亚里士多德在动物分类、解剖、胚胎发育等方面做了大量工作，他是将生物学分门别类的第一人，被公认为生物学的创始人。他写出了专门著作，如《动物志》《动物的结构》《动物的繁殖》和《论灵魂》等。在动物分类方面，他所用的“属”和“种”是一种逻辑概念。在实际分类时，他一方面使用逻辑上的两分法，如有血或无血，有毛或无毛；另一方面也注意根据动物的外部形态、内部器官、栖居地、生活习性、生活方式等许多特征。他把动物分成有血动物与无血动物：有血动物分为①有毛胎生四足类，②鸟类，③鲸类，④鱼类，⑤蛇类，⑥卵生四足类；无血动物分为①软体类，②甲壳类，③有壳类，④昆虫类。在对动物发育的观察研究基础上，他把动物的繁殖分为有性、无性与自然发生3类。
亚里士多德在植物学方面的著作没有留存下来。他的学生泰奥弗拉斯托斯对植物分类、植物解剖和植物生理做了许多研究，著有《植物志》和《论植物的本源》等。
他首先发现了比较法的启发意义并理所当然地被尊称为比较法的创始人。他也是详细叙述很多种动物生活史的第一个人。他写出了关于生殖生物学和生活史的第一本书。他特别注意生物多样性现象以及动植物之间的区别的意义，而且他对无脊椎动物的分类比两千年后林奈的分类更合理。
亚里士多德的显著特点是追究原因，他并不满足于仅仅提出“怎样”的问题，而且还提出“为什么”的问题，这在当时来说是非常了不起的。例如为什么有机体从一个受精卵发育成完整的成体？为什么生物界中目的导向的活动和行为如此之多？他清楚地了解仅仅构成躯体的原材料并不具备发展成复杂有机体的能力。必然有某种额外的东西存在。亚里士多德认为自然物按本身的性质而行动，所有的自然现象都是作用过程或过程的表现。由于任何过程都有目的，所以他认为对目的的研究是研究自然的主要组成部分。因此对亚里士多德来说，一切结构和生物性活动都有其生物学意义，或者就像我们现在所说的，有其适应意义。亚里士多德的主要目的之一就是解释这些意义。亚里士多德的“为什么”问题在生物学史上具有重要的启示作用。
关于世界的起源和性质有四种设想：（1）持续时间短的静止世界；（2）持续时间无限的静止世界（3）循环变化的世界，鼎盛时期与衰败时期交相更替；（4）逐渐进化的世界。
亚里士多德坚信世界基本完美无缺从而排除了进化的观点。
亚里士多德的先进思想只是近几十年才得到充分肯定。他在过去几个世纪中之所以声名狼藉有几个原因。一个原因是托马斯主义者奉他为他们的权威哲学家，后来当经院哲学声誉扫地时，亚里士多德也就自然地跟着倒了霉。另一个更重要的原因是在十六，十七世纪科学革命时期中几乎全部着重点都放在物理科学上。由于亚里士多德发展了著名的生物学哲学，同时不幸地认为宏观世界与微观世界可以同样看待，人们便将他的生物学思想引用于物理学和宇宙学。这样一来就产生了可悲的后果，正如十六、十七、十八世纪中培根，笛卡尔以及许多其他学者一再指责的那样。考虑到亚里士多德的大部分研究是如此出色，如此富有创造性，这些学者对他的百般非难与嘲讽真是难以令人理解。
随着生物科学从物理科学中解放出来的程度，现代对亚里士多德的重要性的重新评价也随之增长。只是当现在对生物有机体的双重性充分认识了之后才领悟到生长发育和功能的设计蓝图——遗传程序就相当于亚里士多德所假定的造型因素。