段祺瑞见国会被解散了，黎元洪倒台了，借刀杀人的目的达到了，便开始他的第二步计划――坐收渔人之利。他马上摇身一变，抓起反复辟的旗帜，四出活动。为了使京津驻军充当其反复辟的工具，他用大量的金钱收买了驻天津马厂的第八师师长李长泰；驻廊坊的第十六混成旅旅长冯玉祥虽然是反对张勋复辟的，他也许给了师长的地位；对驻保定的曹锟则花了更高的“价钱”，从而，组成了“讨逆军”。曾煽动张勋复辟的日本又转过来大帮他反复辟的忙，派了军事顾问，垫付了100万元的军费。7月3日；他自任“讨逆军”总司令，在马厂举行誓师。4日，他以总司令的名义发出讨伐张勋电和讨逆檄文。他在接受黎元洪的命令时，并未立即受命，而是经过几天的审时度势、权衡利弊之后，于5日通告就职。次日，他把指挥部自马厂移至天津市的河北省公署，设立了国务院临时办事处。
“讨逆军”分兵两路，沿京津、京汉铁路向北京进逼。双方接火，张勋的辫子军一触即溃，丢盔弃甲地逃入了北京城。经过如此轻而易举的“第一次讨逆战争”之后，张勋见势不妙，央求驻京公使团出面“调停”。段祺瑞提出解除辫子军武装，保证张勋生命财产安全等四项条件。可是，张勋坚持带兵回徐州，想一走了之，从而使谈判破裂。8日，段祺瑞发布命令，褫夺了张勋的本职、军职和勋位，并传知各军严拿务获，尽法惩治。12日，“讨逆军”发动总攻，北京城内的辫子军一败涂地，张勋逃入了荷兰使馆。14日，段祺瑞回到了北京，重新掌握了北京政府的大权。至此，他的阴谋计划全部实现了，还额外捞了一个“再造共和之伟人”的美名、从此，他又以“再造共和之伟人”自居，更加倒行逆施，把反动的封建军阀专制统治推向了顶峰。
“我们不能再让一步”
段祺瑞回到北京后，加紧推行武力统一政策，实行军事专制。为此，他饮鸩止渴，指使曹汝霖、章宗祥、陆宗舆等亲日派官僚出卖中国主权，以各种名目和方式向日本借款，总数高达3.8亿日元，其中西原龟三经办的八笔借款就有1.45亿日元。日本的目的，正如西原龟三所说，是为了组织中日两国经济圈，在战后的经济竞争中排挤英美势力。正因为日本有如此意图，所以人们把“西原借款”称为“西原贿赂”。段祺瑞接受“贿赂”后，表面上是用作“经济开发”或“参加欧战”，实际上几乎全部用于编练和装备参战军、扩充皖系实力、组织“安福俱乐部”等皖系事业上了。
段祺瑞在对外卖国的同时，对内实行独裁和专制。为此，他需要一个得心应手的政治工具――国会。当时，作为一个“民国”，也不能没有国会。可是，原有的国会是他假张勋之手迫使黎元洪解散的，毫无疑问，他是绝对不允许恢复这个国会的。那么，就改组国会吧，又苦于无法律依据，无法进行，正当他无计可施之时，旧进步党首领梁启超积极追随段祺瑞，以研究宪法相标榜，组织了一个“宪法研究会”，也称之为“研究系”。它应运而生之后，马上急段祺瑞之所急，编造了一个所谓“法统中断”的谬论，设计了一所谓“恢复法统”的办法。这就是沿用民初的先例，召集临时参议院作为过渡性的立法机关。由这个立法机关修改国会组织法和参、众两院议员选举法，根据这些新法再召集新国会。研究系替段祺瑞出这个主意，也有自己的打算。它想利用与段祺瑞合作的有利时机和地位，占据议会中的多数席位，左右政局，操纵内阁。这乃是重温议会政治的旧梦。段祺瑞对这个办法是如获至宝。但他与梁启超是同床异梦。他所感兴趣的是参议员由各地方当局指派，可以借此机会排除异己，驱逐国民党人，制造一个完全由自己控制的立法机关。因此，7月20日，国务院迁回北京举行的第一次国务会议就采纳了梁启超的“高见”，并饬令各省派代表，组织临时参议院。
