朱氏擅长内科杂病，对肝炎的治疗及虫类药物的应用，尤具心得。朱氏认为慢性肝炎在病机方面有正邪虚实之异，伤阴损阳之别，在气在血之辨；在治法上则应分施疏肝、柔肝、养阴、扶阳、理气、化瘀诸法，并自制柴胡疏肝散、疏肝益肾汤、复肝丸等历用不爽的方药。
一、疏肝与养肝
肝病之证治，头绪纷繁。清代治肝大家王旭高就总结出治肝30法，朱氏认为疏肝与养肝是治疗肝脏疾病的基本大法，这是以肝脏的生理功能为理论基础的。
肝为藏血之脏，其体柔，主疏泄，性喜条达，对人体气机的运行有着重要的调节作用。但其为病则显露出刚强之性，故古人曰“木曰曲直”。肝属厥阴，但中寄相火，易于化火动风，所以前人用“体阴用阳”来概括它的生理功能。肝脏的疏泄功能是与肝体密切相关的。肝血充沛，肝体不燥，则疏泄有度；若肝血不足，肝气有余，则易于横逆致变。“肝体愈虚，肝用愈强”，前人的这一论点是准确的。
疏肝法是理肝“用”的一种方法，凡肝脏“曲”而不“直”者宜之。养肝法是濡养肝“体”的一种方法，凡肝脏“直”而不“曲”者宜之。“疏”与“养”是中医治疗学动静观的体现。
历代典籍的治肝方剂，纯用疏肝药或养肝药是少见的，疏养结合则是普遍规律。如四逆散，在疏泄中不忘柔养。一贯煎是柔养肝体之要方，于柔养中不忘疏泄。应注意的是，柴胡与川楝虽同为疏肝药，但柴胡其性升疏，川楝功在泄降；一般肝气郁结，阴伤未著者，取柴胡；若肝郁化热，肝阴已伤，取川楝，取其清肝止痛，用量需稍重，—般用20克为佳。当然，肝阴已伤，肝郁较甚者，柴胡不是绝对不能用，如清代高鼓峰，就有柴胡与生地并用的方法。
慢性肝炎证见情怀悒郁，胸闷不舒，欲嗳不爽，两胁胀痛，食欲不振，舌苔薄腻，或上有垢浊，脉弦或濡滑，为肝失疏泄，影响脾胃运化功能，湿浊内阻，气机不畅。其治疗必须遵照古人“疏肝毋忘和胃”之说，以疏肝为主，参用健脾和胃之品，可选用柴胡疏肝散(四逆散加制香附、川芎)化裁，加蚕沙以泻浊；薏苡仁、茯苓、半夏、豆卷化湿和中。若郁久化热，小溲色黄者，去川芎，加栀子、蒲公英清泄之。若久病伤阴，证见烘热体倦，口干思饮，两胁疼痛，情绪易于激动，大便干结，舌红，苔少而干，脉弦略数，当以柔养为主。因肝肾同源，肝阴受损日久，势必下汲肾阴，此类证候特点是伴见肾阴亏虚，养肝需参益肾，方能提高疗效，常取高鼓峰舒肝益肾汤化裁。此方是六味地黄汤加柴胡、白芍而成。既可养肝益肾，又能达肝郁、泻湿热；唯方中萸肉有温助肝阳之弊，不防删去，加女贞子、旱莲草清滋之品。或阴虚不耐柴胡升疏者，可用川楝、生麦芽、白蒺藜代之。乌鸡白凤丸移治肝肾两亏之慢肝而肝功能异常者，可降低转氨酶及麝浊，升高白蛋白。
二、扶正与祛邪
慢性肝炎多由急性肝炎演变而来，而湿热、疫毒又是导致急性肝炎之上因，所以驱邪是慢肝治疗中的重要环节。但不可把驱邪机械地理解为清热解毒。一味追求降低肝功能指标，则是片面的。按照中医学的观点，“邪之所凑，其气必虚”，“至虚之处，便是容邪之所”，可见慢肝的病理变化，离不开邪正之纷争，治疗也必须正确地运用扶正祛邪，或在祛邪中不忘扶正的指导思想。慢肝多属虚实挟杂，正虚多由实邪流连日久而来，只有肝气得舒，脾胃才能健运；瘀血得去，新血才能化生，故应攻补兼施，权衡适度，始收佳效。
慢性肝炎用补法，必须在明确病位的基础上，区别其为阴虚，抑为刚虚，方能对证下药。凡阴虚者，宜补而兼清；阳虚者，宜补而兼温，病由肝而起，传脾而盛，传肾更剧。从肝、脾、肾损伤之程度，可以测知病情之轻重。
凡肝脾阴伤，证见爪甲少华，口干溲黄，烘热肢软，纳谷不馨，食后胀闷不适，大便干结，两胁胀痛，舌红苔少，脉细略数者，当以养肝濡脾为主，参以和中助运之品。此证不宜用参、芪温补，用之反觉胀闷不舒。可取大剂黄精为主(一般用30克)，配合枸杞、沙参、山药、首乌、鸡血藤等，佐以川楝、木瓜、生麦芽等为基本方，随证化裁。气阴两伤，可重加太子参。方中黄精滋养生津，平补肝脾肾；木瓜酸能生津，又可利肝，且能入脾消胀，为治阴伤平木横之良药，均值得选用。
