就在离开中国大陆前夕，蒋介石下令杀害了杨虎城将军。
1936年12月12日，张学良将军与杨虎城将军发动了震惊中外的西安事变。蒋介石对张、杨耿耿于怀。张学良在护送蒋介石回到南京之后，遭到软禁，而在1937年4月，蒋介石对杨虎城做出“革职留任”的处分。紧接着，蒋介石指派杨虎城以“欧美考察军事专员”名义出国考察。这样，杨虎城偕夫人谢葆真被迫离开中国，离开了西北军。
杨虎城考察欧洲、美国，一路上发表抗日演说，使海外华侨深受鼓舞。
在1937年“七七事变”之后，抗日烽火在华夏大地熊熊燃烧，杨虎城多次从国外致电蒋介石，要求回国参加抗日，都被蒋介石以种种理由拒绝。
1937年11月26日，杨虎城和谢葆真回到香港，又一次要求回国参加抗战，蒋介石勉强答应。
有人劝杨虎城，回国会遭到蒋介石的迫害。杨虎城却说：“宁使蒋负我，不能使我负国家民族，个人利害，在所不计。”
11月30日，杨虎城和谢葆真从香港飞往武汉。在那里，杨虎城拜访了国民党元老于右任。
杨虎城的夫人谢葆真带着儿子杨拯中，先回西安老家。
坐镇南昌的蒋介石，生怕杨虎城从武汉也回到西安，重振西北军的军威，于是秘召军统头目戴笠赶往南昌授计。戴笠在南昌急调三十多名便衣警卫，由军统特务队长李家杰带领，随时听命。
布置停当之后，戴笠前往武汉，宣称蒋介石要在南昌召见杨虎城。于是，杨虎城随戴笠登上飞往南昌的专机。到了南昌，杨虎城便被软禁在百花洲曾任江西省政府主席的熊式辉的私人别墅。
这座别墅是一幢独立的小洋房，由军统特务队长李家杰带领三十多名便衣警卫严加看守。蒋介石还嫌兵力不够，增派了一个连的宪兵负责外围警卫。从这时候起，杨虎城遭到了软禁，被切断了所有对外联系。
夫人谢葆真在西安没有接到杨虎城的电话，不知杨虎城音讯，非常着急。她通过杨拯民找到过中共地下组织，在西安八路军办事处见到了林伯渠等人，但是当时中共方面也不知道杨虎城的去向。后来，谢葆真打听到杨虎城被拘禁在南昌的消息，就带了儿子杨拯中直奔南昌。到了那里，谢葆真和杨拯中当即被关押。半年之后，谢葆真和杨拯中才允许与杨虎城关在一起。从此，杨虎城和谢葆真以及儿子杨拯中被投入漫漫黑狱之中。
1937年12月13日南京沦陷。蒋介石在离开南昌之前，命令戴笠把杨虎城夫妇以及儿子杨拯中、随员秘密押解到长沙东郊朱家花园。此后，又转移到益阳桃花坪。后来，又关押在贵州息烽县玄天洞。玄天洞位于高山顶上，是一个天然的大石洞，离县城十多里。
每一次转移，都是重兵警戒，而且都是在夜间进行，生怕走漏风声。
当杨虎城被关押在贵州息烽县玄天洞的时候，张学良被关押在贵州桐梓县。发动西安事变的两位将军，都失去了人身自由。
1941年，谢葆真在狱中生下女儿，杨虎城为小女取名杨拯贵。
杨虎城有过三次婚姻，共生育十个子女：
长子杨拯民、长女杨拯坤是元配罗培兰所生。
次子杨拯仁是第二位夫人张惠兰所生，不幸在西安事变时因照顾不周患猩红热天折，年仅五岁。
谢葆真与杨虎城结婚后，总共生了两个儿子和五个女儿。结婚不久，谢葆真生下儿子杨拯亚。当谢葆真随杨虎城东渡日本时，杨拯亚被留在南京，后因白喉症而夭亡。此后，谢葆真生了儿子杨拯中和女儿杨拯美、杨拯英、杨拯汉、杨拯陆、杨拯贵。
谢葆真产后，在狱中得不到应有的照顾。有一回，正值特务队长李家杰来了。正在吃饭的谢葆真，指着粗劣的饭菜对李家杰说，这是一个产妇吃的东西？李家杰顶撞她，她极度生气，把饭碗朝李家杰摔去。
李家杰知道谢葆真是中共党员，本来就要整她。这时，他趁机造谣说谢葆真得了神经病，于是硬要把谢葆真关到另一处，把她跟杨虎城分开，杨虎城再三抗议，李家杰置之不理。
