嘉靖四十三年（1564），海瑞被升为户部主事。当时，嘉靖帝在经历了差点被宫女勒死的“壬寅之变”后，反而移居西苑愈加潜心修道，二十余年不理朝政，留下“青词宰相”严嵩独霸朝纲。内忧外患开始集中爆发：庞大的军费开支、皇室的挥霍无度、官吏的普遍腐败、税制的混乱和接连不断的天灾，造成了朝廷严重的财政危机。嘉靖二十九年（1550）爆发“庚戌之乱”，鞑靼部俺答汗率军长驱直入北京郊区，烧杀抢掠数日。由于海防松弛，东南的倭寇也频繁进犯，嘉靖三十一年（1552）以后的三四年间，江浙军民被倭寇杀害的就有数十万人。面对危局，大臣中敢于上书进谏的都受到迫害，或被下狱或被害死。而大多数都趋炎附势，只是争相为皇帝供献青词。嘉靖四十五年（1566），海瑞却向皇帝呈上一份《直言天下第一事疏》，毫不客气地批评嘉靖帝沉迷修炼，不理朝政，滥兴土木，以致贪官横行，盗贼滋生，天灾频繁，民不聊生；还直言不讳地揭露所谓仙桃天药的骗局，长生不老只是妄想。海瑞在奏疏中对嘉靖的指责，痛快淋漓，正气凛然，可谓“千古一骂”。嘉靖看后大怒，扔在地上，对左右说：“快去把他抓住，不要让他逃走！”这时，在一旁侍奉的宦官说：“此人素有痴名。听说他上疏时，知道触怒皇帝当死，就已经买好了一副棺木，诀别了妻儿，遣散了家中僮仆，所以他是不会逃跑的。”嘉靖一听，无话可说。再读奏疏，竟深为感动，但还是把海瑞下了狱。不久，嘉靖帝病逝，明穆宗即位，海瑞获释。
隆庆三年（1569），海瑞被重新起用。以右佥都御史巡抚应天等十府。期间，他进行了一系列改革活动：打击豪强，扶助贫弱，抑制土地兼并；改革赋役制度，实行井田制，颁行“一条鞭法”；实行节俭政治，严惩贪官；兴修水利，民间认为只有龙王才能开得的吴淞江，在海瑞不辞辛劳的亲自督办下，竟在一个月内完工，沿江土地得以恢复灌溉。但海瑞的改革妨碍了豪绅地主的利益，因而受到他们的攻击，在他当上应天府巡抚仅半年时间就被罢官免职。又因为海瑞为人过于刚直而近迂腐，有时甚至达到不近情理的地步。比如在担任应天巡抚期间，他曾下令：境内公文一律使用廉价纸张；担任南京右都御史时，当他得知有一位御史偶尔有一次去听戏，就搬出太祖的规定：文官及武士听戏唱曲，要处以割舌之刑，至少也要杖责；他甚至干预官民的私生活，就连佩戴首饰、食用甜食，也在禁止之列。因此，就是当时同样倡导改革的当政者高拱、张居正等人对他也不怀好感，致使海瑞长期得不到任用。直到万历十三年（1585），海瑞才再次被召回，授命担任南京右都御史。此时海瑞已经七十二岁了，但他操守不改，仍旧严以为政，不久便死在任上。
刚直的性格使海瑞无法容于官场，进而不能完全施展自己的政治抱负；推行的改革又使贪官污吏对他恨之入骨，诋毁不断。但从他的改革和施政中得到好处的百姓欢迎他，海瑞在南京去世后，百姓自发地为他穿孝服送葬，哭声百里不绝。
悲哀的改革家
张居正出生于嘉靖四年（1525）五月初三日。传说在他出生前夕，他的曾祖父梦见月亮落在一个大水瓮中，清光四溢，一只白龟逐渐浮现在波光荡漾的水面上。他认为这是祥瑞之兆，在孩子降生后，就为他起名白圭，即白龟的谐音。而张居正确实从小就聪颖绝伦，在家乡有神童的美誉。嘉靖十五年（1536），张居正十二岁，就到荆州府投考生员，知府李士翱很赏识他，为他改名“居正”。嘉靖二十六年（1547），年仅二十三岁的张居正考中进士，受到当时翰林院掌院徐阶的器重，被任命为翰林院编修，从此踏上官宦仕途。
