而主张台独的民进党对李登辉的谈话则是大加赞赏。民进党中国事务部主任颜万进表示，李登辉的主张，也是民进党的一贯主张。当然两者之间也有不同，他认为李登辉主张的台湾主权是延续了中华民国的传统，而民进党则主张两者毫无关联。具有浓厚台独色彩的《自由时报》于11日发表题为《两岸纠结不清的主权关系终告厘清》的社论，认为李登辉的宣示具有非凡的意义。《自由时报》的另一篇文章说：“台湾是台湾，中国是中国，台湾不属于中国，中国也不属于台湾，过去是这样，现在是这样，未来也是这样，台湾是个主权独立国家，与中国理所当然是国与国关系，天经地义，理直气壮。”12日，《自由时报》再次以《中国就是中国――勿再以中共或大陆称之》为题发表社论，认为台湾应该修改包括“宪法”“国统纲领”在内的相关法律，将“两国论”以法律的形式确定下来。
李登辉的“两国论”抛出之后，台湾当局的政治人物出于各种需要纷纷随声附和，加上台独势力的捧场，“两国论”一时之间竟然成了“英明”决断。
据透露，李登辉早在去年9月份，就指示自己的幕僚和台湾“陆委会”“外交部”对主管业务范围内的对外用语，进行通盘检查，凡是过去不利于台湾法律地位的，都将进行全面调整。在相关研究成熟之后，李登辉借接受德国媒体采访的机会，将“两国论”抛了出去。
7月11日，国民党投资事业管理委员会主任刘泰英透露说，未来几个月，李登辉对政治、经济、社会与“国家体制”作出重要宣示，对“国家”未来的走向提出具体的看法。
由此可以看出，“两国论”只是个开始，如果没有祖国大陆的严厉反击和国际社会的反对，李登辉还不知道要走多远。
《自由时报》推波助澜
李登辉的“两国论”虽然抛了出来，但是如果不能以法律的形式加以确认，也是一句废话。台湾《中国时报》记者王铭义于7月12日发表文章指出，台湾有关部门“是否会配合调整《国统纲领》或修订《两岸人民关系条例》等法令与政策性文件，将是‘两国定位论’能否落实体现的指标。”这个见解可谓一语中的。
7月12日，台湾“陆委会”主委苏起召开记者会，为李登辉的“两国论”辩护。苏起说，李登辉的“两国论”，目的是为了迎接汪、辜第二次会晤，产生更有建设性的对话，打破一个中国的迷思。
台湾的“国民代表大会”有关成员，于12日初步确定，将国家主权议题列入即将举行的宪改扩大咨询会议。民进党的国大党团表示，将全力促成修宪以回应李登辉将两岸定位为国与国关系。
民进党立委沈富雄，在短短几天内作出一个统计结果，他认为，涉及两岸定位的重要相关法律，共包括“国家安全法”等23案，有158条条文。沈富雄建议，基于整体性及立法的一致性，他建议采取综合立法方式，一次性修改相关条文。对于大陆和港澳地区的称呼，他建议称为“我国主权所及范围外受中华人民共和国统治地区”。
13日，《自由时报》再次发表题为《我应尽速修宪确定领土疆域》的社论，鼓吹说，“400年的台湾历史显示，台湾曾经西班牙、荷兰、明郑、大清、日本、国民政府等外来政权统治，但自1996年台湾总统大选以来，‘人民主权’已成为‘台湾是一个主权独立的国家’的理论基础，台湾人民早已当家做主，中华民国与中华人民共和国当然是两个主权国家，两国的关系当然是百分之百的国际关系。”
在台独势力的一片叫嚣声中，也不乏冷静的声音，《中国时报》13日的一篇评论就指出，“更重要的关键是在于，目前李登辉总统有关两岸国家关系新定位的谈话，如果进一步明确化，势将被中共解读为打破两岸在‘一个中国’原则下的现状，一旦两岸现状遭到破坏，则两岸过去的和平与稳定的格局势将随之崩解，而此一崩解过程带来的两岸危机，将使未来两岸关系更难逆料。”
13日，台湾国民代表大会的国民党、民进党代表达成协议，将“两国论”纳入宪改咨询会议的日程，日期是7月21日。