1945年8月15日，终于迎来了抗日战争的胜利。喜讯传来，杨虎城万分感慨：他和张学良为了逼蒋抗日，把蒋介石扣留了半个月，而蒋介石把他和张学良关押了八年！
抗日战争的胜利，并没有使抗日英雄张学良将军和杨虎城将军获得自由。1946年，毛泽东曾提出释放张学良、杨虎城，蒋介石置之不理。
杨虎城被关押到重庆歌乐山下的“中美特种技术合作所”。
就在这时，杨虎城蒙受了沉重的打击：农历腊月三十日原本是谢葆真和杨虎城的结婚纪念日，然而在1946年的农历腊月三十日，谢葆真在重庆“中美特种技术合作所”被特务注射了毒药，惨遭杀害，年仅三十三岁！杨虎城得知惨讯，泪如雨下。
蒋介石发动全面内战，声称要在几个月内消灭中国共产党。不料，事与愿违，蒋介石军队兵败如山倒。1949年1月21日，总统蒋介石宣布下野，由李宗仁任代总统。
李宗仁走马上任，为了显示与中国共产党“和谈”的诚意，宣布释放张学良将军、杨虎城将军。一时间，张学良与杨虎城再度成为全国人民关注的焦点。
然而，蒋介石密令由毛人凤控制的军统拒不执行代总统李宗仁的命令。为了避人耳目，1949年2月，国民党西南长官公署第二处处长兼西南特区区长徐远举调动空军飞机，把杨虎城从重庆转移到贵阳，关押在黔灵山麒麟阁。
当时徐远举曾主张在川黔公路的荒山僻野把杨虎城杀害，但是保密局局长毛人凤不同意，以为还是在“中美特种技术合作所”下手更加保密。毛人凤挑选了杨进兴、杨钦典、熊祥、王少山、张鹄、安文芳六人，执行“重要任务”。
就在重庆解放前夕，杨虎城被从贵阳骗到重庆，说是“蒋介石要见他，并把他送到台湾”。
1949年9月17日，杨虎城和儿子拯中以及秘书宋绮云等人到达重庆歌乐山松林坡戴公祠。
后来，据落人人民法网的特务杨进兴交代：特务张鹄引他们进入房内，杨虎城走在最前面，儿子拯中双手捧着母亲谢葆真的骨灰盒跟在后面。当拯中正要进入卧室时，特务杨进兴用匕首刺进了杨拯中的腰间，杨拯中一声惨叫：“爸！……”杨虎城刚一回头，也被杀害了。宋绮云夫妇和他们的孩子一同被害。杨虎城年仅九岁的幼女也未能幸免。顷刻之间，八条人命，死于惨祸。凶手们还在杨虎城父子二人的脸上淋上硝镪水毁容，然后把杨虎城的遗体掩埋在花园的一座花坛里。
事后，毛人凤曾说：“老头子（蒋介石）对于这件事干得如此干净利落，很感满意。”
杨虎城将军终年五十六岁。
1949年11月30日，重庆解放。12月1日，刚刚进城的中国人民解放军第二野战军便在杨虎城旧部带领下，在重庆戴公祠找到了杨虎城将军的遗体。12月16日，中共中央、中央人民政府向杨虎城将军家属发去唁电。中共中央的唁电指出：“杨虎城将军在1936年与中国共产党合作，推动全国一致抗日，有功于国家民族。”“杨将军的英名，将为全国人民所永远纪念。”重庆市军管会成立了杨虎城将军治丧委员会。
1950年1月15日，重庆各界隆重举行杨虎城将军暨遇难烈士追悼会。中共中央西南局刘伯承、邓小平、张际春等亲往祭奠。1月16日，杨虎城将军的灵柩、夫人谢葆真的骨灰，在数以万计的群众护送下，由长子杨拯民扶柩登轮，离开重庆。30日，以彭德怀为首的西北各界人民，在西安车站举行了隆重的迎灵公祭。2月7日，根据家属的意见，杨虎城，谢葆真安葬在西安南乡市曲少陵原杜甫祠西侧。叶剑英为陵园题词。与杨虎城将军一起牺牲的儿子杨拯中、女儿杨拯贵，秘书宋绮云夫妇和他们的儿子宋振中（即小萝卜头）、副官闫继民和张醒民，也都安葬于陵园。