段祺瑞的如意算盘一开始就遭到了孙中山的坚决反对。孙中山在广州号召拥护《临时约法》，矛头直指段祺瑞及其北洋军阀，并一针见血地指出：“段祺瑞用段芝贵、倪嗣冲这些复辟派做讨逆军统帅，以逆讨逆，忠奸不分。今天的中国，不是复辟与共和之争，而是真共与假共之争。今天真复辟者少，假共和者多。”为此，孙中山在广州组织了“非常国会”，成立了护法军政府，并当选为大元帅，宣布段祺瑞为民国叛逆。
这时，段祺瑞正摆着不可一世的架式，除了他的日本主子之外，谁都不放在眼里，气焰十分嚣张。孙中山摸了这个“北洋之虎”的屁股，使其十分震怒。他气冲冲地逼迫冯国璋下令通缉孙中山等人。
早在1917年8月初，段祺瑞为了实现其武力统一的计划，就作了夺取湘、川的部署，派他的得力干将傅良佐为湖南督军，代替了与护法军政府有关系的湖南督军谭延？；任命吴光新为四川查办使。同时，他还命王汝贤率第八师、范国璋率第二十师入湘，任湘南正、副司令，准备南下作战。北洋军源源不断地开进湖南，引起了湖南各界的不满。在谭延？的指使下，零陵镇守使刘建藩于9月18日宣布护法独立；周伟、宋鹤庚也占据宝庆响应，以示反抗。于是，段祺瑞便诉诸武力，挑起内战，开始了他的第一次南伐。10月6日，北洋军与护法军在湘潭西倪铺接仗，“护法战争”正式开始了。
在北洋军相继攻占衡山、宝庆之后，段祺瑞梦想着由此进军两广，占据四川和云贵，三五个月平定西南。就在此时，战局突变，中国的中南、西南地区，英美帝国主义一直视为它们的势力范围，以日本为靠山的段祺瑞向这里扩张，它们是不会允许的，更不会无动于衷。以冯国璋为头子的直系军阀一方面看着英美帝国主义的眼色行事，一面也感到皖系势力的扩张是对自己的威胁，也表示不满，并设法拆台。在前线作战的王汝贤和范国璋本是接近直系的人物，他们在幕后力量的推动下，以士兵厌战和傅良佐支援不利为由于11月14日发出了主张停战撤兵的电文，并率先退兵长沙，使段祺瑞吃了一闷棍。段祺瑞派到湖南的督军傅良佐也是个草包，见势不妙，当晚就趁着朦朦的夜色，携印登舰逃之夭夭了。段祺瑞一怒之下，免职查办傅良佐，令王汝贤以总司令代行湖南督军，妄图挽回败局。可是，王汝贤也步傅良佐的后尘，由长沙退往岳州，湖南为湘粤桂联军占领。四川的战局也急转直下，他派到四川的吴光新率领的北洋军，在重庆被川军第五师师长熊克武包围缴械，吴光新也落荒而逃了。
段祺瑞武力统一政策及其第一次对南用兵失败后，无法在国务总理的位子上再混下去了，但他又很眷恋。因此，他一边口头上表示要辞职，一边暗中活动，希望找到一个绝路逢生的机会。然而，这只是一厢情愿。直系势力步步进逼，逐他下台。11月16日，他被迫提出辞呈，在辞呈中还处处为武力统一政策辩护，竭力强调所谓北洋派的团结和命运，说什么“伏望诸君子时时以北方实力即国家实力为念”等等，可见是毫不醒悟！
