雍正年间，清政府在西南大部地区废止当地各少数民族中普遍实行的世袭土司制度，按内地制度重新建立行政区划，委派有任期的“流官”进行直接治理，大大加强了中央政府对这些地区的控制，史称“改土归流”。
自元代以来，中央王朝一直在我国西南部云南、贵州、广西、四川、湖南等地苗、瑶、壮、白、彝、藏等少数民族聚居地区推行土司制度。土司制度是中央政府对这些地区在实现了军事征服或政治征服之后，推行“羁縻”政策所产生的一种特殊统治制度，是与当地少数民族经济落后，社会发展水平低下相适应的。根据不同地区的实际情况，土司制度又分为土司、土官两种。土司是指由当地少数民族首领组成世袭的宣慰司、宣抚司、安抚司、镇抚司、长官司等，虽然接受中央王朝封赐的官爵名号，但因其治区的土地和人民均归其所有，故实际上属于割据一方的地方政权。土官指按内地行政制度设立府、州、厅、县等地方机构，委派当地少数民族首领、头人等担任土知府、土知州等等，往往也是具土官之名，行土司之实。随着西南各少数民族地区社会经济的不断发展，与中原地区政治、经济、文化各方面联系的日益加强，土司制度越来越成为当地生产发展和社会进步的阻碍，更不利于多民族国家的统一。因此，自明代开始，中央政府即在一些条件成熟的地区推行改土归流政策，但规模很小，影响不大，未能造成整个西南少数民族地区行政制度的重大变化。一些土司辖地数百里，拥兵以万计，对治区人民残酷压榨，疯狂掠夺，有些地区虽已实行了改土归流，但由于土司制度根深蒂固，仍是“土目盘踞，文武官寓省城，膏腴四百里无人敢垦”。
明末清初以来，中原地区与边远地方的联系进一步密切，特别是大批汉族人民进入西南少数民族地区进行屯垦，带去了先进的生产技术和生活方式，对当地落后的土司制度起了巨大的冲击作用，使越来越多的人要求脱离土司制度的束缚。但由于清初中央政府忙于国家的统一和抵抗沙俄入侵，一时无暇顾及西南地区土司制度的改革，使土司制度得以沿袭下来。雍正年间，清廷统治力量大为增强，初步解决了北方的民族叛乱和沙俄入侵问题，立刻开始对西南少数民族地区进行大规模改土归流。雍正四年（1726年），云贵总督鄂尔泰上疏请求将原属四川的东川、乌蒙、镇雄三大土府就近划归云南，实行改土归流，随即在云南、贵州、四川、广西、湖南等广大地区普通推行。由清朝政府分别设置府、厅、州、县等行政机构，派有任期、非世袭的流官进行治理，大大加强了中央政府对该地区的控制。在推行改土归流过程中，主持其事的鄂尔泰等人针对各地的不同情况分别采取了和平招抚和武力镇压两种手法。大致看来，广西、四川、湖南等地多以招抚为主，而在云南、贵州两省，则曾大规模武力镇压。
贵州为苗族聚居地区，清王朝统治较为薄弱。雍正四年（1726年），清军进攻广顺府长寨等地，镇压了当地苗民的反抗，强迫其剃发易服，并力行保甲，稽查户口，又乘胜招抚了广顺、今惠水、镇宁、今镇宁、永丰、安顺等地1000余处苗寨。随即，清军进兵黔东苗岭山脉和清江、都江流域苗疆，相继占领古州（今榕江）、台拱（今台江）、清江（今剑河）、都江、丹江（今雷山）、八寨（今丹寨）等地，讨伐了不肯降服的苗寨，设官管辖，驻兵镇守，从而开辟了通向湖南、广东的水陆交通。但是，由于清廷派驻当地的文武官员肆意欺压苗民，敲榨勒索，引起广大苗族人民的强烈不满。