康有为虽然提出了定宪法开国会的主张，认为议院是泰西第一要政，并请皇上定立宪为国体，预定国会之期，明诏公布天下。但他同时也感到，宪法、国会条例至繁，应分阶段进行。首先应大开懋勤殿，召集全国的才俊之士入内，而与议定制；并允许天下人民上书言事。
在康有为看来国会固然很好，但是在当时中国还不具备定宪法、开国会的条件。除民智未开外，守旧大臣满朝，“万不可行。”其后谭嗣同、林旭等也主张立即在中国开议院，但康有为“以旧党盈塞，为阻之”。康有为指出：“制度局不开，琐碎拾遗无当也。故请开懋勤殿以议制度。”关于康有为主张开懋勤殿而非坚持设议院，后代史家多有评述，不少史家认为这是康有为思想倒退的表现。这未免过分苛求前人。不能认为思想越激进越好，真理跨越一步也就成为谬误。康有为主张开懋勤殿并非是他放弃了在中国定宪法、开议院的理想，而是他通过维新变法实践，认识到变法应该分阶段，循序渐进地并在当时条件允许下进行，超越条件是不现实的。任何一种改革不管它再美好，如果不具备可行性和可操作性，最终都将流于空谈。正是因为如此，康有为一方面盛赞议会制，另一方面也认为中国目前实行议会制的条件不成熟，他以日本为例，指出：“日本亦至二十余年始开议院，吾今于开国会尚非其时也。”
康有为在此期间还专门上奏论述发展中国的工业、商业、农业等。如6月25日所写的《请励工艺将创新折》中，论述了发展近代工商业的必要性，他指出“方今万国交通，政俗学艺，日月互校，优胜劣败，淘汰随之，致我守旧闭塞无知无俗之国民，投于列国竞争日新又新之世，必不能苟性命矣。”中国要生存，发展工业是当今之急务，“采彼良规，奖导新机，讲求物质。”他希望光绪皇帝下诏在中国普遍建立新式工业、发展新技术、奖励新发明和新著作等。7月19日康有为又上《条陈商务折》，建议光绪皇帝令十八省开设商务局，以推动商业的发展。他主张商务局不能让政府官员来领导，而让商人中有能力有威信者来主持。康有为建议先在上海搞试点，并推荐商人经元善、严作霖为总办，龙泽厚为副职，在两个月内制定章程，呈上御览，然后在全国推广。光绪皇帝立即采纳了这个建议，下诏施行。此外康有为还就废漕运发展铁路呈递了专折，提出了一个在中国建设铁路的计划。
在康有为所提出的众多的改革建议中，请求禁止妇女缠足一事在当时影响也颇大。康有为对强迫妇女缠足很早就有不同的看法，并率先在家乡带头反抗这种陋习，不仅从他的女儿开始做起，而且成立了中国第一个不缠足会，虽然为时不长就被瓦解。随着康有为对西方天赋人权、男女平权理论的认同，他反对妇女缠足的决心也越来越坚定，并把它提高到救亡图存的民族主义的高度，作为维新变法改革的一项重要内容。
8月间，康有为上《请禁妇女裹足折》，详细地论述了妇女裹足的危害和不缠足的意义。他认为妇女缠足是对女子最残忍的一种摧残：“三尺之布，七尺之带，屈指使行，拗骨使折，拳拳缩缩……童女苦之，旦夕啼哭。”成人以后，其足纤而不壮不能支撑身体，只能扶床乃起，扶壁而行，劳动家庭的妇女尤其悲惨，每天要做各种体力劳动，真是苦不堪言。康有为还指出，缠足不仅对妇女个人是摧残，而且对民族、对国家都有极大的危害。由于妇女缠足使血气不流，气息污秽，足疾易作，上传身体，致使体弱多病，其所生子女受其遗传，身体十分羸弱。他写道：“试观欧美之人，体直气壮，为其母不裹足，传种易强也。回观吾国之民？弱纤偻，为其母裹足，故传易弱也。今当举国征兵之世，与万国竞而留此弱种，尤可忧危矣。”因而请求光绪皇帝下令禁止裹足，并奖励各省不缠足会，令各省督抚饬地方官劝诱士庶，仿照上海不缠足会例推行，同时制定法律，规定光绪十五年所生子女至今10岁者不得裹足，对裹足者的家长给予一定的处罚。此折上奏后受到守旧大臣的责难，并冠冕堂皇地宣称，此事属于琐屑小事，不关政体，暂不实行。
