边境告急，明英宗慌忙召集大臣商量怎么对付。大同离王振的家乡蔚州不远，王振在蔚州有大批田产，他怕蔚州被瓦剌军侵占，竭力主张英宗带兵亲征。兵部尚书邝埜和侍郎于谦认为朝廷没有充分准备，不能亲征。但朱祁镇不听劝谏，偏信王振，决意亲征。英宗命弟弟郕王朱祁钰留守北京，兵部侍郎于谦留京代理兵部事务。正统十四年（1449）七月十六日，朱祁镇跟王振、邝埜等官员，率领五十万大军从北京出发，浩浩荡荡向大同赶去。
这次出兵，一切军政事务皆由王振专断，随征的文武大臣却不能参预，而且组织混乱，军纪涣散。又连日遇到大风暴雨，没有走几天，粮草就接济不上了，兵士们又饿又冷，叫苦连天。到了大同附近，兵士们看到郊外的田野里，到处都横着明军兵士的尸体，更加人心惶惶。兵部尚书邝埜和户部尚书王佐屡次劝英宗退兵，王振大发淫威，命他们跪在草丛中，直到天快黑了才将他们放回去。
明军进到大同后，也先为诱明军深入，主动北撤。王振看到瓦剌军北撤，更加坚持北进，过了几天，王振的同党，大同的镇守太监郭敬把前线惨败的消息密告王振，王振感到情况危急，才下令退兵回北京。退兵本来是越快越好，但是王振却想让皇帝驾临他老家蔚州，以摆摆威风。于是，几十万将士离开大同，往蔚州方向跑了四十里地。可王振又想起这么多的兵马到了蔚州，他家田园里的庄稼岂不要遭到损失，又匆匆忙忙下令向东折返回来，往宣府方向走。这样一折腾，拖延了时间，被瓦剌的大队骑兵追击赶上。
明军一面抵抗，一面败退，狼狈地逃至土木堡（今河北怀柔东南）。那时候，太阳刚刚下山，随从的文武官员都劝英宗趁天没黑，再赶一阵路，进了怀来城再休息，瓦剌军赶来，也可以坚守。可是王振却因为装运他财产的几辆车子还没到，硬要大军在土木堡停下来。邝埜一再上奏让皇帝立即驾车进入居庸关，自己组织精锐部队断后，但都被王振阻止不报。
第二天，天刚蒙蒙亮，瓦剌军赶到了土木堡，把明军紧紧包围起来。土木堡名叫“堡”，其实没有什么城堡可守。明军大队人马赶了几天路，口渴得像火烧，但是土木堡地势高，没有水源，士兵们就地挖井，挖了两丈多深，也没有水。土木堡南面十五里的地方有条河，但已经被瓦剌军占领了。也先担心明军人数众多，打硬仗会遭到巨大损失，就假装退兵，并派人到明军处讲和。
明英宗和王振信以为真，十分高兴，下命令让士兵先到附近找水喝。士兵们争先恐后地跳出壕沟往河边跑，乱成一团，将领们也制止不了。此时，早就埋伏在四周的瓦剌军兵一举冲杀过来，瓦刺骑兵冲入阵中，挥舞长刀，大声吆喝着：“丢下刀投降者不杀！”明军士兵一听，纷纷丢盔弃甲，狂奔乱逃，很多士兵被踩踏而死，道路全部被拥堵。明英宗和王振带着一批禁军，几次想突围都没冲出去。平时作威作福的王振，这时候被吓得身体直发抖。禁军将领樊忠早就恨透了这个祸国殃民的奸贼，气愤地说：“我为天下诛此贼！”抡起手里的大铁锤一锤锤死王振。而明英宗却被瓦剌军俘虏，邝埜等五十余位大臣在混战中战死，英宗所率明朝精锐部队几乎全部被断送。
这次战役，明史上称为“土木之变”，是世界战争史上以少胜多的典型战例之一。土木之变影响深远，成为明王朝由初期进入中期、由盛到衰的重大转折点，受此重创的明朝军队几乎再也没有振作起来。
夺门之变
土木之变，明王朝元气大伤。瓦剌首领也先却更加骄横起来，国都北京受到了瓦剌军的严重威胁。幸亏有正直干练的于谦挺身而出，在他的率领下，展开一场艰苦的北京保卫战，终于使明朝险而未亡。
