奴才欺主的事情在历代统治者的周围时有发生，然而，天不能有二日，一山不能有二虎，否则正常的统治秩序就会被破坏。作为权力的所有者及其支持者是绝对不会甘心的，而最终的结果就是一方退出权力的舞台。
康熙像顺治帝在临终指定皇太子时，还亲自从直属皇帝的上三旗中选任四名亲信大臣，令其辅助幼帝，佐理政务。遗诏宣称：“特命内大臣索尼（正黄）、苏克萨哈（正白）、遏必隆（镶黄）、鳌拜（镶黄）为辅臣。伊等皆勋旧重臣，朕以腹心寄托，其勉矢忠荩，保翊冲主，佐理政务，布告中外，咸使闻知。”顺治帝的这一决策，是和其母太后博尔济吉特氏经过斟酌、选择，并在母后亲自主持下实现的。它标志着康熙初年四大臣辅政体制的形成。从此时至康熙八年（1696年）五月，捉拿鳌拜，废除辅臣，凡八年零五个月，史称“辅政时期”。
那么，四位辅政大臣怎么会有此独特的待遇呢？
索尼，姓赫舍里氏，满洲正黄旗人。其父亲和叔叔在努尔哈赤时，都是非常被信重的文人。皇太极执政时，索尼因久在戎行，出生入死，屡立战功，成为一个不可忽视的战将。皇太极死后，两黄旗大臣坚决主张立顺治帝接位，索尼与其他五人盟誓于盛京三官庙，坚决辅佐幼主。入关后，畏于多尔衮的权威，盟誓之人多依附多尔衮，索尼却坚决自矢，不肯投靠，被罢官抄家，遣放回盛京，那时他已48岁。三年后，顺治帝亲政，蒙特召回京，晋封一等伯爵，为内大臣兼议政大臣，总管内务府。到出任辅政时，他已60岁，成为历事四朝的老臣。
资望不如索尼的苏克萨哈，姓纳喇氏，满洲正白旗。他的父亲曾以归顺之功得以娶努尔哈赤的女儿为妻，因此，事实上他与顺治帝为姑表兄弟。尽管他所立战功较少，但因为他以多尔衮所领正白旗属下的身份，在多尔衮死后率先揭发多尔衮阴谋篡逆，反戈一击，大受顺治帝和皇太后的赏识。此后又在湖南、湖北大败抗清义军，被提升为领侍卫内大臣。因此，成为正白旗中举足轻重的人物。
籍隶满洲镶黄旗的遏必隆，姓钮祜禄氏，是清朝开国功臣——“五大臣”之首的额亦都的第十六子。在明清争夺辽西及洗劫中原的军事行动中多次立功。因反对多尔衮专权，被剥夺官爵牛录，抄没一半家产。顺治帝亲政，他不甘沉沦上书论冤被起用，后封一等公，升任议政大臣，领侍卫内大臣。
鳌拜与遏必隆同旗，姓瓜尔佳氏，为清初开国功臣费英东的侄子。在清朝初年，鳌拜堪称一员不可多得的战将，几乎所有重大战事都曾领兵参与，以身先士卒、骁勇善战立大功无数，有“勇士”（满语称：“巴图鲁”）之称。皇太极死后，誓死主张立其子为君，因而积怨于多尔衮，被三次论死，只因功高而幸免于难。多尔衮死后，其被命为议政大臣，进世袭二等公，又升任领侍卫内大臣。
由此可知，这四个异姓大臣被委以重任，主要是因为这四人不仅都是皇帝亲领的上三旗（镶黄、正黄、正白）家世显赫、屡建勋劳的功臣，因而在本旗有一定的影响力；也因为他们在支持皇统继承，反对多尔衮专权擅政的重大政治事变中，旗帜鲜明、态度坚决，甚至因此受到迫害。更值得一提的是，其中三人任领侍卫内大臣，掌握着全部宫廷侍卫的指挥权，一个为内务府大臣，总领全部宫廷事务。这种安排确实是煞费苦心，但又万般无奈。这是太皇太后又一次面临幼君登位，半生风风雨雨的经验和智慧的安排。她已保住了儿子的江山，现在她又要为使孙子安然于位，含悲忍泪，借用儿子的亡灵有序地导演出一幕幕群臣宣誓效忠的场面。
四大臣唯恐变革旧制引起诸王口服心不服，所以在将遗诏奏知太后当众宣示之后，便立即对下五旗诸王贝勒等明确提出这一问题。索尼等跪告说：“今主上遗诏，命我四人辅佐冲主，从来国家政务惟宗室协理，索尼等皆异姓臣子，何能综理？今宜与诸王贝勒共任之。”其实诸王贝勒对此种安排也难免心怀不满，但以往皇位传承之际争杀流血的恐怖早已令人不寒而栗，一言不慎，便可以违背先帝遗诏之罪而立招杀身之祸。更何况当此大局已定之时，宗室之间也各有盘算，谁肯妄动，便要当乱臣贼子之名，因此都很客气地表示：“大行皇帝深知汝四人之心，故委以国家重务。诏旨甚明，谁敢干预。”尽管如此，四人仍心怀顾忌，再奏请太皇太后，回答仍是肯定的。到这个时候，已没必要虚情假意，四人压抑着激动兴奋的心情接受了辅政之职，当即在顺治灵前宣誓就职。
