顺治元年（1644）十月，清军占领山西后，满清贵族兴高采烈，自以为稳操胜券，于是实施野蛮落后的民族歧视压迫政策，强迫民众剃发，公然宣称：“留发不留头，留头不留发”，并在太原等地大肆屠杀、抢劫、跑马圈占土地，激起山西民众群起反抗。各地民众纷纷占山结寨，拥众自保，举起反清大旗。顺治二年（1645）二月，雁北朔州的善友会首先起义，他们利用秘密宗教组织进行反清的武装暴动。第二年，山西南部也爆发反清武装斗争，夏县的张五、闻喜的王小溪、绛县的周三等，纠聚多人，立名于城社，与官府对抗，出没于曲沃、绛县、垣曲各地，劫富济贫，打击官府和富豪。清初的这些反清武装起义斗争，其中又以姜瓖在大同发动兵变和吕梁山区的交山义军坚持时间最长，影响最大。
姜瓖生性多疑奸诈，为人反复无常。原本是明大同镇总兵，他一生见风使舵，三事旧君新主，叛服无常。崇祯十七年（1644）二月二十二日（3月30日），李自成军攻克宁武城，给大同守敌以极大震动，当时姜瓖认为明朝大势已去，遣人暗献降表。李自成、刘宗敏率大军继续北上，三月初一（4月7日）到达大同后，姜瓖射杀永庆王，开一城门迎接大顺军入城。大同巡抚卫景瑗被俘自杀，明宗室诸王负隅顽抗，李自成一怒之下，传令将代王全家及其宗室一并杀死。
同年五月，清军进入北京后，立即向山西进兵。六月，清摄政王多尔衮派吴惟华前往山西实行招抚，以固山额真叶臣领兵继进为后盾。这时，已降农民军的姜瓖见势不妙又杀大顺军将领，很快背叛李自成，大同地区于是又落入清朝之手。由于姜瓖的叛变，吴惟华乘势招抚了大同以南的代州、繁峙、崞县等地。
顺治四年（1647），晋西北许多农民在任亮、巴山等率领下，举旗造反。他们以吕梁山为依托，用奇袭手段攻打交城、永宁州（今山西省离石市、方山县一带）。交山农民起义军的根据地设在交城县西北150里的三座崖，地当东西两葫芦峪之间（今交城县燕家庄、惠家庄二乡之间），形势险峻，由抗清志士傅青山、任亮等领导，盂县、五台、静乐等地农民群众纷起响应，有众万余人。他们与当地官府对抗，坚持山地战斗。第二年，又由于清廷用苛刑酷法迫害山西人民，并严厉禁止民间养马，激起民愤。于是交城长板塔村人王显明、梁四、张继成等动员各乡群众起而反清。这支起义军进入炼银山寨，与吕梁山的农民军汇合，声势更加浩大。附近百姓纷纷前来参加。傅山的好友汾阳人薛宗周、王如金等也参加进来。他们频繁活动于文水、交城、祁县一带，设法把清兵吸引到炼银山下，乘机夺取了附近几个州县。张继成、齐三夏等头领设伏围歼了守备李连忠所率领的一队清兵，威震晋中。清廷派满洲镶白旗猛将爱松古率领一队600人的蒙古骑兵进驻太原，配合右副都御史、山西巡抚祝世昌于交城、清源一带截击，打败了起义军王显明和李阳各部，阻止了农民军进逼省城太原的计划。
顺治五年十二月初三（1649年1月15日），大同总兵姜瓖在大同再次反清，雁北浑源、应州、山阴各州县纷纷响应。次年，交山义军攻克交城，派人邀请姜瓖南下。姜瓖部将姚举取忻州，下石岭关；另一部将刘迁取代州、繁峙、静乐，连破汾州、文水、清源、徐沟、太谷、石楼、永和等地。晋东南潞安府的苏升、晋南曲沃李建泰、运城虞永和韩昭宣，以及蒲州、临晋、河津等地农民军，都纷起响应姜瓖，一时声势浩大，几成千里燎原之势。清朝山西当局惊恐万分，声称省城太原成了一座孤城，大有呼吸危亡、朝暮难保之势。清廷先后以亲王阿济格、尼堪、博洛以及悍将鳌拜统兵入援。战局紧张关头，摄政王多尔衮两次来山西，亲自坐镇督师。不久，因姜瓖部将杀姜瓖及其弟，投降清朝。抗清农民军渐次失败。
但是，交山农民起义军一直坚持斗争。经过一段时间的休整，于顺治六年（1649）重整旗鼓，在梁四、王显明的指挥下，接连攻占了太谷、文水、徐沟、汾州等几十座城，截断了平阳、潞安、宁武三府的南北通道。各地清兵受困，朝廷震动，摄政王多尔衮亲自出马讨伐，并命端重亲王博洛为定西大将军，督率大军进攻山西，南援太原。各路清兵数万人马聚集在太原南郊，在太原晋祠展开了镇压交山农民军的一场围剿战，农民军几经冲杀，伤亡惨重，终因力量对比悬殊而失利。晋祠之战失败，原因在于义军兵力单薄，在付出极为惨重的代价后，仅有少数人脱难。义军领袖王显明及薛宗周、王如金等皆在与清军激战中壮烈牺牲。至此，山西境内的反暴政、反压迫的农民斗争转入低潮。
晋祠之战失利后，各路农民起义军仍扼守山寨，坚持斗争。并拥戴晋西石楼县人傅青山为领袖。傅青山原本姓曹，曾在官府当差，因不满官府的胡作非为被革职。顺治十六年（1659）入山参加农民起义军。他为人富有胆略，武艺高超，领导义军多次英勇抵抗官兵的围剿和封锁。康熙二年（1663），清政府令山西地方官兵封锁山区，企图困死义军。同时利用当地反动地主、乡绅势力进行多方破坏。义军在极其艰难困苦的环境下，不屈不挠，坚持武装斗争。康熙十年（1671），傅青山在战斗中受足伤，行动不便，又在大皮沟遇到敌兵伏击，被俘牺牲。第二年（1672）初，交城知县赵吉士约太原镇守备姚顺率兵乘雪夜入山偷袭，起义军仓促应战。双方经过一场短兵相接式的恶战，起义军失败。至此，前后坚持了近30年的交山农民反清斗争停息。