苏联人随后证实有一架阿富汗空军的苏-22M-3K被击落，他们的反应迅速，因为他们担心巴空军的F-16有可能尝试截击轰炸机，当时苏军的这种轰炸机在阿富汗东北部活动频繁，有时也接近巴基斯坦。所有对巴领空的越界飞行都被取消，同时驻扎在喀布尔北部巴格拉姆空军基地的第120航空团新装备了29架米格-23MLD和5架米格-23UB。苏联飞行员得到命令，除了自卫，任何情况下禁止进行空中格斗，然而，接下来很快又发生了另一次遭遇战。1986年6月19日，巴空军第9中队正在基达地区齐拉特西北方空域执行战斗巡逻任务，他们负责监视敌人的活动，但是不得进入距离边境50公里的区域。由哈米德·贾德里和尤赛夫驾驶两架F-16A已经巡逻了近40分钟，这时地面指挥要求他们去截击侵入巴领空的两个目标，他们的目标很快掉头回航，于是贾德里放弃了截击。然而就在这时，地面指挥通知他说又有新的目标出现，这次的目标速度很快，但贾德里还是成功地捕获了目标——两架苏联的米格-23ML，然而，在试图接近敌机的时候，他发现由于机械故障，飞机左侧的副油箱居然无法投下，这使他无法发射对空导弹。于是贾德里命令尤赛夫继续攻击，而他自己则退出了追击。这时米格-23转向飞回了阿富汗领空，因此攻击被取消，两架F-16返回了基地。
在1986年剩余的时间里，没有更多关于空中格斗的报道。由于圣战者们在这一时期获得了FIM-92A“毒刺”单兵地对空导弹，苏联和阿富汗空军不得不把他们大部分的精力投入到发生阿富汗境内的战斗中。在1986年10月、11月间，不少于200具“毒刺”被送到圣战者的手中，相应地，苏联和阿富汗空军的损失只能用“可怕”来形容。例如，在克霍斯特地区，装备苏-25的第200攻击机团两天内就损失了2名飞行员和4架飞机；11月19日，一架米格-23ML和一架安-12B被击落；11月29日在巴格拉姆上空，阿富汗空军的一架伊尔-28被击落，这是他们仅有的几架尚可飞行的伊尔-28中的一架。1986年12月19日，一小队圣战者攻击了在喀布尔机场上空的飞机并击落一架安-12B；1987年1月21日，第200攻击机团又损失了3架飞机，其中包括波多茨金中尉驾驶的一架苏-25。此时，苏军和由纳吉布拉博士领导的阿富汗新政府开始意识到，由于缺乏有效的空中支援，他们已经无法再发起大规模的攻击行动了，于是苏联和阿富汗空军所有对抵抗运动补给线的攻击都被禁止。这一禁令一直持续到1987年冬天，那时，苏联和阿富汗的飞机重新在巴基斯坦边境地区的上空活跃起来，执行了上百次的轰炸和布雷任务。
为了在圣战者们即将发起的春季反攻中抢得先机，从1987年3月23日开始，苏联和阿富汗空军开始轰炸扎瓦尔地区，那一天的第一波攻击是由12架阿富汗空军的米格-21对特里曼格尔地区和安果尔·阿达地区目标的轰炸。然而，他们的努力显然是徒劳的，到这个月月底为止，抵抗运动宣称击落了不少于50架的固定翼飞机和直升机。此外，巴基斯坦空军的活动也变得更加咄咄逼人了，根据苏联方面的资料——他们的F-16甚至开始试图截击克霍斯特地区的阿富汗和苏联运输机。例如，在1987年3月30日，中队指挥官阿卜杜尔·拉扎克和西坎德·哈雅特中尉由地面引导截击两个低速目标，这两个目标被认为是对帕拉其那雷达站进行侦察的电子侦察机，拉扎克立即开始追逐敌机——其实是阿富汗空军的安-26运输机，正在飞向克霍斯特。