帝师一职，位高权重。自八思巴之后嗣帝师者，例领宣政院事，秩从一品，赐玉印。忽必烈以后元朝历代皇帝即位之初，都从帝师受佛戒。即位之后，要专门对帝师“降诏褒护”。其诏书络珍珠为字，被称作“珠诏”。平日百官上朝，排班列队，皇帝座旁为帝师设有专座。帝师的号令被称做法旨，通行于全国各地佛寺。皇帝对藏族地区发布的诏书，例由帝师副署。帝师出行，皇帝往往派大臣迎送，甚至用皇帝的半副仪仗为其开路导行。帝师生前备受尊崇，死后也享尽哀荣。以首任帝师八思巴为例，至元十七年（1280年）他去世后，被加封为“皇天之下一人之上开教宣文辅治大圣至德者沈真智佑国如意大宝法王西天佛子大元帝师”。忽必烈为他在京城修建真身舍利塔。元英宗时（1321～1324年），“诏各郡建帝师八思巴殿，其制视孔子庙有加”。元泰定帝时（1321～1328年），又“绘帝师八思巴像十一，颁各行省，俾塑祀之”。元世祖敕令重修的《百丈清规》中列举元代重大佛事，佛诞、佛涅槃与帝师涅槃并提。帝师在元朝统治者的心目中，地位几乎与佛祖释迦牟尼相等。
帝师既受到元帝的尊崇，也对元帝负有一定的职责和义务，所以仍是元朝中央政府中的一名高级官员。作为宣政院最高负责人，帝师负责向皇帝举荐该院“居第二者”的宣政院使及以下各级官员。全国藏族地区所设三个宣慰使司都元帅府中的高级官员，如宣慰都使元帅、元帅、万户等，须经帝师或宣政院提名，然后由皇帝任命。元朝以萨迦本钦统领卫藏十三万户，对本钦的任免也要根据帝师的提名。此外，帝师作为皇帝在佛教方面的老师，要负责向皇帝传授佛法、授戒、为皇帝举行灌顶仪式，还要为后妃、皇子等皇室成员授戒。帝师统领天下僧尼，掌管全国佛教事务，要遵照皇帝的旨意主持佛事、弘扬佛教、为在位皇帝祈寿延年，为已故皇帝资祈冥福，祈祷国泰民安、风调雨顺。因帝师承担如此重任，故不可或缺。凡遇帝师因故暂离京师，皇帝即另委一人担任此职。至元十三年（1276年），八思巴奉旨返藏，忽必烈即委任他的弟弟仁钦坚赞接任帝师。至元二十三年（1286年）帝师达玛巴拉受命返藏主持西藏政务，忽必烈又任命八思巴的弟子意希仁钦接替他出任帝师。当时新任命的帝师年纪幼小，实权则操于宣政院使手中。
元朝前期实行扶植和倚重萨迦派僧人的政策，前后任命的十几位帝师中，除二三人身世不详外，其余均属萨迦昆氏家族，也就是萨班或八思巴的弟子、再传弟子。元朝末年，萨迦派在与其他教派势力的斗争中失败，其在西藏的统治地位为帕竹噶举派所取代，再加上元皇室对藏传佛教的信仰渐由萨迦派转为噶举派，由萨迦派僧人所出任的帝师一职于是形同虚设。元顺帝时的最后一任摄帝喃加巴藏卜，于明洪武五年（1372年）以藏族地区前元朝高级藏族官员的身份归降明朝，第二年，被明朝封为炽盛佛宝国师。他先后举荐的旧元官员百余人，均蒙洪武帝授以官职。元朝覆亡后，明清两朝均不再设帝师一职。
重修大运河
元灭南宋后，仍利用隋唐运河旧道转运漕粮，路线大致是：由长江辗转入淮，逆黄河上达中滦旱站（今河南封丘西南），陆运180里至淇门（今河南浚县西南），入御河（今卫河），水运至大都。因运河河道多有壅塞，水陆转运颇多不便，而海上运路往往风信失时，也多倾覆，于是元朝政府着手组织对大运河的修凿。
