杆菌与球菌不同，它是外形呈现杆状或类似杆状的一类细菌。杆菌广泛分布在自然界，过着腐生或寄生生活，如大肠杆菌、枯草杆菌等。
各种杆菌的大小、长短、弯度、粗细差异较大。大多数杆菌中等大小，长2～5微米，宽0.3～1微米。大的杆菌如炭疽杆菌（3～5微米），小的如野兔热杆菌（0.3～0.7微米）。
菌体的形态多数呈直杆状，也有的菌体微弯。菌体两端多呈钝圆形，少数两端平齐（如炭疽杆菌），也有两端尖细（如梭杆菌）或末端膨大呈棒状（如白喉杆菌）。
杆菌的排列一般分散存在，没有一定的排列形式，偶有成对或链状，个别呈特殊的排列如栅栏状或v、y、l字样。
根据其排列组合情况，也可有单杆菌、双杆菌和链杆菌之分。不过杆菌是一类不安分的家伙，它们的排列特征远不如球菌那样固定，同一种杆菌往往可以有3种形态同时存在。
例如，有长杆菌和短杆菌（或近似球形），产芽孢杆菌有枯草芽孢杆菌，梭状的芽孢杆菌有溶纤维梭菌。