此外，情报机构透露，日本曾派一个代表团去莫斯科，请求苏联政府（当时仍同日本处于和平状态）充当中间人，促成日本和同盟国的谈判。和谈建议是裕仁天皇提出来的，他确信日本已经输掉了这场战争，因此，想罢战求和了。苏联人不急于看到日本投降，因此，在没有把此事通告美方的情况下就把他们打发走了。这使美国人感到不安，一些美国代表团成员认为，即使日本天皇的建议不可能付诸实施，但苏联人至少应当把此事通报美国方面。
战后，有人认为盟国为苏联短暂的对日作战付出的代价太高了，但他们忽视了一个事实，即雅尔塔会议召开时以及其后，几乎没有人相信原子弹会炸响。只是协议签订了几个月之后，史汀生和马歇尔才收到一份密电，原子弹在阿拉莫戈多试验成功了。俩人都非常清楚这一消息的含义。他们意识到过去劝说国会为此项计划增拨款项，现在看来没有白费。这样一来，苏联参加对日作战就不再是必需的了，尽管盟国已为此付出未免太大的代价，但俩人都没有表示后悔。
当天，马歇尔和史汀生就商议原子弹应投在什么地方。他们对日本城市一览表作了一番研究。
“（史汀生）反对把原子弹投在京都，”“哈维·邦迪说，“因为那里有许多寺庙和古迹。最后，他们选中了广岛，并去请示总统加以认可。史汀生和马歇尔说服了总统。虽然他们不能肯定这次冒险的结果如何，但却希望原子弹将结束对日战争。”
1945年8月6日，第一颗原子弹投在广岛。
若干年后，马歇尔透露说，原子弹爆炸后的48小时里，他和史汀生都以为这次冒险失败了，因此，不得不加紧完善在日本登陆作战计划，其中包括投放更多的原子弹。“当时估计在短时期内可以造出另外9颗原子弹，”马歇尔回忆说，“其中大部分能在日本南端登陆时交付使用。我记得，计划投入3个军团。部队并不知道将要使用原子弹，但我还是仔细研究了核试验爆炸后的检验结果，因为我们打算先投放一两颗原子弹，然后部队再登陆。留下一颗或几颗原子弹，以防日军增援。当时我们断定，实际战斗的伤亡人数要比原子弹可能造成的伤亡大得多，所以每个登陆军团要配三颗原子弹。先投放一颗或两颗，很可能是一颗，然后登陆，随后再向最近的日军支援部队投放一颗，此后如果有日军从内海方向越过山地增援，就用第三颗打他们。我们大致就是这样设想的。”
第一颗原子弹在广岛爆炸后，似乎没有起到预期的效果，日本人继续战斗的决心没有动摇，他们没有作出告饶的表示。
“就我记忆所及，”马歇尔日后说道，“我们当时没有想到广岛会摧毁得这样彻底，所以，东京不可能马上得到有关实际情况的报告。广岛整个毁了，我估计通讯至少中断了一天，也许更久些。”
只要有可能，马歇尔还是要尽量避免下达登陆命令。为了让日本人认识到局势的严重性，他作了最后一次努力：同意投放第二颗原子弹。当时，美国只造出了两颗原子弹，而且由于两颗原子弹不尽相同，美国人甚至不知道第二颗能否炸响。马歇尔希望日本人没有猜到这一点。“直到第二颗原子弹摧毁了长崎，日本人才真正弄明白了第一颗爆炸的结果，”马歇尔说道，“他们显然害怕了，准备采取行动……日本人当时不知道我们再没有现成的原子弹了，还以为东京是下一个摧毁目标。他们胆战心惊，于是立即采取了行动。我们不可能用其他方法达到这个目的，这个方法使（我方的）生命财产免于遭受可怕的损失。”
1945年8月10日，长崎遭到第二颗原子弹攻击24小时后，日本请求投降。至此，第二次世界大战终于正式全部结束。
战后，在谈到使用原子弹问题时，马歇尔说道：“我们必须结束这场战争，我们必须保全美国人的性命，我们必须这样停止消耗巨额钱财，战争费用已达到惊人的数目了。而战争一天不结束，我们就一天不能免去这项巨大开支。原子弹结束了战争。因此，投原子弹就是应该的……日本陆军处于决定战与和的地位，显然，只有逼他们屈从才成。所以，我们就对他们猛烈打击了。”
此刻，战争结束了，丘吉尔首相给马歇尔写来一封信：
您之所以能够统率这支浩荡大军，绝非机遇使然。您受命于危难之时，起而扩建这支军队，组织这支军队，激励这支军队。由于您领导有方，不消多日，一支强大的部队就建立起来，并日臻完善，终于横扫法、德全境。您不仅创造了野战大军及辅助部队，而且造就了所需要的全部指挥人员。他们能够指挥一支由集团军和集团军群组成的现代化合成军队进行机动作战，并能以无比迅猛的速度调遣这支大军，真是令人不可思议……
在那些殚精竭虑的岁月中，我对您的英勇精神和宏伟魄力始终怀有钦佩之情；正是您的这种精神和魄力，使得和您共度危难的战友们获得了真正的力量和慰藉，而我切望自己能被公认为您的这些战友之一。
作为“夺取胜利的组织者”，马歇尔当之无愧。但是，这一崇高赞誉却使马歇尔受宠若惊。他不准部下把丘吉尔的那篇赞颂之词张扬出去，因为“虽然那番话充满敬意”，但却会“使他在参谋部同事面前感到难为情。”
1945年8月20日，马歇尔给杜鲁门总统写了一封信：