康有为在明定国是诏颁布后到戊戌政变前，百余天中先后以自己的名义上奏和代他人起草的奏折近50件。平均每两天就上奏折一件，所涉及的范围非常广泛，包括政治、经济、军事、文化、社会风俗等各个方面。他通过这些奏折，展现出一个新中国，这个新中国将利用外国的经验教训，重新建设这个破碎不堪、伤痕累累的国家。康有为的思想和观点对光绪皇帝和其他维新派都产生了巨大的影响，不仅对百日维新的发展起了重要的推动作用，而且对于其后中国人思想的解放和其后中国社会的变革都产生了深远的影响。
实干家张元济
“诏定国是”后，就在新旧两派剑拔弩张之时，张元济却能不顾“阻力”，向光绪上了条陈，一开始就说：“近又迭颁明诏，除旧更新，不惑于群言，不挠于旧党。窃以为圣明在上，提纲挈领，必能振已废之人心，扶将衰之国运矣。乃数月以来，中外因循，一仍旧力，欺罔蒙蔽，毫无朝气，刘坤一、谭钟麟之复奏迟延，怀塔布等之阻塞言路，其最著者也。”张元济指出：当权官僚“以为旧法终不能废，新政终不能行，任我皇上一人忧劳于上，久将必倦，倦则旧法复，新政废，而彼乃快偿其愿也。彼亦岂不知外患内忧相逼而至，而年已老耄，转瞬凋零，但求敷衍数年，生不复见，即不幸犹存，而若辈赧颜，何所不可。惟我皇上春秋正富，来日方长，设有意外，何堪设想。”可见，张元济是在新政危急之秋，“日夕忧愤”，“悉心体察”而“冒死上陈”的。
那么，张元济的“救亡拯急”“正本清源”的变法主张是什么呢？他提出了“设议院以总变守之事”“融满汉之见”“通上下之情”“定用人之格”“善理财之策”等五项建议，而以第一项为关键。他说：“泰西各国行政与议政判为两事，意至良、法至美也。中国则不然。以行政之人操议政之权，今日我议之，明日即我行之，岂能不预留地步，以为自便之计。故政为彼之所偾行者，必不废，废则无以抑新进之辈矣。政因彼之所未行者，必不兴，兴则显形其前事之非矣。”以致新政诏书虽不断颁布，而守旧诸臣则多方阻挠，故意延宕，必需统筹全局，设立议政局，“以年富力强，通达事务，奋发有为者充局员”，不能责之“年跻耄耋，精力衰颓”的“枢部诸臣。”“凡今日所应改应增之事，责令各员先期拟定办法及详细章程，随时进呈御览，恭候钦定。”对已经颁有新政上谕的，“如学堂、报馆、轮船、铁路、邮政、电报、矿力、工厂、银行、商会，均不过大略间程，并未垂为国宪。故办法多不划一，宜令在局各员详考西国制度，参酌现在情形，拟具则例，呈请钦定赐行。”也就是说，他要求有一个不要根本改变封建制度而可发展资本主义的宪法，要求参照西方资本主义国家的情况进行政治上的根本改革。
还在“诏定国是”前，康有为就提出了“开议院以通下情”，主张开国会、定宪法。“百日维新”中，上书请求设制度局以推行新政。张元济也提出了“设议政局以总变法之事”，用以除旧布新，“振已废之人心，扶将衰之国运”，提纲挈领，确有胆识。他又是在新旧斗争极为尖锐、图穷匕现之时提出，更是难能可贵。
没有几天，张元济又对铁路矿务总局和农工商局的酌插缺各员上疏奏阻。于是，8月2日，光绪命于京师专设矿务铁路总局，派王文韶、张荫桓专理其事；8月21日，命于京师设立农工商总局，派直隶霸昌道端方及候补道徐建寅、吴懋鼎为督理；8月30日，诏裁詹事府、通政司、光禄寺、鸿胪寺、太常寺、太仆寺、大理寺等衙门，外省裁撤湖北、广东、云南三省巡抚，河东总督及不办运务之粮道，各省同、通、佐、贰等官。无地方之责者，并着裁汰。
