准噶尔叛乱，是分裂国家的行为，也是对爱新觉罗家庭统治的挑衅。对于这种挑衅，最好的办法就是在战争中将对方置于死地，以维护天朝大国的尊严。
明末清初，我国北方的蒙古族分为三大部：在今内蒙古地区的是漠南蒙古，在原外蒙古一带的是漠北喀尔喀蒙古，游牧于天山以北一带的是漠西厄鲁特蒙古。厄鲁特又称卫拉特，又分为四部，即和硕特（游牧于今新疆乌鲁木齐地区）、准噶尔（游牧于今伊犁河流域）、土尔扈特（游牧于今新疆塔城地区）、杜尔伯特（游牧于今额尔齐斯河流域）。四部中，准噶尔部的势力最强，先后兼并了土尔扈特部及和硕部的牧地，迫使土尔扈特人转牧于额济勒河（今伏尔加河）流域，和硕特人迁居青海。到噶尔丹执政时，在吞并了新疆境内的杜尔伯特和原隶属于土尔扈特的辉特部后，开始进占青海的和硕特部，又攻占了南疆维吾尔族聚居的诸城。随着准噶尔势力范围的不断扩大，噶尔丹分裂割据的野心愈益膨胀。
清·彩色玻璃带座瓶
沙俄政府在雅克萨失败以后，并不甘心，就在尼布楚条约签订的第二年，又唆使准噶尔部（蒙古族的一支）的首领噶尔丹进攻漠北蒙古。
噶尔丹野心勃勃，先兼并了漠西蒙古的其他部落，又向东进攻漠北蒙古。漠北蒙古抵抗一阵失败了，几十万的漠北蒙古人逃到漠南，请求清朝政府给予保护。康熙帝派使者面见噶尔丹，要求他把侵占的地方还给漠北蒙古。噶尔丹自以为有沙俄撑腰，十分骄横，不但不肯退兵，还以追击漠北蒙古为名，大举进犯漠南。
康熙帝召集大臣会议宣布他决定亲征噶尔丹。他认为噶尔丹气势汹汹，野心不小，既然打进来，非反击不可。公元1690年，康熙帝分兵两路：左路由抚远大将军福全率领，出古北口；右路由安北大将军常宁率领，出喜峰口，康熙帝亲自带兵在后面指挥。
右路清军最先接触噶尔丹军，打了败仗。噶尔丹长驱直入，一直打到距离北京只有七百里的乌兰布通（今内蒙古昭乌达盟克什克腾旗）。噶尔丹得意洋洋，还派使者向清军要求交出他们的仇人。
康熙帝命令福全反击。噶尔丹把几万骑兵集中在大红山下，后面有树林掩护，前面又有河流阻挡。他把上万只骆驼，缚住四脚躺在地上，驼背上加上箱子，用湿毡毯裹住，摆成长长的一个驼城。叛军就在那箱垛中间射箭放枪，阻止清军进攻。
清军用火炮火枪对准驼城的一段集中轰击，炮声隆隆，响得震天动地，驼城被打开了一道缺口。清军的步兵骑兵一起冲杀过去，福全又派兵绕出山后夹击，把叛军杀得七零八落，纷纷丢了营寨逃走。
噶尔丹一看形势对自己不利，赶快派了一个喇嘛到清营求和。福全一面停止追击，一面派人向康熙帝请示。康熙帝下令说：“快进军追击！别中了贼人的诡计。”果然，噶尔丹求和只是缓兵之计，等清军奉命追击的时候，噶尔丹已经带了残兵败将逃到漠北去了。
噶尔丹回到漠北，表面上向清朝政府表示屈服，暗地里却重新招兵买马。公元1694年，康熙帝约噶尔丹会见，订立盟约。噶尔丹不但不来，还暗地派人到漠南煽动叛乱。他扬言他们已经向沙俄政府借到鸟枪兵六万，将大举进攻。内蒙古各部亲王纷纷向康熙帝告发求援。
公元1696年，康熙帝第二次亲征，分三路出击：黑龙江将军萨布素从东路进兵；大将军费杨古率陕西、甘肃的兵，从西路出兵，截击噶尔丹的后路；康熙帝亲自带中路军，从独石口出发。三路大军约定时期，对噶尔丹进行环境夹攻。
