（三）命令张勋的辫子军反攻南京，以试探革命的力量。可是辫子军太不中用，先被江浙联军和粤军在固镇击败，又被粤军和淮军在南宿州痛击，张辫帅结果连徐州也守不住，乃逃到山东；
（四）设法取得革命军方面保证，如果清帝退位即推袁继任总统。其实这一默契早已形成，不过袁还不太相信。在革命军这方面由于妥协分子太多，大家认为基于民族主义观念，只要清室让国就已经完成革命目的了，袁手上有北洋军，不该逼他走曾国藩的路，所以只要袁参加革命，无妨推袁为大总统。
南北和谈转入幕后，杨度和汪兆铭变成了主要人物。汪已被袁收买，又曾在北京和杨度组织了“国事共济会”，南方妥协分子又占多数，因此，促孙大总统让位于袁，由袁负责推翻满清政府的交换条件便更加成熟了。
孙中山先生不是不知道袁的奸险，不过他是位“民主热”的政治家，处处尊重多数人意见，虚怀若谷。当时革命阵营里流行一种：“利用袁可以事半功倍”的浅薄意见，孙中山先生遂通电宣布：“袁若表示赞成共和，当以总统相让，但须南下就职。”
孙中山先生在上海看到一般革命同志只注意选总统、组内阁、制约法，和他所规定的革命方略：“三年军法之治，六年约法之治，然后进入宪法之治”，完全背道而驰。加上独立各省各自为政，散漫而无组织，革命军力亦不够强大，财政情况更无把握，要想在这种情况下组成一支强大有力的革命武力北伐，将袁世凯的北洋军摧毁，是很不可能的，于是他也转而求其次，便是“用袁以倒清”，使革命暂时告一段落。他看到自己被举为临时大总统后，袁焦躁不安，逼唐绍仪辞去和议代表，因此他为了促使袁能坚定地参加革命阵营，乃在自己被选为临时大总统的第二天即主动地致袁世凯一电，电云：“北京袁总理鉴：前日抵沪，诸同志皆以组织临时政府之责相属，问其理由，盖以东南诸省欠统一机关，行动非常困难，故以组织临时政府为生存之必要条件。文既审艰虞，义不容辞，只得暂时担任。公方以旋乾转坤自任，即知亿兆属望，而且前之地位，尚不能不引嫌自避。故文虽暂时承乏，而虚位以待之心，终可大白于将来。望早定大计，以慰四万万人之渴望。”袁这时对孙中山先生诚意还将信将疑，所以在孙中山先生就职的次日（元月二日）复电大打官腔，电曰：“孙逸仙君鉴：蒸电悉。君主共和问题，现方付之国民公决，所决如何，无从预揣。临时政府之说，未敢与闻。谬承奖诱，惭悚至不敢当，惟希谅鉴为幸。”孙中山先生担心袁仍摇摆不定，因再复一电，以释误会，电曰，“袁慰亭君鉴：盐电悉。文不忍南北战争，生灵涂炭，故于议和之举，并不反对。虽民主君主不待再计，而君之苦心，自有人谅之。倘由君之力，不劳战争，达国民之志愿，保民族之调和，清室亦得安乐，一举数善，推功让能，自有公论。文承各省推举，誓词具在，区区此心，天日鉴之，若以文为诱致之意，则误会矣。”孙中山先生这个电报的诚恳，简直是对袁指天誓日，只要袁能把清室推翻，他即以总统一席相让。袁世凯认为最重要的一点已得结果，所以剩下来便是对清皇室如何处置了。
本来，早在独立各省代表到汉口开会时，便已决定议和纲要四款：
（一）废除清朝政府；
（二）建立共和政体；
（三）清帝优给岁费；
（四）以人道主义待满人。
所以对于清皇室的优待，是不成问题的。当袁对自己地位问题有了保障后，便就请皇帝和皇族优待条件寻求协议，有了这个优待条款，他便可以胁迫清室退位。
南京临时政府
辛亥年十一月初二日，孙中山先生由欧洲返国抵香港，胡汉民、廖仲恺由广州赶至香港迎候。胡对于当时的革命形势自有一套看法，因此主张孙中山先生不要北上，留粤主持一切。他的理由是：
“当前的革命形势，满清垮台已无问题，可是袁世凯则是革命最大阻力。袁的问题不仅是他本人为一奸雄，加上他还有北洋系的四镇兵力，这四镇兵力无疑的乃是当前最富战斗力的部队，所以袁的势力至少可以达到武汉，甚至湖南，而广东对北洋军来说，因为距离较远，鞭长莫及，自可埋首建立一支反袁的革命部队。目前姚雨平已组成劲旅，不过人数不多，若有半年时间，简练民军，全力扩充，则五六万精兵不难组成，以此和袁一拼，才有必胜把握。所以先生目前以留粤为上策，因为现在赴上海，必被拥为总统，这个总统没有能战的兵卒，一定受制于袁，对革命事业是无补的。”