雍正十三年（1735年），清江、台拱地区苗民奋起反抗清王朝的残暴统治，攻陷凯里、黄平州，震动了整个苗疆。清廷派刑部尚书张照率兵前往镇压。张照一向反对鄂尔泰等人推行的改土归流政策，又不懂军事，以致旷日持久，师劳无功。刚刚即位不久的乾隆帝下令罢免张照，改派以前平苗有功的张广泗前往贵州负责苗疆事务。张广泗分兵三路，对各地生、熟苗民进行大肆屠戮，焚毁苗寨1200余处，擒斩苗民数万人，镇压了当地苗民的反抗斗争，并在贵州各地强行改土归流，加强了清王朝对该地区的统治。
云南是土司势力较强大的地区。一些顽固的土司、土官，为维护其传统的世袭统治地位和种种特权，极力反对清政府的改土归流政策，甚至不惜发动武装叛乱。雍正八年（1730年），乌蒙（今云南昭通）土司禄鼎坤利用当地彝民对镇守乌蒙的清军总兵刘起元贪污暴戾、军纪败坏的不满情绪，率其族人禄鼎新、禄万福等发动叛乱，杀死刘起元，攻陷乌蒙，周围东川（今云南会泽）、镇雄、威宁等地大小土司、土目纷纷响应。叛乱者袭杀塘兵，劫夺粮运，拆毁桥梁，阻断要隘，给正在进行的改土归流造成极大破坏。鄂尔泰调集清军一万余人，分兵三路进行镇压：鄂尔泰亲自督阵，经过激烈战斗，终于将叛乱镇压下去，保证了当地改土归流的顺利进行。在滇南，清廷革除了镇沅、沾益州、赭乐、威远、广南等地的土司、土目，派同知刘洪度暂客镇沅府事务。土目刀如珍不肯交出所占民田，煽动当地彝民杀死刘洪度，发动叛乱。清廷派兵镇压，将已革土司、土目全部徙往外省安置，然后进军澜沧江下游，连破险隘，直抵孟养，除江外车里等地土司依然保留外，其余全部改流，升普洱为府，驻兵防守。
清王朝在西南少数民族地区普遍推行的改土归流制度，限制和部队消除了各地土司的割据势力和特权，加强了中央政府对西南少数民族地区的控制，有利于当地的经济发展和社会进步，密切了各族人民之间的经济、文化交流，巩固了多民族国家的统一。但是，由于清政府的民族压迫和民族歧视政策，特别是在平定土司叛乱过程中对各地人民的残酷屠戮，也给各少数民族人民带来了巨大的灾难。
军机处的设立
清初承明朝旧制，“章疏票拟，主之内阁。军国机要，主之议政处”。至雍正年间，因与准噶尔部作战，往返战报频繁，而内阁距内廷过远，不能亲授机宜，为紧急处理西北军务，始左隆宗门内设立“军需房”，亦称“军机房”。挑选内阁中谨慎可靠的官员办理机密事务。雍正七年（1729年），任命怡亲王允祥，大学士蒋廷锡、张廷玉办理事务。次年添设军机章京。雍正十年（1732年）三月，设“办理军机处”，简称“军机处”。
军机处初设时所掌仅限军事，其后事权逐渐扩大，总职掌为“掌军国大政，以赞机务”，具体职权则既重要，又广泛。其作为皇帝私人的工作班子，直接听命于皇帝，“常日值禁廷以待召见”，拟定皇帝发布的谕旨，办理皇帝交议的大政，审办大狱案件，奏补文武官员，考查行军之山川道里与兵马钱粮，查考大典礼旧案与考证历史事件，等等。并兼管方略馆和内翻书房。所谓“军国大计，罔不总揽”。且在京各衙门，唯军机处不在十五道稽察之内。故此，军机处在清代国家机关中，虽居于内阁之下，其实权却已超越内阁。军机处的设立，实质在于分内阁之权，以利于皇帝集权独裁，是为统治者加强君权的一种措施。