康熙帝的中路军到了科图，遇到了敌军前锋，但东西两路还没有到达。这时候，有人传说沙俄将要出兵帮助噶尔丹。随行的一些大臣就有点恐惧起来，劝康熙帝班师回京。康熙帝气愤地说：“我这次出征，没有见到叛贼就退兵，怎么向天下人交代？再说，我中路一退，叛军全力对付西路，西路不是很危险了吗？”
当下，康熙帝决定继续进兵克鲁伦河，并且派使者去见噶尔丹，告诉他康熙帝亲征的消息。噶尔丹在山头一望，看到康熙帝黄旗飘扬，军容整齐，连夜拔营撤退。康熙帝一面派兵追击，一面急忙通知西路军大将费扬古，要他们在半路上截击。
噶尔丹带兵奔走了五天五夜，到了昭莫多（在今蒙古人民共和国乌兰巴托东南）正好遇到费扬古军。昭莫多原是一片大树林，前面有一个开阔地带，历来是漠北的战场。费扬古按照康熙帝的部署，在小山树林茂密的地方设下埋伏，先派先锋四百人诱战，边战边退，把叛军引到预先埋伏的地方，清军先下马布战，听到号角声起，就一跃上马，占据了山顶。叛军向山顶进攻，清军从山顶放箭发枪，展开了一场激战。费扬古又派出一队人马在山下袭击叛军辎重，前后夹击。叛军死的死，降的降。最后，噶尔丹只带了几十名骑兵脱逃。
经过两次大战，噶尔丹叛乱集团土崩瓦解，康熙帝要噶尔丹投降，但是噶尔丹继续顽抗。隔了一年，康熙帝又带兵渡过黄河亲征。这时候，噶尔丹原来的根据地伊犁已经被他侄儿策妄阿那布坦占领，他的左右亲信听说清军来到，也纷纷投降，愿意做清军的向导。噶尔丹在走投无路的情况之下，服毒自杀。至此，沙俄支持下的噶尔丹的民族分裂叛乱被清政府平定下去。
从此以后，清政府重新控制了阿尔泰山以东的漠北蒙古，并给当地蒙古贵族各种封号和官职，又在乌里雅苏台设立将军，统辖漠北蒙古。
康熙帝亲政诏书加图《二十四史》的685的S23897.多子非福，精心选择皇位继承人历朝历代，权力的交接都是一件大事，也是一件让统治者头疼的事。对最高权力的迷恋，会让人失去理智，忘记父子兄弟的情份。如果选择的继承人是个二百五，很遗憾，这不仅是让祖宗蒙羞的事，更有可能危机到家族的统治。康熙能够在众多的儿子当中，选出雍正，从后来的历史来看，可谓是慧眼独具。从此，爱新觉罗家族的统治逐步走向了黄金时代。
康熙一生共有35个儿子，长大成人者过半。皇二子允礽为孝诚皇后所生，因其出生后母即逝去，格外得到康熙的宠爱，未满两岁，便被康熙立为皇太子。这位皇太子在康熙的精心栽培下，能文能武，既兼通满汉文字，熟读诗书，又娴熟骑射武艺，却未有“心系天下，纯孝仁慈”的胸怀抱负，并且性格暴戾无常，行为不够检点。另外，长期的储君地位，在他周围形成了与封建绝对专制的皇权对立的“第二权力”中心。父子之间的矛盾日益尖锐。在种种劣迹被康熙发觉后，康熙忍无可忍，于四十七年九月初四日，废掉允礽。废储君事件如同一支火把，点燃起了康熙诸位皇子抢夺储位的战火。
皇长子允缇因系庶出，未被立为太子。见太子被废，以为时机已到，怂恿康熙杀掉允礽，遭到康熙的斥责。后皇三子允祉揭发允缇请喇嘛用巫术镇压太子，致使太子精神失常，康熙极为震怒斥允缇为“乱臣贼子”。允缇因此而被康熙囚禁，被开除出争储局外。清·“神威无敌大将军”炮皇八子允祀才具优长，在诸皇子中属于佼佼者，又能交结朝中大臣，且心有主见，所望甚高。在康熙征求大臣立新储意见时，允祀苦心经营拉拢兄弟和朝臣。这种在王公大臣中的“威望”本是允祀的优点，但因过于急躁，且与皇权会有矛盾冲突，引起了康熙的疑忌。康熙大骂允祀，亦将其囚禁。
