阎长贵在监狱的代号是6820，意思是1968年第20号犯人。据阎长贵讲，他被投进监狱两年多，没有传讯没有提审，没有书报，没有纸笔，除了一日三餐保证人最低限度地活着，一切人与社会接触、交流的工具都没有。他像被世人遗忘了，除了看守没人理睬他。阎长贵成了完全与世隔绝的人，几乎变成了聋子、哑巴。他盼望提审，是因为可以与人说话，他像身陷囹圄的困兽，甚至找茬儿和看守吵架，为的就是张口说话。为了不使说话功能退化，他每天背诗词和自编顺口溜。不能与人说话，但大脑不能停止思维，阎长贵的脑子里无时无刻不在想问题，越想就越想不通。为了强迫自己不去想，就每天坐在床头前数暖气罩上的网眼，一遍又一遍，循环往复。一旦停止数数儿，又开始思考，这种痛苦使他备受煎熬。当时阎长贵的念头就是，只要让我出去，干什么都行。
两年多以后，直到1970年春才有了第一次提审。阎长贵说：当时在秦城监狱连提审都是一种享受啊，因为可以和人说话。以后的情况稍有改善，可以读《毛选》和看报纸。几年下来，《毛选》中的每篇文章他都读了几十遍，其中《论持久战》读了有上百遍。为了能有文字的东西看，每天看过的报纸他不让看守拿走，看过的还反复看，用以消磨时间和增加知识。阎长贵说：八年如果用来学外语，起码也能精通一门啊。
1975年5月，阎长贵被释放，并被直接送到湖南西洞庭农场劳动等待结论。农场职工只知道阎长贵是一位特殊人物，并不知道他的真实身份。当时刚释放过一批战犯，猜他是战犯太年轻，作家体验生活也不太像。尽管猜不出阎长贵是什么人，但是农场职工还是热情地接受了他，处处予以关照。1975年10月，上级宣布了给阎长贵的结论：妄图用假材料陷害中央负责同志（负责同志当然指的是江青）。留党察看一年。阎长贵劳动了一年多，被调到农场中学当教师，开始教数学，后来教政治，又当了一年中学校长，后被调到农场宣传部当理论干事。
十一届三中全会以后，大批冤假错案得到平反。阎长贵的冤案也于1979年9月得到了彻底平反。1980年3月，阎长贵回到了北京，回到了他离开了14年的《红旗》杂志社，重新做起了编辑。