一般可对症治疗。保持空气清新，注意营养及良好护理。避免刺激、哭泣而头发痉咳。婴幼儿痉咳时可采取头低位，轻拍背。咳嗽较重者睡前可用冬眠灵或非那根顿服，有利睡眠，减少阵咳。也可用盐酸普鲁卡因3～5毫克/千克/次，加入葡萄糖30～50毫升中静滴，1～2次/日，连用3～5天，有解痉作用。维生素K也可减轻痉咳。患儿发生窒息时应及时做人工呼吸、吸痰和1给氧。重者可适当加用镇静剂如苯巴比妥或安定等。痰稠者可给予祛痰剂或雾化吸入。重症婴儿可给予肾上腺皮质激素以减轻炎症。
抗生素治疗。卡他期4天内应用抗生素可减短咳嗽时间或阻断痉咳的发生。4天后或痉咳期应用可缩短排菌期，预防继发感染，但不能缩短病程。首选红霉素30～50毫克/千克/日，连用7～10天，也可用氯霉素（剂量同上），或复方新诺明、氨苄青霉素等。
中医药治疗。胆汁类制剂对百日咳杆菌有显著的抑制作用。同时还有一定的镇静作用。可采用鸡胆汁加白糖蒸服。半岁以内每日1/3个，半岁至1岁每日1/2个，1～3岁每日1个，直至痊愈。亦可用猪胆等代替。
温馨提示：
婴儿百日咳也可家庭治疗：为防止病菌传播，患者从发病开始需隔离40天以上。对于体质较弱的孩子，平时应注意预防保护，在易感季节及时注射预防针及服用预防药。要充分休息，在病情稳定时，可带孩子去户外进行适当活动，但空气要新鲜，避免烟尘、异味等不良刺激。百日咳发作时，会非常剧烈地咳嗽，常无法入睡，家长可以将床头垫高，使孩子能呼吸顺畅，缓解咳嗽的强度。
婴儿咳嗽剧烈时，会造成胸背疼痛，此时可以用一条热毛巾敷在婴儿的胸口上，然后轻拍按摩背部，此法可减轻患儿的痛苦，并能缓解症状。
果菜汁的疗效也不错：红皮萝卜一只，洗净切碎后，加入麦芽糖两至三匙，搁置一夜，饭后服用，有止咳化痰作用。
取紫皮大蒜3瓣切片，开水一茶杯浸泡15分钟左右，将蒜取出，加入白糖、醋适量，频频饮之，1日服完。或将紫皮大蒜50克，去皮捣烂，加入冰糖、食醋适量，再加冷开水浸泡1昼夜后过滤去渣，即可饮服。每日3次，每次10～20毫升，温开水服，连用5～7天。可以杀菌消炎，适用百日咳痉咳期。秋梨、胡萝卜切碎榨汁，加入冰糖适量，每天早晚饮用，可以止咳润肺。