于谦，字廷益，号节庵，浙江钱塘人。他少年时就胸怀报国之志，仰慕文天祥“殉国忘身，舍生取义”的爱国精神。永乐十九年（1421）中进士，宣德朝任御史。后在杨士奇举荐下升为兵部侍郎。于谦生性刚直，不畏权贵，两袖清风，曾受王振陷害关入大牢。后在官民的一致上书请求下才恢复原职。
土木堡惨败的消息传到北京后，朝廷一片惊惶，翰林院侍讲徐珵竟惑乱人心，鼓吹天命，主张南迁逃跑。主战的于谦厉声斥责：“鼓吹南迁的人，罪当斩首！”以宋朝南渡的教训说服了百官，毅然担负起守城的重任。英宗被俘后，皇太后下诏立英宗长子朱见深为太子，但太子仅两岁，于是又命英宗弟郕王朱祁钰监国。但监国毕竟不是君主，为安定人心，粉碎也先的阴谋，时任兵部尚书的于谦和吏部尚书王文等人拥立英宗弟郕王朱祁钰为帝（即景帝），遥尊英宗为太上皇，这就使也先以英宗挟明朝割地赔款的美梦破碎。失掉了英宗这张王牌之后，也先又大举兴兵来犯。而当时，明朝的精锐部队几乎全部葬送在土木堡，京师的军队不到十万人。于是，于谦奏请景帝调南北两京、河南的操军，山东及南京沿海的备倭军，江北及北京诸府的运粮军，以及宁阳侯陈懋所率浙兵立即赶到京师守卫。又命把通州粮仓的积粮运入京师，将城外的居民迁入城内，全城的士兵日夜操练，工匠加紧制造兵器，积极备战。不久，各地军队陆续赶到，粮食储备充足，京师人心渐趋安定。
正统十四年（1499）十月，也先军攻至北京城下。朱祁钰命于谦提督各营军马。于谦率兵二十二万列队于京师九门外，排兵布阵后，将城门全部关闭，以示背城死战的决心。他还传令，临阵时，不顾士兵率先逃跑的将领斩首；而士兵先逃脱的，后队斩前队。于谦自己则身先士卒，戴盔披甲，巡视指挥，激励将士们勇敢作战，保卫首都。十月十日，瓦剌军进攻德胜门，于谦令石亨带兵埋伏于民房内，让少数骑兵诱敌，待瓦剌军进入埋伏圈后，一声炮响，伏兵四出，火炮齐发，瓦剌军人仰马翻，大败而归，也先的弟弟中炮而死，明军士气大振。瓦剌军又先后进攻西直门、彰义门，都受到明军的坚决抵抗。也先原以为明军不堪一击，但经过五天的战斗都被击败了。京师居民也起而支援明军，纷纷爬上屋顶，以砖头、石块为武器，铺天盖地地投向敌人。同时，居庸关守将罗通利用天气寒冷，命令在城中灌水结冰，使得进攻的五万瓦剌军无法前进，经过七天的战斗也被击退。也先只得率瓦剌军西退，沿途大肆抢掠，在昌平焚毁了明朝的长、献、景三陵，十一月初八，瓦剌军撤出塞外，北京保卫战取得了辉煌的胜利。
也先的军事进攻没能达到目的，在于谦的整顿下，明朝的边疆和京师防御力量增强，使也先再无隙可乘；而明朝又已另立新君，手中的英宗失去了奇货可居的价值。为了恢复与明朝的贸易交往，也先于景泰元年（1450）八月将英宗送回北京。景帝担心自己的皇帝宝座受到威胁，本不希望英宗南归，但朝中大臣多为英宗旧臣，要求迎归英宗的呼声十分高涨。景帝无奈，遣使迎英宗还朝，但迎接礼仪非常简慢，在东安门举行授受帝位仪式后，立即把朱祁镇送入南宫，虽尊英宗为太上皇，实为软禁。
为了进一步巩固自己的地位，景帝继而盘算着更立太子。因为当时皇太子仍是英宗长子朱见深。这表示朱祁钰百年之后仍要由英宗之子嗣位，所以朱祁钰急欲“易储”，立自己的儿子朱见济为太子。为了达到目的，景帝先是以加官进爵和优厚的赏赐来拉拢重要的大臣。他加王文、杨善等人太子太保等衔，赐内阁大学士每人黄金五十两、白银一百两。赏赐虽不多，但却是朱祁钰的一种试探，而几位大臣的欣然接受说明他们支持的态度。正在此时，广西土官黄竑上疏“易储”。黄竑是广西浔州守备都指挥，因杀害广西思明府知府而被捕入狱。为求自救，他派下属进京上奏请易东宫，讨好皇帝。景帝见到这个奏章果然大喜，下令释放了黄竑，将奏疏发给朝臣讨论。大臣们知事已至此，无人能够反对，王文等人先后签名同意。景泰三年（1452）五月，景帝册立自己的儿子朱见济为皇太子，改朱见深为沂王。