那个时代的中国，几大军阀派系的起伏、消长直接涉及帝国主义的在华利益，对它们是牵肠挂肚的事。段祺瑞这次失足后，日本看到他的元气并未损伤，也不愿意因此而前功尽弃，所以，它没有将段祺瑞一脚踢开，轻易地“换马”，而是要对他继续加以扶植和利用，于是，便公开干涉中国的内政。就在段祺瑞递交辞呈的当天，日本顾问青木对冯国璋说：“欧战正在紧张进行，中国内阁不宜有所变更。”青木前脚走，日本公使林权助接踵而至，表示对中国内阁变动的“关心”，仍认为段祺瑞是“政局中心，遇事尽友谊援助”，并威胁说：“倘因内阁变动引起纠纷，日本政府难以坐视。”冯国璋为了避免日本的干涉，采取了两步走的办法赶段下台，第一步，11月19日，解除他的陆军总长职务，削去调动军队之权；第二步，11月22日，下令批准他的辞呈。
段祺瑞下台之后，为了东山再起，他又把鼓动政潮的大本营转移到了天津。他的幽灵徐树铮到处游动，北到奉天拉拢张作霖，南到蚌埠联络倪嗣冲，还去勾结曹锟。经徐树铮的幕后活动，“督军团”又复活了，而且比当年阵营更为浩大，12月12日，以曹锟为首的山西、奉天、黑龙江、福建、安徽、浙江、陕西七省和察哈尔、热河、绥远三个特别区的军阀代表以及上海的卢永祥和徐州张敬尧的代表集聚于天津，在孙家花园开会，议题还是主战和对西南用兵问题。他们联名电请北京政府颁发讨伐西南的命令。“督军团”甚嚣尘上，冯国璋吓得六神无主，步步退让。18日，任命段祺瑞“督办参战事务”，并下手令说，参战事务均交“参战督办”处理，不需呈送总统府和国务院。段祺瑞打着这块牌子，为所欲为，对内发号施令，指挥各部，调动军队；对外勾结日本，出卖主权。这样，这个参战机构就成了一个有无限权力的“太上政府”，他也成了“太上皇”。1918年1月30日，在督军团的要挟之下，冯国璋被迫下了继续对南方作战令。他们的这种“合作”并没有缓和“河间（冯国璋）合肥（段祺瑞），争攘权利”的局面，反而使矛盾更加激化。
“参战督办处”成立之后，内阁就名存实亡了。但段祺瑞当国务总理之心不死，仍千方百计地要官复原职。在他的鼓动下，其部下对王士珍任国务总理愤愤不平，徐树铮则以“接洽国防”为烟幕去奉天搞阴谋。当时，段祺瑞下台前向日本订购的一大批军械即将分批运至秦皇岛，并陆续送到北京。据说，仅其中的一批就可以装备12个旅，这无疑是块肥肉。对把持着北京政府的直系军阀冯国璋来说，是近水楼台，可以捷足先登，名正言顺地用其装备直系军队，扩充直系武力；对皖系军阀来说，因事过境迁，可望而不可即，然而，它又不甘心为人做嫁衣。于是，徐树铮就以这批军火作为与奉系军阀张作霖勾结起来的“等价交换物”，诱使奉军入关，来达到自己的目的。
军阀们都是无利不起早的，张作霖也不例外，并很快就上了钩。由于徐树铮用他当陆军部次长时留下的空白介绍信去骗，再用奉军的武力去抢，终于把这批军火截到了手。遵照协议：奉军原有六个旅在关内，再进关六个旅；截留的军火奉方得四分之三，徐树铮得四分之一；驻京奉路沿线的奉军向天津、廊坊推进，威胁北京政府。奉军入关后，京津一带人心惶惶，冯国璋也十分惊恐。而“督军团”更加起劲地摇旗呐喊，联名发出了请段祺瑞再起组阁的通电，说：“全国安危，国人离合，均系我公一人！”段祺瑞的如此“声威”，把王士珍吓得逃到了天津，说什么也不干了；冯国璋也是低三下四地到他那里说小话，一再请他出来组阁。可是，他还假惺惺地说：“无意于此。”直到冯国璋对天发誓，并定下承认国务院决议，总统不得擅改一字；阁员由总理选择，不必征求总统同意；总统的电报须由国务院核发等条件后，他才接受组阁。3月23日，段祺瑞复任国务总理。卑鄙的手段达到了卑鄙的目的。
