同一天，午夜1时半，一批军警宪特冲进了上海法学院。这时，学生们正在新闻学会的办公室里写标语，画漫画，刻蜡纸……军警一闯进来，就揪住女学生屈元的头发，边打边骂，还把她拖到校门外淞沪铁路的路轨上，用皮靴、枪托猛踢、狠打，打得她口吐鲜血，昏了过去。另一女学生苏淑媛冲出门去，也被打倒在地。军警特务一面用枪口对准学生，不准她们动弹，一面把室内的宣传品和印刷工具撕毁、砸烂，并到宿舍搜捕。这一夜，屈元、苏淑媛等11个学生被捕。
24日，各校抗议南京惨案的怒潮虽还在高涨，但也存在一股潜流：相当一部分中间学生流露出厌倦情绪，对“六二”行动有些恐惧；不少教授对无限期罢课的口号也不十分赞成。这种迹象，在交大更为明显，因为，从护校斗争以来，交大已经罢课好几个星期了。
对此，上海局已有所察觉，并作了指示：趁我声势还浩大，上层分子已有配合，群众情绪还高涨，国民党内部对学潮政策有分歧，还未统一的时候，主动决定暂时停止罢课，一面上课，一面斗争，上罢带弹性的斗争策略。钱瑛还分析了当时上海学运的情况，认为国民党当局很可能利用当前部分中间群众的疲沓情绪，孤立进步力量，从而进行血腥镇压。为了巩固前一阶段运动成果，保存进步力量，避免硬碰，应该领导群众变换斗争方式，绕过暗礁，粉碎国民党阴谋，并为下一步斗争打下基础。她指示上海学运暂时适可而止，具体策略口号是“休止罢课，继续斗争”。
同一天晚上，国民党上海市党部召齐了紧急会议，决定把交大、复旦、同济、暨大等主要学校学生中的国民党员、三青团员、青年军、中统分子、军统分子组合起来，建立“正义大同盟”，从学校内部瓦解学生运动。他们还阴谋在校内制造“互殴”流血事件，以便大批武装军警藉口维持治安开进学校，以一网打尽学运的骨干力量。
25日上午，交大“正义大同盟”的学生在校内贴出不少标语，诸如“学校是读书的地方，我们要读书！”“反对罢课！”等等。显然，他们开始发动攻势了。
与此同时，交大地下党组织传达了上级关于变换斗争方式和“休止罢课，继续斗争”的精神，并决定当晚召开系科代表大会贯彻上述精神，作出相应的决议。
晚8时，系科代表大会在上院114教室刚开始，一场预谋的暴行发生了。当一个学生点燃炮竹，响起“劈――啪”声后，在上院附近闲荡着的20多个别有用心的学生忽然互相挥拳对打，嘴里还乱叫乱喊。放炮竹的学生随即在互殴人群里假意劝阻。但当几个纠察学生上前制止时，互殴双方立即对准纠察学生拳打脚踢。这时，早已聚集在校门外的大批武装军警冲进学校，把上院紧紧地包围了起来。
系科代表发觉这情况时，已来不及冲出教室。大会主席和几个纠察学生立即把教室门关上顶住。一个没来得及进入门内的纠察学生被暴徒打得血流满面，倒在地上。暴徒旋即吆喝着撞门，并从窗口扔进石头、砖块、带钉的木棍，打伤了几个代表。门撞不开，暴徒就以利斧劈门，厚厚的门板被劈开，斧尖划破一个学生的前额，鲜血直流。但教室门口已被层层叠叠的课桌椅塞满，暴徒进不来。他们更加恼羞成怒，用利斧乱砍课桌椅。
“当！当！当……”外面突然响起了洪亮的紧急钟声，全校学生被唤起，就很快冲出宿舍，赶到上院，看到军警包围了自己的代表、立即手挽手，高唱《团结就是力量》，并在军警外层形成学生的包围圈。歌声一遍、二遍、三遍……重复着，在这血肉搏斗的黑暗里，还有什么比这更有力量？军警被迫撤走，暴徒手中的凶器也偷偷地丢下了。同学们首先抢救被打倒在血泊中的纠察学生，他的惨状大大激怒了交大学生。这次恐怖事件中，学生2人受重伤，40人受轻伤，14人被捕。
