托尔布津等残兵败将回到尼布楚后，仍不死心。正项拜顿率领六百名哥萨克援兵也到达尼布楚，又探得清军全部撤退，并未留兵驻防的消息，遂率领五百余名俄军返回雅克萨，加筑工事，重新盘踞。康熙二十五年（1686）五月，萨布素、郎谈、班达尔沙等奉命率领清军2100余人会师于查克丹，再次进兵雅克萨。命俄俘鄂克索木果带信入城警告俄军，如不立即撤出，必将其全部歼灭。是时，盘踞城中的俄国侵略军共有800余人，他们凭借充足的火器装备、弹药粮草和坚固的城防工事负隅顽抗，并自城中频繁出击，不让清军炮位和攻城器械逼近城墙。萨布素率领清军将士在当地各族人民的协助下，屡次击败出城挑战的俄军。六月初九日夜，萨布素下令向雅克萨城发起进攻。自夜到晨，重创俄军，数日之内毙敌100余人，托尔布津也中炮毙命，由拜顿继任其职。但是，由于清军除拥有少量大炮外，士兵作战主要依靠刀矛弓箭，杀伤力较小，对攻坚战尤为不利，故未能迅速拿下雅克萨城，战事一时陷入僵持状态。萨布素等为避免牺牲过大，停止强攻，于城外东、南、北三面挖掘长壕，修筑堡垒，又于城西江南布置水师，封锁来自尼布楚方向的援兵航道，对城中俄军进行长期围困。由于城中无井，通常依靠通向黑龙江的水道引来水源。清军经过四昼夜激战，切断了城中水源。数月之后，城中饮水、粮食、弹药皆已告罄，加之疾疫流行，800多名俄军只剩下66人，尼布楚方面也无力派来援军，困守雅克萨的俄国侵略者已经濒临绝境。
尽管清方在军事上取得重大进展，但为求得边界上持久的和平，仍然不断谋求与沙俄进行谈判。此时的俄国，正值彼得一世之姐索菲亚公主执政，统权极不稳固，不可能再派大批军队前来中国，眼看困在雅克萨的俄军将被全歼，遂决定接受清政府的建议，派出以戈洛文为全权代表的谈判使团与清朝进行边界谈判。该年十月，俄国信使文纽科夫和法沃罗夫等到达北京，呈递沙皇给康熙帝的书信，要求清政府停止攻打雅克萨，等待戈洛文一行到达后进行谈判。清政府以礼接待了俄国信使，并在雅克萨城唾手可得的情况下同意了俄国的请求，命令萨布素等撤雅克萨之围，又派太医赴雅克萨为患病俄军治疗，且发粮赈济，保住了坐困城中坐以待毙的俄国人性命。次年七月，清政府闻知戈洛文使团抵达边境，遂命萨布素等率部返回黑龙江、墨尔根（今嫩江）等地驻守。至此，历时两年之久的第二次雅克萨之战正式结束。
《尼布楚条约》
第一次雅克萨之战后，沙俄见仅靠武装入侵难以实现其对中国进行侵略扩张的目的，遂改变策略，企图以军事侵略和外交谈判交替使用，迫使清政府就范。康熙二十五年（1686）正月，沙皇政府任命戈洛文为对清谈判使团全权大使，率使团于正月十三日自莫斯科启程来华。康熙二十六年（1687）八月，戈洛文一行到达贝加尔湖东岸。
戈洛文一行在贝加尔湖东岸一带停留了两年时间。因此时清军已然撤销雅克萨之围，戈洛文就不急于与清方谈判。他一面窥探清政府的意图；一面竭力鼓动中国喀尔喀蒙古各部脱离清朝，臣服于俄国。遭到喀尔喀蒙古领袖土谢图汗和哲布尊丹巴的坚决拒绝。戈洛文见挑拔离间难以奏效，又企图以武力逼蒙古各部屈服。是年冬，戈洛文诬陷蒙古人民偷盗俄军牛羊马匹，命俄军闯入蒙古牧区进行烧杀抢掠，俄国侵略者的暴行遭到喀尔喀蒙古人民的坚决反击。