辅政伊始，鳌拜等人便打着遵守“先帝遗命”的旗号，实行了如下正确的措施：
1.积极整顿吏治
针对迅速腐败下去的吏治，鳌拜等辅政大臣进行了积极的整顿和改革，以提高行政效率和官员的办事能力，清除官场恶习。
根据《清圣祖实录》记载，辅政仅仅半个月之后，鳌拜等辅政大臣就以康熙皇帝的名义诏谕各官：“朕以冲龄践阼，初理万机，所赖尔大小臣工，同心协力，矢效赞襄。”次日，兵部尚书兼都察院左都御史阿思哈就提出对巡按的十项要求，对能够“恪遵上谕，洁己爱民，奖廉去贫，兴利除害……又能大破情面，纠察地方恶宦劣衿者”分别升迁；能“谨慎奉法，察吏安民者”仍留原任；“行事碌碌，无实政及民者”降调外用；而“徇情贪贿”者要革职治罪。奏上之后，御批：“这所议各款，务须恪遵力行，不得视为虚文，著通行严饬。”
鳌拜还曾经于1665年春命令有关各部门严查督抚在地方的劣政，1666年初又下令对公然受贿的地方督抚大员“从重治罪”。鳌拜是这么说的，也是这么做的。仅1667年一年之内，就将贪酷、不谨、罢软、年老、有疾、才力不及、浮躁等官共563人革职，还裁撤了各省大小衙门官吏3849名。
此外，根据《清圣祖实录》记载，为了提高行政效率，1660年春，鳌拜还要求所有官员“进奉本章，关系政务，应切实陈奏……事情正理，明白敷陈，不得用泛泛文词”，还在明朝规定所有本章不得超过一千字的基础上再度减少到所有本章不得超过三百字。与此同时，还规定了完结事务的时限。
2.努力发展经济
鳌拜辅政时期，在经济上采取了一系列措施，努力发展经济。这其中，最为重要的措施有如下两个方面：
一是奖励垦荒。奖励垦荒这项措施实际上是中国古代历代比较有作为的封建王朝建立初期通用的措施，鳌拜辅政时期也不例外。但是在具体措施上，除了实施一些以前历代王朝都能够实行的诸如开荒归己并开荒者的减免赋税、以垦荒的数量作为对地方官员奖惩的标准、灾荒年间减免赋税、开仓赈济等措施之外，鳌拜辅政时期还有很多创新，这在当时是十分难能可贵的。这其中，最为突出的是，在政府财政十分拮据的情况下，鳌拜还命令发给各地穷苦百姓及投诚官兵耕牛、种子和银两，为他们创造垦种田地的有利条件。这在以前是少有的。又如根据《明清史料》丙编第十本记载，清朝初年，由于连年战乱，导致四川地区人烟稀少、经济残破。在这种情况下，鳌拜提出“无论本省、外省文武官员，有能招民三十家入川、安插成都各州县者，量与纪录一次；有能招民六十家者，量与纪录二次；或至百家者，不论俸满，即准升转”。这对恢复发展四川的经济有着非常重要的意义。
二是实行“更名田”。鳌拜辅政时期，在经济上的一个最为后代历史学家肯定的德政，就是实行“更名田”。这项措施，也是他在担任辅政大臣的过程中，最后的辉煌（因为在这件事情完成之后仅仅两个月，他就被康熙皇帝拿下了）。
1669年春，鳌拜下令“命查故明废藩田房……给予原种之人，令其耕种，照常征粮”，并“将无人承种余田，招民开垦”，这就正式承认了农民在明末起义中获得的部分成果。
3.减少军事行动
鳌拜虽然是追随皇太极马上得天下、号称“万人敌”被赐号为“巴图鲁”的重要军事将领，但是他在辅政时期，大清王朝在军事方面的政策和行动却是很有节制的。
导致鳌拜减少大规模军事行动的原因，一方面是由于中原人民的强烈抵抗，另外一方面则是由于财政方面的困难。鳌拜知道，军事开支实际上是个无底洞。如若一味进攻，大清王朝很有可能步前明后尘，迅速衰落下去。因此，他们在消灭了南明永历政权之后，就迅速宣布：“从此大兵得以休息，粮饷不致靡费。宣诏中外，咸使闻知。”从而把完全统一中国的任务交给了后来的康熙皇帝。
