如果说雍正前期所发起的文字狱，是为了借机打击隆科多、年羹尧以及敌对势力，维护皇权，属于统治者内部的政治斗争，那么后期几件大的文字狱，所打击的对象就是与官场无关的文人了，纯粹是为了从思想上加强集权。如著名的吕留良、曾静一案。
崇祯十七年（1644），清军入关，定都北京。与同时代所有反清志士一样，19岁的吕留良赞助反清复明事业。眼见清王朝的江山已定，大势已去，吕留良心灰意冷，回家授徒。顺治年间，吕留良参加科举考试，除了中过秀才之后，此后再未中过举。加之平常与黄宗羲、黄宗炎等具有民族主义倾向的文人来往，他意识到科举制度的罪恶，从此不再参加科考。
从此，吕留良开始闭门著书。他将优秀的八股文选评出来汇成集刊刻发行，这就是《时文评选》。没想到此书反响空前，吕留良因此声名大噪，被文人们称为“东海夫子”。康熙十七年（1678），清廷开博学鸿词科，浙江地方官员推荐吕留良。吕留良誓死不从，从此闭门谢客。康熙二十二年（1683），吕留良病死，享年55岁，平生著作有《吕晚村文集》、《东庄吟稿》等。
从吕留良遗留的著作和书信来看，其中表现了强烈的民族意识。他认为“华夷之辨大于君臣之伦”，主张“抗清攘夷”，并写下如“清风虽细难吹我，明月何尝不照人”之类隐晦的诗句表达自己的反清复明思想。除此之外，他还直接称呼清朝为“清”、“北”、“燕”等，不承认清廷的正统地位，甚至肆意咒骂当朝皇帝康熙。
吕留良死后，他的著作依然在时人中广为流传，湖南学子曾静便是他的忠实读者。曾静比吕留良整整小了50岁，他自负才华出众，但却屡试不第，心中愤懑，便对朝廷产生抵触情绪，因此热衷于看吕留良具有反清意识的著作。
曾静得到的吕留良著作是让门生张熙从吕家后人访求来的。张熙在与吕家交往的过程中，结识了吕留良的门生严鸿逵和沈在宽。从此，曾静便与严鸿逵、沈在宽频频书信来往，赋诗赠答或其他琐事，书信中流露出对清廷的不满，甚至密谋反清复明之举。
然书生手无缚鸡之力，怎能推翻强大的清王朝？他们便想起川陕总督岳钟祺。岳钟祺是汉人，也是著名的战将，年羹尧被赐死后，他接任川陕总督一职，手握重兵。曾静他们认为岳钟祺姓岳便是岳飞的后人，于是想当然地劝其举起反清的大旗。
雍正六年（1728），岳钟祺见到了张熙和曾静写给他的书信，他看到信后大惊失色。信中不仅劝其起兵反清，还列举了雍正“谋父”、“逼母”、“弑兄”、“屠弟”、“贪财”、“好杀”、“酗酒”、“淫色”、“好谀”、“任佞”十大罪状。岳钟祺当即把张熙打入监牢，严刑拷打谁指使他来的。张熙不畏严刑，先是说师傅夏靓派来的，后来又说是孔夫子派来的，再后来干脆说是岳飞派来的，岳钟祺哭笑不得。
严刑拷打不成，岳钟祺又生一计。他令狱卒释放了张熙，请人为张熙疗伤，最后又派咸宁县县丞李元冒充幕僚前来照顾张熙。张熙觉得很奇怪，担心其中有诈。李元则说，岳钟祺饱受清廷猜忌，早想起兵反清，无奈孤掌难鸣。张熙如此明目张胆前来，岳钟祺为避嫌隙，只好刑讯张熙。张熙便将信将疑。岳钟祺的频频来访及盟誓起兵反清之事，张熙便信以为真了，便如是告知自己的来路，并说出曾静、吕留良、严鸿逵、沈在宽等人的事迹。
岳钟祺一边安抚张熙，一边连夜上奏朝廷，将自己如何设计张熙吐露实情的始末一并上报雍正。雍正看到奏章后感动得流泪，为岳钟琪的忠心感到欣慰，吩咐他好生安抚张熙。同时，雍正帝命湖南巡抚捉拿曾静，并令刑部侍郎连同正白旗副都统一同前往湖南会审曾静。
曾静本想显示自己的民族气节，却招架不住严刑拷打，将所有人、事统统招供。雍正帝高度重视此案，立即派浙江总督李卫逮捕吕留良的后人及其门生严鸿逵、沈在宽等人。李卫还搜出了吕留良的其他著作、日记。雍正帝看到吕留良攻击大清、污蔑康熙的言语后大为震怒，吩咐李卫严查此案。