当时严嵩任首辅，政治腐败，官场黑暗，做了七年编修的张居正，感到满腹经纶无人欣赏，变得忧郁悲观，于是称病辞官回家。在家中种了半亩修竹，潜心读书，养精蓄锐。六年后，在父亲的鼓励下，重回京师为官，任国子监司业。不久，世宗病逝，裕王朱载垕继位，是为穆宗，年号隆庆。隆庆元年（1567），张居正入选内阁，他的为官生涯出现转机，并在政坛逐渐崭露头角。但穆宗是个平庸的皇帝，他虽然赏识张居正的才识，但并不采纳他的治国方略。穆宗在位仅短短的六年，隆庆六年（1572）五月，九岁的太子朱翊钧即位，即明神宗。高拱、张居正、高仪受穆宗临终瞩托为顾命大臣，辅佐小皇帝，大明王朝的日历翻到了万历这一页。而此时的明朝，表面上一派歌舞升平，其实已经走入了衰落的轨道，面临严重的危机。
张居正是个现实主义者，为实现自己“以平治天下为己任”的政治理想，他开始着手创造各种机会。当时内阁首辅是高拱，位高权重，在许多事情上束缚了张居正的手脚。但张居正足智多谋，工于心计，高拱却性格强直，因担忧年幼的皇帝能否胜任，他曾无心说过一句话：“十岁（虚岁）的太子，如何能治理天下？”这句话传到两位太后耳中，引起她们的不满。张居正借机同与高拱曾有积怨的司礼监秉笔太监冯保联合，抓住这句话大做文章，勒令他回原籍闲住，张居正便自然升任内阁首辅。张居正深知自己执政，必须取得两宫皇太后的支持。为了巴结两位太后，首开先例，为两宫太后“同加尊号”，尊神宗嫡母陈皇后为仁圣皇太后，生母李贵妃为慈圣皇太后。而此前，先皇嫔妃虽因是皇帝生母可以称太后，但是不能加尊号，嫡庶之间的差别是很清楚的。此外，为了使冯保与自己密切配合，他还十分尊重冯保，进而也赢得了冯保的信任。此后，两位太后将内政托付给冯保，而外朝政事完全委托给张居正，并在此后张居正教导小皇帝和大力推行改革中都给予了全力支持。张居正又利用帝师的特殊身份，将小皇帝的思想融入了改革思潮之中，而且以严师的形象，在其心目中树立了极高的威信。年幼的神宗喜欢书法和历史，张居正就投其所好给他讲历代帝王治国的故事，并让人选一些有关为君之道的文章作字帖，供神宗临摹，使小皇帝在习字中得到启迪。后来，张居正还让人编了一套《历代帝鉴图说》，摘取了古代帝王可以效法的善事八十一条和应惩戒的恶行三十六条编入其中，并都配以绘图和文字说明。神宗特别喜欢这套书，对张居正的忠诚更为感动，尊张居正为“张先生”，对他言听计从。
本来，大臣与内监的交结是应极力避讳的，为谋得首辅之位与冯保勾结是件极不光彩的事；而为讨好两宫，更张旧制，也有专擅之嫌。但讲求实效的张居正认为这些不过是为国为民的政治手段，在小皇帝面前树立了威严，得到两宫太后的信任，内廷又有大宦官冯保的支持，张居正已经成为实际上的最高统治者，而他就可以利用手中的权力，雷厉风行地推进改革，一展自己的政治才华。于是，一场轰轰烈烈、暴风骤雨式的改革拉开了序幕。
