就目前的情况而言，医学界尚未找到特效药物治疗方案。口腔损害十分顽固，远较皮肤损害难以治愈，若皮肤和口腔黏膜均有损害的病例同时进行治疗，人们常发现皮肤损害早已消失而口腔损害仍不见好转。有学者观察到，一些患者积极就医，医生认真诊治，但疗效却甚微；而有部分患者未进行任何治疗，损害却自行消失了。故而学者们认为此病部分病损经过一定的时间可能会自行消退。因此，对一些无自觉症状的患者，医师可暂不用药，进行临床观察，对有“恐癌症”患者，更应进行心理治疗，以消除他们紧张、焦虑的心理。
近年来，我们多采用以下措施为该病患者进行治疗。
（1）口服维生素甲酸（维甲酸）。该法对丘疹型扁平苔藓患者的治疗效果较好，每日口服维甲酸30mg，2～3周可见病损消退。颊部和舌部存在斑块损害者，则口服维甲酸30～60mg，5～7周可见病损消退。也有报道认为用维甲酸糊剂涂擦病损部位，每日两次，经4～6周，病损大多消退。此药不仅对角化过度有效，而且对糜烂型扁平苔藓也有较好的效果。此药虽有较好的疗效，但副作用亦不可忽视，口服3周以上或每日剂量超过30mg，患者可出现头痛，轻度腹泻，唇干，皲裂，头发脱落，肝功能损害等情况。局部治疗3周以上，治疗部位可出现炎性反应。国内还有报道用0.01%～0.02%维甲酸药膜或软膏局部应用治疗口腔扁平苔藓，此法也有较为满意的效果。若出现药物的副作用应在医生指导下减量或停药。
（2）用氯喹治疗口腔扁平苔藓。磷酸氯喹属4－氨基喹啉类衍生物，是治疗口腔扁平苔藓的常用药物，口服后在肠道吸收快而全，大部分在肝内代谢，小部分以原型经肾脏排除，具有抗组胺作用，可抑制血管渗透性亢进。氯喹剂量为0.25g/片，每次服半片，每日2次，30日为一疗程。饭后服用可以减少消化道副作用，若有效，则可在1个月后开始第2个疗程。氯喹常见的副作用有胃肠不适、耳鸣、头晕、皮肤瘙痒、视力障碍、白细胞下降等。若出现持续性耳鸣，则可能发展成不可逆转的耳聋。视力障碍为视网膜损害的先兆，最终会导致失明。因此在服药过程中应密切观察身体反应，若出现副作用应立即停药。大剂量长期口服者多出现以上副作用，改为小剂量继续给药是比较安全有效的，尽管如此，定期检查肝肾功能，血常规，听力视力是非常必要的。根据我们的临床经验，此药应谨慎使用。
（3）激素和免疫抑制剂及免疫增强剂治疗。这里我们所说的激素是指皮质类固醇激素，它是肾上腺皮质分泌所有激素的总称，属甾体化合物，临床多用半人工合成品。口腔扁平苔藓主要表现为慢性炎症，上皮细胞的损害可能与Ⅳ型变态反应有关，因此治疗口腔扁平苔藓时，医师们当然会考虑到使用激素。皮质类固醇激素根据其结构特点、分泌部位、生理作用的差别分为糖皮质激素和盐皮质激素，前者具有很强的抗炎作用，尤其适用于糜烂型扁平苔藓患者，用局部或系统治疗较其他疗法有效。但在长期大量使用皮质类固醇激素时，必须配合其他药物一起使用，以减轻皮质类固醇激素本身对人体所产生的副作用。除激素外，还可用影响机体免疫功能的药物，比如免疫抑制剂，其中有代表性的药物为硫唑嘌呤、硫酸氯喹、昆明山海棠、雷公藤。此类药物对由体液免疫亢进引起的免疫复合物型自身免疫特征者，有较好的疗效。免疫增强剂有螺旋霉素、胎盘脂多糖、丙种球蛋白、转移因子、免疫核糖核酸等，此类药物对免疫功能低下者有较好的疗效。
对于病情严重，局部涂药和口服药物效果不佳的糜烂型扁平苔藓患者，可采用黏膜损区基底部注射曲安奈德（去炎舒松－A）进行治疗。注射时一般加等量利多卡因做糜烂区基底注射，若病变范围广泛可分为2～3个注射点，每周1～2次。临床观察局部注射是行之有效的，通过局部抗炎，减少渗出物，可促进糜烂面愈合。一般注射5～10次，糜烂面即可痊愈。虽然可能复发但程度也会大大减轻，局部注射时必须准确注入病损区下方，保证没有回血，从而证实药物没有注入血管内。注射法其局部浓度高，起效快，但吸收较慢，再次注射疗效减弱，所以我们并不主张长期反复使用。
（4）中药。根据中医的辨证施治，常用祛风燥湿、清热解毒、清热凉血、活血化淤等法，组方用药。中药有一定的疗效，病程长久者辨证多为肝肾阴虚，脾湿不运，可采用滋补肝肾，健脾利湿法，组方用药。局部可涂擦锡类散。
（5）激光、冷冻治疗。
激光疗法对糜烂型口腔扁平苔藓有效，常用的方法有如下2种。
1）氦氖激光散焦照射。输出功率为10～100mW/cm2.治疗时常用功率为20～50mW/cm2，将光束对准病变部位每次30秒至5分钟。如使用纤维光束导光，则照射10～15分钟/次，每日或隔日一次。6～10次为一疗程。
2）低功率二氧化碳激光照射。激光束对准病变区以有微热感为度，10～20分钟/次，每日或隔日一次，6～10次为一疗程。在使用激光时应注意，不得变更激光治疗种类或开大功率，注意眼睛的防护，严禁直视激光束。
激光的生物学效应主要有热效应、压力效应、光效应与电池效应。激光对皮肤黏膜有消炎、消肿、止痛、止痒、抑制渗出、促进结缔组织和上皮的正常代谢、调节血管神经功能、降低变态反应性等作用。激光疗法对糜烂型扁平苔藓患者有效。
3）临床上常用的制冷剂是液氮（－195℃）。液氮温度低，不易燃。使用方法有喷射法和冷冻头接触法两种。治疗口腔糜烂型扁平苔藓患者时可用棉签蘸液氮置于病变区，因在冻融阶段会发生疼痛，可以在治疗前行局部麻醉，病损愈合后留有轻度瘢痕。冷冻疗法可作为药物治疗无效时的一种选择，冷冻时应注意保护邻近的正常组织，避免发生冻伤。冷冻时间应严格控制。
（6）手术。在一般情况下，对口腔扁平苔藓患者不宜采用外科手术的方法进行治疗，但对有恶变倾向或已经恶变的口腔扁平苔藓患者主张手术切除患处，但在术前或术后应配合化疗或放疗。
口腔扁平苔藓的治疗方法较多，应根据患者的具体情况进行选择，更应注意巩固疗效。目前，多采用综合疗法，全面进行治疗，这样的效果更好。