在巴斯德生活的那个时代，没有人怀疑细菌自生的理论，可是巴斯德的研究表明，从来没有表明任何一个细菌或球状菌体是自生的。巴斯德通过实验，制造细菌的隔离环境，在这个隔离环境里就不会发生腐烂现象。
巴斯德用几只颈部细长、容易封口的圆底烧瓶盛上极易变质的液体：啤酒酵母液。然后，用沸煮法消毒，杀死可能含有的一切细菌。当液体沸腾时，他封闭了瓶口，造成了一个绝对纯净的无菌区。只要瓶口封着，这些啤酒酵母液能在几个月甚至几年内长时间地保持不变。倘若打开瓶口，让载有细菌的空气进入瓶内，几小时后，就可以看到液体变质。显微镜显示出，在变质的液体内，细菌确实在大量增殖。巴斯德用无可辩驳的事实，证实了细菌是外界传染的观点。
渐渐的，医学界接受了巴斯德的观点，他们不再重复使用脏纱布，手术刀使用时用火烧一下，这些简单的无菌操作最后演变为成套的消毒除菌技术，这项技术挽救了无数的伤病员的生命。
巴斯德从事医学研究后不久，把精力集中到发现各种致病菌的实验研究上。1878年夏天，巴斯德确定恶性炭疽病的致病菌为炭疽菌，不久，他又发现致病种类繁多的葡萄粒子菌，这种葡萄粒子菌可以引起痈、瘭疽、疗疖、咽喉炎和各种脓疮，是世界上散布最广、危害范围最大的细菌之一。巴斯德在研究禽类霍乱的过程中，发现了动物的接种免疫能力，后来又扩展到畜类的炭疽病免疫方面。巴斯德的研究促进了各国科学家对致病菌的研究。
在巴斯德之后，挪威科学家汉森发现并分离出麻风杆菌；德国科学家科尔伯发现了白喉菌；巴斯德的学生用血清提取的菌苗变异物治愈了白喉；德国医生分离出结核杆菌；巴斯德的另一个学生发现了卡介苗，结核病得到了永久的终结。
1885年，巴斯德发现了欧洲人谈虎色变的虎列拉病原菌——霍乱螺旋菌，研制出了治疗这种霍乱的药物，巴斯德为霍乱的根治立下了汗马功劳。
在制服了霍乱病菌之后，巴斯德开始向狂犬病进攻。是什么导致巴斯德将狂犬病作为自己的研究目标呢？巴斯德说：“我的研究工作并不像某些人想象的那样，是根据某一个一成不变的计划进行，而是客观世界偶然促成的：里尔大学的学生向我谈起他父亲对酿酒的忧虑，促使我研究了酒精发酵……拿破仑三世的命令，又使我承担了抢救病蚕的任务，现在人家又给我两条疯狗，我就只好研究狂犬病了。”原来，一个叫布埃尔的军队老兽医送给巴斯德两条疯狗，希望他研究为什么疯狗咬人会造成人的死亡。
巴斯德猜测，狂犬病的病源很可能是一种细菌，这种细菌生存在狗的唾液里，从感染细菌到最初病状的出现，这段潜伏期很长。巴斯德将疯狗的唾液注射进几只实验用的兔子体内，后来又用疯狗血液重复上述实验，但他最终都没有观察到这种致病菌，一向十分显灵的显微镜现在似乎不那么管用。后来人们才知道，狂犬病是一种比细菌还更微小的病毒造成的。当时巴斯德用的显微镜还分辨不了这些病毒。
虽然研究困难重重，巴斯德最后还是证实了狂犬病毒不仅存在于唾液里，更存在于大脑内。虽然巴斯德当时还无法分离出狂犬病毒，但是他仍然坚持要制成抗狂犬病的疫苗。经过3个月反复的实验，巴斯德在法国巴黎科学院宣布：狂犬病有了它的疫苗。
1885年7月6日，9岁的梅斯特来到巴斯德的住所。这个孩子被疯狗咬伤达10处之多，别的医生经过诊断都宣布这孩子生还无望。巴斯德给他接种了疫苗，最后小梅斯特在巴斯德的治疗下复原了。巴斯德的第二个病人也同样得到了成功的治疗。初步的成功，轰动了整个欧洲，人们纷纷把病人送到巴斯德这里，他是世界上唯一能把他们从狂犬病中挽救出来的人。
截止到1886年10月，巴斯德已经治愈了大约2500人，他治疗狂犬病的失败机率是1/170。到1935年为止，约有51057人被疯狗咬后在巴黎巴斯德研究院进行了接种，死亡率约为0.29%。
人类征服了狂犬病。
巴斯德取得了巨大成就，他在致病原因及抗病疫苗的研究上的伟大贡献让他成为现代细菌病理学的伟大奠基人。1888年，法国为了表彰巴斯德的杰出贡献成立了巴斯德研究院。不幸的是，当时巴斯德的身体已经十分虚弱，他甚至不能亲自在研究院成立典礼上讲话，巴斯德只发表了书面讲话。他说：“当今，似乎人类社会有两条相反的规律正在激烈地相互搏斗。一条是流血与死亡的规律，它总是设想着破坏性的手段并迫使各民族陷入水深火热的灾难；另一条是和平、工作和健康，它则总在发展新方法并把人类从灾难的重围中解救出来。”为了第二条规律，巴斯德贡献了他毕生的才华和整个生命。
巴斯德倒下以后，科学家科赫、艾尔利希、弗莱明、多马克等人前仆后继地向危害人类生命的疾病冲击。人类的健康状况日益改善，人口平均寿命日益见长，这与巴斯德的贡献是分不开的。