然而，人算不如天算，仅仅一年后，朱见济忽然病死。景帝此时又没有其他儿子，“再建皇储”成为当时的敏感话题。景泰五年（1454）五月，礼部郎中章纶、御史钟同奏请复立朱见深为太子，并在奏章中肯定了英宗的地位，希望景帝能改变对英宗的做法。景帝震怒，将钟同、章纶下锦衣卫狱，钟同不久就于狱中被打死。景泰八年（1457）正月，景帝也病重。于谦与多数人倾向于复立朱见深，司礼监太监王诚谋立襄王子。但景帝死也不肯放弃皇帝宝座，推说自己只是偶感寒疾，过几天就可以上朝。但谁也没有想到这次更立太子和复储风波，却诱发了一场阴险的宫廷政变。
这场“南宫复辟”的总导演是徐有贞和石亨。他们看到景帝病势沉重，趁机秘密谋划，决定拥立困居南宫的英宗复辟。徐有贞就是那个在北京保卫战前提议南迂的徐珵。因为南迁之议遭到否定和嘲笑，在之后的官场中混得并不顺利。他为了晋升上下打点，后来依附于阁臣陈循，陈循劝他改名，于是将徐珵改为徐有贞。石亨本来因罪削职，在于谦的推荐下才得以重用。石亨为讨好于谦，上疏为于谦请功，并推荐于谦之子于冕为千户，被于谦严词拒绝。石亨因此恼羞成怒，埋怨于谦管束太严，反而怀恨于谦。还有太监曹吉祥也因于谦的弹劾而仇恨于谦。三人因共同的仇恨勾结到一起，发动了这场阴谋。
景泰八年（1457）正月十六晚，徐有贞、石亨、曹吉祥等人率兵来到南宫，毁墙破门而入。徐有贞率众人拜伏在惊恐的英宗面前，请英宗复辟。在徐有贞等人的搀扶下，英宗入东华门，进奉天殿，此时已近凌晨。群臣正等待景帝上朝，听见殿中喧哗，感到有大事发生。这时殿门打开，徐有贞从里面走出来，高声对众人说：“太上皇复辟了。”群臣先是惊愕，随即入殿称贺。这就是历史上有名的“南宫复辟”，或称“夺门之变”。英宗复辟后改年号为“天顺”，废景帝为郕王，徐有贞、石亨等人都得到加封晋爵，但赤胆忠心的于谦却被下了大狱。英宗原认为于谦有功，不忍杀害，但徐有贞怂恿说：“不杀于谦，今日之事无名。”竟以“谋逆”之名将于谦杀害，其家人被发配边疆充军。抄家时，于谦家竟清贫到没有东西可抄。于谦被害的消息传出后，路人嗟叹，无不认为这是天下第一冤案。
于谦被埋葬在杭州。于谦祠和岳飞庙都建在美丽的西子湖畔，时至今日，仍有许多人到此悼念这两位“粉身碎骨全不怕，要留清白在人间”的民族英雄。
父兴子废
成化二十三年春宪宗去世，朱祐樘即皇帝位，次年改元弘治元年。他即位之初，就着手改革弊政。由于成化时期，宪宗皇帝宠信佛道，使许多社会无赖都冒充法师混进宫中，搞得朝廷乌烟瘴气。李孜省就是其中的代表人物，他以方术、房中术进献皇帝得到宠幸，然后与太监梁芳狼狈为奸祸乱朝政，打击忠臣，扶植朋党，是当时朝廷中的第一大害。孝宗即位之后立即逮捕了两人；还罢遣禅师、真人等二百五十三人；法王、佛子、国师等七百八十九人被遣回本土。接着，孝宗皇帝开始整顿吏制，将成化朝通过贿赂、溜须拍马发迹的官员一律撤换，一个月内就罢免两千多人，并论罪处置。精简了行政官员，从而大大提高了办事效率。重新起用了一些在成化朝由于直言被贬的官吏，其中著名的有王恕、怀恩、马文升等名臣，使得无论是朝中还是宫中都为之一新。