他重新上台之后，继续倒行逆施，与日本帝国主义加紧勾结，仰其鼻息。为适应日本出兵西伯利亚，扩大对中国侵略的需要，他于3月25日签署了中日《共同防敌协定》的换文。5月16日、5月19日，两国又签订了《中日陆军共同防敌军事协定》和《中日海军共同防敌军事协定》。根据这些协定，日本不仅控制了中国的军队，掌握了中国的军事情报，使中国军队充当其仆从军，而且把它的军队“合法”地开进吉林、黑龙江等地，在这里驻兵设警，干涉内政，挑起军事冲突，为所欲为，无恶不作。
段祺瑞的亲日卖国行径，在国际上引起了英美帝国主义的嫉视，在国内遭到了各界人民的切齿唾骂和强烈反对。中日签订军事协定的消息一传出，在东京的中国留学生即日罢课，召开大会，组织归国请愿团，分批去上海、北京等地联合各界人士共同行动。他们回国后，段祺瑞立即派便衣侦探予以监视，并禁止他们开会。然而，学生爱国运动迅速发展，北京大学全体学生召开了紧急救亡大会，与归国学生请愿团采取了一致行动。段祺瑞采取扣留学生的宣传品和封锁消息等高压手段防止爱国运动蔓延。一向软弱可欺的工商界也愤怒了。正在天津召开的全国商会联合会议决定派代表赴京请愿，要求公布外交真相、停止内战、废除各省苛捐，并宣称：如不接受，将举行罢工、罢市。他们的代表到北京后，向段祺瑞请愿，段竟拒而不见。广州的非常国会、军政府以及西南各省督军也纷纷发出通电斥责他。全国上下形成了反对段祺瑞亲日卖国的怒潮。
在此期间，段祺瑞重操旧业，继续推行武力统一政策。他为了在对南用兵中借用直系的力量，极力拉拢直系将领。4月20日，他到武汉等地“犒师”，同时，在汉口召开督军会议，催促北洋军向地方发动进攻。但是，他的这次南巡成就不大，第一路军统帅曹锟回了天津，第二路军统帅张怀芝回了山东，首先攻占岳州、长沙和衡阳的吴佩孚也因不满于段祺瑞把湖南督军这个肥缺给了张敬尧而顿兵衡阳不进。段祺瑞见他的武力统一计划又行将破产，就更加劲用加官晋爵的办法笼络曹锟、吴佩孚、张怀芝，但是收效甚微，曹锟到湖北转了一趟，又回到天津养尊处优去了。更有甚者，随着段的倒行逆施不得人心，与南方有秘密停火协议的吴佩孚，在看到一个新的反段高潮即将来临之时，抢先发出惊人之鸣，从8月初起，接二连三地发表罢战主和的通电，猛烈抨击他伪造民意、亲日卖国等行径，尖锐指出武力统一是亡国之策。吴佩孚对他毫不留情地咒骂及所用的激烈的言词，都是前所未有的，使这位八面威风的内阁总理受到了一次极为沉重的打击。这迫使他于8月31日命令前敌各军暂取守势，实际上是把武力统一的脚步停下来了。
9月20日，形势又向前发展了，湖南前线的南方将领谭延？等和北洋军将领吴佩孚、冯玉祥等又联名电请下停战令。这是段祺瑞推行武力统一政策以来，南北方将领第一次公开联合起来反对他。这个举动，震动了皖系人物，他们惊呼：“吴秀才公然造反了！”段祺瑞接到这个电报，先是大吃一惊，继而大怒，再就气得说不出话来了。这一切表明，他的武力统一政策彻底破产了。此后，全国人民和各个派别都要求和平，为实现和平而努力，只有他还竭力主张武力统一，千方百计地破坏和平。
段祺瑞推行武力统一政策彻底失败的同时，在政治上他以安福俱乐部为御用工具，另立国会，更使他走进了死胡同。