人们怀念巴斯德，他将流芳百世。
回首历史，我们不难看到瘟疫的身影，瘟疫曾夺去地球上数以亿万计人类的生命，曾蹂躏过人类创造的财富，它带给我们的不只是噩梦，更是毁灭。
2400多年以前，一场来势凶猛的疾病几乎摧毁了整个雅典。在1年多的时间里，雅典的市民们仿佛生活在无边无际的噩梦之中，身边强壮健康的年轻人会突然发高烧，咽喉和舌头充血并发出异常恶臭的气味，不幸的患者打喷嚏，声音嘶哑，因强烈的咳嗽而胸部疼痛，最后失去生命。
一位医生发现用火可以防疫，古老的雅典得到了挽救。
公元前412年，希波克拉底已经记述了类似流感的疾病。19世纪，德国医学地理学家详细列表记述了自1173年以来的历次类似流感的流行病爆发情况，从他的记述中可以看到由流行性感冒引起的第一次流行病于1510年发生在英国。后来在1580年、1675年和1733年也曾出现过流行性感冒引起大规模流行病的情况，但对流感大流行最早的详尽描述是在1580年，自此以后，文献中共记载了31次流感大流行。其中，1742～1743年由流行性感冒引起的流行病曾涉及90%的东欧人，1889～1894年席卷西欧的“俄罗斯流感”，发病范围广泛，死亡率很高，造成严重影响。
公元6世纪，世界上发生了首次鼠疫。这次鼠疫起源于中东，流行中心在近东地中海沿岸。公元542年，经埃及南部塞得港沿陆海商路传至北非、欧洲，几乎殃及当时所有著名国家。这次流行疫情持续了五六十年，在疫情最严重的时候每天死亡近万人，死亡总数近1亿人，这次大流行导致了东罗马帝国的衰落。
公元14世纪，鼠疫又第二次蔓延，它的起源是什么呢？大家的说法都不一样。此次鼠疫流行此起彼伏，持续将近300年，蔓延地区遍及欧亚大陆和非洲北海岸，欧洲爆发的最为厉害。1665年8月，鼠疫造成的每周死亡人数达2000人，1个月后竟达8000人。几个月后，伦敦发生了一场大火，这场大火烧毁了伦敦的大部分建筑，老鼠也销声匿迹，鼠疫流行随之平息，这次鼠疫大流行在历史上被称为“黑死病”。
狂犬病
狂犬病毒非常微小，它的面貌清晰地呈现在人们的眼前只有100多年的历史，但明确的病毒致病的记载早在400多年前就有了。早在1566年，疯狗咬人致病的案例已经被记录下来，但直到1885年，人们还不知道狂犬病到底是由什么引起的。
在细菌学说占统治地位的年代，法国著名科学家巴斯德的试验为狂犬病的防治开辟了新的路径。巴斯德从实践中发现，将含有病源的狂犬病病毒提取液多次注射兔子后，再将这些毒性已递减的液体注射到狗体内，这样狗就能抵抗正常强度的狂犬病毒的感染。
结核病
结核病给人类生命带来的危害是很明显的，据资料介绍，自1882年柯霍发现结核菌以来，迄今为此，因结核病而死亡的人数已达2亿。
结核菌
有75%的结核病死亡发生在最具生产力的年龄组，全球已有20亿人受到结核病感染，每年感染率为1%，即每年有约6500万人受到结核病感染。好在现在结核病的防治工作已经得到越来越多人的重视，相信在不久的将来，人类将征服这个顽症。
19世纪末，第三次鼠疫大流行，这次鼠疫是突然爆发的，发展到20世纪30年代达最高峰，总共波及亚洲、欧洲、美洲和非洲的60多个国家，死亡人数达千万人以上。
此次鼠疫流行传播速度之快、波及地区之广，远远超过前两次大流行，目前，鼠疫在北美、欧洲等地几乎绝迹，但在亚洲、非洲的一些地区，人鼠共患状况还时有出现。
流感
1918年，一场致命的流感席卷全球，造成了2000万～5000万人死亡。尽管这场流感在美国被称为“西班牙女士”，但是它似乎首先起源于美国，很有可能是从猪身上传播开来的。在1918年，近1/4的美国人得了流感，这场流感造成了50多万人死亡，几乎一半的死者是健康的年轻人。
平时发生的流感危害不大，但是美国每年也有11万人因患流感住院，3.4万人因患流感死亡。作为一种由病毒引起的传染病，流感没有特效药可治，不过可以注射流感疫苗进行预防，但有效率仅为70%～90%。由于流感病毒极其容易发生变异，每年流行的流感病毒类型不一样，因此必须每年注射疫苗才能发挥作用。
天花
天花原来只在亚洲、欧洲和非洲流行，17～18世纪，它成了西方最严重的传染病，不过天花在历史上的危害远远比不上鼠疫，这可能是因为天花的受害者以儿童为主，活下来的成年人大多已有免疫能力。
天花是感染天花病毒引起的，无药可治，1980年，世界卫生大会正式宣布天花被完全消灭，天花病毒在自然界已不存在。