在1700年前后的世纪转换之际，莱布尼茨热心地从事于科学院的筹划、建设事务。他提出了在美因茨、汉诺威、汉堡和波兰建立科学院的试验性计划，并对在柏林、德累斯顿、维也纳和圣彼得堡建立科学院提出了具体建议。他竭力倡导集中人才研究学术、文化和工程技术，以促进社会生产，指导社会发展。
从1695年起，他就开始为在柏林建立科学院四处奔波。以柏林为其计划的目标，是因为他寻找到了一位重要的庇护人，勃兰登堡选帝侯之妻苏菲·夏洛特。她是汉诺威选帝侯恩斯特·奥古斯特与苏菲之女，而其母苏菲是莱布尼茨哲学的热情崇拜者。勃兰登堡选帝侯（夏洛特之夫）后来于1701年当上普鲁士国王，即著名的弗里德里希一世（1657～1713）。苏菲·夏洛特十分支持莱布尼茨在柏林创办科学院，并于1698年邀请他亲赴柏林，将自己最好的办公室让给莱布尼茨这位来自父母宫廷的学者使用。这是莱布尼茨第一次来柏林。他利用苏菲·夏洛特提供的便利条件及勃兰登堡选帝侯夫妇的声望，广为宣传，积极游说，争取人们的支持。1700年，他被第二次邀请前往柏林，正是在这一年他在柏林期间，勃兰登堡选帝侯对建立柏林科学院的计划给予了决定性的支持，甚至对拟建一座天文台、一座图书馆的想法也表示予以支持。
1700年，在莱布尼茨的努力下，柏林科学院建立起来了。他出任首任院长直至去世。由于他奔波于各个王室之间，无法对柏林科学院投入很多的精力，致使柏林科学院办得不如英国皇家学会、法国科学院那样成功，但总的来说在当时的德意志还是很不错的。柏林科学院定期开会讨论有关的科学论文。1710年，该院用拉丁文出版了《柏林科学院集刊》第一卷，共收入涉及数学、自然科学的论文58篇，其中有莱布尼茨本人的创造性科学论文12篇，在科学史上具有相当高的价值。可是其他的文章却水平不高，令莱布尼茨颇感失望。苏菲·夏洛特于1705年逝世后，柏林科学院得到的支持与资助越来越少了。莱布尼茨于1711年对柏林的最后一次访问之后，柏林科学院的活动暂告一段落。尽管如此，柏林科学院提高了普鲁士的地位，后来又得以再次复兴，成为德意志重要的科学研究基地。莱布尼茨作为柏林科学院的创始人功不可没。
1700年2月，因为在数学、自然科学方面的突出成就，莱布尼茨被选为法国科学院院士，这对于曾经想在法国从事研究事业的莱布尼茨来说，的确是一个荣誉。
莱布尼茨在普鲁士创建柏林科学院的初步成功，使他想说服自己故乡的萨克森公国选帝侯在德累斯顿建立一个科学院，在1703年至1704年间，他到萨克森公国游说，可是这一提议始终未获得萨克森宫廷议会的支持。与此同时，他还在多处游说设立科学院。在维也纳，他的努力获得了部分的成功，维也纳皇帝在1713年初授予他帝国顾问的职位。据传还封他为男爵，邀请他指导正在筹建的维也纳科学院。由于种种原因，维也纳科学院直到莱布尼茨逝世也没能建起来。
莱布尼茨从1711年起，对俄国沙皇彼得大帝（1672～1725）的雄才大略十分钦佩，并有意识地接近沙皇。1711年10月14日，彼得大帝的儿子（皇太子）阿列克谢的婚礼在托尔甘纳举行，得知彼得大帝参加的消息后，莱布尼茨也来到了托尔甘纳，诚如他自己写的那样：“我到托尔甘纳去，与其说是为了观看婚礼，不如说是为了看看杰出的俄国沙皇。这位伟大君王的才华是很出众的。”的确，在1711年直至莱布尼茨去世的1716年，当彼得大帝三次到欧洲出访时，他都设法拜见，并劝说这位俄国沙皇在圣彼得堡建立科学院。莱布尼茨的建议对彼得大帝产生了积极的影响。1712年，彼得大帝任命他为彼得堡宫廷秘密顾问官。这是一个有薪水的数学和科学顾问的职务，并支持一些有关的科学研究计划。虽然直至莱布尼茨去世，彼得堡科学院未能建立起来，但他提出的计划一直在施行，后来在1724年终于建立了彼得堡科学院。这就是20世纪很有影响的世界科研机构——苏联科学院——俄罗斯科学院的前身。科学史家们在描述苏联科学院（俄罗斯科学院）的历史时，都不会忘记莱布尼茨在其奠基时期的作用。
由于莱布尼茨在创建和计划筹建柏林、维也纳、彼得堡科学院的过程中，都不同程度地受到了各自宫廷的礼遇，在1712～1713年左右，他同时被五个不同的王室雇佣，在五个王室宫廷中领取薪水。这在一定程度上反映了他的杰出才能。