目睹了嘉、隆时期的混乱政局，张居正认为其根源就在于吏治腐败。因此，他的改革首先从整顿吏治开始了。万历元年（1573）张居正提出了“考成法”，让吏部、兵部把知府以上的文武官员的姓名、籍贯、出身、资格都写在屏风上，严格考核其政绩、功过，区别官员的勤惰、贤愚，作为进退、去留的依据。通过对官吏的逐级考核，以达到从中央到地方的各级官吏都要做到“法之必行”，“言之必效”，并且建立了随事考成的制度，以做到事事有着落、有交代。在对官员的考察过程中，张居正裁撤了一批冗员，奖励了一批贤能正直的官员，强调用人唯才。他所选用的如戚继光、谭纶、李成梁等人，都对改革作出了重大贡献。同时，竭力提高内阁的权威，扩大了内阁的权力，使得政令畅通，为他以后推行各项改革奠定了基础。
军事方面，张居正积极整饬边防。他支持戚继光整顿蓟州防务，起用名将李成梁防守辽东，蒙古小王子虽数次率众来犯，都由于戚继光和李成梁等的坚固防守而未能得逞，边境安然无事。同时，还整顿了府、州、县学，核减生员，罢黜了一批不称职的学官。
如果这些方面的革新还算小试牛刀的话，那么张居正面临的最主要的问题还是国家的财政危机，因此，他所推行的改革的重点还是理财。他大力开展了开源节流的经济改革，为增加朝廷的财政收入，在全国开展了一场大规模的土地清丈工作，推行“一条鞭法”的赋税改革。
“一条鞭法”早在嘉、隆年间就在广州，福建、江西等地试行过，但都因遭到大地主的强烈反对而未能有所实效。张居正深知赋役制度改革事关百姓生存之本，也关系到社会的安定和国家的安危，因此，他审慎行事，稳妥推进。万历六年（1578），张居正首先下令全国重新丈量土地，限令三年之内要把清丈土地和清理赋税的工作完成，并规定对破坏清丈土地者，严惩不贷。万历八年（1580），全国查实征粮的田地竟比弘治时增加了近三百万顷，朝廷的收入因之剧增。而且，通过清丈土地，掌握了全国的田产和人丁情况，在此基础上，推行“一条鞭法”就容易多了。万历九年（1581），张居正下令将“一条鞭法”在全国范围内实行。所谓一条鞭法，简而言之，就是把各种田赋和徭役合并和简化，一概折银征收；除了一部分徭役仍按人丁摊派折银外，全部田赋和大部分力役均按田亩征银。以前，赋和役的征收是分开的，赋以田亩为征收对象，役则以户丁为征收对象。实行一条鞭法以后，把赋役合并为一，大部分改为以田亩为征收对象，因土地多归地主所有，这样就在一定程度上也减轻了农民的税收负担，而且限制了地方官吏借繁杂的税目勒索百姓，有利于生产力的稳定发展。同时，征收货币税还减少了政府运输、储存实物上的花费，节省了大量的人力物力，国家的财政收入得到了保证。“一条鞭法”简便易行，它上承唐代“两税法”，下启清代“摊丁入亩”，是中国自汉以后田赋征收由实物税转为货币税的一个重大进步。
张居正的改革是明代改革中最有影响力、最为深刻的一次。通过改革，万历前期的政治清明很多，财政收支更是大为好转。当时太仓的粮食储存丰足，可够国家支用近十年。张居正通过改革展示了自己卓越的政治才能。但他的改革触动了贵族、乡绅地主的利益，遭到强烈反对。
同时，在张居正志得意满地推行改革的时候，神宗也在一天天地长大。而张居正对皇帝仍时时严厉训斥，神宗对这位帝师渐渐由敬畏到反感。万历十年（1582）六月，张居正病逝，神宗亲政。张居正生前的政敌纷纷上疏弹劾他，反张集团形成了强大的声势，张居正改革时重用的人统统被罢去，而原来对张居正尊崇备至、信赖有加的万历皇帝也来了个一百八十度大转弯，全面否定张居正的改革政绩，下诏给张居正定了“专权乱政，谋国不忠”等十大罪状，而且竟然说“本当破棺戮尸，念效劳有年，姑免尽法。”死者都险些被开馆屠尸，活者就更加在劫难逃。张居正的长子自缢身死，次子和几个孙儿被发配充军，全家十几口人在抄家时，竟被官府锁在室内活活饿死，惨不忍睹。
