在中日战争中清朝统治集团内部在做出一些重大决策时发生了分歧，清廷重臣要员都在主战与主和两大问题上亮了相，有的还做了一番淋漓尽致的表现。就是一些原先附和主战的枢臣也在关键时刻倾倒在主和派一边。战争初期光绪帝调整了军机处班子，把它变成为抗战联合阵线，在战争中发挥了指挥部和参谋部的积极作用。由于战争屡屡败北，军机处成员思想发生了动摇，在签订《马关条约》的时候，中枢机构为顽固派所把持，成了贯彻慈禧太后避战求和方针的策源地，光绪帝对中枢处于失控状态。战争结束以后，整顿军机处调整中枢班子是光绪帝反省过去，吸取教训的重要课题。军机大臣中对光绪帝抗战部署干扰最大，鬼点子最多的要算孙毓汶和徐用仪两人，他们一唱一和，压制主战派，逼迫光绪帝，慈禧太后通过这两个亲信向李鸿章传递她的旨意，所以光绪帝在中日战争以后采取了不同的方法把他们驱逐出军机处。光绪二十一年五月给孙毓汶“病假”一月，“以徐桐兼署兵部尚书”，先革去他兵权，后又“称疾乞休”令他退出政治舞台，光绪二十五年孙毓汶怏怏死去，在中枢机构中拔去了一枚钉子。一个月以后，光绪帝又向徐用仪开刀，光绪二十一年六月乙酉，“谕内阁，吏部左侍郎徐用仪退出军机处，并毋庸在各国事务衙门行走。”把他从重要岗位上撤了下来。在军机大臣中还有恭亲王奕讠斤和庆亲王奕？，虽在后期倒向主和，秉慈禧太后旨意逼光绪帝签约，然逐出顽固派悍将孙毓汶和徐用仪之后，这两位满洲亲王留在中枢暂时亦无大的威胁，所以未作更易。光绪帝在驱逐异己的同时，“命礼部左侍郎钱应溥在军机大臣行走”。钱应溥其人，长期入值军机司务，笔下敏捷，“每承旨缮召，顷刻千言，曲当上意”，在中日战争时期他已任礼部左侍郎，“廷议主战，应溥造膝敷陈，多人所不敢言。”光绪帝慧眼识才，把这样一位有才气而又能直言的廷臣不仅提拔任军机大臣，而且“再迁工部尚书”加以重用，无疑增强了帝党力量。总理各国事务衙门的地位越来越显得重要，军机处决策“总署”贯彻，在中日甲午战争时期为李鸿章及慈禧太后的亲信所把持，光绪帝的亲信成员几乎无一人涉足。经过中日战争的反思，光绪帝为了加强对“总署”的控制，命“户部尚书翁同礼部尚书李鸿藻在总理各国事务衙门行走”。让两位最忠于皇帝最得力的重臣进入“总署”，今后内政外交的各个脉络君权皇命不致梗塞，光绪帝的谕旨可得以畅通。至于李鸿章，虽然光绪帝在中日战争中对他的两次处分都被慈禧太后一次吹掉，战后又作为清政府全权代表派往俄国，祝贺沙皇尼古拉二世加冕典礼，是时还秘密地同俄国签订了《中俄御敌互相援助条约》又称《中俄密约》。光绪帝在李鸿章身上饱含怨恨，非对他有所限制不可。李鸿章集军、政、外交于一手，又有慈禧太后为后盾，故对他的权力限制，光绪帝采取十分慎重的处置办法。光绪二十一年七月初八日（8月28日），“命李鸿章入阁办事。调王文韶为直隶总督兼办理通商事务北洋大臣。”王文韶在中日战争期间，他的立场基本上倾向主战，在签约关键时刻，态度也无突出表现，然王文韶其人颇有外交、理政之才能，故光绪帝以王代李，把李鸿章调离天津留京入阁，实际上是名升实降，一定程度上削去了他的部分军权和外交之权，这一调动也为李鸿章同慈禧太后的直接联络提供了方便。为了削弱李鸿章的影响，光绪帝即着上谕王文韶整顿直隶地方。
直隶地方，积弊已深，凡吏治军政一切事宜均应极力整顿，至外洋交涉事件，尤关紧要，如从前有办理未协，欲行更改之处，务当悉心筹划，不避嫌怨，因时变通……洗从前积习，方为不负委任，将此谕令知之。
