袁世凯过了83天皇帝瘾后，被迫宣布取消帝制，但他还是千方百计以各种理由想保住大总统的位子。梁启超清楚地认识到，袁氏一日不除，资产阶级的立宪政治就一日不成，护国战争也就失去其目的。因此，他力主袁氏非下台不可。
梁启超要逼袁世凯下台，首先利用自己的特长，从舆论上着手。梁启超针对袁氏党徒伪造民意拥戴袁氏做皇帝的电文，写了一篇《袁政府伪造民意密电书后》，对袁氏政府弄虚作假，强奸民意的真面目，做了淋漓尽致的嘲讽、揭露和批判。不久，梁启超又发表一篇《袁世凯之解剖》，对袁世凯民国前后五年来言行进行总清算，对袁的本质进行大曝光。其揭露和批判，淋漓酣畅，入木三分。
同时，梁启超还着力从北洋集团内部下功夫。其重点自然是段祺瑞和冯国璋。早在云南起义之初，梁就暗中动员冯起义。帝制取消后，梁极力恭维吹捧冯，让其出面调解南北议和。冯国璋手握重兵，雄踞东南，早欲取袁而代之。梁启超想借助冯的力量逼袁退位，而冯也要挟护国军的力量增添倒袁本钱，双方在逼袁退位的问题上暂时联合起来。
北洋集团中另一举足轻重的人物是段祺瑞，他和冯国璋一样，早有揽北洋大权于一身的野心。帝制取消后，被袁世凯任命为国务卿，而袁对他并不信任，相反却被处处掣肘，更加深了段的不满。梁启超多方运动，鼓励段祺瑞立即起来反袁。经过一段时间的思量，段祺瑞终于同意迫袁退位。
其后，梁启超再次致电各省都督司令，重申非袁退位不能罢兵谈和，并奔上海与冯商谈迫袁退位问题。正在梁启超为迫袁退位而四处活动之时，6月6日，在反袁护国力量的沉重打击下早已羞愤成疾的袁世凯，终于气绝身亡。护国战争事实上停止了。
此时的国内政局异常复杂，各派系间的矛盾与纷争十分激烈。一方面，南北仍处于严重的武装对峙状态，南方要求北洋军撤回，恢复孙中山的民元约法，而以段祺瑞为首的北京政府却坚持武力统一政策，主张恢复袁世凯的民三约法。另一方面，北洋派和南方护国军内部也心怀异志，不尽统一。北洋派中段祺瑞成为最大的实力派之一，他利用身在京城，位居国务卿的有利地位，操纵北方局势，觊觎总统职位。而冯国璋位居东南，拥兵自重，他因和护国军联系较多，比较倾向于向南方做些妥协。副总统黎元洪也不愿放过做总统的好机会，对段的专横霸道心怀不满。护国阵营内部也矛盾重重，袁世凯死后，已经宣布独立的陕西、四川、广东就宣布取消独立，退出护国军阵营，以孙中山、黄兴为首的国民党主张扫除余孽，免除后患。而西南地方实力派唐继尧却把注意力集中到捞取地盘、扩充实力上。
面对这种复杂的局势，梁启超主张迅速全面结束战争，统一南北，稳定全局。袁氏死后的第三天，梁启超立即致电段、冯这两个北洋实力派人物和独立各省都督司令，督促他们速奉黎元洪依法继任大总统。奉黎为总统，梁启超是出于黎既不是北军的领袖，也不是南方的象征，有利于南北统一的考虑。几天后，梁启超拟妥了南方五省的和谈条件，立即电告独立各省，予以实行。
对结束战争统一南北，梁启超把希望寄托在当时国内最大的统治阶级当权派，以段祺瑞为首的北京政府身上。他认为段祺瑞是北洋的旗帜，求统一，自然要统一于北洋，统一于段祺瑞，并极力劝说南方拥护段的统一，同时梁还致电黎元洪，要求他让段出面组阁。为了屈从于北洋政府，促成早日统一，梁启超在惩办帝制祸首问题上由强硬到让步，还同意并实施了裁撤军务院。
至此，历时半年之久的护国战争以南北统一于以段祺瑞为首的北京政府宣告结束。
护国战争是继二次革命后又一次具有民主革命意义的战争，它推翻了袁世凯的“洪宪”帝制。梁启超作为战争的发动者和主要决策人，置个人生死于度外，南北奔走，运筹帷幄，对战争的顺利进行直到最后赢得胜利都起了举足轻重的作用。
但是，资产阶级改良派的政治品质使梁启超将胜利果实又拱手送给了另一个专制独裁者段祺瑞，战争的结局和梁在诱迫护国军对段祺瑞妥协、取消军务院等表现令人痛惜。
护国战争结束后，梁启超作为促成南北统一的大功臣，自然受到黎元洪和段祺瑞的极度礼遇。黎一再邀梁出任总统府秘书长。然而，梁启超此刻却不想再卷入政治漩涡，他决意弃政从教，拒绝了黎元洪的邀请。在对记者的答问时，梁提出要当“在野政治家”，第二次发出了他脱离政治的宣言。