孝宗还严格要求自己，勤于政事，恢复了明初制定的早朝、午朝、晚朝一日三朝的制度，使得大臣有更多的机会面见皇帝，也可以及时处理政务。同时，他广开言路，重开了经筵侍讲，向群臣咨询治国之道；开辟了文华殿议政，利用上朝之余的时间与内阁商议政事。
孝宗还体察民情，大兴水利，发展农业，繁荣经济。弘治二年（1489）五月，开封黄河决口，孝宗命户部左侍郎白昂领五万人修治。弘治五年（1492），苏松河（今江苏省境内）道淤塞，泛滥成灾。孝宗命工部侍郎徐贯主持治理，历时近三年方告完成。从此，苏松消除了水患，再度成为鱼米之乡。
孝宗在位十八年间，吏治清明，任贤使能，抑制官宦，勤于务政，倡导节约，与民休息，较成化朝有了比较大的改观，颇有仁宣遗风，出现了历史上的“弘治中兴”的局面。
然而，富家多败子。弘治是一位勤政的好皇帝，但由于自己坎坷的童年经历使他对自己的独子朱厚照过于溺爱。他明知太子喜好玩耍、贪图安逸，整天和刘瑾、谷大用等号称“八虎”的随侍太监为伍，但却不加以约束，甚至放纵，直接导致了武宗荒政局面的出现。
弘治十八年（1505），一个未满十四岁的顽童在紫禁城奉天殿登极，他就是历史上有名的荒唐皇帝武宗朱厚照。他在位的十六年中，纵情玩乐，一意孤行，玩乐方式花样百出，形式离奇，有时简直是胡作非为，令大臣们哭笑不得。而对朝中事务则敷衍了事，甚至撒手不管。致使宦官、奸臣乘机窃权行私，祸乱朝纲。大明王朝则在其父弘治时期的短暂兴盛后再次陷入腐败黑暗之中，史称“武宗荒政”。
武宗即位后，最讨他欢心的就是刘瑾。刘瑾，陕西兴平人，从小在东宫服侍太子，每天为武宗安排宫女歌舞、倡优杂剧、角斗游戏，因此得到宠信，被提拔为内官监太监，进而掌管了守卫京师军队的兵权。刘瑾等八大宦官借势广结党羽，排除异己，成为朝中的一股恶势力。而刘瑾弄权就是凭借代武宗“批红”，即批复奏章。刘瑾为把持朝政，每次都专等武宗玩在兴头的时候取出奏章让武宗看，武宗不耐烦地说：“总拿这些麻烦我，要你干什么用？”以后，刘瑾就不用再请示武宗，直接按自己的意志处理了，而武宗完全成了一个挂名的皇帝。刘瑾窃用皇权，拉帮结派，广开贿赂，打击陷害反对他们的官员。当为孝宗托孤辅政的刘健、谢迁等重臣也被排挤出朝后，朝中更无人敢言，武宗则更毫无顾忌，索性丢掉皇帝身份玩耍。开始，他令宦官们仿效京城街市，在后宫开设店铺，与他们一起穿上平民衣服假装做买卖，还煞有介事地讨价还价。后来，又让宦官们开酒店，让宫女在其中弹唱，让斗鸡耍狗的人来表演，喝得大醉的武宗就住在店中。更过分的是，还建起了“豹房”，在里面放入虎、豹等珍禽异兽，让勇士与猛兽搏斗，以观赏寻求刺激。后来，武宗干脆以豹房为家，不进后宫，更无暇理政。正德十六年（1521），武宗最终病死在豹房之中，结束了他荒淫的一生。
求仙误国
正德十六年，荒唐皇帝朱厚照死于豹房，可惜这位风流一世的年轻皇帝竟然没有留下一个儿子。而且，因为朱厚照本就是孝宗的一棵独苗，所以他连亲弟弟都没有。那么，谁来继承皇位呢？国不可一日无君，终于在大家的商议之下决定按长幼、亲疏排序，让兴献王的长子、武宗朱厚照的堂弟朱厚熜继位，是为嘉靖帝，庙号世宗。但这位千挑万选的帝王，不仅没有像众人所寄予的把明朝重新带上发展正轨，而且以他的荒谬、自私、执拗和虚荣加速了大明王朝的衰落。