结果为什么会是这样的呢？“工于谋国，拙于谋身”的张居正也许永远不会明白，他之所以失败，最根本的原因在于他没有摆正自己的位置。在封建社会的君主政治中，无论多么呕心沥血、居功至伟，臣子都只是统治者的一个工具，无论多么赤胆忠心，一旦“威权震主”，就会导致悲剧的命运。随着神宗报复性行为的发生，张居正励精图治的一系列改革也都灰飞烟灭，明朝一天天走向衰亡。
宫廷三案
明朝末期宫廷中，曾连续发生了三桩案件：万历朝的梃击案，泰昌朝的红丸案和天启朝移宫案。这三起案件本身都不是什么大事，但在当时都成为朝臣激烈争论的政治事件，弄得满朝风雨，因此被合称“三大案”，这三大案标志着明末纷乱和衰亡的开始。
三大案，实际都起因于“国本之争”。所谓“国本”就是册立太子的问题。按照明朝祖制，皇帝应立嫡长子，即正宫皇后所生长子为太子，如果没有嫡子就应按照年龄立长子为太子。明朝万历年间，立太子的问题曾引起朝廷激烈争论。神宗皇后无子，王贵妃生子常洛，郑贵妃生子常洵，常洛为长子，常洵为第三子。但因王妃不受宠，常洛也得不到皇帝的喜爱；神宗宠爱郑妃，郑贵妃所生皇三子朱常洵为神宗所钟爱，郑氏与神宗“密誓”立常洵为太子。朝臣依据祖制立嫡立长的法纲力争，但神宗皇帝总以各种借口拖延不立。直至万历二十九年（1601）十月，在皇太后的干预和众大臣一再奏请的压力下才无奈颁立朱常洛为太子，同时也封常洵为福王，藩国洛阳。按照明制，皇子被封王后，年满十四岁后就应离开京城到自己的封国去，但福王托故不肯走，这又引起了群臣的疑虑，进而引发党争，宫廷三大案也就是在这种形势下接连发生的。
万历四十三年（1615）五月的一天，天色刚黑，一名宫外男子手持枣木棍闯入大内东华门，一直打到太子居住的慈庆宫，击伤守门太监，直到前殿檐下，才被内监擒住。第二天，太子得报，命法司提审。御史刘廷元审问后称：犯人名叫张差，疑为一个疯子。刑部再审，结果相同。于是，准备按疯癫结案。后刑部主事王之寀恐吓他，如不从实招供就饿死他，张差招出是受马三舅和李外公的指使。王之寀将这个情况报告神宗后，群臣纷纷上疏要求重审。在这种压力下，刑部会同十三司会审，查明张差是京畿白莲教的成员，其首领为马三道、李守才，他们与郑贵妃宫内的左右执侍太监庞保、刘成勾结，派张差打入宫内，梃击太子宫。此案的发生，震惊了宫内和朝野，一时议论纷纷，多数官员都怀疑是郑贵妃为帮常洵夺取太子位而主使张差谋害太子。神宗恐怕进一步调查会牵涉郑贵妃，极力调解太子与郑贵妃的矛盾，一方面怒责郑贵妃，一方面亲自到慈庆宫，乞求太子解围。太子本慈善，又见郑贵妃惊恐哭诉，就同意按照疯癫处理。神宗立即下令将张差凌迟处死。但在审问庞保、刘成时，二人竭力狡辩，为防节外生枝，神宗传谕将他俩在内廷秘密处决，马三道、李守才被发配远方戍守。案子草草了结，后来借机免了王之寀的官，天启初年，王之寀复职，上《复仇疏》，重提梃击案，并连及红丸案，于是一场暂时平息的轩然大波又被掀起。