胡的意见很正确，可是孙中山先生却更有卓见，孙先生说：
“你只知其一，不知其二，我们革命不是靠坚甲利兵，如果我们不能登高一呼，身入虎穴，那么人民所仰望于革命志士的是什么呢？我们如果能以和平收革命全功，则是开世界革命的先河，何必先在家乡练兵。目前的形势是急需要一个革命政府以资号召，如能建立一个政府，则满清必然倾覆，袁世凯也不可能抗拒。我们是革命同志，应该示人以诚，信任别人，不宜先预防他人不服，而一意谋以武力取天下。”
胡汉民、廖仲恺都被孙中山先生的伟大抱负和开诚胸襟所感动，胡表示愿随孙先生北上。这时追随孙先生同赴上海的还有吴敬恒、马君武、张继等。十一月初六日，孙中山先生一行抵达吴淞，上海方面革命党人陈其美、黄兴、汪兆铭等均在码头欢迎，大家相见狂喜，竟至拥抱跳跃。
孙中山先生抵沪后下榻爱俪园。初七日召集最高干部会议，出席的有：黄兴、胡汉民、汪兆铭、陈其美、宋教仁、张静江，居正、马君武等，会商组织临时政府方案，一致公举孙中山先生为中华民国临时大总统。宋教仁主张实行责任内阁制，孙先生认为责任内阁不是中国鼎革时所宜实行的制度，但宋坚持，孙中山先生终于勉强同意，并命宋和张继等磋商内阁总理人选。张继主张推宋教仁，宋坚决不肯接受，并提议推黄兴。黄初不肯接受，宋乃请居正、田桐、吕天民等再敦劝黄兴，黄最后才应允。但此拟案，必须交由南京的各省代表通过，因各省代表原已通过中华民国临时政府是总统制，而现在却要改为内阁总理制。
辛亥年十一月初八日黄兴、宋教仁专车赴南京，驻丁家花园，晚赴咨议局出席各省代表大会，讨论修改临时政府组织法。可是各省代表多不赞成内阁制，因此表决时还是通过总统制。
初十日17省革命代表开正式选举会，出席的17省代表名单为：奉天代表吴景濂，直隶代表谷钟秀，河南代表李？山东代表谢鸿焘，山西代表景耀月、李素、刘懋赏，陕西代表张蔚森、马步云，江苏代表袁希洛、陈陶怡，安徽代表许冠尧、王竹怀、赵斌，江西代表林子超、赵士北、王有兰、愈应麓、汤漪，浙江代表汤尔和、黄群、陈时夏、陈毅、屈映光，福建代表潘祖彝，广东代表王宠惠、惠宪甫，广西代表马君武、章勤士，湖南代表谭人凤、邹代蕃、廖名扌晋，湖北代表马伯援、王正廷、杨士杰、胡瑛、居正，四川代表萧湘、周代本，云南代表吕志伊、张一鹏、段宇清。由浙江代表汤尔和为议长，广东代表王宠惠为副议长，江苏代表袁希洛为书记。首由议长汤尔和宣布开会，并报告我国数千年专制政体已告结束，共和政体已经实现，大家热烈鼓掌。随后即进行选举，每省为一票，共17票，开票结果，孙中山先生以16票当选，另一票为黄兴。议长遂隆重宣布孙中山先生当选为中华民国首任临时大总统。大会同时通过，推举汤尔和、王宠惠至上海恭迎孙中山先生至南京就职。十二日开会，黄兴临时提议以中华民国为纪元，改用阳历，大会亦一致通过。散会后黄兴乃发两则电报，一致陈其美：“陈都督鉴：今日参议会决议改用阳历，并以中华民国纪元。明日为中华民国元年正月一日，请公布。”一致《民立报》于右任：“《民立报》于君右任鉴：今日由参议会决议，以明日为中华民国元年正月一日，孙大总统来宁发表临时政府之组织。”
同时发出通电：“本日在宁开临时大总统选举会，到会者十七省。孙中山先生当选为临时大总统，特此通告。”孙中山先生当选为临时大总统后，有电给武昌的黎元洪：“武昌举义，四海云从，列国舆论，歌诵民军，无微不至，而尤钦佩公之艰苦卓绝。文于中国革命，虽奔走有年，而此次实行，并无寸力，谬蒙各省代表举为总统，且感且愧，惟有勉为其难，以副诸公之盛意。武汉为全国之枢纽，公之责任维艰，伏维珍重。”黎亦有复电给孙中山先生：“顷接各省代表会蒸电称：临时大总统大任，先生当选，曷胜欣贺！先生识高千古，虑周全球，挽末世之颓风，复唐虞之盛治，使海内重睹汉官威仪，不独四万万同胞之福，即东西各国亦莫不景仰高风，为中华民国庆！专此电贺。中华民国万岁！中华民国大总统万岁！”