“当地面指挥通知我截击目标的时候，我的肾上腺素分泌迅速增多。所有的准备工作在30秒内完成，这时据报告敌机正在向帕拉其那接近，距离大概30至40英里。不久，地面指挥官通知说只剩一架敌机还在侵犯我国领空，另一架已经转弯飞走了。当我的雷达在3至4海里的距离搜索到目标的时候，我发现目标是一架慢速的大型飞机。我请求攻击，请求很快被批准，当时我和敌机的相对速度是200节，而敌机的红外信号很弱，因此攻击距离不能大于4000英尺，这样一来留给我的攻击时间只有1.5秒。一切情况都和练习中一样，我按下按钮，导弹发射出去，我屏住呼吸，看到导弹击中了目标。我的僚机也发射了一枚导弹，同样也击中了目标，于是敌机坠落在了白雪皑皑的山间……”根据苏联方面的消息，这架安-26上的39名乘员全部死亡。
苏联战斗机在此后的两星期里有一些双方飞机的空中遭遇，但是没有交火。
新的一次空战发生在1987年4月16日，第14中队的两架F-16A在赛尔附近执行战斗巡逻任务。到达预定地点几分钟后，地面报告说有敌机侵入巴领空，要求两架F-16A截击。背对着太阳，巴达尔以高速接近敌机——数架阿富汗空军的苏-22——并开始攻击。“我们的速度很快，追踪了一会儿敌机就进入了射程，在接近的过程中，我命令僚机盯住此前我们发现的两个目标。敌机刚一进入射程，我就发射了第一枚AIL-9M导弹。那真是奇妙的感觉，此前我从未发射过导弹，导弹离开机翼的时候引起了轻微的震动，我以一种近乎于敬畏的眼光注视着导弹，但它很快就从我的视线中消失了，于是我转而注视敌机。几秒钟以后，敌机周围出现了一个大火球，表明我成功地击中了它。我把飞机向左拉，以螺旋动作朝地面飞去，锁定第二架敌机并发射了第二枚导弹，此时地面指挥官通知说我们离边界太近了，要求我们掉头，于是，就在我发射的第二枚导弹离开机翼时，我操纵飞机向左转，同时命令僚机做同样的动作。在转弯过程中，我一直向天顶观察，看到在第二架敌机的位置上出现了另外一个大火球。此后我降低高度，同僚机会合，返回了基地。”在他的战斗报告中，巴达尔·乌斯·伊斯拉姆声称击落了两架敌机，但是在对各方面的纪录进行核实以后，巴基斯坦空军仅承认他击落了一架，原因也许是因为第2架敌机坠落在阿富汗境内。后来阿富汗空军证实，他们的飞行员阿布杜尔·贾米尔少校安全跳伞并降落在阿富汗境内，但是没有提到当天损失的另一架飞机的情况。
那时候，一些小股的圣战者战士——由巴基斯坦军方组织——开始进入苏联领土活动！苏联人于是暗中警告巴基斯坦政府“不要走得太远”，因此以后类似的行动被取消。但是巴阿边界上空的局势却依然紧张，特别应该指出的是，巴基斯坦飞行员变得大胆起来，开始深入阿富汗领空。1987年4月，阿富汗空军司令阿卜杜尔·卡迪尔少将称巴基斯坦的战斗机至少30次侵入了阿富汗领空，巴基斯坦否认了这种说法，但是很多报告都表明阿富汗人没有说谎，尤其是接下来的一次空战，这次空战发生在1987年4月29日。那天早晨，第120航空团的4架米格-23MLD，由波其陶金少校带领对德贾瓦尔地区的一条小路进行布雷，这条小路被圣战者们用来从巴基斯坦运送补给品。这时巴空军第9中队的2架F-16A出现，开始向他们攻击。