第一次废除太子后，皇四子胤禛得到了康熙的赞赏。反对太子的皇三子允祉揭发允缇被康熙认为心术不正，皇长子怂恿康熙杀掉允礽被康熙斥为乱臣贼子，皇八子允祀积极策划储位被康熙骂为“妄蓄大志”时，只有皇四子胤禛一方面在康熙前替太子开脱，另一方面体察康熙的内心苦楚以孝诚之心宽慰了康熙。
允缇、允祉、允祀的所作所为使康熙对废太子之事颇觉后悔，终于在太子被废三个月后，借允祉揭发皇长子用妖术镇压以致太子行为不正常为由，于康熙四十八年三月，复立允礽为太子。太子复立后，未改前愆，终被康熙于五十一年九月第二次废除。此后，康熙心力交瘁，一直到死，未再立太子，而争夺储君的斗争却越演越烈。
康熙晚年，皇十四子成了皇位继承的最大可能者，十四子与皇四子胤禛同母，但却与皇八子允祀交好。他既是一员“良将”，有“带兵才能（康熙语）”又聪明绝顶，“才德双全”（允祀语）。恰逢康熙五十七年（公元1718年）准噶尔进兵侵扰西藏。31岁的十四子被任命为抚远大将军，主持西北军务。此次任命，使朝廷大臣及外省都抚认定十四子乃康熙晚年属命之人。
康熙晚年由于太子废废立立而引起的皇子夺嫡之争，由开始的各树党羽，招罗大臣至此已演变成两大集团。皇八子，皇九子，皇十子，皇十四子是最有希望的一个集团。其领袖也因前期允祀被康熙疑忌而转为康熙最相信的皇十四子。另一集团则有皇四子胤禛与皇十三子。似乎势单力孤，但皇四子的韬略显然优于前一集团，其争夺皇位的计划一直都在暗中进行着。
康熙六十一年十一月十三日（1722年）戌（晚上7—9点）时，康熙病逝于北京西郊畅春园。死前传位于四皇子胤禛，即后来的雍正皇帝。雍正继承父业，有所成就，作为康熙的继承人可以说是当之无愧的。
康熙窑五彩镂空香薰加图《二十四史》的685的S2387雍正（1722—1735）在位，名爱新觉罗·胤禛，庙号世宗。
胤禛是康熙的第四个儿子，康熙废除太子后，胤禛继承皇位，改元雍正。胤禛诚信佛教，工于心计，性格刚毅，处事果断。在位期间严整吏治，清查亏空，并对满清的赋役进行大刀阔斧的改革。虽在位仅十三年，但他励精图治，力求改革，整顿吏治，清理钱粮，摊丁入地，扩大垦田，火耗归公，以银养廉，创设军机处，革除旗主，平定青海，安定西藏，改土归流，等等这些措施促进了生产发展，使经济繁荣，国库充盈，政局稳定，边疆巩固，统一增强，为乾隆创建“大清全盛之势”提供了极为有利的条件。雍正是清朝历史上一个能干的皇帝，他勤政务实的13年统治，使“康乾盛世”得以维持和发展。即位之初的清皇朝实际上已浮现官僚组织膨大腐败，农民生活水平恶化的危机，由于雍正即位时正处于精神与人格上的成熟阶段（45岁），因此得以精准地分析问题并有魄力地作出应对。他的改革同时包含了力行整顿与和现实的妥协（如火耗归公与养廉银）清朝得以建立起一套继续运行百年以上仍大致有效的统治体制，而未沦为“立国百年而亡”的异族王朝，仍应归功于雍正一朝的改革。