“‘五二’惨案后援会”主席团召开了紧急会议，决定发动全市50多所大、中学校学生于26日向市府请愿，要求无条件释放5月23日以来被捕的学生。请愿队伍分两路集中，南区在交大，北区在暨大。定上午十时出发，到市政府会合。
26日上午，军警包围封锁了交大、同济、暨南、复旦等主要大学，不准学生外出。交大提议推派代表会同人权保障会，先与市府当局谈判，候有分晓再决定大队是否前往请愿。中午，吴国桢来到交大，与“后援会”代表举行谈判。由学生代表陪同，吴国桢到上院看了学生被打现场和特务行凶的钉棒、铁尺等凶器，以及被打学生留下的血迹。在这些铁的事实面前，吴国桢不得不表示“遗憾”。谈判开始后，在学生代表的要求下，吴国桢命令撤退包围学校的军警。经过学生代表机智灵活的斗争，吴国桢接受了学生的下列要求，释放被捕同学；受伤同学免费诊治；严惩凶手；校方、政府保证学生以后的安全；以后军警进校，应先通知学校当局；学生在学校开会，得校方同意者，军警不得干涉。
本来约定下午2时即可释放被捕学生回校，但狱中交大学生获悉释放消息后，不肯立即出狱，要求市府同时释放狱中各兄弟学校被捕的学生，大家一起出狱。交大学生代表会同各校进步力量再度与吴国桢交涉，吴国桢同意释放全部被捕学生。
在北区，除同济被包围，队伍无法突围外，复旦、上法、音专等校队伍都集中到了暨大，但也很快被5000多军警包围。学生立即组织起来守卫校门、围墙，摩拳擦掌，严阵以待，一直坚持到下午。但是，校园外的学生遭了殃，从宝山路室通路口过铁路回校的学生，“来一个，打一个，抓一个”，所有被打伤的三四十人，统统被关到警备车上带走。当吴国桢接受学生的条件，释放被捕学生的消息传来后，学生立刻整理好队伍，在暨大校园内游行一周，庆祝斗争的胜利。
这一天，大同大学也发生“互殴”事件。由三青团骨干学生带领。大批流氓、暴徒以木棒、铁尺、粗绳为武器，殴打学生自治会干部和积极分子，10多人受伤，2人受重伤，其中一个学生眼角被刺破，血流满面；学生的被褥杂物也被强行烧毁，11个学生被捕。
下午5时许，交大，复旦、同济、新建等校被捕学生获释。警备司令部监狱前停了不少卡车，各校学生代表聚集监狱门外等候战友出狱。交大第一、第二宣传小队被捕学生首先走出监狱，同学们上前热烈握手、拥抱。交大获释学生没有立即登上校车，他们坚持各校被捕同学“必须一同出狱”。其他难友全部走出监狱后，鞭炮齐鸣，欢声震天，被捕获释同学和欢迎同学热烈握手、拥抱，场面十分感人，围观市民很多，也热烈鼓掌表示庆贺。在掌声中，学生登车返校。交大被捕获释学生在一片鞭炮声、锣鼓声中回到学校，学生自治会代表全校同学送给被捕获释同学一面锦旗，上面写着：“爬起来，再前进！”
晚上，复旦学生在子彬院（即今600号）101教室举行晚会，欢迎释放归来的同学，10时半散会后，学生走出校门，在国权路上，突然一声枪响，一大群特务、打手跳了出来，手里挥动带钉的木棍，冲进学生队伍，猛打乱戳，打伤30多人，重伤5人。“国权路血案”发生后，学生罢课，教授罢教，校长章益也多次向教育部提出辞职。
血和泪的控诉