十二月，蒙古军民在楚库柏兴（今色楞格斯克）一带打败俄军，迫使戈洛文等躲在城中不敢出来。康熙二十七年（1688）六月，正当喀尔喀蒙古各部抗俄斗争取得一系列胜利之际，准噶尔部首领噶尔丹以“为弟报仇”为借口大举入侵喀尔喀蒙古。喀尔喀各部相继战败，土谢图汗和哲布尊丹巴等率数十万众南归，要求清政府予以保护。戈洛文见有机可乘，遂与噶尔丹相勾结，派俄军分路出击，逼迫喀尔喀各部归顺俄国。由于喀尔喀蒙古人民的坚决反对，戈洛文一伙的阴谋未能得逞。
康熙二十七年五月，清政府派领侍卫内大臣索额图、都统公佟国纲、尚书阿喇尼、左都御史马齐、护军统领马喇等组成谈判使团，取道蒙古前往楚库柏兴与俄使进行谈判。索额图等行至蒙古，正值噶尔丹大举入侵，道路受阻，不得不暂时返回北京。康熙二十八年（1689）四月，索额图等再次启程，谈判地点改在尼布梦（今俄罗斯涅尔琴斯克）。六月，使团到达尼布楚。
中国使团到达尼布楚半月有余，仍不见戈洛文等前来，反受到俄国方面无理指责，说中国使团带军队前来违反国际法准则，又诬陷中国士兵途经雅克萨时杀死两名俄国人，还要求中国使团驻地不得离尼布楚城太近，应退往额尔古纳河口等等。对此，索额图等据理予以驳斥。
七月初五日，戈洛文使团到达尼布楚。初八日，双方进行第一轮会谈。谈判一开始，双方即展开了针锋相对的激烈辩论。戈洛文一口咬定黑龙江流域“自古以来”即为俄国领土，却又拿不出确凿的证据，指责中国“突然派兵侵犯”俄国领土，制造流血事件，引起战争，要求清政府赔偿俄国损失，惩办有关人员。索额图对戈洛文的无稽之谈逐条予以驳斥，以大量事实说明，鄂嫩、尼布楚等地皆为中国人民世代居住之地，当地人民一直向中国政府交税，其首领和子孙至今仍在，因俄国侵略而逃到内地。索额图在回顾了俄国侵略黑龙江流域的历史以后指出，当地中国各族人民多年来遭到俄国侵略者的蹂躏，绝不是如戈洛文所言仅仅为“小小纷争”。对此，中国政府曾多次提出抗议、警告，但俄方始终置若罔闻，中国忍无可忍，只得以武力驱逐侵略者。因此，引起战争的正是俄国的侵略和屠杀，如果说要“惩凶”、“赔偿”的话，那么俄国首先应惩办侵略凶手，赔偿中国人民生命财产的损失。最后，索额图表示，中国使团是为争取和平而来，故只谈边界划分，谋求达成协议，并不想要求俄方“惩凶”和“赔偿”。在无可争辨的事实面前，戈洛文等理屈词穷，无话可说，在随后进行的划界谈判中，戈洛文首先提出以黑龙江为中俄两国边界的方案，遭到索额图等断然拒绝。清方提出以勒拿河与贝加尔湖划界，也未被俄方接受。第一天会谈没有结果。
次日举行第二次会谈。开始，戈洛文仍坚持以黑龙江划界，后见中国使团坚决反对，又提出以牛满河为界，仍将黑龙江上、中游北岸划归俄国。时此，中国使团当然不会同意，但索额图等以为俄方已然让步，于是提出以尼布楚为界的新方案。由于中国使团缺乏外交谈判经验，一下子就将事先确定的最后方案拿了出来，因而上了戈洛文等人的当，将尼布楚轻易划给了俄国。戈洛文见清方肯让出尼布楚，不由喜出望外，但为了勒索更多的利益，故意与中国使团继续纠缠，拒绝了这一方案。第二天会谈仍无结果。