至元十三年（1276年）始凿济州河。至元十七年（1280年），疏通通州运河。至元十八年至二十年（1281—1283年），由奥鲁赤主持引汶水、泗水，从济州（今山东济宁）西北到须城安山（今山东东平西南）长150多里的济州河开通。曹路由淮河入泗水（今中运河），经济州河北抵安山，出大清河（今黄河下游），经东阿（今山东东阿南）、利津入海，然后由海运入直沽（今天津大沽口）转到大都。后又因海口淤沙壅阻，运道不通，又改由东阿陆运至临清（今山东临清南）入御河。至此，元代南北航运除东阿、临清之间一二百里陆路外，已经大致沟通。
至元二十六年（1289年）朝廷采纳寿张县尹韩仲晖等人建议，开会通河以通运道。会通河自须城安山西南起，分梁山泺（今山东梁山、郓城等县间的梁山泊）水源北流，经寿张（今山东梁山西北）西北到东昌（今山东聊城），又西北于临清入御河，全长250余里。工程由李处巽主持，历时六个月。中途建水闸30处，可以随时调整流量。至此，南北航运已全线沟通。
至元二十八年（1291年），按照郭守敬设计的方案开凿通惠河。通惠河导昌平县白浮村神山泉，通双塔榆河，引一亩、玉泉诸水入城，汇于积水潭，又东折而南，出文明门（今崇文门）至通州高丽庄入白河。后长164里，中设水闸21处，大致“每十里置一片闸”。工程历时一年，河成之后，漕船可以一直驶入大都城，“自是免都民陆之劳，公私便之”。
由通州南下至白河北运河北段，上接通惠河，下通大沽河，是南北通航要道，但是，由于所依赖的潞河（白水、榆水、浑水合流）水源不足，河道浅涩，通行不便。至元三十年（1293年），忽必烈采纳漕运使司建议，又引小渠水入榆水，以增加流量，便利行舟。
至元末年，还曾经对相当于旧邗沟的扬州运河进行疏通。扬州运河在灭宋后逐渐壅塞，连年疏通，成效不大，至延祐四年（1317年）方疏浚畅通。至治年间（1321—1323年），又对属江南运河的镇江支河进行疏凿。疏凿河段自镇江至常州武进县吕城坝（今江苏丹阳东南），长131里。疏凿后河面加阔至五丈，底阔三丈，深六尺。同时，还开浚了镇江运河的重要水源练湖（今江苏丹阳北）。
元朝政府着手陆续修凿完成的大运河全长3000多里，北起大都，南达杭州，沟通了海河、黄河、淮河、长江和钱塘江五大流域。元代大运河对于元维持专制主义统治有重要作用，同时促进了南北经济文化的交流，也为明清运河的畅通以至现代大运河的水运条件奠定了基础。
平定西北诸王
按照元窝阔台汗元年（1229年）宗室诸王的盟约，蒙古大汗之位世世代代由窝阔台的后代承袭。然而，从蒙哥汗开始，大汗之位转到了拖雷一系。由此埋下了宗室失和的种子。忽必烈在位期间推行汉化政策，更加剧了与保守的西北诸王的矛盾，终于爆发了长达四十年之久的海都、笃哇、昔里吉之乱。
海都是窝阔台的孙子，元宪宗蒙哥汗二年（1252年）被蒙哥汗封于海押立（今苏联塔尔迪—库尔干东北）。海都对此一直耿耿于怀，蒙哥汗六年（1256年）扣押了蒙哥汗的使臣断事官石天麟，后来又支持阿里不哥与忽必烈争位。他还结交术赤汗别儿哥，逐渐控制了窝阔台的封地叶迷立（亦称也迷里，今新疆额敏河流域），成为雄踞于察合台汗国与蒙古本土之间的强大势力。元世祖至元元年（1264年）阿里不哥失败后，忽必烈邀请海都参加库里尔台大会。海都以道远马瘦，不堪劳苦为托辞，表示只愿意在自己领地内服从大汗的命令。后忽必烈将蔡州（今河南汝南，辖今渤海西南部）分封给海都，海都仍不为所动。至元三年（1266年），察合台汗阿鲁忽去世，堂侄木八剌沙继位。忽必烈派木八剌沙的堂兄弟八剌去辅佐并监视木八剌沙。八剌回国发动兵变，自立为汗。这时，忽必烈封皇子那木罕为北平王，主持西北军务，并派使者说服术赤汗忙帖木儿进攻海都。
