清代学术的代表是乾隆、嘉庆年间盛行一时的考据学。这一派学者称乾嘉学派。考据学或称朴学、汉学。表面上：当时中国一流的大学者们关心的是文字、音韵、版本、地理诸方面的琐碎考订，而在表象之下。则是中国传统文化的一次大变动。
清代考据学多被称为汉学，因为汉代学者重视利用实证方法研究儒家经典，与清代考据学有类似之处。宋代学者则注重义理之学，称为宋学，也称道学，他们以自己的学说解释儒家经典，在创立自身哲学的同时，破坏了经典的原始面貌和完整性，被清代考据学派鄙弃。
清初统治者实行严厉的措施控制知识分子的思想，知识分子自身也开始反思明末崇尚空谈的学风。究其原因，首先是由于明清易代之际政局不稳，统治者亟须重新整肃思想。第二，明中期以后文人结社、士大夫结党风气盛行，思想活跃，影响到封建统治的基础。明代盛行心学，士大夫平时袖手高谈心性，大敌当前却一筹莫展，清初一些思想家认为这些士大夫空虚不实，应该承担明亡的部分责任。第三，明中期以后中国国门逐渐打开，中国市场融入世界贸易体系之中，西方的思想、学术成果也经由传教士带人中国、引起知识分子的广泛兴趣。建立一些新兴学科如逻辑学、工程机械学等，西方有关天文、历算、地理等方面的最新成果同时传播到知识阶层。更重要的是，随着西学的传人，西方人的学术严谨求实的研究方法逐渐被接受。四书五经的研究仅作为哲学的一个分支而存在，地位有下降的危险。
清朝占据中原后，多次发布文告禁止文人结社，并且颁布禁海令，隔绝中国与海外诸国的自由交往，传教士或是被驱逐，或是圈居一地丧失了行动自由。西学的传播和研究受到限制，读书人重新回到埋头四书、五经的老路之中。同时，乾隆帝兴起的编修《四库全书》的文化工程需要四库馆臣们具有区分版本、辨别真伪、纠正错误的能力，而这些都是考据学的基础，官方的行动进一步推动了考据学的发展。在堵死学者们别的研究途径的同时，统治者唯独对考据学大开方便之门。
考据风气在明代中后期已露端倪。经过明末清初学术思想的调整，学者们对儒家经籍的研究已出现新盯趋势。以顾炎武、黄宗羲、胡渭、阎若璩等人为代表，他们批判空洞的理论，认为学术研究应该重视实证、经世致用，顾炎武提倡“舍经学无理学”，就是应从先秦儒家著人直接寻找理学源头，根本不提宋明理学。他的《日知录》是清代考据学的开山之作。
黄宗羲运用考据学的方法致力于开拓史学领域，不同于顾炎武的是，他经学、史学并重。他说：“问学者必先穷经，经术所以经世。不为迂儒，必兼读史。读史不多，无以证理之变化。多尔不求于心，则为俗学。”创立浙东史学派，得名的原因因为黄宗羲是余姚人，他的高足弟子万氏兄弟万斯选、万斯大、万斯同是宁波鄞县人。万斯同是《明史》的主要撰稿人，对所有问题一一加以考订。黄宗羲本人是明末儒学大师刘宗周的学生，既是经学大师，又是著名的史学家。他的著作同样代表了两方面的成就，如《明儒学案》、《二程学案》是思想史的著作、《易学象数论》是经学著作、《明史案》是史学著作。继承万氏兄弟并加以发扬光大的是全祖望与章学诚，全祖望七次校注《水经注》，章学诚认为“六经皆史也”，把儒家经典视为历史文献。
