当9日蔡元培出走后不久，载有“杀君马者道旁儿”的那张启事，便被北大学生以油印传单的形式，在北京学生界中广为散发。各校学生纷纷召集代表会议，讨论向政府斗争的办法。北大学生，一面上书教育部并面见教育总长，要求明令挽留蔡元培并立即采取措施；一面向全国各界发出通电，要求支援。他们在通电中说：“北京大学校长蔡元培因受外界胁迫辞职他去，请一致挽留。”“北京大学校长蔡元培先生辞职离京，群情惶惑，恐酿大变，务乞各界重察。”
北大的教师们和学生站在一起。马叙伦、马寅初、李大钊、康宝忠、徐宝璜、王星拱、沈士远等，代表教职员，曾面见教育总长傅增湘，要求政府挽留蔡元培。傅答复得比较明确，但表示不能代表总统、总理。于是，教职员会作出了“如蔡不留，即一致总辞职”的决议。除教育界外，北京的许多社会团体也积极地进行了留蔡的活动。
5月11日，北京各校教职员联合会正式成立。12日，反动政府仍无明确表示，北京各校学生和教职员代表遂在北京大学召开联席会议，商讨继续斗争办法。学生们主张各校立即全体罢课。出席会议的某校校长，则认为须慎重考虑。最后决议，次日（13日）向政府提出最后询问，如无满意答复，则一致罢课。
教育总长傅增湘由于不主张对学生采取严厉镇压政策，同时对蔡元培表示同情和挽留，因此也受到当权的皖系军阀和政客们的非难。自蔡校长出京后，傅增湘竟于11日步蔡后尘，又不知所在。教育部派佥事二人，分赴西山、天津，寻觅未得。而高等专门各校长，统向教育部具呈辞职。
傅增湘出走后，由次长袁希涛代理。袁在12日、13日连续密电上海教育会，嘱留蔡，反映了他的焦虑心情。其12日的电中说：“9日，大学蔡校长辞职，径行出京。直辖各校长，亦遂辞职。各校员生，纷起请留。情势急切，部已派商耆，南来挽留。涛昨见首揆，顷谒元首。均嘱部，速留蔡。倘蔡公抵沪，请先转达。”其13日的电中说：“蔡公是否抵沪，请先略复。北京直辖各校长，继续辞职者，因留蔡未有结果，均尚未回校任事。各校学生代表，每日开会。现状如此，深以多延时日，无法维持为虑。”
在学生们再一次总罢课的威胁下，在社会舆论的压力下，当13日各校教职员联合会的九名代表向政府询问的时候，政府不得不表示让步了。5月14日，徐世昌以大总统名义下达了慰留蔡元培的命令。
命令虽已下达，犹恐为蔡所拒绝。5月15日，袁希涛在给上海黄炎培（时任江苏省教育会副会长）的密电中说：“政府留蔡指令，已发表。直辖各校长，亦多允仍任职。蔡公已否过沪，倘对于挽留一节，遽仍表示决绝，则风潮难息。牵连教育大局，深可危虑。”
在上述情况下，北京的一些大、专校长开始复职了。5月16日，北京高师校长陈宝泉、工专校长洪？、农专校长余邦正、医专校长汤尔和等联电蔡元培，劝其“万勿坚辞”，电文中说：“公去留关系极大，万勿坚辞，为吾道留一生机。泉等现以时局艰难，暂出维持现状，仍视公为去留。”
蔡元培到了上海，又由上海到杭州小住。徐世昌的慰留令下达后，北京各校教职员联合会也曾去电通知蔡元培，并派代表赴杭面邀蔡回京。学生联合会也拟派代表偕同去杭。
蔡在得电后，即有复电到京。复电的全文是：“大总统、总理、教育总长钧鉴：奉大总统指令慰留，不胜愧悚。学生举动，逾越常轨，元培当任其咎。政府果曲谅学生爱国愚诚，宽其既往，以慰舆情，元培亦何敢不勉任维持，共图补救。谨陈下悃，伫候明示。元培。”
蔡元培的电文，也说得很清楚。他复职即“勉任维持”的前提，是政府“曲谅爱国愚诚，宽其既往”。但软弱的徐世昌政府，在皖系军阀的操纵和压力下，却毫无诚意。他一面慰留蔡元培，也同时慰留曹、章、陆。而就在同一天内，北京政府又连续下达镇压学生运动的命令。而且，蔡元培既有复电前来，并“伫候明示”，那么政府便应去电催其早日入京。而这些，都无任何表示。既然如此，蔡元培也只好“卧病故乡，未能北上”了。因此，迟至1919的9月，蔡元培方才返校。