对此，《中国时报》评论道，“国大代表”对此事议论议论无妨，“如果要进一步经由修宪，确立两岸是相互不统属的国与国关系，由于我国宪法为刚性宪法，如此的修宪自可视为是永久性地切断两岸之间的关联性。则此举的冲击后果自然更为强烈，而使台湾必须承受更不可测的后果。”
虽然有许多有识之士的反对，但是台湾当局意图修改相关法律的动向昭然若揭。
“两国论”入宪问题
民进党内部也在14日就“两国论”开会，仔细评估将之入宪的可能性。对民进党来说，如果能将“两个中国”写入宪法，再将相关条文加以修正，就已初步达到“制宪”目的。若北京和国际间的反应不是太大，民进党考虑以较大弹性，来和国民党协商修宪事宜。
不过，民进党中央在15日也收到来自美国在台协会的“关切”，美国在台协会告知民进党，“两国论”已对美方造成困扰，希望民进党自制，不要再有进一步的动作，以免引起更大风波。
“总统府”人士指出，北京对台湾将任何可能有“独立”意味的议题入宪，都十分在意，目前将“两国论”入宪风险太高，因此高层不会考虑。此外，为了避免问题复杂化，模糊了焦点，高层也暂不考虑修改国统纲领或其他相关的法律。
“国安会”高层人士表示，“两国论”的设计重点，在突破北京所提“一个中国”模式，这个模式是以“一个中国”为前提，结论则为“一国两制”。“两国论”则是台北以国际法突破“一个中国”框架，尤其在我国政府全力促使台北开启政治性谈判，美国也推动两岸中程协议的情况下，台北无法固守在两岸事务性谈判上，“两国论”就是为了开启政治性谈判的大门，把两岸的对等形式，予以更明确且更具国际法意义的表述，他指出，“特殊的国与国关系”是指以统一为前提，两国统一于自由、民主及均富下。
引发台海危机
辜振甫重申“两国论”
李登辉抛出“两国论”后，大陆海协会长汪道涵先生能否如期访台成为各方关注的焦点。
在李登辉发表“两国论”的第二天，7月10日，辜振甫附和李登辉的言论，强调说，两岸本来就是两个独立的政治实体，“政治实体就是国家，两岸会商就是国与国会谈”。
对于辜振甫的表白，7月12日，大陆海协会长汪道涵在接受记者采访时说：“我对台湾媒体报道的辜振甫先生关于两岸会谈就是‘国与国会谈’的说法表示惊讶，因为这种说法使海协、海基两会的接触、交流、对话的基础不复存在。我希望辜振甫先生予以澄清。”
因此，辜振甫如何对自己的言论进行解释就成了汪道涵先生能否访问台湾的先决条件。7月28日，《自由时报》再次发表社论，题目为《政府绝不可从“两国论”的正确立场撤退》，此社论等于是对辜振甫即将发表的说明的一种期待。30日，《自由时报》又发表社论，题目为《国大代表应将“两国论”入宪俾向历史负责》。
7月30日，辜振甫终于发表了他的解释，关于李登辉的“两国论”，辜振甫说：“李总统的谈话，明确说明中华民国是主权独立国家的现实，充分反映了中华民国在台湾民主社会2200万人民的心声，这也是强调两岸分治对等的立场。”
虽然辜振甫在讲话中还表达了两岸追求统一的意愿，但他从一开始就为李登辉的“两国论”辩护，毫无退让迹象。
31日，《自由时报》发表社论为辜振甫的讲话打气，题目是《我们切不可从“两国论”的底线上退却》。
辜振甫的谈话稿由台湾海基会传真给大陆海协，两个小时后，海协退回了辜振甫的讲话稿。据台湾海基会秘书长许惠！事后说，大陆海协原来打算立即退回讲话稿的，因为海基会的传真机占线，所以两个小时后才传过来。
辜振甫的讲话一发表，许多专家均认为，汪道涵访问台湾的可能性几乎降为零。
在辜振甫发表谈话之后，8月1日晚，台湾“陆委会”再次发表题为《对等、和平与双赢》的政策说帖，对李登辉的“两国论”进行解释，这是台湾当局自“两国论”事件发生以来第一次“官方”的正式解释。
“陆委会”的说帖分七个部分：
一、以对等地位开创跨世纪的两岸关系。认为李登辉的“两国论”既未扭曲事实，也未夸大渲染，更没有排除未来两岸统一为民主新中国的目标。