至元五年（1268年），忽必烈出兵击败海都，追击到阿历麻里（今新疆霍城）。忙哥帖木儿、八剌也出兵攻击海都。海都先和忙哥帖木儿讲和，然后在失儿答里牙（今苏联锡尔河）一线迎击八剌。海都失利，损失惨重。不久，得到忙哥帖木儿的五万援兵，才挽回局面，连连击败八剌。八剌退过失儿河，聚兵募饷，继续与海都周旋。海都为解除后顾之忧，主动与八剌和解，结为俺答（义兄弟）。
至元六年（1269年），海都、八剌等在塔剌思（今苏联江布尔召开大会），将察合台领地的三分之二划归八剌，三分之一分属海都和忙哥帖木儿。与会诸王宣誓恪守蒙古传统风俗制度，派遣使者质问忽必烈为何在汉地建都和采用汉法。第二年，八剌去世。海都立八剌堂叔捏古伯为汗。八剌诸子和阿鲁忽诸子不服，联兵进攻海都。
西北诸王混战给了忽必烈从容布置的时机。忽必烈先是任命刘好礼为乞儿吉里、撼合纳、廉州，益兰州等五部（今苏联叶尼塞河流域）断事官，大量迁入中原农户、军人，实行屯田，修筑道路，建立驿站，形成了进攻叛王的基地。又命北平王那木罕建节阿力麻里，作为总管西北军事的中枢。至元十年（1273年），捏古伯与海都兵戎见，元军乘机出兵察合台汗国。十二月，捏古伯阵亡。第二年，八剌诸子与海都讲和，立八剌之子笃哇为察合台汗。不久，忽必烈下令追缴颁给海都、八剌的金银符，并派中书右丞相安童辅佐那木罕，调那木罕之弟阔阔出、蒙哥之子昔里吉、忽必烈之侄脱脱木儿、阿里不哥之子明里帖木儿、药木忽儿等赴军前效力。
正当元朝集结兵力之时，对忽必烈心怀不满的昔里吉等人发动了叛乱。至元十三年（1276年）秋，脱脱木儿发难。昔里吉奉命征讨，暗中勾结脱脱木儿等人，发兵拘捕那木罕、阔阔出和安童。叛王拥戴昔里吉为席，进攻岭北。八月，忽必烈派汉军都元帅阔阔带、李庭率侍卫军2000人西征。第二年春天，昔里吉分兵东进，弘吉剌万户折儿瓦台也起兵响应，将忽必烈女儿囊家真围困在应昌（今内蒙古阿巴哈纳尔旗东南）城中。忽必烈听后便急调诸王伯木儿和丞相伯颜的南征大军北上平叛。伯木儿军与叛军激战于鱼儿泊（今达赉泊）等地，大获全胜，活捉折儿瓦台。但这时昔里吉率主力已越过杭海岭（今蒙古杭爱山），渡过斡耳寒河（今蒙古鄂尔浑河）了。元将土土哈在土兀拉河（今蒙古土拉河）阻击叛军。六月，伯颜大军到达土兀拉河，大破叛军，败退斡耳寒河。七月，叛军分裂，忽鲁带率领部队投降。伯颜挥师进攻，吉里昔仓促应战，大败而逃。同年冬，南平王秃鲁在六盘山起兵响应昔里吉，很快就被平息。
至元十五（1278年）初，元将土土哈部越过按台山（今新疆阿勒泰山）。昔里吉逃往也儿的石河（今新疆额尔齐斯河），脱脱木儿逃往吉利吉思。同年冬，元将刘国杰率侍卫军五万人戍守和林（今蒙古哈尔和林东北）。元重新控制了岭北。第二年，脱脱木儿南下侵扰杭海山东。元军主帅别吉思迷失采用刘国杰避实就虚的计策，直捣叛军巢穴，占领谦州（今苏联克孜尔西南）。脱脱木儿慌忙回师，与元军大战于谦河（今苏联叶尼塞河），大败而逃。
至元十八年（1281年），叛军内讧。先是脱脱木儿向昔里吉求援，遭拒绝，便改奉蒙哥孙子撒里蛮为帝。药木忽儿反对这一做法，将脱脱木儿击败，俘送昔里吉处。昔里吉处死脱脱木儿。撒里蛮孤立无援，被迫投奔昔里吉。昔里吉将其押送术赤后王火赤斡兀立处。途中，撒里蛮被旧部救走，重整旗鼓，打败昔里吉。将昔里吉、药木忽儿押送大都。药木忽儿途中行贿得以脱身，借兵突袭撒里蛮。撒里蛮兵败，投降忽必烈。后来，昔里吉被流放到海南岛。
