元至正十八年（1358）冬十一月，朱元璋第三子出生，即后来的晋王朱棡。官方史书记载，太子朱标、秦王樉、晋王棡、燕王棣、周王橚及宁国公主、安庆公主皆为马皇后所生，《玉牒》亦如此记载。
但有史记载，马皇后“皆以妃子为己子”。明“南京太常寺志亦明载懿文太子朱标及秦王朱樉、晋王朱棡为李妃生。于燕王朱棣，记载为硕妃生。当时姓李氏封贤妃者二，封淑妃者一”。按，李氏其一为扬州卫指挥之女李贤妃，“妃事上有礼，抚下有恩，遇事有断，内政悉委之”。洪武三十一年（1398），朱元璋崩前对其曰：“若朝夕左右，已愈一纪。”一纪为十二年，据此推算，此妃入宫当在洪武十九年（1386）前后。显然，标、棡并非此李贤妃所生。另一李氏为小李贤妃，乃元璋杀充妃胡氏（楚昭王桢之母）后所纳，也可排除在外。又一李淑妃，“洪武十七年（1384）冬十月丙寅，册广武卫指挥佥事李杰女为淑妃”（《太祖实录》），“册淑妃李氏摄宫中事”（《国榷》）。显然，此李淑妃也可排除在外，或另有李妃者亦未可知。据《明书·同姓诸王列传》记曰：“恭王棡，高皇帝第三子，马皇后出，或曰李贞妃子。”李贞妃无考，或失记，或有所讳记。此种情形并非独列。如朱元璋尚有永贵妃、汪贵妃，见于《太祖实录》，马皇后亡后曾以二妃及成穆贵妃殉葬，但各史均缺载。
周王橚母或为孙贵妃，“洪武七年亡，令橚主丧，服慈母三年丧”。晋、燕、周三王之母非马皇后所出，显而易见。至于朱棣，“《太常诗志》记其为硕妃所生，在寝庙之中，硕妃一主侧立御座之西，东则列诸妃以下”。专列硕妃于御座之西，必定有其缘由。朱棣虽有权明其所出，但其皇位要托皇后以自亲自重，毕竟皇后嫡子身份优于寻常妃所出诸王，但他单列硕妃，显然已明其实出于硕妃，义与情俱照顾到了。（以上引文见清查继佐《明书》等）
从太子标及樉、棡、棣、橚五人出生时间也颇有疑。
朱标，元至正十五年（1355）八月出生。
朱樉，元至正十六年（1356）十一月出生。
朱棡，元至正十八年（1358）四月出生。
朱棣，元至正二十年（1360）四月出生。
朱橚，元至正二十一年（1361）七月出生。
在前后不到六年时间里连产五子。且朱标、朱樉之间相差十五个月，朱棣、朱橚亦相差十五个月。马皇后生于元至顺三年（1332），元至正十二年（1352）二十一岁时归朱元璋，此时正处在生育高峰期，从生理讲生此五子并非不可能。但当时朱元璋军旅繁忙，与马氏聚少离多，如此密集生育集于马氏一人之身，这就不能不令人生疑。
正是因为朱元璋一至五子出生疑点重重，而官方记载又讳莫如深，在明代就引起了种种猜测。明无名氏《天潢玉牒》曰：“洪武三十一年闰五月十日，上崩于西宫，淑妃李氏殉葬……皇子二十四人。第四子今上、第五子周王高后所生也。长懿文太子，第二子秦愍王，第三子晋恭王，诸母所生也……”朱元璋有26子，此记24子，误。文中曰“第四子今上”，可知此书撰于朱棣在位之时。《革除遗事》记载则谓：懿文太子、秦、晋、周王为高皇后生，而太宗（朱棣）为达妃子。《皇明世系》谓：太宗、周王为高皇后所生，而懿文太子、秦、晋为诸妃子。尽管这些记载不一，未必属实，但却反映出晋王朱棡及朱标、朱樉、朱棣、朱橚生母确是一个谜。
朱棡自洪武三年（1370）封晋王至洪武三十一年（1398）离世，在位二十八年，其死亦有诸多疑点。
在朱棡死之前，懿文太子朱标于洪武二十五年（1392）四月丙子亡，年三十九。事后有评议曰：“高皇识洞天人，讵不知此废彼兴而立法垂后，示万世则？太子四月薨，九月遂立建文为皇太孙。呜呼，难言哉！”“难言”二字确有发人深省之处。
洪武二十八年（1395）三月癸丑，秦王樉亦亡，年四十。当年四月即命世子朱尚炳嗣秦王。
晋王朱棡卒于洪武三十一年（1398）三月己未。诸史记载其死因是忧郁而死，其忧郁起因则是燕王朱棣经常在皇帝前说他的坏话。“忧郁而死”源于经过三次修改的《太祖实录》。而《实录》不实，史家对此多有诟病。明沈德符在其《万历野获编·实录难据》中对《明实录》有深刻评述：“本朝无国史，以列帝实录为史，已属纰漏。乃《太祖实录》凡经三修，当时开国功臣状猷伟略，稍不为靖难归伏诸公所喜者，俱被刬削。建文帝一朝四年，荡灭无遗，后人搜括捃拾，百千之一二耳。景帝事虽附英宗录中，其政令尚可考见，但曲笔为多。至于兴献帝以藩邸追崇，亦修实录，何为者哉！”《太祖实录》从建文朝到成祖前后凡经三修。尤其成祖即位之后，就令李景隆等修《太祖实录》，十年后又一次修改。在某些史实上，真实性大打折扣。
就在朱棡死亡的前一年，尚有长时间征战活动。洪武三十年（1397）五月，晋王奉敕训练士马，统兵出塞防御。六月，深入开平以北数百里。此次出征，燕王朱棣亦统兵同行。说明其身体康壮，为何数月之间晋王就因病而亡呢？
朱棡死后，《太祖实录》记载曰：“上哀恸，辍朝三日，赐谥册曰：‘朕惟先王之典，生有名，殁有谥，所以彰其德，表其行也。曩者封建诸子，王尔于晋，为国藩屏，与兹有年。迩者因疾永逝，特尊古典，赐谥曰恭。呜呼！谥法者古今之公议，不可废也。尔其有知，服斯宠命册室……’”
还有可疑之处是，朱棡坟茔占地破例为800亩。按明制，亲王坟茔占地50亩，且不许占用民田。朱棡死后，晋世子济熺将葬恭王，欲得民地1100亩为寝园，上奏朝廷。朱元璋破例批准“以八百亩为限，而以附近官地馈民，仍量地多寡给钞加赐之”。以朱元璋多疑严酷，朱济熺竟敢冒犯祖训祖制而请坟地1100亩，朱元璋非但未做训诫，而破例批准800亩，为定制的16倍。朱元璋如此一反定制，不得不令人疑惑朱棡之死别有缘由。
明代即有人怀疑其死因。王世贞《史乘考误》曾言：“高帝末年，大将有功名者诛戮殆尽，而秦、晋二邸亦先薨逝，无非授文皇为祛除之地耳。史之曲讳甚多，不可枚举。”这一论断，自应有理。