5月19日的总罢课
反动派是极其狡猾的。如前所述，北京政府在被迫下达挽留蔡元培的命令的同时，也一并发表了挽留曹汝霖等卖国贼的命令。特别应指出的，就在上述命令发布的同一天内，北京政府又连续下达了镇压学生运动的命令，命令要求反动军警“遇到纠众滋事不服弹压者，仍遵照前令，依法逮惩”；要求各级行政机关切实约束学生“毋得干预政治”，并说：“其有不率训诫，纠众滋事者，查明斥退。”
所有这些，使学生们更加认清了反动政府的本质，从而进一步激起了他们的斗志。
5月15日，曾经同情过蔡元培的教育总长傅增湘，也被明令免职，而以次长袁希涛暂行代理部务。
5月16日，安福系政客们在太平湖安福俱乐部总部召开会议，企图乘机垄断教育大权。他们在讨论教育总长人选时，有人报告由该党首领与政府交涉之结果，已提出该派重要人物田应璜，众皆欣然喜其势力从此复伸于教育界，当时并有人大呼云：自有会议以来无如今日之痛快者。田应璜长教育既决定，复决以黄云鹏或吴文瀚为次长，于是教育部之各司长及其所辖之各校校长皆有所拟议。且有北大教员胡钧者，湖北某县人，新国会开幕之始即卖身于某派，当五四事件发生后，乃首趋曹章之前慰问，并痛訾学生之无礼。北大学生闻之，力绘极秽亵之讽刺画张贴各宿舍中，见者莫不指其善食之长舌以为笑，至是某派直欲以此人继蔡任接办北大。
安福系窃夺教育大权的活动，不仅激怒了广大的青年学生，而且再一次地使教师们卷入到斗争中来，他们认为这是教育界的耻辱。
5月17日、18两日，北京中等以上学生联合会连续集议，决定自19日起全体总罢课。各校的教职员联合会也纷纷集会，决定不承认安福系窃夺教育权之事实。
5月18日，各校5000多学生在北大法科礼堂，召开了郭钦光追悼大会。
郭钦光，广东文昌县人，在广州就学初级师范时即积极参加反对二十一条的斗争，“与同志开国耻会于东园。登坛演说，至于呕血。”1916年夏毕业于师范。1917年，北上就学于北京大学文预科。5月4日的游行，他积极参加，“奋袂先行，见当局下逮捕学生之令，愤然大痛，呕血盈斗。至法国医院，已有不起之势。”临危之际，他犹关心国家大事，痛恨反动政府对学生之镇压，他不断叹息说：“国家濒危，政府犹以狮子搏兔之力，以压一线垂尽之民气；日政府待我留学诸君之事，不图乃见于生斯长斯之祖国，事可知矣。”他每想到此或每计到此，呕血就更加不止，这样延至7日，他就赍志而殁了。享年仅二十有四。
这是在五四爱国运动中死去的第一位爱国志士，因而引起大家的沉痛哀悼。追悼大会上悬挂着北京内外各界送来的3000余副挽联，郭的遗像两旁，书有“力争青岛，死重泰山”八个大字。到会的5000多人中，有很多妇女代表参加，北京女子师范及汇文、协和等女校均派有代表到会。大会在肃穆、沉痛的气氛中进行，许多人，包括北大学生代表、留日学生总会代表、长辛店十人团代表、妇女代表等都发表了演说。首先发表演说的是北大学生代表许德珩，他说：“今日追悼郭君，实无异追悼我们自己。因郭君未了之事业，全凭我们继行其志，做到他现在的地位，方肯罢休。”最后发表演说的是一位不知姓名的妇女代表，她在“演说之际，放声大哭。叩其姓名，不答。”演说完毕，一位姓成的同学将其所戴的最新式东洋草帽当众扯碎，以示抵制日货之决心，于是纷纷掷帽坛前者，约数百人。群众大呼中华民国万岁。
对郭钦光的追悼，事实上成了一次5月19日总罢课的动员誓师大会。