军机处作为封建专制主义中央集权高度发展的产物，其特点为处理政务迅速而机密，但自身无独立性。军机处起草的谕旨，先下内阁，以次及于部院，层层下达者称“明发”；不经内阁，由军机处封缄严密，驿马传递，直达督抚者为“廷寄”，其主要传送重要机密事件，据缓急分为日行三、四、五、六百里或八百里。地方督抚的奏折亦直接送军机处直达皇帝。“廷寄”制度的建立，使皇帝的意志得以毫无阻碍直达地方，进一步加强了中央和地方的联系。军机处为办理机务，承写密旨之地，关防严密。军机处虽然地位显赫，但须绝对听命附属于皇帝，没有丝毫独立行动和决策的余地。军机处的组织形式也很特别，既无官署（仅有值房），又无专官（均为兼职），亦无属吏，为非独立、非正式的衙门。
军机处职官有军机大臣（俗称“大军机”，又称“枢臣”）、军机章京（俗称“小军机”，又称“枢曹”），都是兼职。军机大臣由皇帝从满、汉大学士、尚书、侍郎、京堂（院、寺等衙门堂官）中特选，或由军机章京升任，其权超越大学士。军机章京初无定额，由军机大臣在内阁中书及六部司员中传取任用。随军机处事权的扩大，成为“天下政务之总汇”，清统治者为避免“君权旁落”，采取了一些限制方法，以掣其权。如军机处印信收藏于“大内”，凡有应用印之官文书，须由值日章京亲到内奏事太监处“请印”，用毕即行送还。
军机处在其沿革中曾有反复。雍正十三年（1735年），弘历帝即位，于当年十月废军机处，改设“总理事务处”。原办理军机事务的大臣，有的改“协办总理事务”，有的回本任。乾隆二年（1737年）十一月，弘历又谕令大学士鄂尔泰等仍办理国机事务。军机处停两年后至此恢复，总理事务处废除。嘉庆年间，军机处更加巩固，职权日益发展，以至修会典时，将其列为正式机关。直至光绪二十七年（1901年），另设督办政务处，略分军机处之职。到宣统三年（1911年）四月，改设责任内阁，执政一百八十余年的军机处始告废止。
清王朝的中枢机构，由最初的议政大臣会议为最高中枢机构，到顺治年间设立内阁，辅助皇帝处理政务，削弱王公贵族权力，再到康熙时设立南书房，作为皇帝处理政务的机要秘书班子拟写谕旨，发布政令。压抑阁权，直至雍正时期设立军机处，掌握军国大政。内阁宰辅，名存实无；以及雍正元年（1723年）将掌勘察官府公事的吏、户、礼、兵、刑、工六科隶属于中央监察机关都察院，取消六科奏事中负责封驳皇帝诏旨的职权，都察院六科给事中和十五道监察御史（清末增至二十二道）合称“科道”，分别负责对京内外官吏的监察和弹劾，使自唐朝以来封国家监察机关“台”、“涑”并列局面合而为一，专制皇权不断得到加强，将以皇权为核心的清代封建专制主义推上了历史的最高峰。
《四库全书》
清代统治者自入关后很重视搜集和编纂古代典籍，顺治、康熙、雍正时期编修书籍甚多，其中如大型类书《古今图书集成》，荟萃群书，融贯古今，有一万卷之巨。到乾隆年间，清朝进入鼎盛阶段，国家富足，社会也较为安定，为更大规模的书籍编纂工作提供了条件。
