历史上母子之间争夺权力的事情并不是很多，对于那个时代来说，女人当政是让人难以接受的。而在爱新觉罗家族的暮年，面对着最高权力，同治帝和他的母亲却为此而反目成仇。面对着强势的母亲，软弱的皇帝也无可奈何。
同治帝像咸丰驾崩后，早有欲谋的慈禧与奕联手对付辅政八大臣。结果，遗诏尚在，尸骨未寒，改变中国近代历程的“辛酉政变”便发生了。
三天后，皇太子载淳在太和殿举行登基大典，改称“祺祥”为“同治”。到十二月二日，慈禧和慈安在奕等大臣的多次“敦请”之下，打破了清代留传下来的禁止女性预政的祖制，共同“垂帘听政”。从此，慈禧太后便将大权抓在了自己的手中。
同治登基后，虽为一朝天子，但有慈禧太后垂帘听政，自己的圣旨如同废纸，亲政的念头始终萦绕在心头，但苦于没有机会。同治十二年，十八岁的同治帝，在种种条件具备的情况下亲政了，但程序是相当的复杂，前后经过了半年的准备。
慈禧垂帘十余年把持朝政，用荣华富贵笼络了一批朝臣，他们与慈禧早已结成依附关系，可以说是一损俱损，一荣俱荣。因此，这批臣子对慈禧撤帘归政也有不安之感。
同治十一年（1872年），垂帘听政后的慈禧，可以说是日理万机，一国的大事，都要自己处理，因此，身体状况不是很好，同时，在皇帝选后问题上，自己中意的人选竟被慈安选中的人选所代替，憋了一肚子火。眼看皇帝大婚后就要亲政，她已感到形势的严峻，这所有的一切使她焦虑不安，情绪十分不佳，时不时地生一些小病，常常因“圣体违和”，不能临朝听政帮助小皇帝处理政事。
慈安太后虽位居东宫正位，地位高于慈禧，但她对玩弄权术没有太大的兴趣，甚至可以说根本没有兴趣。垂帘听政原非慈安本意，因而，当同治帝大婚后，就想立即撤帘归政。但她也深知慈禧嗜权如命的个性，因而不能自作主张，免不了要向慈禧做一番“思想工作”，讲明归政后颐养天年的好处。
慈禧虽然心中很不愿意，但慈安的倡议很有道理，再厚着老脸不归政，怎么也说不过去了。万不得已，勉强同意明年撤帘归政。
此时，慈禧看到形势已经明了，不免也自我安慰一番，心想，同治帝虽然对自己不是很亲近，但毕竟是自己的亲生儿子，无论怎样，一些关乎国计民生的大事，会跟自己商量的，这样大权不还在自己手里吗？这样心里宽慰了许多。
同治帝和大臣们一看慈禧太后答应归政，都认为慈禧太后明事理，顾大局，内心激动不已。为了给她以心灵上的安慰和报答，于是，借着大婚的喜庆气氛，在同治十一年十月（1872年11月）举行隆重盛典，给慈安、慈禧两太后敬上徵号，慈安徽号为“端裕”，慈禧徽号为“端优”。
同治十二年正月二十五日（1873年2月22日），对同治帝来说是个幸运的日子，两宫太后正式在这天宣布撤帘。二十六日，又是一个不平常的日子，年轻英俊的同治帝御临太和殿，接受王公以下文武官员的朝贺。从此以后，他就成为大清朝名副其实的最高统治者了。
同治帝操政权柄后，却有一股新官上任三把火的味道。他在亲政的第三天，就下令整顿财政，严禁内务府动支户部款项；谕令各省督抚举荐人才，以备任用；下令各地整顿厘金，严禁官吏侵渔百姓；让言官踊跃进谏，广开言路，以备采择……他一改过去懒散的习惯，召对大臣，细览章 奏，兢兢业业，井然有序，就连御史考试，他也亲自与他的师傅徐桐商量试题。
同治帝亲政后，当然不会忘记太后归政的大恩大德。他在亲政不久，又一次举办大典，再次给两宫太后恭上徽号，慈安太后加的是“康庆”二字，慈禧加的是“康颐”二字。而且还主动增加了拨给两宫太后的“交进银”，从原来的每年银十万两增至十八万两。
但慈禧并不满足于此，她孜孜以求的仍是能握拥有朝廷大权。而同治帝在这一点上却毫无表示，他天天独自处理朝政，从不请示、汇报。刚开始，慈禧还能忍受，还能自我安慰一下。但慈禧的忍耐是有限度的，后来她发现同治帝不是自己想象的那样听话，就忍不下去了。她把同治帝召来大加训斥，而同治帝性格刚强，非常执拗。她要干预政事，同治帝偏不吃她这一套。这样一来，母子俩的矛盾越积越深，慈禧更加不给同治帝好脸色了，更是动不动就训斥，而且越发厉害。同治帝为此非常伤心，终于认清了自己生母的真面目，没想到自己的努力换来的却是这样的结果，因此对母亲的感激之情荡然无存。
令同治更为恼火的是，慈禧蛮横干涉他的私生活。同治八年，同治帝已年满14岁，按照惯例，就该举行大婚了，大婚之后就要亲政。西太后权力欲极强，视权如命，她不愿归政给同治，所以，对同治的婚事也一再向后推延。到同治十一年（1872年），同治帝已经17岁了，西太后无论如何也没有理由再拖下去了，只好为同治帝议婚。当时，在备选的女子中，侍郎凤秀之女富察氏，相貌出众，而侍郎崇绮之女阿鲁特氏，虽然相貌上较富察氏逊色，但雍容华贵，举止端庄。东太后嫌富察氏轻佻，十分喜欢阿鲁特氏，意立阿鲁特氏为皇后；西太后则不喜欢阿鲁特氏，因为阿鲁特氏是西太后的政敌郑亲王端华的外甥女，不愿把皇后这个位子让给这样的人，所以意欲立富察氏为皇后。东太后告诉西太后说：“凤秀的女儿太轻佻，怎能选为皇后呢？只能当一个贵人。”这话正刺中了贵人出身的西太后的痛处。两太后争议不下，就让同治拿主意，结果大出西太后的意料，自己的亲生儿子竟不向着自己，同治表示喜欢阿鲁特氏，要选她为皇后。九月，同治举行了大婚典礼，阿鲁特氏入宫，被封为孝哲毅皇后，富察氏同时入宫，被封为慧妃。
结婚以后，同治和孝哲毅皇后相敬如宾，情投意合。孝哲毅皇后不苟言笑，气度端凝，同治十分钦佩和敬重。宫中没事的时候，同治常常向皇后提问唐诗，皇后都能对答如流，同治心中极为喜欢。可是，西太后却不能理解儿子的心情，有意挑拨他们夫妻之间的关系，因此不仅婆媳关系不好，也使母子关系进一步紧张。西太后多次向同治说：“皇后太年轻，不懂礼节，皇上不要常到中宫去，以免妨碍政务。”并且还极力赞扬慧妃贤惠，要同治多加眷爱。不仅如此，西太后还派人时时刻刻监视同治。同治对其干涉自己私生活的做法非常不满，偏偏不听母亲的话，索性独自一人居住在乾清宫，以示对母亲的抗议。