此案从雍正七年（1729）五月定案到雍正十年（1732）十二月结案，前后延续了五年半，牵连到几个省的士子，所有的涉案人员，牵一挂五，拉三携四，几万人受到株连。最终，吕留良被开棺戮尸，其所有著作、书信、日记尽毁。吕留良长子忧愁而死，朝廷依然开棺戮尸，次子斩立决。吕家其他亲属尽受牵连，流放或入旗为奴。吕留良的门生严鸿逵被判凌迟，严鸿逵已病死在狱中，依然枭尸示众，其家16岁以上的男子斩立决，其余发配给功臣为奴。吕留良的门生沈在宽被凌迟，其家人也一律问罪。吕留良的其他门生、刻书人员及对吕留良表示同情的人也都被斩或被充军。
剩下的便只有对主犯曾静和张熙的处理了。令人意外的是，刑部将曾静、张熙的判案结果呈上去后，雍正不但没批准，反而以二人受悖论迷惑之名放了两人，还命各方人士不得对二人不利或者中伤，否则将被治罪。此后，根据吕留良华夷之辨言论及书中所说的雍正十大罪状，雍正帝亲自主编了《大义觉迷录》一书，对吕留良的反清言论和曾静等致岳钟琪信中指责雍正十大罪状进行逐条批驳，以此证明大清的正统地位和自己即位的名副其实。最后，雍正谕令天下各府、州、县等各地方官都要收藏一本《大义觉迷录》，所有读书人都要看这本书，否则地方官将被治罪。不仅如此，雍正帝还钦点曾静、张熙四处宣讲《大义觉迷录》，批驳吕留良、皇八子等人的言论。顿时，举国上下，无论知识分子还是不识字的白丁，都在学习《大义觉迷录》，人人都在思考华夷之辩和统治者合法性的问题。
至于此案的初发者岳钟祺，他刚开始受到雍正的嘉奖，后来又因手握重兵受到猜忌，雍正十年（1732），雍正终于找借口将其下狱免职。直到乾隆即位后，岳钟祺才重新被起复，后病逝。此案所有相关人员至此全部有了结局。
与吕留良、曾静一案相似的还有“清风不识字”案：顾炎武的甥孙徐骏，时任翰林院庶吉士，因在奏折中将“陛下”的“陛”字错写成“狴”字，被雍正革职查处。后来调查徐骏时，在他的诗集中看到一句“清风不识字，何事乱翻书”、“明月有情还顾我，清风无意不留人”，认为是反清复明之作，大不敬，将徐骏斩立决。
这样捕风捉影、罗织成罪的文字狱还有很多，发展到乾隆时期，甚至只要书中出现清、满等字，就要担心被挑刺，告状。连那些拍马屁没拍到点子上的人，如福建汀州范世杰批曾静，赞扬雍正，也被误认为造言生事，受到雍正“若再多事，即治罪”的警告。莫谈国事从此成为知识分子的习惯，但也造成了恶劣的影响。
雍正十一年（1733），下诏征举士人，想要效仿康熙开博学鸿词科，但天下士子们已经被吓破了胆，不敢过问政治，也没有人敢应召参与，雍正只好作罢。
其实雍正后期的文字狱，纯粹是为了统一思想，维护满清的合法统治地位，这就涉及到一个古老的命题：华夷之辨。
所谓华夷之辨，即以华夏礼义为标准进行族群分辨，合于华夏礼俗者并与诸夏亲昵者为华夏、否则便是蛮夷、化外之民，这个观点最初是由孔子提出来的，并随着儒家学说根深蒂固于中华大地上。清军凭借武力入主中原，只是从形式上统治了传统中国的内地，但在思想上，却无法肃清大汉族主义歧视少数民族的“华夷之辨”传统，如何确立满清这样的“夷狄”统治华夏的合法性，便成了清廷最头痛的问题。
康熙完成了国家大一统的伟业，时不时采取一些怀柔政策，暂时缓和了满汉之间的敌对情绪。但随着曾静案的爆发，雍正这才发现，怀柔政策并不能消除汉民族对“夷狄”根深蒂固的敌对情绪，这才将曾静一案扩大化，公开与汉文化正面交锋，高呼“天下一统，华夷一家”，通过文字狱打击所有反对此观点的文人士子，借以将人们思想统一化。这给后来的乾隆提供了灵感，以至于后来的史书中凡是涉及明朝、明代的书，或被禁毁，或被删改，彻底做到了“统一思想，统一认识”。