常言道，任何问题的产生都有它最本质的原因以及源头，那么水污染的源头又在哪里呢？归纳起来无外乎就是以下几类：
病原体污染：生活污水、医院污水、畜禽饲养场污水等常含有病原体，如病毒、病菌和寄生虫等。这类污水如不经过适当的净化处理，流入水体后，就会通过各种渠道，引起痢疾、伤寒、传染性肝炎及血吸虫病等。
需氧性污染物：生活用水、造纸和食品工业污水中含有蛋白质、油脂、碳水化合物、木质素等有机物。这类物质随污水进入水体后，微生物会自动对它们进行分解，而这个分解的过程是会损耗水体中的溶解氧，使水体的含氧量减少，从而影响鱼类和其它生物的生长繁殖。当水中的溶解氧耗尽后，水中的有机物就会产生厌氧消化，生成甲烷、硫化氢等，进而使水体出现臭味，最终危害水生生物的生存。
植物营养污染物：造纸、皮革、食品、炼油、合成洗涤剂等工业污水和生活污水以及施用磷肥、氮肥的农田水，它们含有氮、磷、钾等营养物。如果这类污水大量地排入水体，会使营养物质增多，从而引起藻类及其它浮游生物暴发性繁殖。这类物质多呈红色，会覆盖水面，并附在鱿类肋上，称为“赤潮生物”。这些赤潮生物如果大量繁殖，不仅会伤害鱿类，使它们的呼吸困难，而且死亡的赤潮生物被微生物分解，从而会消耗掉水中的溶解氧。有些赤潮生物体内及其代替产物含有生物毒素，常常引起鱼贝类中毒死亡，并能通过食物链，危害人体健康。
石油污染物：多发生在海洋中，主要来自油船的事故泄露、海底采油、油船压舱水以及陆上炼油厂和生化工厂的废水。
剧毒污染物：主要是重金属、氰化物、氟化物和难分解的有机污染物。它们大都来自矿山和冶炼的废水，都富集在生物体中，通过食物链，危害人类健康。
盐类污染：各种酸碱盐无机化合物进入水体，使淡水含盐量增加，影响水质。热污染：发电站等的冷却水是热污染的主要来源，大量热水排入水体，使水温增高，水体中溶解氧减少，从而影响了鱼类的生存与繁殖。
此外，水体的污染还有放射性污染，这是由于放射性物质进入水体造成的。