乾隆三十七年（1772年）正月，乾隆帝谕令全国各省官员广泛搜集前代遗书和本朝人的著作。谕令说：“今内府藏书，插架不为不富。然古今以来著作之手，无虑数千百家，或逸在名山，未登柱史，正宜及时采集，汇送京师，以彰千古同文之盛。其令直省督抚会同学政等，通饬所属，加意购访。”谕令下达后，安徽学政朱筠于十一月提出了搜访校录书籍的四条建议：一是抓紧搜集罕见的旧刻本和抄本；二是充分利用皇家藏书，公布内廷藏书目录，并组织人员从内廷收藏的残本《永乐大典》中辑录佚书；三是著录与校勘并重；四是对于金石、图谱，也要留心搜集。朱筠的建议引起了乾隆帝的重视，交军机大臣讨论后决定：选派翰林官员开馆编辑自《永乐大典》中辑出的佚书与各省采进的书籍，成书后总名《四库全书》。
《四库全书》在乾隆三十八年（1773年）二月正式开馆，馆址设在北京东安门外的翰林院。四库全书馆设有正、副总裁，总纂官、总阅官、总校官、纂修官，以及提调官、监督官、监造官等。在前后九年时间里，正式任命的纂修官员先后共计360人，此外还征用了大量的抄写人员和勤杂人员，四库全书馆里聚集了全国最有名望的专家学者，人才济济，极一时之盛。其中最为著名的有纪昀、戴震等人。
纪昀是直隶献县人，才思敏捷，学问渊通，自开馆即充任总纂官，与修书活动相始终，对《四库全书》的编纂工作出力最多。全书的体例、分类和各种类中书籍的排列次序等都是由纪昀一手确定。他把一生精力备注于《四库提要》及《目录》之中，“凡六经传注之得失，诸史之异同，子集之支分派别，罔不抉奥提纲，溯源彻委”，编成《四库全书总目》二百卷，成为目录学史上总结性的著作。由于他在编纂《四库全书》工作中做出的巨大贡献和表现出的卓越才华，纪昀被人称作“一代文宗”。
充任纂修官的戴震是极负盛名的汉学大师，皖派领袖，以举人身份而蒙特召人馆，负责辑校《永乐大典》中的佚书和校勘古籍。他的学问根基深厚，馆中其他人遇有疑难，经常向他求教，戴震在馆数年，晨夕披检，靡间寒暑，辑出久已亡佚不传的《算经五书》，并且校订整理了《水经注》、《仪礼集释》等大量古籍，为《四库全书》的修纂做出了突出的贡献。由于积劳成疾，戴震于乾隆四十二年（1777年）于馆中逝世。
为了编纂《四库全书》，清廷进行了大规模的征集图书的工作。自乾隆三十七年至四十三年（1772年至1778年），乾隆帝多次下诏访求图书，自各地征集到的图书总数达13000多种，其中有许多是举世罕见的珍本秘籍。这些书籍大部分征自文化特别发达的浙江地区，当地的一些著名藏书家，如扬州马裕、宁波范懋柱等人，进献图书都在六百种以上。这样一次规模空前的征集图书活动为《四库全书》的纂修提供了丰富的基础材料。
在征集到的大量图书中，包括一部分不利于清朝统治者的文字，特别是明清之际的一些野史稗乘，颇多“违碍悖逆”之词。乾隆帝征集图书，修纂《四库全书》，目的在于巩固其统治，对这些不利于其统治的书籍当然不会等闲视之，因而在乾隆三十九年（1774年）八月，就谕令四库馆和各省官员，一定要趁此征书之机，大力查禁一切违碍图书，尽数销毁。其时文字狱正盛，各处官员对禁书之令不敢怠慢，于是在征书的同时，又大肆收缴禁书，经过十几年的时间，查缴禁书竟达3000多种，15万多部，而且查禁的范围不但包括明末清初的稗官野史，还包括许多学士文人的文集、笔记、奏疏以及剧作曲本，甚至一些宋、元时代有关抗击辽、金、元兵的作品也遭到毁禁。在编纂《四库全书》的过程中，还根据乾隆帝的指示，对许多古籍中一些“违碍”的章节、段落和字句进行了削删窜改，使得一些珍贵典籍面目全非。