早在1918年春，临时参议院在北京开会之际，段祺瑞想到摆在自己面前的国会、总统选举、对南方用兵以及与冯国璋斗法等问题时，感到事事无头绪，处处都棘手，又无良策，心绪不宁，十分烦躁，山珍海味也食之无味了。这时，他的“影子”徐树铮窥见其隐，便把王揖唐找来，一起出谋划策，王揖唐狡猾地一笑，说：“这有什么难的，只要办一个政党就行了，我不敢自吹自擂，这件事只要给我钱，反掌而成。”于是，徐树铮把段祺瑞贪污下来的钱拿出80万，给了王揖唐。果然，王揖唐利用这笔赃款，不几天的时间就纠集了一批无赖政客，收买了无耻议员多人，成立了一个组织。这个组织的成立大会是在北京安福胡同的一个宅院中举行的，又为了脱政党之窠臼，树欺人之名目，起名叫“安福俱乐部”，也称“安福乐”。据《安福大罪案》一书中揭露：“其实在内容则包含政治意味，而欲总统于肘腑之下，置总理于夹袋之中，而肆其翻手为雨覆手为云之伎俩耳。”
在竞选议员期间，安福俱乐部昼夜车马盈门，有的在这里讨论政局，勾心斗角，安插私人；有的则灯迷酒醉，挟妓狂淫。在其背后，金钱和政治势力各显神通，而最突出的还是官僚操纵选举。以黑龙江为例，参、众两院议员各10名，参议员由省议会选出，众议员由“人民”直接选举，全省分为两个复选区，即龙江道和绥兰道，复选区的监督由各道尹兼任，当时，绥兰道道尹谷芝瑞是属于直系的，对安福俱乐部活动选举，自然是个障碍。黑龙江督军兼省长鲍贵卿是全力支持安福俱乐部的。为了排除障碍，他们就搞了个小阴谋，在选举前夕，国务院调谷芝瑞进京，谎说有所谘询，在谷芝瑞离职期间，道尹和复选监督由该道首县县长常谷香代理。常谷香是一切听命于鲍贵卿的。这样，安福俱乐部的人自然就可以颐指气使，为所欲为了。由于安福系依仗官府的权威，利用政治势力，再加上大量金钱的补助，选举哪有不获全胜的呢。所以，黑龙江省的20名议员，无一外人，全被其囊括而去。黑龙江省如此，其他省也大同小异。因此，全国大选揭晓，选出的800名议员，时称“八百罗汉”，其中属于安福系的达300多名，占绝对优势。而梁启超苦心经营的那个研究系议员所占的席位少的可怜，至于操纵国会、把持内阁，那就更是白日做梦了。议员们“选”出后，徐树铮等人便开始贿买议员，办法是每月从军队空饷中拨出30万作为议员的津贴费，每月份送给每个议员300元。于是，这些议员便俯首帖耳，甘心情愿供人驱使了。从而，王揖唐、李盛铎分别当选为众、参两院的议长。因为安福系在国会中党徒众多，势力雄厚，遍布上下，所以人们把这个国会称为“安福国会”。
8月20日，“安福国会”开张，第一个议程当然是选举大总统了。选谁当总统，意见不一致。有的认为，我们费尽了九牛二虎之力办了国会，当然要拥戴安福系的党魁段祺瑞当大总统了；也有的认为选段祺瑞而不选冯国璋，势必加剧直皖两派的矛盾和分裂；还有的认为，徐世昌是北洋元老，无人反对，又无实力，还靠近皖系，可为皖系所用，他才是合适的人选。段祺瑞是怎样想的呢？他何尝不知道当大总统是何等的荣耀，可是他对于政治，更重于权而不重于位，权在内阁，就不能离开内阁，这是其一；其二是徐世昌能与之合作，成其大志。于是，他采纳了最后一种意见，推徐世昌为大总统。9月4日，徐世昌这个老奸巨猾，八面玲珑、有“活曹操”之称的官场老手，在安福国会的抬举之下，不费吹灰之力爬上了至尊至上的高位。