5月19日，总罢课实现了。参加此次罢课的计有北京2.5万多学生。学生们在《宣言》中说明罢课的理由时说：夫青岛问题，学生等争集之焦点，今议已决矣，事濒败矣，卒未见政府有决心不签字之表示，而又破裂南北和议以资敌，学生等之失望一也；曹汝霖、章宗祥、陆宗舆，国人皆曰可杀，乃政府不惟置舆论之掊击于不顾，而于其要挟求去反宠令慰留之，表彰其功德以与教育总长傅公之免职相况，外间复盛传教育全局举将翻动之说，国是前途何堪设想，学生等之失望二也；5月14日两令，一则以军威警备学生，防公众集合，一则禁学生干政，凡公忠爱国之天良，一切不容表见，留日学生以国事被拘，政府则置诸不理，学生等之失望三也；学生等之为学，恃有此方寸之地耳，今一朝而三失望，方寸乱矣。谨于5月19日一律罢课，至三失望之回复为止。基于这样的理由，学生们致书徐世昌，提出六项要求：
（一）欧会不得签字；
（二）惩办国贼；
（三）挽回蔡、傅，打消田长教育；
（四）收回警备命令；
（五）交涉留日学生被捕事；
（六）维持南北和议。
5月21日上午，北京大学教职员，在法科大礼堂开全体大会，一致表决：“誓不承认田应璜一流为教育总长，吴文瀚一流为教育次长，以贻教育界莫大之羞。”他们还拟好了一个意见书，交代表偕同各校教职员联合会代表，赴国务院面见总理钱能训，声明此等决议。“而学生方面，闻又宣言向两院及政府要求取消前议；若田等冒然登台，则学生拟有以对待之云。”
北京政府最害怕的正是学生的行动。学生的六条要求，经教职员联合会代表和政府磋商并向学生转达钱能训的答复。但是答复未能使学生满意。特别是关于“惩办国贼”的要求，钱竟说：“学生如能得其卖国证据，政府自当依法惩办；如徒凭空言，政府不能办到。”这个答复，使学生尤为不满。因此，学生继续罢课。22日午后3时，教育次长袁希涛亲赴北京大学，召集专门以上各校校长开会，企图再向学生疏通，但官立学校校长无一到会者。下午3时半，袁同私立各校校长警备司令部某处长，共同到学生联合会，再度规劝学生复课，但，“学生仍坚持非惩办卖国贼之目的达到，决不上课”。
学生们在罢课之后，大规模地展开了下列各项活动：
第一，组织讲演团。“五四”后不久，北大、高师、清华等校学生，即组织讲演团，分段分组展开游行讲演活动，每组十人左右，称为“十人团”。原在“五四”前就已成立的北大平民教育讲演团，更加扩大和活跃。团员们的讲题也比以前更结合当前的斗争，例如他们的讲题中就包括着《青岛问题》《痛史》《团体》《朝鲜独立》《国民自决》《中国现在的形势是怎么样》《国民现时应持之态度》《国民快醒》等等。不过，学生们的讲演活动，大都是利用星期天进行的，规模和影响都不够大。但是，到了19日总罢课后，情况不同了。学生们连续地规模愈来愈大地跑到街头讲演。19日，分道讲演的约三四百人；20日，增至六七百人，21日，又增至一千多人。
学生们的讲演，受到各界各阶层人士的热烈欢迎。例一：高师讲演团第十一队，在香厂新世界游艺场前空地讲演，“有商人王文轩者，亲自送茶水。又有边森记成衣铺主俞春泉等，大受感激，向队员云，彼自愿担任联络成衣行，实行抵制日货，并拟召集同人，开会商榷一切，希望该队员前往演讲云。”
例二：高师讲演团第十六团，在天桥讲演，“有英国人表示钦佩，并以手携照相器摄影数次而去。又有工人吴珍，亲送茶数壶，讲毕始散云。”
例三：北京大学讲演团第二十一组，在宣武门内大街讲演，“有北京普通工厂纺纱机专卖处处长沈德铃，当场感动，向演讲员声明，愿将其纺纱机专卖权公开，送与国人；并开明地址而去。”
例四：北京大学讲演团第三五组，在东城一带讲演，听众不下数百人，“有老人听讲至沉痛时，辄为泪下。其初加干涉之警察，既闻演说，亦受感动，不复禁止云。”
例五：北京大学讲演团第四组，在崇文门讲演，“被警察干涉，带去代表二人，又将传单收去。其所留二人讲演时，其西人经过点头称叹不止。”