这个时期大清王朝的政策和行动取得了明显的效果，为1683年最终统一台湾创造了良好的条件。
应该说，鳌拜在任辅政大臣的时候，还是为大清帝国作出了很大贡献的。然而随着时间的推移变化，鳌拜和康熙之间的矛盾开始变得尖锐起来。随着康熙年龄的增长，那些由辅政大臣行使的权力势必要交还给他，然而，权力这个东西得来不易，一般人很难抗拒它的诱惑，鳌拜就是这样一个禁不住诱惑的人，他迟迟不愿将手中的权力还给康熙。
康熙六年（1667年）七月初七，康熙在太和殿举行亲政大典。当时位列辅政大臣之首的索尼于该年六月二十三日病故，鳌拜则以辅臣之首自居。在长达七年的辅政期间，鳌拜利用索尼年老多病、遏必隆生性懦弱，网罗党羽，安插亲信，大权在握，诛杀异己。康熙亲政后，鳌拜依旧“党比营私”，户部满尚书出缺，康熙已任命玛希纳出任，鳌拜却任命党羽玛尔赛，强行增设一名满尚书。
同年七月十九日鳌拜不顾康熙帝反对，将反对换圈的辅政大臣苏克萨哈处死。
苏克萨哈之母系努尔哈赤第六女，隶满洲正白旗。顺治八年（1651年）二月因告发摄政王多尔衮殡服违制而受到顺治帝的器重，顺治十八年正月初七遗命辅政。苏克萨哈与两黄旗大臣索尼、遏必隆、鳌拜同列辅政之列。因两黄旗与两白旗在继立问题上所存在的积怨，苏克萨哈在换圈以及处置反对换圈的满汉三大臣等问题上均与鳌拜意见相左。为了遏制鳌拜专权，苏克萨哈一再“自行启奏”吁请皇帝亲政，并明确表示：“夕归政于皇上，朝即具疏往陵寝居住（为顺治帝守陵）”，绝无恋栈之意。在康熙亲政后第六天（七月十七日），苏克萨哈疏请“往守先帝陵寝”。鳌拜遂假传圣旨，“著议政王大臣会议具奏”。
七月十五日，鳌拜党羽、大学士班布尔善罗织苏克萨哈二十四大罪状，诸如“背负遗诏”、“欺藐皇上”、“背负先帝”等，交议政王大臣会议。七月十七日在鳌拜的干预下，议政王大臣作出对苏克萨哈及其子查克旦凌迟处死，对苏克萨哈子达器、德器，孙侉克札、侄海兰等斩立决、籍没家产的议处。康熙“知鳌拜等怨苏克萨哈数与争是非，积以成仇”，“坚持不允所请”。鳌拜竟“攘臂捋袖”，咆哮御前，君臣争辩一天，其结果只是将苏克萨哈从凌迟处死改为绞刑。
由此，皇帝和权臣之间矛盾进一步激化，鳌拜的下台已经是迫在眉睫了。
鳌拜党羽遍及宫廷内外，朝廷上下，就连康熙的御前侍卫中都有鳌拜的党羽。如果明发谕旨逮捕鳌拜，“不免激生事端”，变生肘腋。康熙遂从小太监中择强壮者练习“布库”之戏（满语摔跤）。
1669年五月初，康熙帝召皇后叔父索额图（索尼次子）入宫对弈，安排逮捕鳌拜细节。五月十六日，鳌拜入宫议事，演习布库的小太监十余人将鳌拜生擒。索额图持皇帝谕旨把鳌拜死党班尔布善等十余人捉拿。五月二十八日经议政王大臣会议议处，宣布鳌拜“欺君擅权”、“阻塞言路”、“偏护本旗”、“上违遗诏、下虐生民”等三十条罪状，将其革职、拘禁；鳌拜之弟穆里玛、侄塞本得以及心腹党羽班布尔善等共计七人被处死。对于曾经党附过鳌拜的官员，康熙“姑从宽免”，令彼等“务须洗心涤虑，痛改前非，遵守法度，恪其职业”。
康熙在亲政两年后，始赢得朝纲独断。本来康熙皇帝宣布鳌拜是死罪，但他念在鳌拜立功不少的分上，宣布将鳌拜终身监禁。至此，权力终于回到了皇帝的手中。
年轻的康熙帝不动声色，从容不迫，处理问题有节有度，充分显示了他的聪明才干和大智大勇。他以自己的冷静稳妥地把握住了时机，在沉默中控制着混乱的朝局。鳌拜集团的垮台一扫朝臣普遍的担忧情绪，人们在这一重大政治事件中真正感觉到了年轻皇帝看似稚嫩而实际中透射出的成熟和沉静中的老练，在随之而来的一系列问题的处理中，更看到了王朝的希望。
南京明孝陵康熙手书的“治隆唐宋”碑体现了康熙皇帝对明太祖治国业绩的推崇。