。然而他无时或忘的，就是他自己的主张：鼓励造就大学问家出来。这有一个实例可以拿来佐证。
五四时期，新旧文学的论争，白话文言的抗拒，两派人士都服务于北大。胡适、陈独秀的提倡白话文派，和提倡文言文的林琴南、严复，都在北大教书。当时的校长就是蔡元培，他虽然倾向于革新的、进取的事物，但认为这几位老古董的确有一技之长，也就延聘他们在北大任教。所以说，蔡元培在北京大学担任校长时期，不问这个人有辫子没有辫子，只看他有没有学问，只要有一点长处的人，他没有不器重他的。这种态度，就是所谓“尊贤而容众，嘉善而矜不能”。
元培先生的伟大志愿，就在于他一生想为中国造就人才，他一生走的路就是教育爱国大道。无怪乎他所创办的第一所女校，取名为“爱国女学校”，他所设立的第一个学会，取名为“中国教育会”。他教育不忘爱国，爱国不忘教育。