目前，强迫症病因尚不明确，对于强迫症的发病机制有多种解释。巴甫洛夫学派认为，在强烈情感体验影响下，大脑皮质兴奋或抑制过程中，过度紧张或相互冲突形成孤立的病理惰性兴奋灶，是强迫观念的病理生理基础；心理动力学派认为，强迫症状来源于被压抑的攻击性冲动或性欲望；还有人用学习理论解释强迫观念是，激发焦虑的刺激与该观念间建立条件联系的结果；还有研究认为，扣带回活动过度可能与强迫症的发生有关，但尚缺少扣带回的结构或功能改变的直接证据；另一些研究表明，强迫症患者的神经-内分泌系统功能紊乱，造成神经递质失衡，从而出现各种强迫症状。我们的大脑之所以能够实现各种生理功能，主要是通过各种不同神经递质的传递来实现，神经递质就好比是邮递员，不同的邮递员传递不同的信息，发挥着各种不同的生理功能。研究发现，强迫症患者体内往往会有5-羟色胺、多巴胺及中枢谷氨酸能神经元功能障碍，而抗强迫药可使失衡的神经递质趋向正常，从而使强迫症状改善。
还有研究认为，强迫症与遗传及患者的个性特点紧密相关，如强迫性人格特征是胆小怕事，谨小慎微，优柔寡断，严肃古板，办事井井有条，力求一丝不苟，注重细节，酷爱清洁等，具备这些不良个性基础易患强迫症。临床上也观察到，约2/3的强迫症患者在发病前存在有强迫性人格。家系调查发现，患者的父母中有5%～7%的人患有强迫症或其他精神障碍，远远较普通人群高。由于人格特征主要受遗传的影响，而人格特征又在强迫症的发病中起一定作用，因此也说明强迫症与遗传有关。此外，上海调查资料发现，35%的强迫症患者在得病前有精神因素，强烈或持久的精神因素作用及强烈的情绪体验的影响往往是此病发生的直接原因。凡能造成长期思想紧张、焦虑不安的社会心理因素或带来沉重精神打击的意外事故，也是强迫症的诱发因素。虽然这些解释不同，但现有研究表明，遗传因素、神经内分泌、脑功能改变、强迫人格特征及心理社会因素在强迫症发病中都起着重要作用。