米格机——显然没意识到危险——在中空投下炸弹后转弯爬升，这时F-16长机发射了1枚AIM-9L。根据巴基斯坦方面的说法，跟在米格机后面的F-16僚机随敌机一起转弯，不幸飞到了“响尾蛇”导弹的前方，导弹将其锁定并击中了他。西坎德尔跳伞，降落在阿富汗境内，幸运的是他降落在了圣战者控制的地区，随即便被送回了巴基斯坦，一同被送回的还有他驾驶的F-16的一片机翼，翼尖上还挂着一枚“响尾蛇”导弹。而根据苏联方面的看法，很可能是在经过“某种方式”的空战后，米格编队中的某位飞行员击落了F-16A，但是由于与巴基斯坦战斗机的空战是被禁止的，所以他们并没有正式宣布这种说法。他们的另外一种看法是这架F-16被击落是因为他恰巧飞到了由米格机投下的密集的集束炸弹群中。
根据未经证实的消息，当月在克霍斯特地区，巴基斯坦空军的F-16还击落了另外2架安-26和4架米-8，他们的行动无疑是非常成功的，但是很快的，巴基斯坦最高指挥部就下令禁止对阿富汗领空的进入，巴基斯坦空军的任务被限制为仅仅是截击入侵的苏联和阿富汗飞机。尽管如此，在1987年8月，阿富汗政府宣布巴基斯坦的一架F-16A在克霍斯特附近击落了一架载有平民的安-26运输机，但是巴基斯坦政府从未证实过这一声明，直到今天也还不清楚这个声明是否属实。不过毫无疑问的是，苏联、阿富汗与巴基斯坦之间有很长时间没有再发生空战。
4.正面冲突
1987年的晚些时候，阿富汗的形势发生了逆转。大量的FIM-92A“毒刺”导弹被送到圣战者手中，这使得苏军的空中力量处境艰难，他们不得不命令飞行员在高空飞行，要么就在晚上行动。由于大量的飞机被“毒刺”击落，苏联人现在既不能有效地控制阿富汗的乡村地区，也不能保证向阿富汗—巴基斯坦边界的据点持续空运物资。不仅如此，在阿富汗空军中还涌动着不安的暗流，一系列的叛乱接踵而至，目标直指阿富汗政府。
1987年10月3日，两架阿富汗空军的米-4飞到了巴基斯坦，降落在奇哈尔附近地区，尽管后来两架直升机被送回阿富汗，但是机组成员受到了政治庇护。此后不久，又发生了一架阿空军的苏-22企图轰炸喀布尔阿总统府的事件。尽管在1987年8月，为了加强第120航空团的实力，第168航空团的米格-23MLD截击机进驻了巴格拉姆空军基地，但这个调动被认为还不足以防止以后再发生类似的攻击事件，苏联空军不得不将一个中队的米格-29也调至该基地，这个中队的唯一任务就是保卫喀布尔。这个预防措施很快就证明了它存在的必要性，就在米格-29抵达阿富汗几个星期以后，4名阿富汗飞行员驾驶他们的苏-22战斗轰炸机试图轰炸阿富汗总统的住所，但他们遭到了拦截，在几分钟之内就被全部击落。
1987年底，圣战者们开始围攻克霍斯特，于是苏联空军将装备图-22M-3的第185轰炸机团调至土库曼斯坦苏维埃共和国的玛莉-2空军基地，这个团以小分队的形式展开了一系列的攻击，每次行动都向抵抗运动的阵地投下200吨炸弹，他们甚至动用了重3000公斤的FAB-3000重磅炸弹。由于轰炸行动靠近巴基斯坦边界，原驻在欧泽诺尔的第341电子战轰炸机团的四架图-22PD也调至了玛莉-2空军基地，这些飞机装备了强有力的电子干扰设备，这些设备实践证明是卓有成效的，当图-22执行轰炸任务的时候，巴基斯坦的截击机一次也没有发现并接近他们。