控制程序是内部控制的第三个要素。同其他两个要素一样，控制程序也是由为了合理保证公司目标的实现而建立的政策和程序组成的。控制程序可应用于某种交易（如销售），也可以广泛地加以应用，还可以融合应用于控制环境或会计系统的特定组成部分。控制程序可分为五类，以下说明这五类各自包括的特定控制程序，以及这些控制程序与会计报表认定的关系。
1.交易授权
2.职责划分
3.凭证与记录控制
4.资产接触与记录使用
5.独立稽核
