明代末年，宫廷接连发生离奇的三大案，与神宗、光宗、熹宗祖孙三人密切相关，也和朝廷派系斗争紧紧纠缠在一起。三案成为明末政坛关键，各种势力纷纷介入。案件无法正常审理，因此变得扑朔迷离。直到偏安一隅南明小朝廷，围绕三案的斗争仍未停歇。
明朝万历末期至天启初年，发生着名的三大案，按发生时间先后，分别为梃击案、红丸案、移宫案，都与皇帝后宫有关。万历帝于十岁时即位，到万历四十八年（1620）去世，在位四十九年，是明朝历史上在位时间最长的皇帝。
三案肇因于万历即位初期。当时，朝廷内部主要大臣之间发生争夺权势和地位的斗争，内阁次辅张居正联合宫内最有权力的大太监冯保，赶走了内阁首辅即内阁排名第一的辅臣高拱，开始长达十年的首辅生涯，直到病故，他都是万历皇帝的老师兼最有权势的大臣，国内大小事务，张居正一言九鼎，变相剥夺了皇帝的权力。在宫内，小皇帝任何一点胡闹，冯保都会跑去报告太后，让他受一顿责罚。万历皇帝虽不开心，一则惧怕母后，二则慑于张居正的威势，只能忍受。由于张居正的努力，明王朝重现国泰民安的短暂中兴局面，财政、军事务方面都整顿得井井有条。
张居正于万历十年（1582）因病突然去世。万历皇帝亲政以后，怨恨张居正、冯保当年的“欺君之罪”，抄了两人的家。但他的勤奋只维持了很短的一段时间，从万历中期开始，朝政日益懈怠，大臣的奏疏常被“留中”，即搁在宫中不加处理，三十多年不上朝听取大臣意见，缺了官也不补，中央行政机构六部的长官尚书、侍郎只剩下四五个，等待补缺的官员齐集京城，丧失经济来源，连正常的饮食都接济不上。同时，万历皇帝贪财的毛病越来越厉害，派了太监到全国各地收税开矿，四处骚扰，国家无法维持正常的经济、社会秩序。
万历帝非常宠爱郑贵妃，爱屋及乌，也特别宠爱郑贵妃所生的儿子朱常洵。本来这是个人私事，但皇帝的偏爱则发展成为令朝廷上下不安的大问题，即所谓的“国本”之争。因为郑贵妃之子不是长子，按照传统儒家伦理规范，册立太子应遵循立长或立嫡的原则，也就是说长子或正妻所生之子才有资格被立为太子。
神宗没有嫡子，他的长子朱常洛为恭妃王氏所生，一直受冷遇。万历皇帝采取拖延的方法，迟迟不册立太子，他表示要把三个儿子同日封王，以示自己一视同仁。由于廷臣的一再抗议，万历二十九年（1601）十月，朱常洛才得以正式册立为太子，朱常洵同日封为福王。到万历四十三年（1615）五月，发生梃击案，梃击的目标直接对准太子。
梃击案的经过并不复杂，一个名叫张差的大汉，拿着枣木棍，闯进太子住地慈庆宫，打伤守门太监，在大殿廊檐下被捕。对于审讯结果，大臣的意见各不相同。巡按皇城御史刘廷元、首辅方从哲等人认为张差无人指使，属于精神不正常。提牢主事通过私下探听，断定这是谋害太子的阴谋。经过三法司前后仔细调查审问，最终查出果然是郑贵妃手下的太监庞保、刘成指使张差所为，庞保、刘成还对张差许诺，只要打杀了人，他们将保他安然无事，他自己一辈子也就不愁吃穿了。
这一结果令朝野震动，朝臣强烈要求提审庞、刘二人，从而使案情大白于天下。但神宗见此事涉及郑贵妃，不愿事态扩大化，只想大事化小，事化了，坚持只处理到庞保、刘成为止。而朝臣们偏偏又是不依不饶，眼见着又一场君臣交锋要起。最后，皇太子朱常洛为了息事宁人，出面劝道：“庞保、刘成是张差疯口乱诬陷的，只将张差治罪便罢了，不要株连他人。”他请求众大臣不要再追究了。这时，神宗也拉着太子的手，以其与太子非常亲密形象，共同召见大臣，并对大臣们说：“朕想皇太子是国家根本，今年已三十四岁，素来孝顺有礼，朕很器重他。众卿家何必疑心我有他意呢？若要换太子，早就换了。何况福王已移居外地，没有圣旨，他是不能回来的。”众臣无奈，只好将此案草草了结，张差被判死刑。据说张差临刑前，以头抢地，大呼冤枉，并喊道：“同谋做事，失败了就全推到我身上，为什么众多的朝官竟然无人过问？”但此时已经无人再去理会他的呼救了。后来，张差供词中提到的马三道、李守才、孔道充军边地，庞保和张成两人在宫中被秘密处死。