由于战争行动业已终止，陆军的复员工作正在进行，有关削减军备生产的重大军事决策已经作出，战后军事计划工作也接近完成。我感到我可以提请免去我的参谋长职务了。
我已在陆军部连续任职7年，其中6年担任参谋长。鉴于这项工作艰辛繁重，我确认作一次人事变动是有好处的。
如果允许我提名继任人选，我建议由艾森豪威尔将军在此特定时刻担任参谋长职务……
信写完了，事情办完了，经年累月令人精疲力竭的日常公务结束了。多多纳庄园和家用菜园终于向他招手了。
在整个战争期间，曾同他一道共事，但并非总是融洽无间的英国三军参谋长们非常清楚，这位行将退役的军人具有何等品质和才华。他们联名致电马歇尔：
在您担任美国陆军参谋长6年之后行将退役之际，我们，英国联合参谋长会议全体成员谨此惜别。
遗憾的是，您的两位最杰出的朋友和崇拜者，陆军元帅约翰·迪尔爵士和海军元帅达德利·庞德爵士已经谢世，不能和我们一起签发此电。
作为美国有史以来无比卓越和空前强大的陆军的建筑师和缔造者，您的英名将与我国和其他各国最伟大的军事家的名字并列，为人钦敬。
在我们同您共同指挥美、英两国军队的整个期间，您那无穷的智慧、崇高的原则和广博的见识，赢得了我们大家最深切的尊敬和钦佩。您总是襟怀坦荡、谦恭有礼，使我们深感荣幸和舒畅；您总是矢志不渝和无私奉献于我们共同的事业，使我们奋发向前。
我们尤应向您永致谢忱的是，您一向为建立和加强我们两国军队之间的相互信任与合作起到的主导作用，极大地促进了最后胜利的来临，而且必将经久不衰，为未来岁月的文明造福。
您的为人处世，使我们深深仰慕，您的军事才能，令吾辈肃然起敬，我们谨此奉献亚历山大·波普于两百年前写的一首颂诗，以表惜别之情：
真诚友人，肝胆相照，
忠人之事，信誉至高。
重诺轻己，不谋私利，
不求闻达，惟留友谊。
（签名）阿兰·布鲁克爵士
波特尔爵士
坎宁安爵士
英国高层领导人的颂扬之词在所有盟国的首都引起了共鸣。因为长期以来大家一致公认，要不是马歇尔的天才、精力和决心，尤其是他的品格和耐心，盟国就不可能在第二次世界大战中如此迅速地取得胜利。他曾以高超的领导才能，制服了嫉妒和专横的将军，平息了政客间的争吵，减少了盟国间的排外和猜忌情绪。同时，他不倦地精心构思了打败强大的德、日战争机器的战略。即使那些目空一切的美国海军头目，对马歇尔的品格和才能也只有点头称是。
一位海军将领1945年写信给马歇尔说：“您使我从心眼里感谢上帝。我不知道这场战争要是没有您又会打成什么样子。”
大多数曾在国内经历磨难的人民和在海外战斗中冲锋陷阵的军人，都会同意这句话。马歇尔的传记作家之一、英国伦纳德·莫斯利写道：“虽然他在战时统辖三军的全部事迹尚有待公布，但完全可以认为，他对胜利所做的贡献，是超过了官方文件的提法的。他最讨厌抛头露面，从不跟他手下的将领们争一时之短长。然而，他身为陆军参谋长，又不能不成为风云人物。第二次世界大战中出现种种危机，为应付危机而召开的四强会议、白宫会议以及出席国会各委员会作证，都不可避免地使他成为头号新闻人物。在全美国逐步形成了这样一种看法：他是一位新型军事家，一名天才的全球战略家，他卓越的判断能力，杰出的才干和言行如一的品质，是美国及其盟国可以充分信赖的。”
他还写道：“谁也不曾想到，战争刚刚打胜，马歇尔却要悄然隐退。全国各地正在发起一场拥戴他为下届总统候选人的运动，而他以不容商量的口气拒绝了这一建议，这使许多好心人感到吃惊，甚至不快。有人猜测，他也许要像其他众多的陆、海军将领们一样，准备撰写回忆录，但马歇尔对竭力劝他写回忆录的同事们说，写回忆录就得如实地把他经历的真人真事写出来，这样一来，战时的一些丑闻和有争议的问题势必抖露出来，会不利于他曾与之交往的那些政治家和将军们；在评论他的回忆录时，所有争议的问题都会成为头条新闻，而这是他所不愿见到的。因此，尽管他家产不丰，他还是拒绝了所有的约稿。”
他并没有拿辞职当儿戏。当杜鲁门总统要他重新考虑时，他谢绝了。杜鲁门颇费踌躇，但最终同意了马歇尔的请求，只是要他等到年底艾森豪威尔将军从欧洲回来后再走。历尽战争辛劳，马歇尔虽然已感心力交瘁，终归还是同意了。他急不可待地等待夏季很快过去，动身的时刻早日到来。
1945年11月26日，总统在白宫为马歇尔举行告别仪式，也是授勋仪式。总统亲手把一枚橡叶勋章佩带在将军的制服上，并亲自宣读了嘉奖令：
在这场规模空前和无比残酷的战争中，数百万美国人为他们的国家做出了卓越的贡献。马歇尔五星上将则为国家赢得了胜利。他的品德、举止和效能激励了陆军将士、全国上下和整个世界。如果要归功于哪个人，美国的前途应当归功于马歇尔。在世界上最伟大统帅的行列中，他是堪当首位的。
仪式结束后，总统亲切地祝愿马歇尔在他轻松愉快的退休生活中健康长寿，并向他承诺：“将军，您已经为国家做了这么多的事，我一定永不打扰您的退休生活。您有权利得到休息。”
当天，马歇尔最后一次把陆军部自己办公室的房门锁好，动身回多多纳庄园去了。