妊娠期间，孕妇体内各系统会发生一系列变化：输尿管易于发生扭曲；输尿管蠕动减弱；增大的子宫压迫输尿管，易发生肾盂积水。在妊娠期，由于生理原因，常会出现无症状的“妊娠菌尿”，这也是发生肾盂肾炎的重要基础。有资料称，妊娠期肾盂肾炎的发病率达0.5%～0.8%。
妊娠期一旦得了肾盂肾炎，必须用有效的抗菌药物治疗，当然，应警惕对孕妇与胎儿有害的药物。理想的药物要求安全而有效。但有些药物对孕妇有利而对胎儿有可能不利，为了孕妇的治疗急需，仍不能不用，可采用较小的有效剂量与较短的有效疗程。对此，病家必须跟医生充分合作，并应相互理解。
在用药前，必须作尿液细菌培养、菌落计数及药物敏感试验。
医药界对孕期尿路感染的药物选择有如下见解：
氨基糖甙类：常用的庆大霉素、卡那霉素可损害胎儿的听神经而引起先天性耳聋，故不宜使用。
复方新诺明：在妊娠16周以前使用可能致畸胎；以产前2周使用可引起新生儿“核黄疸”。故只适用于妊娠中期。
呋喃坦啶：一般可使用。对个别人可引起溶血性贫血。
氨苄青霉素：对于对青霉素不过敏的病人，可以放心使用。
头孢菌素类：可以使用。第一代头孢菌素（如头孢拉定）疗效较差；第二代头孢菌素对尿路感染的疗效甚好，但对青霉素过敏者要慎用。
喹诺酮类：目前使用的第三代喹诺酮药有氟哌酸、氟嗪酸、环丙氟哌酸等。氟嗪酸口服使用很方便，对尿路感染的疗效甚佳。由于早年以氟哌酸做动物实验，发现其可引起幼犬和胎鼠的软骨损害，故认为孕妇及儿童不宜使用。但另据近年来在国内外做的动物实验发现，实验物的胚胎无异常。分析原因是早年用氟哌酸做动物实验时采用了“超剂量”。另据国内的资料，大量接受氟哌酸治疗（疗程3～5天）的患儿，在治疗期和治疗后，并没有不正常反应，经长期随访检查，也没有软骨损害的证据，所以医学专家有的认为，如果剂量合适，短的时间使用是安全的。
总之，妊娠期合并尿路感染用药虽然须谨慎，但并不是任何西药都不可用。应跟医生保持合作，在医嘱下正确用药。