“六根不净”是对“六根清净”的否定，“六根清净”是指修行者的六根不染六尘。“六根”，即眼、耳、鼻、舌、身、意。“六尘”即六根所感觉认识的六种境界。
《法华经？法师切德品》云：“若善男子善女子，受持是法华经，若读若诵，若解说，若书写，是人当得八百眼功德，千二百耳功德，八百鼻功德，千二百舌功德，八百身功德，千二百意功德，以是功德庄严，六根皆令清净。……父母所生清净肉眼，见于三千大世界内外所有山林河海，下至阿鼻地狱，上至有顶，亦见其中一切众生及业因缘果报生处，悉知悉知。……以是清净意根乃闻一一偈一句，通达无量无边之义。”《普贤观经》云：“乐得六根清净者，当学是观。”《圆觉经》云：“心清净，眼根清净，耳根清净，鼻舌身意复如是。”《大智度论》云：“布施时，六根清净善欲心生。”
综上，“六根不净”即受六尘所染，与“六根清净”相反相对。