二、反对中共霸权式的“一个中国原则”。
三、政治谈判慎于始。
四、两岸应该回到“一个中国，各自表述”的共识。
五、陈述现状，不是改变现状；追求和平，不是制造麻烦。认为台湾的政策没有变，就不存在所谓修宪、修法修改国统纲领的问题，更谈不上是改变现状或者制造麻烦。
六、竭诚欢迎汪道涵先生来访。
七、对等和平共造“双赢”。
台湾“陆委会”的说帖随即遭到大陆的严厉驳斥。
股市狂跌日甚一日
从李登辉抛出“两国论”开始，台湾股市就接连受到打击。刚开始，大陆的舆论反击令台湾民众忧心两岸关系的前景，但是，对台湾股市影响最大的莫过于大陆军队的动向。
13日，由于香港媒体传出大陆将举行大规模军事演习的消息，台湾股市大幅下挫259点。
为稳定人心，台湾“财政部长”邱正雄13日明确表示，今年年底将提出国家安定基金专法，总金额是5000亿元，目前劳退、劳保等五大基金尚有3000亿元，紧急时即可先统筹运用。
14日，台北股市再次狂泻315点，创下今年单日最大的下跌点数。就在这天，台湾媒体传出大陆战机六次偏离航道直奔台湾，台湾经国号战机数次紧急升空拦截的消息。
两岸形势一度显得非常紧张。
对此，台湾现任“副总统”连战呼吁说，台湾的整个经济环境相当健康，景气也已经复苏，民众应对政府有信心。同日，台湾“财政部”次长王荣周宣布，原定在今年年底提出的5000亿元国家安定基金，已决定提前完成相关立法，于9月提交“立法院”审议。
包括李登辉在内的台湾当局显然没有想到“两国论”会对台湾经济产生如此强烈的影响，虽然还有官员嘴硬，但李登辉已经开始放软话了。
14日，即将卸任的美国在台协会台北办事处处长张戴佑返美前，李登辉亲自与他会谈一个小时，张戴佑询问李登辉台湾当局的大陆政策是否发生了变化。李登辉亲口向对方保证：“两岸是特殊国与国关系的宣告，并不代表我们的大陆政策有任何改变。我们仍将持续推动两岸交流与对话，这个立场没有改变。”“我们没有放弃在未来追求和平统一，这个目标我们并没有放弃。”而张戴佑则再次重申了美国政府的“一个中国”的立场。
一直态度蛮横强硬的《自由时报》也开始改变自己的声调，15日，该报以一种委曲的语气发表了题为《中国何必对两国论反应过度？》的社论，一面推崇李登辉的“两国论”是石破天惊之举，同时继续为此进行辩护。值得注意的是，此社论首次暗示“两国论”并不影响两岸在未来的统一，这与李登辉对张戴佑的谈话如出一辙。
16日，台湾岛内传闻大陆提升沿海战备的消息，股市狂跌506点，创八年来最大单日下跌点数，有305只股票以跌停板报收。台湾“财政部长”邱正雄为此紧急召开会议，决定提前整合3000亿元国家安定基金，进场承接股票。
此时的李登辉也急了，亲自向投资人喊话，“还会再涨回来。”
17日上午，台湾“财政部”紧急宣布成立“四大基金稳定股市小组”，小组中的四个基金共有3600亿元可以投入股市，当日开始统筹进场承接绩优股，共买进金额约30亿元。由于有此支撑，股市由开始的狂泻300多点，到收盘时的跌幅减到45点。
“国军”监控大陆军情
由于大陆军事演习的传言不断传来，导致岛内人心惶惶。7月17日，台湾“国防部”作战次长室执行官程士瑜在“立法院”的一场公听会上透露，“国防部”已于7月13日成立“永安专案小组”，备妥13套因应方案，并随时掌握对岸的军事情况。据这个小组的评估结果，大陆军队没有异常的集结现象。
台湾“陆委会”副主委林中斌声称，中共很喜欢用心理战，过去如此，现在也一样，目的在坐收心理影响效果。林中斌放弃以前沿用的“大陆”称呼，说：“我们希望中华人民共和国的行为要符合它的大国身份。”
台湾岛内关于大陆进行军事演习的传闻大多来自香港报纸，因此有些台湾媒体就开始放出风声，说香港报纸上的消息假的居多，希望民众不要自乱阵脚。