5月26日，“‘五二’惨案后援会”主席团与上海市长吴国桢举行谈判，吴国桢接受了学生的六条要求，其中最主要的是释放被捕同学和保证以后不发生同样的事件，学生中止了游行。谁知言犹在耳，当天下午和晚上又发生暨南学生遭殴打事件和复旦学生被狙击事件。尽管在这样的迫害下，上海学联仍然在28日通过劝告各校同学复课的宣言，并希望上海军政当局实行自己的诺言。但吴国桢从南京带回国民党最高当局“坚持镇压，决不姑息”的指示后，上海又开始了新的大逮捕。
28日凌晨，大批武装军警和马队包围了暨大宝山路二院，在黑纱蒙面的三青团骨干分子带领下，军警宪特拿着黑名单，逐个寝室抓人。地下党组织事先打了招呼，要求进步学生不要住在原宿舍，但还是有几十个学生被抓走了。
30日凌晨，大批军警宪特包围交大、复旦、同济、上医、上商、大夏、沪江、中国新专、音专、光华等校，进行大规模逮捕。他们除逮捕了60多名学生外，还抢东西，侮辱教师和女学生。这次，交大学生遭受了更狠毒的殴打，其状之惨，有些在场警察也为之咋舌。交大南京惨案后援会发表的《新五卅惨案告全国同胞书》作了如下的诉述：
在今晨三点钟的光景，同学们都在熟睡时，二千多个军警以机枪警备车包围了学校四周，布置在每个角落里，几百个特务带着皮鞭、木棍、铁杆，悄悄地拆毁了篱笆，爬进学校来，由校内几个特殊的同学领导着，拿着手电筒，按所设黑名单，挨室搜查。到女生宿舍时，女同学的房门敲不开，这批丧尽廉耻的东西，就从窗子里爬进去，把女同学叫起来，一个个地拿着注册证对照片。五点钟的样子。天已渐亮，同学们都陆续醒来，这群特务还在继续搜查，我们因为他们所设“黑名单”上的所谓“黑党分子”大部分是我们投票选举出来的自治会干事，这不啻是侮辱我们全体同学，所以我们要求假如逮捕干事，我们愿三千多人全体去坐牢。六点钟左右，全体同学都集合在一起，要求他们将我们全体逮捕，这时他们把布置各处的军警和特务调集在一处，并以轻机枪十余挺对着我们的行列，监视我们正在全校的教授闻讯起来开会商讨的时候，校门口又冲进了骑兵，这些魔鬼们，他们不知道把我们这些手无寸铁的学生看做什么。七点半钟，经过教授们的交涉，开始将校内的军警特务千余〔人〕撤退。但是昨夜已经有五六个同学在黑暗中被捉去，我们不能让他们单独去受苦，所以我们全体同学便跟在军警的后面，要自动到警备部去。那时我们身上的血尽管是燃烧得沸腾，但是我们仍旧控制着自己，我们只以悲痛的一致的步伐准备去受宰受割。但当排头刚到霞飞路海格路的交界处，后排刚出校门时，数百军警拦住了我们，经前面同学的哀求没有得到答应时，突然一个带着警备部的符号，穿着黄呢制服的人，一声令下，特务便先把我们截成数段，继以皮鞭、木棍、手枪、〔子〕弹向我们打来，坐在地上的同学这时逃也来不及，一个同学颈项上中了一棍，头垂了下去，一个同学手腕被子弹穿了个洞，教授们、旁观的老百姓们，甚至徐家汇警察分局杨分局长也挨了打，眼泪交织成一片，这群魔鬼，他们天天啃食着人民的脂膏，而专以打人为业，不知道养他们训练他们的人是什么心意……
当学生处于最困难的时候，教师纷纷给以支援。30日，交大教授代表裘维裕、钟兆琳访问吴国桢，要求不逮捕黑名单上的16名学生，遭吴国桢拒绝后，校长吴保丰等愤而辞职；复旦教授全体罢教，同济教授王成椿、顾葆常等37人联名发表抗议书，要求释放该校被捕女生韩格兰，暨大教授方光焘、刘佛年等十余人到市府会晤吴国桢，提出严惩凶手、立即释放被捕学生、停止搜捕并保障师生之安全等要求。
