发现化石以后，怎样把化石收集起来？应注意些什么问题？采取一些什么措施？这就要根据化石的类型和性质来决定。
无脊椎动物，一般身体较小，化石容易保存完整的，采集时比较方便。但是根据它们归属的门类不同，对这些化石的具体要求也就有所不同了。
比如说蜷、珊瑚、层孔虫、苔藓虫、海绵、等等动物之类，多见于石灰岩中，所采的化石只要能保持纵横两个切面的立体标本就行，研究时便于切成薄片在显微镜下观察。如果作为陈列之用，则宜采集岩石风化面上的标本，它们往往显示出整体的模样。
贝壳类标本，着重于采集壳体完整的标本，至少要看得清两个壳辦内、外情况的印模标本。对研究来说，两辦相接的铰合区颇为重要，即使残破一些，仍有用处。如生在石灰岩中，则采其立体标本，对研究和陈列都两全其美。螺类化石，着重于壳体外形的完整性以及壳外纹饰的清晰。至于直壳鹦鹉螺类（角石）的标本，除注意纵切面的完整性外，还要注意横切面的保留情况，一般需要超过1/2以上，即超过圆心。不然，无法作鉴定之用通常在产角石的岩石风化表面上可以选到符合要求的标本。
三叶虫化石，除尽量采集保留头、胸、尾三部的完整标本外，在不易获得完整时，也要采集其头部和尾部标本。因为区别各种各类三叶虫的主要特征，都在头、尾甲壳上保留，胸节是次要的。昆虫类标本的翅膀化石极为重要，其网脉分布特征是鉴定类别时的重要依据。其他甲壳类化石，着重采集甲壳上的纹饰清楚者，这是鉴定类别的依据。
植物化石，一般分两类：一类着重于茎部，如古生代的鳞木、芦木、苛达木等，作为鉴定依据的花纹都留在茎干表面；另一类则着重于叶部，如蕨类、裸子、被子植物，其叶形轮廓与叶脉分布特点是鉴定的依据。其次，有些植物具球果、花、孢子囊穗等的化石，也是鉴定时考虑的因素。
微体化石，如有孔虫、介形虫，各种小型、微型的藻类、孢子和花粉等，如用放大镜能看见其大体形象的，则在野外采集时尽量选择有希望的标本。有些连放大镜也看不到的极微小的化石（如花粉、孢子），则根据有可能埋藏此类化石的岩石，特别是泥岩类，选择采集，有时，在一个连续的地质剖面上作等距离选取岩石标本。也就是将含有微体化石的岩石，带回到室内，经过加工处理方能获得化石，这里不一一详谈了。
脊椎动物化石，个体较大，各部分又往往分散保存，所以采集时比较麻烦。
无颌类与早期鱼类化石，多系甲片，要求采集能看清各甲片轮廓形态及纹饰物点的标本，如已破碎，应尽量注意能拼凑成整体的，所以往往要在现场进行胶合，免致搞乱，影响研究鉴定。
高等鱼类化石，多能保存其完整骨胳，或完整的鳞片、鳍等。如不易采到完整标本，则尽量采集头骨、各鳍均保留的外形。软骨鱼类（如鲨鱼）的骨骼一般不易保存，但牙齿化石很好，质地坚硬，形象清楚，故应注意采集此种标本。
两栖、爬行、哺乳动物化石，形体较大，骨骼数量多，采集整体标本的机会是很难得的。而对于研究者来说，它们的头骨化石最为重要。如无头骨，则哺乳动物的牙齿化石是鉴定时的主要依据，往往找到半颗以上的臼齿（俗称板牙），就能叫得出它们的名字来。两栖类的脊椎骨，是区分它们类别的重要依据。龟鳖类的甲壳，如能获半个以上，也就能鉴定其种类的名称了。
采集时，工作量最大的，要算是恐龙和大型的哺乳动物化石了。特别是恐龙，化石及其包裹在周围的岩石往往固结在一起，野外不好修理，只好带同岩石一起运回室内再加工修理，即用所谓“围岩基座法”取化石。如化石很易破碎，不易采取和装运，则需要滴胶加固，石膏包裹，甚至连同部分围岩取回室内修理，这就是“石膏包裹法”和“套箱法”取化石。
采好后的化石，及时作好标记，写明化石出产地点，地层时代和层位，野外初步定名以及编号等。至于化石埋藏处的地质情况，另在记录本上描述。化石埋藏情况还要素描绘图或照相，重要化石，甚至将发掘经过拍成电影，作为一项文献保留。