9月8日，又命铁路矿务总局、农工商总局酌插各衙门裁缺人员。旧机构裁撤的冗官，安插到新衙门去，滥竽充数，是不会有好结果的。张元济有鉴于此，于9月18日上折陈述：“现裁各署，其实缺候补各员，大都衰庸猥滥者多，部胥市侩杂出其间，能通晓中国旧学者尚难得一，若令备员充位，从事新政，岂不贻误国是，腾笑远人。若专为位置闲员地步，则何如不裁之为愈。”他又进一步指出：过去颁发的上谕，也有“布新存旧”的情况，如“废八股，则请试四书文”；“改武科，则请留弓刀石”，这些，无非是“同一伎俩，蒙蔽圣聪，使新政不能畅行，且不新不旧，将来必有流弊。可以塞我皇上变法之心，以议我皇上维新之误。”建议：
一、“凡新政额缺，令中外大臣，不拘资格，切实保荐素习矿路农工商学之人；送部引见，候旨派充”。二、裁缺各员，“其中不谙新政之辈”，“应由吏部严加甄别，取其年力精壮、勤慎趋公者，酌量铨选对品外官，以示体恤。”这样，就不致新旧杂厕，滥竽充数；也不致设的维新局，用的是旧人。
军机处
清朝的中央政府，是典型的封建专制主义中央集权的机构。各个机构的设置都体现一个总的原则――使权力牢牢掌握在皇帝手里。
在清朝初年，由满族贵族组成的议政王大臣会议，曾经是最高的中枢机构。议政王会议，“每五日集朝一次，协助议国政，军国大事，均于此决之。”为了加强君主专制，皇太极继位后，于1636年设立内三院，即内秘书院、内国史院和内弘文院。内秘书院负责掌管和起草对外文书和敕谕，并收录各衙门的奏疏、词状；内国史院负责记注诏令，编纂史书；内弘文院负责为皇帝、皇子讲经，注释古今史事，并教诸亲王颁行制度。三院官制是：内国史院设大学士1人，学士1人；内弘文院设大学士1人，学士1人；内秘书院设大学士1人，学士2人。内三院实际上是内阁的前身。1658年（顺治十五年），清朝政府正式改内三院为内阁。
清朝的内阁有三殿三阁。三殿是保和殿、文华殿和武英殿，三阁是文渊阁、体仁阁和东阁。内阁官员主要有大学士、协办大学士、学士、侍读学士。大学士是内阁最高官员。凡内阁大学士照例要冠以殿阁的名称，如保和殿大学士、体仁阁大学士等。有的大学士还领尚书。大学士中文华殿、武英殿大学士等尊称为“首揆”“首辅”，协办大学士称为“协揆”，不加殿阁衔。
清朝政府表面上标榜满汉一体、一视同仁，在中央机构中实行“双轨制”，即机构任职的高级官员满汉各半数。清朝内阁也实行双轨制。进入内阁办事的官员通常有大学士满、汉各2名；协办大学士满、汉各1名为副职，佐理大学士进行工作。另有学士10人，满族6名、汉族4名，其实权都掌握在满人手里。
内阁虽然名义上是政府的中枢机构，“掌天下之政”，地位崇高，但随着专制主义皇权的加强，其权力却比明代下降了。内阁大学士的品阶为正一品，“勋高位极”，可是并没有实权。实际上只是“系乎宰相之名，而惟视乎人主之威柄以为操纵”。除了根据皇帝的旨意起草诏令之外，不能越雷池一步。乾隆就曾明确宣布：“为宰相者居然以天下之治乱为己任，至目无其君，此尤大不可也。”尤其是在雍正以后，清朝皇帝设置军机处，机要章奏都下到军机处，起草诏旨都由军机大臣担任，内阁的主要职权仅是负责起草一般政府文告，大学士成为高级官员晋爵的虚衔。号称“表率百僚”的内阁宰辅，仅“名存而已”。
军机处始设于雍正八年（1730年）。当时，清政府正在准噶尔用兵，为了紧急处理西北军务，“始设军需房于隆宗门外”。这时的军需房可以说是军机处的雏形。
军需房只是协助皇帝处理军务的临时机构，但是，由于军机大臣皆“亲臣重臣”，办事人员又经过严格挑选，且办事地点靠近宫廷，便于皇帝直接指挥，所以很快便成为清廷实际上的中枢机构。1729年7月，雍正首先任命怡亲王允祥、大学士蒋廷玉办理机务。雍正十年（1732年）军需房改称为“办理军机处”，并颁发军机处印信，乾隆三年以后，简称为军机处。
