《淮南子》用“道”在各个层次的落实和运用显明了道家在《淮南子》中的地位，提出了以道统合天地万物以及诸子百家思想的贯通观念。这是建立在先秦各学派知识发展基础之上而形成的。《淮南子》将“物无贵贱”的平等观扩展到意识文化领域，由专于一家到贯通百家是当时学术走向的必然。整合是基于道的特征和要求，是出于纳入了各科知识之上的一个文化整体意识的考虑。《淮南子》试图打破各种界限，这既是时代精神的反映，又是当时学术发展的内在要求。
汉初诸侯与诸子的存在给汉政府造成了思想上的混乱和政权的分散，如何对待二者成为汉初几代君主时时需要面对的问题。而武帝最终以儒学的方式解决了这一问题，通过推恩以弱诸侯，黜百家、尊儒术实现了政治和思想上的一统，是现实政治需要的必然选择。《淮南子》认为诸侯应以“得道”为最高的标准，从道而不从君，而且《淮南子》对诸子给予了肯定，主张并存，“合道一体”是《淮南子》融合百家思想的理论基础。在“道”面前，百家并没区别，只有“道”才能将它们统贯起来，显示出道的包容性和超越性。融合的基点就是各家都是从不同的侧面反映社会现实。因此，《淮南子》自觉地担负起会通诸子之学的历史重任，成为当时最后的总结者，从自然社会等各方面反映了当时哲学思维的进程。
在自然观方面，《淮南子》提出“万物有以相连”，肯定了物物之间所具有的内在本质的必然联系。《淮南子》以气的质料性质的不同解释万物特性的差异，并赋予气以情感及道德与否的属性，因此自然与社会之道是贯通一致的。《淮南子》的万物感应的观念，就是试图探求万物间联系与统一的根源，寻找贯通天地人的多重渠道。其有机整体主义的自然观是一种关联性的整体的思维方式，认为世间万物都是有机的，因为万物都经历着由产生到消亡的运动过程。而万物的运动与终结的依据就是道，道使宇宙万物成为一有机的整体。而“天人有以相通”实际又彰显了人在天地间的独特地位。《淮南子》对道的本体特征和功能进行了多方面的描述，用“太一”、“水”、“至上”等说明，更深入地揭示了道的深刻内涵。道是至上的却又遍在万物之中，是万事万物的依据。对最高范畴“道”的内涵和功能直接袭用老庄的道论，并有了新的发展。它将本体之道、自然之道扩展于人世，开始重视社会之道，并对老庄思想进行了历史的验证，以此确定老庄思想的有效资源性和现实适用性，从而确立了老庄思想在《淮南子》中的基本地位。
先秦道家否定经验知识，而汉代道家肯定经验的价值，《淮南子》善于从历史故事中总结道理，并运用历史经验、事实经验进行广泛验证，这是道家思想在汉代的一个重要发展和转变。《淮南子》以历史验证老庄之术，将老庄的直觉思维进行理性思维的考验，其不盲从的理性态度是对老庄思想的补充和发展，而它客观务实的精神弥补了道家空说无着的缺陷。这与整个汉代重视经验有关，表现了汉代道家积极面向现实，从生活和实验中不断总结出经验，从而肯定了人类知识的进步意义。
《淮南子》的“无为”表现在对待自然和社会生活中的方方面面，指按事物的客观规律行事，“无为”的观念使道家之道具有反映万物规律的可能，使万物的依据与无为的精神相契合。《淮南子》以理性的方式由老子的“法自然”、“辅自然”进一步提出了“推自然”，将“无为”中的积极因素更直接、更明确地阐发出来，赋予人类更积极地参与实际事物的内涵。老子的“无为”只是一个抽象而模糊的政治主张和原则，《淮南子》将道之无为的特征作为政治上无为的理论基础，其无为的政治实践是历史的验证和经验的总结与综合。“无为为之而合于道”，道成为人们行事的最终依据。
《淮南子》重视“因”，“因”是无为的具体化原则，将其运用于自然和一切社会人事活动中去。因此，《淮南子》的无为思想着重通过因循的方式进行的，使无为这一抽象而含糊的概念具体化、实用化，与现实功业逐步联系起来。“无为”、“一”、“道”在《淮南子》中是三位一体的，一与无为是道的表现，二者是应道而生，是道的运用。《淮南子》从道的根源上，将“道”与“一”、“无为”统一起来，从而将治国理论更加系统化、精细化，而重“一”是源于实现社会一统的时代需要而产生的。
儒道思想相抗相补，从而使整合具有必要性和可能性。融合必须有理论上的依据，《淮南子》从本末关系上确立了儒道法三家的地位。认为道德包括仁义，而道德为本，仁义为末；“法生于义”，将法置于儒家之下，仁义为本，法度为末，且以道统法。从而形成由道而儒再到法的层层有序的治理思想体系。另外，《淮南子》又从自然的角度引自然入法和引自然入礼，试图为礼和法寻求本体上最高的和最合理的依据，从而使法家、儒家观念成为道家的思想发展的资源，实现儒道法的融合。此外，融合还表现在对仁义的重视。《淮南子》一方面将道德与仁义截然对立，但另一方面又从人性方面吸收了儒家的仁义观念作为人性的内容，“人之性有仁义之资”，将道家原本认为属于外在于人的社会道德化为人的内在的本质，有仁性先验的观念。并且肯定学习对人性具有促进作用。汉代强调教育在对人性的改变、风俗的转变及改造社会和管理国家的决定性作用，这在《淮南子》中也有所反映，与当时急迫需要解决的政治现实问题有关。《淮南子》认为道德建设应注重道德的自觉而不是道德的外在强制。礼俗和制度的制定都应以因循人性为标准，以礼义治国，是将儒家伦理观念运用于政治领域，通过政权的力量实现了道德最高教化的目的。因此，这就构成了《淮南子》以道家理论开始，而以儒道结合治世结束所呈现出既有融合又有矛盾的思想复合体。从《吕氏春秋》、《淮南子》再到魏晋玄学，它们都不同程度的对儒家仁义道德进行了批判，显示出道家独特的思想特质。同时又都意识到儒家思想作为对治世的手段是必备的资源，于是又都进行了不同程度的吸收与利用。《吕氏春秋》则高举孝道，作为治国之本，凸显其儒家的内涵；《淮南子》甚至提出“国之所以存者，仁义是也”，但基本上仍坚持道德为本、仁义为末的一贯主张；魏晋玄学则更进一步，直接用道家的自然本体论论证儒家名教的天然合理性，提出“名教即自然”，从而在理论上为名教寻找到了存在的最终依据，实现了儒道的真正融合。
《淮南子》融摄各家思想精华的意识对当代多元文化的建设有启发意义；它的有机整体自然观的思维方式对如何看待和处理人与自然的关系有借鉴作用；其因循自然以行事、以道治国的真知灼见至今仍具有现实的实践功能；它们包含的丰富的人生哲理和大量的对自然宇宙探索的科学史料，对了解当时科学及认识水平以及生活状况亦有重要的参考价值。