这道谕旨，要王文韶“不避嫌怨”“洗从前积习”，很显然是针对着李鸿章而发的，实际上是全盘否定了他任直隶总督、北洋大臣期内的“政绩”，这不能不是对李鸿章的一个重大的打击，某种意义上讲，比过去对他两次处分更为有力，为以后剪除李鸿章势力埋下伏笔。
中日战后，光绪帝犹如在一场恶梦中惊醒过来，从反省中得到有益的教训；从反省中理顺思路振作精神，充实了他的抱负，为后来的历史舞台上演出的那幕有声有色的维新变法活剧迈出了可贵的第一步。
“卧薪尝胆”雪国耻
中日战争后，列强瓜分中国的黑云密布在神州大地上空，中国人民面临着更沉重的灾难。在1894年11月中日战争败局初定的时候，资产阶级革命派对祖国将遭宰割趋势感到万分忧虑。民主革命的先行者孙中山先生起草的《兴中会宣言》中表达了他们的郁郁心情：
近之辱国丧师，翦藩压境，堂堂华夏，不齿于邻邦，文物冠棠，被轻于异族。方今强邻环列，虎视鹰瞵，久垂涎于中华五金之富，物产之饶，蚕食鲸吞，已效尤于接踵，瓜分豆剖，灾堪虑于目前。
中日战争以前，由于帝国主义的侵略和清朝的腐败统治，中国封建社会已经千疮百孔，民不聊生。然而，中国封建官僚和士大夫，昧于世界形势，沉湎在中华大国、华夏圣朝的盲目自大的迷梦之中。就在中日战争初期，封建统治者还瞧不起日本这个东邻岛国，说什么“倭不度德量力，敢与上国抗衡，实以螳臂挡车。以中国临之，直如摧枯拉朽。”战前一些帝国主义者对中国这个古老大帝国的虚弱程度也没有完全看透，英国一直把中国看做英、俄之间在远东的缓冲力量，甚至一度提议缔结英中联盟，以对抗俄国势力的伸展。法国在中法战争前曾把中国视之为亚洲四强之一，同法、英、俄相为并列。一场中日战争把古老帝国的纸窗戳穿了，这个肥大巨人已经奄奄一息，完全暴露于世界。
中日战争以后如何看待亡国灭族的严重危机，在清统治集团内部有两种截然不同的态度。
清朝最高统治权仍然控制在慈禧太后手中，她是近代中国封建社会黑暗势力一个集中点，封建统治者的腐朽、昏庸、无能在她身上得到充分的体现，如果说她在控制政权初期自“祺祥”政变以后，尚有所作为，通过调整统治机制的办法清王朝出现了“同治中兴”局面，那么至中日战争前后，她完全成为清朝最落后、最反动势力的总后台。在国家遭到帝国主义列强“瓜分豆剖”的苦难时期，在中华民族到了生死存亡的危险时刻，她为了维持其清朝太上皇的地位和穷奢极欲的享受之外，无所事事，置国家和民族的严重危机于不顾，仍然挥金如土，无视数万万两白银的巨额赔款和“国库空虚，民力凋敝”的财政困境，“又将大兴土木，修圆明园，以纵娱乐”。上行下效，慈禧太后穷奢极欲无度享受，朝廷一批腐朽透顶的王公大臣也随之尽情挥霍，内廷、颐和园歌舞不绝，演戏如常，每逢内廷演戏，召王公大臣入座听戏者时间以六小时为限，王公大臣之有烟癖者，瘾发辄不自禁，内监乃得因为利，度其瘾将发，即送茶一杯，放入“烟泡三枚”，“每茶索犒千金”，“计听戏三日，而一人茶尝乃至一万八千金，都下谓第一阔烟茶也”。以慈禧太后为代表的清朝腐朽集团，甲午战争以后仍然处在醉生梦死，麻木不仁之中。
光绪帝在甲午战争以后，虽然仍不操朝廷实权，但他不甘心做傀儡皇帝，更不愿当亡国之君。甲午战争对他来说是一场腥风血雨的恶梦。堂堂中华大国竟然败于一个“弹丸岛国”之手，颇想有所作为的光绪帝，身为一国之主，万乘之尊，确实是蒙受了奇耻大辱，战后其精神上一直处在极度的痛苦之中。光绪帝对于帝国主义列强纷至沓来至宰割祖国领土主权更是无限的忧虑。熟悉光绪帝的德龄女士对中日战争以后光绪帝的心境有着这样的记载：