军机处直接听命于皇帝，秉承皇帝的旨意办理枢务，处理国家军政大事，凡“军国大计，罔不总揽”，成为比原来的内阁还重要的中枢机构。具体说来，它的职权是：
第一，起草皇帝谕旨。皇帝对各级官吏一般性题本的批示，叫做“旨。”皇帝对将军、总督、巡抚等地方军政人员一般性的指示，叫做“敕。”“旨”与“敕”，由内阁起草交皇帝审批后发布。而皇帝特降的重要命令则称为“上谕。”凡上谕，皆由军机处拟稿，皇帝审定以后，公开宣布的交内阁颁发，称为明发；机密的由军机处封缄密寄，直达有关官署或官吏，称为“廷寄”。
第二，充当皇帝的顾问。军机处的一个重要职掌是应答皇帝的咨询。军机大臣“常值禁廷”，凡皇帝遇到重大政务有所商议，必随时召见军机大臣陈述意见。若皇帝外出“巡幸”，总是让军机大臣随行，随时召见顾问。有时政务紧繁，皇帝一日召见军机均有数次。清代皇帝巡幸、出征之处以及颐和园、圆明园等处，均有军机大臣的值庐（办公的地方）。军机处掌握着有关军旅、粮饷、钱银、山川、道路等重要资料，以备皇帝随时询问。
第三，议决皇帝交付的政务。皇帝遇到国家重大政务，往往交军机处讨论，并拟议处理意见上奏，再经皇帝审定执行。有的政事需要其他有关衙门协同议奏，则由军机处与所会衙门共同商定办法上奏皇帝裁决。
第四，协助皇帝处理军务。军机处的职掌偏重军事。凡作战部署、用兵方略，都由军机处拟定。清朝中叶以后，战事屡起，连年用兵，军机处的地位更加重要。
第五，审议撰拟题奏。凡由内阁所拟旨敕和翰林院起草的文件，如果皇帝认为不当，便交给军机处复议，“审其可否”，上报皇帝。
第六，审理重大案件。皇帝有时将重大案件特交军机处审判，可见军机处也能行使特别的司法权。
第七，推荐和建议任命官员。皇帝任命的重要文武官员皆由军机处开单请旨颁布。军机处推荐和任用的官员，包括大学士、九卿、六部尚书、督抚，以及道、府、州、县的主要官员，范围很广。
军机处是封建专制主义高度发展的产物。它的机构机密精干，是皇帝得力的助手。军机处的主要官员有军机大臣、军机章京。《枢垣纪略》说：“枢廷义取缜密，有官而无吏。”为了防止泄密，即使洒扫杂役人员的“苏拉”，也由“选自内务府童子”担任。
军机大臣与军机章京均属兼职。军机大臣由皇帝从满汉大学士、尚书、侍郎、京堂等官员内特简。军机处初设时只有军机大臣3人，最多时也只有11人。军机大臣中设一人为“首揆”即首席军机大臣。为了防止满洲诸王贵族势力把持军机处，清朝的亲王一般不能担任军机大臣。在清朝政府设置军机处以后的180多年间，有27人任“首揆”，其中亲王仅占4人。
军机章京是军机处所属的办事司员，分满、汉两班，每班8人。初设时称为“军机司员上行走”或“军机处官司员上行走。”乾隆四十五年（1780年）改为“章京上行走”，军机章京由内阁、六部、理藩院保送，经军机大臣亲自考试选用。
军机处官员掌理机要，地位显赫，但必须绝对听命于皇帝，没有丝毫独立行动的权力。军机处的日常工作都是在皇帝严密的控制下进行的，它“只供传达缮撰，而不能稍有赞划其间”。军机处成员的行动也受到严格的限制，不准与部院官吏、督抚、将军交往，“各部院文武大臣亦不得将所奏之事预先告之军机大臣。”连军机处的组织机构都很特殊，它既无专官，也不是一个正式的衙门，实际上是皇帝的私人机要秘书班子。
军机四卿
以1895年“公车上书”为起点，维新变法从一种思潮开始进入具有一定群众基础的政治运动。救亡图存，变法维新，成为时代的主题，维新派作为一种政治力量也开始登上历史舞台。在这场新与旧，进步与反动，改革与保守的激烈斗争中，四川的知识分子杨锐、刘光第显得十分活跃。