索额图等不知戈洛文的真正意图，以为最后方案遭到拒绝，谈判已经破裂，准备返回北京。戈洛文一见，急忙通过在中国使团中充当译员的两名传教士——法国人张诚和葡萄牙人徐日升，劝中国使团留下来继续谈判。七月初十至二十三日，张诚与徐日升频繁往来于中、俄使团驻地，进行会外活动。经过激烈的辩论，中国使团又作出一系列重大让步，有些甚至超出了康熙帝允许的范围。戈洛文等见此行目的已基本达到，又赶上大批受俄军残害的中国各族人民听到中国使团到来的消息，纷纷突破俄军封锁，来到尼布楚附近，引起他们的恐慌，于是表示愿意接受中国使团的方案，同意撤出雅克萨。
康熙二十八年（1689）七月二十四日，中、俄两国正式签订《尼布楚条约》。共六条，内容如下：一、以流入黑龙江的格尔必齐河、外兴安岭直到海边为界，山南归中国，山北归俄罗斯。二、额尔古纳河以南属中国，以北属俄罗斯，其南岸眉勒尔客河口所有俄罗斯房舍均迁往北岸。三、将雅克萨地方俄罗斯所修之城尽行收图拆毁，雅克萨所居俄罗斯人民及诸物尽行撤往察汉汗之地。四、凡猎户人等断不许越界，有越界者即行擒拿，送各地方官惩处。从前一切旧事不议，中国所有俄罗斯之人或俄罗斯所有中国之人均不必遣返。五、今既永相和好，以后一切行旅，有准令往来文票者，许其贸易不禁。六、不得容留对方逃亡者，一经发现即行送还。另外，双方还商定将外兴安岭和乌第河之间的地区暂行存放，留待后议。
《尼布楚条约》是中、俄两国签订的第一个条约，其正式文本为拉丁文本，由双方代表签字盖章，另有满文和俄文副本。《尼布楚条约》是在平等的基础上签订的，其内容也未超出两国政府愿意接受的范围。条约明确划定了中俄两国东段边界，在此后相当长的一段时间，两国边境相对安定，人民往来和贸易关系皆有所发展。
蒲松龄与《聊斋志异》
《聊斋志异》作者蒲松龄，字留仙，一字剑臣，别号柳泉，淄川（今山东淄博）蒲家庄人。蒲松龄出身于“书香”门第，19岁接连考取县、府、道三个第一，但此后屡试不第。直到71岁才考得了一个岁贡。科举不得意，他便一生隐居，做私塾先生，生活相当清苦。正是因为科举的失意，使他从不满科举制度开始，逐渐看到现实中诸多的黑暗，而贫困的生活，又使他能够体恤农民的疾苦，以致其部分作品能够摆脱个人的积郁，在很大程度上反映社会矛盾，表达出人民的某些思想和愿望。
蒲松龄一生着述颇丰。除《聊斋志异》外，还有诗集六卷，文集四卷，通俗俚曲14种，以及长篇白话小说《醒世姻缘传》等。《聊斋》是蒲松龄的代表作，《聊斋》中绝大多数篇章记述了当时民间和下层文士间的故事传说。作者有意借用花妖狐魅的故事抒发自己的情感，寄托自己的悲愤，以避开当时严酷的文网。
《聊斋志异》的主要篇章反映了广阔的现实生活，有着深刻的思想意义。书中有部分作品对科举制度的腐败进行了猛烈抨击。蒲松龄一生深受科举之害，对其弊端感受尤深，因而这类作品入木三分，思想性特别突出。《聊斋》还以大量篇幅揭露了现实政治的腐败与统治阶级对人民的残酷迫害。《聊斋》的少数篇章还赞美了劳动者善良、淳朴、豪爽、机智的优秀品格。