大逮捕、大迫害并没有吓倒上海学生。31日，上海市学生联合会（简称上海学联）正式成立。上海学联是由助学联、学团联、抗暴联、上海国立学校学生联合会、上海市大中学校学生“五二”惨案后援会等临时性组织逐步发展而成立起来的全市性统一组织，其目的是进一步统一和加强上海学生的斗争。上海学联设主席团，由交大、复旦、圣约翰、暨大、同济、中华工商等七校组成，并产生了执行委员会。上海学联成立后，立即组织上海学生进一步开展反饥饿、反内战、反迫害的斗争。
6月5日，上海学联组成营救被捕同学委员会。上海地下党学委副书记吴学谦负责营救工作。7日，被捕学生家属联合会成立。8日，为了贯彻关于“休止罢课，继续斗争”的指示，学联召开各校代表联席会议，决定号召全市学生为要求立即释放被捕学生，于10日总罢课一天，然后休止罢课，回校继续斗争；组织控诉小分队向社会各界宣传，呼吁制止暴行，释放被捕同学。
上海军政当局12日宣布，定于14日下午3时在浙江路地方法院刑三庭公开审讯上法七名学生，企图通过法律程序，使镇压学运合法化。学联发动并组织各校学生，会同被捕学生家长进行法庭斗争。
14日下午，开庭前一小时，地方法院已被旁听学生挤得水泄不通。法庭见此情景，不敢开庭，拖延到3时3刻，一个法警出来宣布“展期审理”。学生们纷纷质问：“为什么要展期？请法院负责人说明理由！”法警回答：“展期理由请看大门布告。”大门口贴的布告说什么要进行“和解”。学生们派出代表要求当庭释放。在学生们等待答复的时候，女师学生当场编演了活报剧《奇怪的法庭》，把法院的骗人花招揭露得淋漓尽致，最后，法院被迫让步，保证20日开庭，开庭前绝不将被捕学生转移到其他地方。18日，法院同意上法代院长保释七名学生。
另一批被捕的复旦、交大、暨大等11校学生50人，起初关押在蓬莱警察分局，6月6日拘押到徐家汇南面的“曹氏墓园”（今曹溪公园），由警备司令部负责。这原是一座美丽的私人花园，改为集中营后，围墙上装了电网，100多武装警察在外面警卫，戒备森严。被捕学生拘押到此后，有二三十个特务“指导员”与他们生活在一起，密切关注着他们的动向。营里的物质生活不好，精神上的磨难更为厉害。几乎每天有军警宪特的“名人学士”（吴国桢、宣铁吾、方治、叶青、张国焘等）来讲演，“感化”被捕学生，规定听讲时要做详细的笔记，当天要交出接受审查。而且，营方认为情节较轻的被捕学生，能够释放的条件是加入国民党，以后必须经常报告“工作”；情节严重的，营方正在制造“证据”，拟定罪名。被捕学生在集中营里进行了顽强的斗争：听讲时闭目养神，记笔记涂涂抹抹，当讲演者讲得唾沫四溅时，突然来个质问，弄得讲演者张口结舌，丑态百出。被捕学生还秘密起草了一封抗议信，逐条批驳吴国桢发布的《紧急措施》，要求实现诺言，立即无条件释放。抗议信经大多数被捕学生签名后，秘密带了出去，由“家属联合会”向报界披露。
“家属联合会”曾派代表到南京请愿，去过行政院，还到了教育部，都没有具体结果。他们又决定向上海高等法院要求施用提审法提审；被捕学生也要求公开审讯。上海军政当局不敢公开审讯，只得陆续将学生分批释放。被捕学生8月4日全部获释，企图从思想上瓦解这批学生斗志的图谋，遭到了完全的失败。
苏州：“五二”运动进一步发展
南京“五二”血案后，社教学院、苏高工晋京请愿代表除李明杠、强国瑞留在南京外，其余代表全部返回苏州、栖霞山，以发动本校和其他学校学生起来抗议国民党当局的暴行。