光绪为着想挽救他的国家，使他在国际上得到一个较好的地位――至少是他心里所想望的那种地位――几乎连饮食睡眠也忘掉了，他恨不能立刻就使他的国家一跃而为世界上的一等强国。
对于“失民心，丧国体”的《马关条约》，他耿耿不乐，总想设法对《马关条约》的恶果能有所补救。当光绪二十二年三月，得到给事中吴光奎在奏折中说到苏杭各省已于本地设立公司，同日商竞争一项，他颇感兴趣，立即上谕军机大臣等：“马关条约于华民生计大有关系，亟应设法补救，以保利权。”光绪帝眼看国家遭宰割，心急如焚，他这里提出“保利权”，就是在当时条件下抵制帝国主义列强瓜分中国的一种力所能及的努力，也是一些爱国人士为了尽量补救《马关条约》带来的损害，以维护国家和民族利益的共同要求。
甲午战争中，日本军国主义者手舞屠刀，在沉睡着的中国巨人身上割去了一大块肥肉。然而，另一些屠刀藏在背面的屠夫，装出一副“调停者”的脸孔，在这在那指点着，准备宰割他们所需要的那块肥肉，光绪帝看清了俄、英、法、德、美等帝国主义列强的用心，指出他们是“强邻狡焉思启，合以谋我。”面对列强“合以谋我”的危机，光绪帝既没有因被日本这个“弹丸岛国”所败而自暴自弃，更没有像慈禧太后那样麻木不仁，听人宰割。而是卧薪尝胆以雪前耻。他在光绪二十一年闰五月丁卯（二十七日）的上谕里对今后振兴中华，奋发自强做了大致规划：
谕军机大臣等：自求求治之道，必当因时制宜，况当国事艰难，尤应上下一心，图自强而弭隐患。朕宵旰忧勤，惩前毖后，惟以蠲除痼习，力行实政为先。迭据中外臣工条陈时务，详加披览，采择施行。如修铁路，铸钞币，造机器，开矿产，折南漕，减兵额、创邮政，练陆军，整海军，立学堂，大抵以筹饷练兵为急务，以恤商惠工为本源，皆应及时举办。至整顿厘金，严核关税，稽查荒田，汰除冗员各节，但能破情面，实力讲求，必于国计民生，两有裨益。著各直省将军督抚，将以上诸条，各就本省情形，与藩臬两司暨各地方官悉心筹划，酌度办法，限文到一月内分晰复奏。当此创巨痛深之曰，正我君臣卧薪尝胆之时，各将军督抚，受恩深重，具有天良，谅不至畏难苟安、空言塞责。原折片均著抄给阅看，将此由四百里各谕令知之。
光绪帝的上谕，虽然还谈不上是一幅改革蓝图，但反映了他在战后“奋发图强”的迫切心情。对于全国政治、经济、军事补救作了全面的规划并且要求落实到各直省，限令一月之内，各级地方也做出相应筹划复奏。光绪帝在战后这种卧薪尝胆雪国耻的迫切感，便是他很快萌发维新变法的思想基础。
总之，光绪帝在中日战争以后，顶着帝国主义瓜分中国的滚滚恶浪和清统治集团内部所煽起的“以夷制夷”阵阵阴风，披荆斩棘，走向维新之路。
萌发维新思想
梁启超在《戊戌政变记》一书中指出：“吾国四千余年大梦之唤醒，实自甲午战败割台偿二百兆以后发始也。我皇上赫然发愤，排众议，冒疑难，以实行变法自强之策，实自失胶州、旅顺、大连湾、威海卫以后始也。”中日战争的失败和《马关条约》的签订，把中国人民投入更深的苦海，四万万同胞陷入巨大的悲愤之中。此时此景，正如谭嗣同在诗文中描绘的那样：“四万万人齐下泪，天涯何处是神州？”然而，中华民族在“齐下泪”的悲愤中觉醒起来了，图存救亡的意识与日俱增。