考据学在乾隆、嘉靖年间进入全盛期，代表人物为戴震、惠栋、段玉裁、王念孙王引之父子等人，分为皖派与吴派两大派，因为双方的领军人物戴震是安徽人，惠栋是江苏人。戴震身为四库馆臣，是文字音韵学的大家，他与徽州经学前辈江永，以及当时著名学者同为考据派大师的惠栋、钱大昕、王鸣盛等人是好朋友。戴震认为，经典的核心在于其中的“道”，阐明“道”的手段是词，词汇不外乎小学、文字。所以可由文字追溯语言，由语言直接了解古代圣人的心志。他的治学方法是先从文字学人手，从古书中校勘出正确的字，再求正确的音，然后对此字的义下一个正确的定义。他的著作如《孟子字义疏证》、《尔雅文字考》《声类表》等均是考证学派的代表作。戴震还是一位数学家，他从明成祖《永乐大典》中辑出当时已经散失的数学专著《孙子算经》、《九章算术》、《海岛算术》、《五曹算术》、《夏侯阳算经》。他自己的数学论著有《勾股割圜记》。戴震在把诸家作品收入《四库全书》时，也作了一番考订校释的工作，如宋朝人李如圭著《仪礼集释》，以东汉郑玄的注释为依据，戴震参考了唐代的石经，惠栋、沈大成的研究成果，改动十四个字，删去一百零六个字，增加二十四个字。戴震学生很多，其中有名者如王念孙、段玉裁、任大椿、孔广森、凌廷堪等人，都是考据学派的重要人物。段玉裁的《说文解字注》和王念孙的《广雅疏证》是代表了清代文字学的最高成就。王念孙之子王引之有《经传述闻》和《经传释词》，是读古籍必备的参考书，戴震及其传人在考据学的各方面均有建树。
吴派惠栋，弟子有江声、余萧客、沈彤等人，与王鸣盛、钱大昕等苏南学者联合成一个整体。惠栋绝意功名，只是秀才，继承父亲的学养，认为“凡古必真，凡汉皆好”，他专攻《易经》，出版了《周易述》、《易汉学》、《易例》等书。吴派弟子成就不及皖派。而王鸣盛、钱大昕、赵翼等人则卓然自成一家，他们批评戴震等人重视经学轻视史学，所作的《二十二史札记》、《十七史商榷》等书至今为中国古代文化研究者所必备。
考据学不仅得到朝廷的支持，一些朝廷官员也倾巨资赞助学者的工作。如阮元是一个著名人物，他历仕乾隆、嘉庆、道光三朝，除了本人是一位学者外，利用自己朝廷大员的身份，每到一地，注意培养人材，搜罗文献，编印了许多书籍，如《学海堂经解》，共搜集一百八十多种清人研究经学的作品，组织学者编成《十三经校勘记》。
道光年间，考证学走到末路，学者之间门户之见极深，考据陷入琐碎。考据应视为研究方法，但到清代后期，考据本身成为目的，对于别的学科一概斥之为“无本之学”。同时，注重义理阐释的“宋学”义理学派在清代同样得到继承，一些人或在理论中运用考据手法，将考据作为手段，或是批评“汉学”的主张，为义理学派辨护。
事实上，一些学者曾努力兼容考证学与义理学，如戴震的考据学名作《孟子字义疏证》，写作目的是为了正人心，澄清一些误人的“理”。通过考据语言，对《孟子》的考订，戴震建立了一套哲学学说。焦循（1763—1820）继承了戴震考据学与义理相结合的方法，创作《孟子正义》，考据作为学术研究的方法成为为义理服务的工具。他们不迷信先人对于儒家经籍的固有结论，用怀疑的态度看待先人的成果，在考证的基础上重新加以审视，通过考辨，经籍的原貌得以重现，导致对权威著作与权威学者的怀疑，如阎若璩《古文尚书疏证》考证出古文尚书是后人的伪作。严格考据使后世学者普遍养成科学、严谨的学风。西学有关天文、历数、文字学的最新成果也被吸收到儒家经籍的研究之中，西北史地、金石、诸子学等各专门学科成为新兴学科。
对经籍在各时代演变过程的考证，相当于重溯一遍中国古代文化的发展历程，这个重溯过程事实上成为对程朱理学的批判过程，在考据学家眼中，宋学的义理只代表道学家们的思想，丝毫不符合圣贤经典的原义，如毛奇龄就指出：“自孔孟不作，道学专行，圣道圣学，其不明于世者，越七百年于兹矣。”
道光以后，由于内忧外患加剧，知识分子担心国家的命运，龚自珍、魏源等新一代学者崛起，不满足于考据之学的流弊，考据学走向衰落。