浓烈的浪漫主义色彩，是《聊斋》最突出的艺术风格。在许多篇章中，妖魅和幽幽冥间都起着重要作用。作者有意将妖魅人格化、社会化，借助妖魅的超现实力量来实现自己的理想。人物的刻划也很独特，生动是一方面，几笔就能传神，更重要的是作者表现人物不拘泥于现实，敢于突破生与死、人与妖的界限，因而给人一种亦真亦幻又鲜明可爱的感觉。情节的曲折也增加了作品的魅力。整体而言，《聊斋志异》是部针贬现实的好作品，但其中亦宣传了因果报应、地狱轮回等宿命论的观念，这就导致了作品思想意义的复杂性。
《聊斋》问世之后风靡一时，形成我国文言短篇小说的一个高峰。《聊斋》之后，文坛上出现大量摹仿作品，《谐铎》、《夜谭随录》、《阅微草堂笔记》即此类作品。这些作品或仅搬用《聊斋》的形式，或思想趋于保守，离《聊斋》达到的艺术境界相去甚远。《聊斋》的精华所在，如现实精神、精湛的白描刻画与讽刺手法倒是被清代长篇小说中的优秀之作《儒林外史》等继承下来。
吴敬梓与《儒林外史》
“乾隆盛世”时，吴敬梓创作了杰出的讽刺小说《儒林外史》。吴敬梓（1701～1754），字敏轩，晚年号文木老人，安徽全椒县人，清代着名文学家。出身于科甲鼎盛的缙绅世家，36岁时曾被荐应博学鸿词考试，即以病辞，54岁时（1754）穷愁潦倒死于扬州。《儒林外史》的社会批判锋芒所指，主要集中在封建科举制度对士人灵魂的腐蚀毒化方面。吴敬梓站在一定的思想高度上俯视整个封建文化，深刻地剖析了儒林众生的种种心态和生态。《儒林外史》以其高度的思想艺术成就奠定了我国古典讽刺小说的基础。它对晚清谴责小说及现代讽刺文学都有深远影响。它与稍晚的《红楼梦》同样标志了中国长篇小说从内容到形式的成熟。
曹雪芹与《红楼梦》
曹雪芹（1715～1763），名沾，字梦阮，号雪芹，又号芹圃、芹溪，祖籍辽阳，是清代伟大的现实主义作家。曹雪芹的曾祖、祖父、父亲三代都是江宁织造，家世在祖父曹寅时达到鼎盛。由于雍正初年封建统治阶级内部政治斗争的株连，曹雪芹之父曹頫被革职下狱，抄没家产，家道从此日渐衰微。曹雪芹经历了由锦衣玉食的宫廷贵族到“举家食粥”的贫民百姓的沧桑之变，对封建统治阶级的没落命运有切身感受，对社会上的黑暗和罪恶有全面而深刻的认识，在此基础上，他“披阅十载，增删五次”，写出了不朽的现实主义巨着《红楼梦》。
《红楼梦》以贾宝玉和林黛玉的爱情悲剧及贾宝玉与薛宝钗的婚姻悲剧为经线，纵向剖析了造成悲剧的深刻的社会根源；同时以贾府的兴衰为纬线，横向展示了由众多人物构成的广阔的社会生活环境。由此揭露了封建社会后期的种种罪恶及其不可克服的内在矛盾，使读者看到封建制度行将崩溃的必然命运。《红楼梦》的艺术成就是辉煌的。首先，曹雪芹以精雕细琢的功夫，塑造了贾宝玉、林黛玉、薛宝钗、王熙凤等一大批栩栩如生的典型人物。其次，小说以贾、林、薛的爱情婚姻纠葛为主线，把众多的人物、事件组织起来，情节纵横交错，形成了一个严密完整的网状结构，既宏大又清晰，有条不紊地将错综复杂的内容表现出来。《红楼梦》在继承民族文化传统的基础上进行了巨大创造和发展，成为我国古典小说现实主义的高峰，给后代作家提供了丰富的艺术经验，对《红楼梦》的研究成为一种专门的学问——“红学”。
改土归流
雍正年间，清政府在西南大部地区废止当地各少数民族中普遍实行的世袭土司制度，按内地制度重新建立行政区划，委派有任期的“流官”进行直接治理，大大加强了中央政府对这些地区的控制，史称“改土归流”。