空前高涨的爱国呼声惊动了清朝统治阶级中一部分人的思想，他们从不同的角度感受到“时势所逼”“国事艰难”，纷纷向朝廷“竞言自强之术。”洋务派所陈“自强之术”仍以“洋务救国”为宗旨，以“开矿、练兵、筹饷、通商、制械”为要务。可是也有一些官僚，他们陈奏“自强之术”，突破了洋务派已经鼓吹了20余年的“自强新政”框架，向着维新变法贴近。最先以日本明治维新和法国资本主义制度的活力鼓励清廷变法的是顺天府尹胡1？，他在光绪二十一年闰五月（1895年7月）上了一道题为《条陈变法自强事宜》的奏折，其主要内容是：
日本一弹丸岛国耳，自明治维新以来，力行西法，亦仅三十余年，而其工作之巧，出产之多，矿政、邮政、商政之兴旺，国家岁入租赋，共约八千余万元，此以西法致富之明效也……然时势所逼，无可如何，则惟有急求雪耻之方，以坐致强之效耳。昔普法之战，法之名城残破几尽，电线、铁路处处毁裂，赔偿兵费，计五千兆佛兰克，其数且十倍今日之二万万两。然法人自定约后，上下一心，孜孜求治，从前弊政，一体蠲除，不及十年，又致富强，仍为欧洲雄大之国……今中国以二十二行省之地，四（百余）兆之民，所失陷者不过六七州县，而谓不能复仇洗耻，建我声威，必无是理。但求皇上一心振作，破除成例，改弦更张，咸与维新，事苟有益，虽朝野之所惊疑，臣工之所执难，亦毅而行之；事苟无益，虽成法之所在，耳目之所习，亦羞然而更之。实心实力，行之十年，将见雄长海上，方驾欧洲，旧邦新命之基，自此而益巩，岂徒一雪割地赔费之耻而已……
纵观世运，抚念时艰，痛定思痛，诚恐朝野上下，商谈理学者，狃于清议，鄙功利为不足言；习于便安者，又以为和局已定，泄沓相仍……今日即孔孟复生，舍富强外，亦无立国之道，而舍仿行西法一途，更无富强之术。用敢不揣冒昧，就管见所及，举筹饷练兵，重工器，兴学校数大事，敬为我皇上缕析陈之……
胡1？认为仿效日本明治维新力行西法是清朝惟一的“富强之术。”他所奏的具体仿效内容虽然仍是开铁路、筹钞币银币、开民厂以造机器、开矿产、折南漕、减兵额，创邮政等洋务范畴，然而，他赞扬明治维新，仿行西法，并向光绪帝提出“一心振作，破除成列，改弦更张，咸与维新”的变法要求，反映了统治集团内部有一些官僚已经萌发出朦胧的维新变化的新思想。
其时，刑部侍朗李端？在光绪二十二年五月（1896年6月）上了名为《请推广学校折》的奏折，他从办学校这个侧面，向光绪帝提出了维新企图，这是清朝官僚中典型的从洋务运动中脱颖而出的变法图强思想。他在奏折中说：
夫二十年来，都中设同文馆，各省立实学馆、方言馆、水师武备学堂、自强学堂，皆合中外学术相与讲习，所在皆有。而臣顾谓教之道未尽，何也？诸学皆徒习西学、西语、西文，而于治国之道，富强之原一切要书多未肄及……
在李端？看来，洋务派办西学，治标不治本，“治国之道，富强之原”均未“肄及”，所以他在奏折中提出：设官书局于京畿，自京师及省、府、州、县皆设学堂，并设藏书楼、创仪器院、开译书局、广立报馆、选派游学等五个方面，“有官书局大学堂之经，复有此五者以为之纬”。尽管李端？的教育思想还深深地保留着洋务教育的痕迹，而他的主张已向近代学校靠近了一步。