慢肝伤阴最多，但亦有伤及肝阳者，阳虚气弱，则肝用不及。其主要临床表现为疏泄无力，证见面色灰滞，气短乏力，不耐疲劳，稍劳则精神倦怠，纳谷乏味，食后腹胀，大便干溏，小溲时黄，脉弦细，舌质淡，苔白。阳虚往往有怯冷表现，临床不难辨识。对肝气虚的治疗，黄芪是补肝气的良药。朱氏治肝气虚者，亦喜重用黄芪(30～60克)，配合当归、桂枝、白芍、甘草、杜仲、川芎、生姜、大枣为基本方(当归补血汤合桂枝汤加味)。若阳虚怯冷，则加鹿角胶、附子、仙灵脾。临床上还可见到，病人既有肝阳虚衰，又有疫毒深藏，除上述见症，伴见口干、溲赤，此时，不妨温阳与解毒并进，可在上方基础上加用板蓝根、黄柏、丹皮、白花蛇舌草等。
慢肝进一步发展，还会出现肝肾经血亏损、症积。患者面色晦暗，肌肤甲错，胁肋刺痛，肝脾肿大，质较坚硬，伴见肝掌、蜘蛛痣，舌见紫色或瘀斑，脉细弦，妇女月经量少或闭经。检查肝功能可见白蛋白、球蛋白倒置，免疫功能低下。此时，单纯使用扶正或攻坚破积一法，都不能吻合病机。多年来，朱氏使用自拟之“复肝丸”尚称应手。1963年，此丸临床应用在《中医杂志》披露后，各地重复验证，证明其对慢肝癖积及早期肝硬化，确有改善症状与体征、促进肝功能好转的疗效。
处方：红参须、参三七各40克，地鳖虫、紫河车、穿山甲、姜黄、郁金、鸡内金各100克，研极细末，另用虎杖、石见穿、糯稻根各250克，煎成浓汁，与上药粉泛丸如绿豆大，每服3克，1日2次，食前服。1个月为1疗程，一般服2～3疗程，可获治愈。本方补不壅中，攻不伤正，小量常服，确有使瘕积潜移默消，肝实质改善与恢复。但是对于肝胆湿热壅遏，转氨酶明显增高者，此丸不宜早用，必待湿去热清，方可斟酌用之。
三、在气与在血
对慢肝之各种证候，区别是在气分或在血分，有利于把握病理层次，故不容不辨。在气，指慢肝因气机失调所导致的一系列病理变化，如肝气郁滞，湿热壅遏，或脾虚气弱，湿浊不化等。前者，可选用小柴胡汤加枳壳、栝楼皮、郁金(宜大量，一般用30克，可使转氨酶迅速下降，并有利于肝脏之回缩)宣通气机，薏苡仁、茯苓、滑石淡渗利湿。后者，当取补中益气汤为主方。方中妙用升麻、柴胡二味，柴胡除升阳外，兼有疏肝作用，升麻宜生用，意在兼以解毒，故慢肝以脾虚为主要见证者，选此汤为优。
所谓在血，是指病邪由气入血所产生的一系列病理变化，或气滞以致血瘀，或热毒入血而耗血动血，而病程已久，正气不足，湿热病邪混入血络之中，亦属于血分之证治范围。
慢肝以肝脾虚损为本，血瘀为标，其血瘀之表现，主要有气虚血瘀和阴虚血瘀之不同。气虚血瘀，用黄芪配莪术，山药配鸡内金。其中黄芪、山药均需重用至30～60克。随证加用丹参、石见穿、参三七、郁金等。阴虚血瘀，当养阴化瘀，软坚散结。可用一贯煎加丹参、泽兰、牡蛎、庵闾子等。热毒入血，有出血倾向者，往往鼻衄、齿衄时见，口干口苦，或伴见午后低热，夜有盗汗，或大便干结难解，舌质红，苔薄黄，脉弦带数。亟当清营解毒，可取犀角地黄汤为主方，其中犀角可用水牛角代之，用量30～60克，其效始显。随证加用大小蓟、贯众、白薇、枸杞子、女贞、旱莲、鳖甲等。若热毒耗灼真阴，大便干结，可暂加大黄泻热通腑。
久病则入络。其特点为肝区疼痛，牵及背部，舌质有紫气，苔薄腻，脉弦涩，肝功能长期不正常。可用《金匮要略》旋覆花汤为主方，取茜草代新绛。药选旋覆花、茜草、丹参、泽兰、柏广仁、紫草、菝葜、路路通、参三七等。不效，需参用虫类药。朱氏选用九香虫、全蝎、参三七各等分，研细末，装胶囊，每服5粒，1日3次，收效甚佳。
此外，在治疗慢性肝炎时，须注意下列几个问题：
1.关于转氨酶阳性问题：肝炎的病理变化，与湿热、疫毒、肝郁、脾虚、血瘀均有密切关系，除应坚守“辨证审因”，“因病论治”原则外，下方可供参后使用：
生黄芪20克，鸡骨草、白花蛇舌草、虎杖、丹参各30克，夏枯草、贯众、甘草各10克，每日1剂，水煎服，多数可以阴转。
2.关于降低转氨酶的问题：除应坚守辨证论治原则外，单味药和经验方亦可参考：①用五味子粉或五味子制剂，颇有佳效，但常有1/3的患者出现反跳现象，若继续使用，仍然有效。凡苔腻、脘胀、纳呆者，暂不宜使用，或先服健脾渗湿之品，待脾健湿化后，再服为宜。②夏枯草、虎杖、垂盆草、龙胆草等用于湿热偏盛者为宜，或于辨治方中加入生白芍、生山楂，对转氨酶持续不降者也有佳效。
3.关于长期黄疸不退问题：对慢肝黄疸长期不退者(胆汁郁积型)，常用大黄、丹参、莶草(需用30～45克)为主，随证加味。