这就是名震一时的“梃击案”。对于梃击案的真相，后来史书说法不一。但有一点是肯定的，这件事是由宫中拥戴福王的势力策划的，与郑贵妃脱不了干系。以张差一介平民百姓，从没进过皇宫，能在宫中千室万殿的情况下，手持棍棒，一路毫无阻拦，毫无偏斜，直奔皇太子居住的慈庆宫，这不可能是偶然的，若不是有人暗中指点及至保护，这是做不到的。
梃击案后，太子朱常洛的地位总算是确立了。万历四十八年七月，明神宗病逝。八月，朱常洛登基，是为光宗。岂料光宗在位仅短短的二十九天，便随父归西。光宗生活没有节制，身体十分虚弱，即位没几天就开始生病，病情越来越严重。鸿胪寺丞李可灼献上自制红丸，朝臣虽不同意，而内监已直接通报给皇上，光宗马上要求服用。服用之后，光宗稍感舒适，连称李可灼是“忠臣”。一觉醒来，又服用一颗，半夜去世。这下掀起轩然大波，首辅方从哲因为没有阻止李可灼进献红丸遭到严厉批评，他原想赏给李可灼五十两银子，被迫改为将李可灼免官。这就是红丸案的经过。
对于这突如其来的变故，舆论哗然。人们在感到惊愕的同时，联想到新皇帝登极一个月来的遭遇，人们不约而同地把怀疑的目光转到了郑贵妃身上。应该说，郑贵妃给太子进美女，指使崔文升进药，蛛丝马迹显露无疑，但李可灼是否受她指使，则查无实据。实际上，光宗当时已病入膏肓，难以治愈，只是因为吃了江湖怪药，事情就变复杂化了。最后，不但追查到郑贵妃，方从哲也被迫辞职，李可灼被充军，崔文升被贬放南京。
在明朝历史上，神宗是在位时间最长的皇帝，可他的儿子光宗，在位时间却是最短的，只有二十九天，连年号都没来得及改。人们似乎感到命运造化对人的捉弄，郑贵妃利用神宗对她的宠爱，令常洛几经波折才成为皇太子；而在神宗死后，她还操纵着即位仅一个月的光宗皇帝的命运。常洛虽然登极成了皇帝；却始终未能摆脱笼罩了几十年的厄运。
光宗死后，他的妃子又上演了一出闹剧。光宗宠爱两个妃子，习惯上称东李、西李，西李最受宠爱。郑贵妃决定与西李联合起来掌握后宫，两人一拍即合，郑贵妃建议立西李为皇后，而西李投桃报李，建议封郑贵妃为皇太后。谁知这些建议还未变成现实，光宗便撒手归西。按常规，西李应该搬出居住的乾清官，让位于继任皇帝。但西李坚决不同意，不仅如此，她让太监把大臣的奏疏送到乾清宫由她审阅，颇有“垂廉听政”的架势。那时太子也就是后来的熹宗年纪尚小，无法可施，只有继续住在慈庆宫。这时外廷有一帮忠烈的大臣，以杨涟、左光斗为首，向熹宗上疏批判西李的不合理做法，从西李和太监有手中“抢”出小皇帝，接受朝臣的跪拜大礼。熹宗与他们里应外合，先是迫使西李搬移到仁寿殿，九月初六正式登基后，下旨历数西李的罪状，把西李赶到宫女养老的宫殿。
天启中太监魏忠贤夺取大权后，与强迫西李移宫的大臣成为政治上的对立派，有意颠倒是非，打击政治对手。以后魏忠贤颁布《三朝要典》，为梃击、红丸、移宫三大案翻案，原本清楚的案件因此变得扑朔迷离。两派的斗争延续到南明小朝廷。
神宗死后的一个多月中，宫闱风云变幻，疑案迭起，皇位两次更替，闹剧不断。梃击案和红丸案中留下了许多不解隐秘，如今早已无从知晓，它们和移宫案一起，并称为明末三大案。