处在“卧薪尝胆”苦境中的光绪帝，“甲午、乙未兵败地割，求和赔款，皇上日夜忧愤，益明中国致败之故，若不变法图强，社稷难资保守，每维新宗旨商询于枢臣”。甲午兵败促进了光绪帝政治思想的新转变，在这以前，光绪帝初登皇位，其主要精力放在熟悉处理朝政事务，考察臣工的办事效率。虽然对慈禧太后的严密控制极为反感，但基本上还是“小心翼翼”地在皇太后手掌上做傀儡皇帝，对于“垂帘听政”时期的既定方针不敢有所逾越和偏离。而今，光绪帝经过甲午战争的洗礼，中兴祖宗基业之心更加强烈了。自甲午之役以后，赔款割地，面临帝国主义列强的瓜分豆剖，亡国之君的危险日复一日地向他逼近，因而在他的思想上奋起了难以抑止的“图强雪耻”的紧迫感。美国作家卡尔女士对甲午战后光绪帝的心态有过生动的叙述：
自日一战而后，中国割地赔款，蒙莫大之耻辱。光绪帝方如梦之初觉，慨然以发愤自强为己任。故中日战前与战后之光绪帝不啻判若二人也。
甲午战争结束不久，光绪帝连连发出上谕，要求臣工“上下一心，图自强而弥祸患”，并表示“惩前毖后，惟以蠲除积习力行实政为先”。他所说的实政，具体的就是“修铁路、铸钞币、造机器、开各矿、折南漕、减兵额、创邮政”等等，“大约以筹饷练兵为急务，以恤商惠工为本源。”光绪帝“图强”观和寻找的“雪耻之方”仍在洋务派“自强新政”的圈子里。甲午战争以后，光绪帝对洋务运动中的民用工业和民办企业备加关注，以推进洋务运动的新发展。
光绪帝政治思想发展的新起点是在运用洋务手段图强的同时，萌发了维新变化的意向。他维新变化思想的萌芽，是受到朝野变法图强热流的启迪所致。有些官僚上书言事的视野比洋务派“自强新政”的框架有了新的拓宽，对于这方面的疏奏，光绪帝均“详加披览”，他强烈地意识到“强邻狡焉思启，合以谋我”，同臣工奏疏中所阐发的图强要求发生了共鸣。清朝官僚关于维新变法的呼吁，尽管他们开出的维新内容还很笼统肤浅，但其实际效果却是把光绪帝的目光引向执意探索欧美各国的治国之道。曾经出使外洋，不久前从日本回国的户部侍郎张荫桓，被光绪帝召见，请他进述欧美、日本的治国之道。张荫桓“晓然欧美富强之机”，“每为皇上讲述，上喜闻之”，“启秀圣聪，多赖其力。”清朝官僚朦胧地向光绪帝介绍西方资本主义制度和日本明治维新运动，列国变政的春风不断地吹进了他的心坎，扩大了他的视野，开启了他向西方国家讨教自强之术的心扉。
变法尝试
1894年4月14日，中日两国代表伍廷芳和伊已代治在山东烟台互换“和约。”这不仅标志着中日两国战争状态的结束，也标志着中国的变法维新即将开始。古人云：“物耻足以振之，国耻足以兴之。”换约后的第三天，即17日，光绪发布一道上谕，决心痛除积弊，以收自强之效。
光绪坦陈中国积弱之深，无力与日抗争。当务之急是面对现实，卧薪尝胆，发愤革故鼎新。光绪昭之若揭的图强之心，奏响了变法的序曲。中国的历史进程由此步入了一个新的阶段。
谕旨颁发后，疆臣及国民始而放弃了拒和、再战的希望，将注意力转到国内的变法上。臣工纷纷上奏章，递条陈，为变法出谋划策。约两个月后光绪颁发了一道旨在切实推行变法的上谕，要求因时制宜，图强变法。
“因时制宜”，即祛除墨守祖宗之成法的陋习，以合乎时代的需求作为立法、变法、执法的参照系。这一思想也正是康有为等人鼓吹变法维新的理论基石。谕旨中所列举的当“采择施行”的十项内容，已远远超出了前30年办洋务的框架。尤其是强调“以恤商惠工为本源”，这为大力发展资本主义注入了强大的推动力。至此，自上而下的变法在全国迅速铺开。综观随后三年的变法，其内容涉及到文化、经济、政治、军事等各个层面：
一、文教。
这方面影响最巨者莫过于谕令转发刑部左侍郎李端？的《请推广学校折》。