在昔里吉叛乱期间，海都侵占阿力麻里，侵扰天山南北。忽必烈派诸王阿只吉等率10万之众驻守别失八里（今新疆奇台西北）等地，以防备海都。至元十九年（1282年），海都释放那木罕等人，以求和解，但又派兵进攻斡端（今新疆和田）等地。至元二十二年（1285年），笃哇率兵12万包围哈剌火州（今新疆吐鲁番），围城六个月。海都也侵扰了纳思河，在洪水山（今新疆呼图壁县西南）设埋伏，大败元军，乘胜经彰八里（今新疆乌鲁木齐、昌吉之间），进入哈密力（今新疆哈密），杀死元畏兀儿亦都护火赤哈的斤。元军马上派兵增援畏兀儿，海都撤走。
至元二十四年（1287年），海都准备出兵10万，呼应东北叛王十三颜。忽必烈派伯颜镇守和林，切断东、西叛王的联系。海都见东进受阻，转向西方。二十六年（1289年）春，海都在杭海山打败忽必烈之孙甘麻剌部。不久，和林元军也投降了海都。七月初一，忽必烈下诏亲征。海都闻讯而退。
至元二十九年（1292年），诏命玉昔帖木儿取代伯颜镇守和林。当年秋，元将土土哈在按台山俘海都部民3000余户，进取吉利吉思。第二年春天，土土哈军入谦河（今苏联叶尼塞河）流域，收复五部地区，将海都势力逐出按台山。
元贞元年（1295年），在别失八里设北庭元帅府，以平章合伯为都元帅，主持西北军务。不久，叛军再度发生内讧。第二年秋，药不忽儿、兀鲁思不花等脱离笃哇，投降元朝。大德二年（1298年）十月，笃哇夜袭合剌合塔（约在今蒙古哈腊乌斯湖一带），俘元朝驸马阔里吉思。回师途中，遭到元将朵儿朵哈的袭击，损失惨重。不久，海都之子斡鲁温孙与元将床兀儿大战于阔客（今新疆和布克赛尔），元军大胜。皇侄海山率兵越过按台山，直捣海都王庭海押立，重创叛军后回师按台山。接着，海都、笃哇联合诸王四十余人率部大举进犯，超过按台山，直逼和林。海都率军布防于杭海山一线。八月，两军前锋激战于迭怯里古，叛军失利。两天后，海都率主力赶到，大战于合剌合塔，元军失利被困。第二天再战，元军又败。同时，笃哇部与元军激战于兀儿秃，大败而逃。海都只得撤退，途中病逝。笃哇拥立海都长子察八儿。
长达几十年的战争使双方都精疲力尽。大德七年（1303年），笃哇主动求和。元成宗派遣使者招抚。大德十年（1306年），笃哇、察八儿失和，交战于忽毡（今苏联列宁纳巴德）。察八儿大败。元怀宁王海山趁机越过按台山追击察八儿，叛王秃满等投降。察八儿投奔笃哇。笃哇善待察八儿，收回了海都时占去的察合台领地。至此，西北诸王之乱才彻底平息。
燕铁木儿专权
燕铁木儿拥立文宗，立下大功，权倾朝野，于是出现了长达5年的燕铁木儿专权。
天历元年（1328年）八月的大都政变之后，燕铁木儿便以佥枢密院事之职参与机要，实际上已经控制了中枢决策大权。九月，文宗继位后，立即封燕铁木儿为太平王。将太平路（今广西大新一带，治所在崇左西北）作为他的食邑，此外还赐金500两、银2500两、钞一万锭、平江（今江苏苏州市）官地五百顷。接着又授给他开府仪同三司、上柱国、录军国重事、中书右丞相、监修国史、知枢密院事、世袭答剌罕等头衔。从此，燕铁木儿成为居皇帝一人之下，万人之上，集军政大权于一身的权臣。