接着各省代表团也联名致电黎元洪：“各省代表会于元月二日决议，选举临时副总统，即于三日上午十时开选举临时副总统大会。我公当选。除通告全国外，并由本会特派员赍各省代表签名书敬呈钧鉴！兼表欢迎。”南京临时政府也致电黎元洪：“今日参议院选举副总统，经全数投票，举我公充任，共庆得人，谨为中华民国前途贺。”
辛亥年十一月十三日于是成为中华民国元年1月1日。孙中山先生就在这天率领汤、王两代表和美籍顾问荷马李于下午5时专车抵达南京，下榻于宝华盒。提起这个宝华盒倒是一个有名的地方，它是清两江总督招待外宾的宾馆，后来变成了西箭道参谋本部。
孙中山先生抵京后，有人问孙先生说：“您这次回国，带来了多少饷？多少枪炮？”孙先生笑着回答说：“我空着两手回来，可是我带回来国人最需要的东西，就是革命精神。”
民国元年元旦（以下本文全改用阳历）晚10时，孙中山先生就任临时大总统，宣告中华民国成立。临时大总统誓词曰：
“倾覆满洲专制政府，巩固中华民国，图谋民生幸福。此国民之公意，文实遵之，以忠于国。为众服务。至专制政府既倒，国内无变乱，民国卓立于世界，为列邦公认，斯时文当解临时大总统之职，谨以此誓于国民。”
代表会对国务员名单亦小有修改，原来孙大总统是提名宋教仁长内政，章炳麟长教育，未获通过。
中华民国临时政府组成，名单分布，各部总长中仅陆军、外交、教育三部是同盟会会员，其余各部总长都是立宪派人士中同情革命者。不过次长几乎全是同志。政府虽告成立，实业部总长张謇、交通部总长汤寿潜均住上海，内务部总长程德全则卧病租界，财政部总长陈锦涛则在上海洽商借款，司法部总长伍廷芳更因在上海主持和议，不克返宁，所以这时的南京政府，实际负责的总长也只是三位革命党人，就是陆军部总长黄兴、外交部总长王宠惠、教育部总长蔡元培。其余五部部务均由次长代理。
临时政府经参议院通过后，孙大总统于1月5日举行各部委任礼，各部成立的日期则有参差。特表列如下：
本来武昌方面和上海方面的革命同志意见就不太协和，事情肇因由于黄兴，黄兴自己已经竭力希望弥补这个裂痕，可是天下事往往是有了裂痕，只会扩大，很难弥缝。南京组府时，推举黎元洪为副总统，也是黄兴的建议，其目的即在调和武汉，不过武昌首义的志士甚多，仅让黎元洪一个人做副总统，在武昌方面看来是不公平的。当时黎元洪下面的革命同志中，最重要的有一位孙武，他对策划起义，贡献很大，起义前一天，孙武试验炸弹，不幸爆发被炸受伤，举义后孙武是军务部长，南京临时政府成立前，孙武由武昌到了上海，因为他和黎元洪接近，所以对黄兴很不好，由于和黄不睦，言谈之间，自然对上海方面的革命同志也不好。陈其美对孙武的印象便非常不佳。临时政府筹组时，孙武希望做陆军部次长，可是陆军部总长是黄兴，黄既然不欢喜孙武，自不会拉他作次长。于是孙武便被摈弃，就因此使得武汉和宁沪之间更形貌合神离。
当临时政府的人事尚在磋商时，有一天，于右任去找黄兴，恰巧这天胡汉民、宋教仁都在黄处，黄见到这位西北革命领袖、《民主报》的主持人，便笑着说：“你来得正好，我们正在谈组织政府的人选，你有什么意见？我们大家不妨交换一下。”于表示有一件事必须注意，就是在政府人选中，应该多容纳武昌首义的革命同志。不幸于的意见并未被黄完全采纳。当时孙中山先生甫由国外返国，对于组府人事黄兴意见最被尊重，黄认为已经公举黎为副总统，武昌方面应该满意了，所以各部次长多由海外归国同志出任。至于章炳麟（太炎），原来是提名他为教育部长，未被各省代表会同意，遂告落空。章是个学问家，但个性很怪，他参加革命一心想做一个国师，想像戏台上的诸葛亮或是刘伯温，不料南京临时政府组成后竟没有他的份，遂使他也站到武昌方面。由此武昌不满南京组府的人事，而浙江的陶成章也与武昌接近，因此浙江一部分革命同志亦倾向武昌，使宁汉之间的裂痕更加扩大。
同盟会在革命时期一直是个秘密组织，南京临时政府成立，才决定改为公开组织，以“巩固中华民国，实行民生主义”为宗旨，举孙中山先生为总理，黄兴、黎元洪为协理，宋教仁、胡汉民、马君武、刘揆一、平刚、张继、李肇甫、汪兆铭、居正、田桐为干事。实际责任由宋教仁负责。