学生们的演说活动，没有局限在北京城内，他们派出了代表到长辛店和保定等地去讲演，并且计划沿京奉路至山海关，在车厢中及沿途各地进行讲演。
第二，抵制日货，提倡国货。五四运动所反对的国际侵略者，主要是日本帝国主义，所以日货必然在运动排斥之列。5月13日，北京大学的学生便将该校学生消费社储存的日货，集中于文科大操场中焚毁；接着，清华学校等也在校内采取了类似行动。5月18日下午4时，北京许多学校的学生又将个人所有之日货，汇集先农坛进行焚毁。“既至先农坛，天忽下雨，观者仍颇踊跃，有数百余人之多。当焚毁日货时，有大学演讲团，及北京师范附属小学第二部童子军张宁全（年14岁）、龚渤（12岁）、卢荣祥（15岁）3人，及公立第二小学学生卢荣福，相继演说，言辞均极动人。综计此次焚毁日货学校，有北京大学、汇文大学、第四中学、工业专门学校。其他法政专门，因天雨，改在该校校门前举行。”
学生们的爱国行动，也迅速影响了商界。5月20日，北京总商会开全体大会，到五十余行业，共同议决：一，各行业速开会议，宣示各商行，一律停止贩运日货，违者从重议罚；二，不用日钞；三，不阅日人在京所办报纸《顺天时报》，不在该报登广告。大会当场宣告成立国货维持会，附属于总商会，各商董均为会员。商界的这次大会，迅速在实际中产生效果。各店贩运日货者一律停止，日人所开店铺均无人问津，日货迅速跌价。各界持日钞往日本正金银行兑现者拥挤异常，各店均拒绝收用日钞。《顺天时报》的销数，则大为减少。
5月24日，北京学界和商界恳亲会，先在北京大学开国货维持会，到有北京师范、法文专修馆、高等师范、清华学校、汇文大学等九校。学生们也组织起来了。该会内部共分文书组、调查组、贩卖组，并拟设国货陈列所，以激发国人爱用国货之心理。
第三，发行日刊。为了扩大宣传，学生们在罢课后，拟出版《五七》《五四》两种日刊，由于经费关系，先出《五七》一种。5月20日，《五七》日刊出版了。但是，京师警察厅却以该刊“未曾立案，违背版律”为借口，通令禁止发行。5月22日，北大学生徐骥等四人前往警厅理喻，却被拘留了。23日，该刊不顾禁令，继续出版，警厅则派警察四出搜索，见有阅者即强行夺去，并将承印该刊之文益印刷局封闭，拘押其经理。在此情况下，《五七》日刊遂被迫停刊。5月24日，京师警察厅总监吴炳湘，还专为此事发布布告说：“乃近日风潮愈演愈烈散布传单之不已，进而集众演说，集众演说之不已，进而相率罢课，复有一种五七报之组织，并不呈报本厅，遽行出版，其中论调偏激，鼓煽为多，长此纷坛，地方治安，将无维持之法。”
京师警察厅在禁止《五七》出版的同时，还决定自5月22日晚起，派员监视北京《晨报》《国民公报》发稿，并进行新闻检查。23日，《国民公报》新闻栏有空白两处，稿件被删。反动派对言论箝制之加紧，可见一斑。至于那些“妨害治安、败坏风俗”“专以鼓吹社会革命、无政府同盟罢工、共产等邪说为宗旨”的“进化杂志、民声丛刊、工人宝鉴、太平等印刷品”，当然也都一律查禁了。
第四，组织护鲁义勇队。还在5月11日，北京学生就有组织义勇队的计划。此次罢课宣言中，学生们又提出：“组成北京护鲁学生义勇队，以备我国家不时之需。”学生们在罢课后，此项计划得以实现，其中以清华学校的成绩较著：学生们在校内搭起帐棚，经常操练，学习枪法、战术，并聘有教官讲授军事学。
反动派的镇压与分化
五四运动的直接目标是反对日本帝国主义及其走狗，因此，日本帝国主义就首先百般设法破坏它。
5月4日的爱国运动爆发后不久，日本驻华公使即向北京政府不断提出警告，要求取缔学生的“排日”运动。当学生在街头讲演时，在华之日本浪人则不断进行破坏活动。在东京，日本警察则以野蛮手段大捕中国学生。日本驻华军舰，则纷纷驶泊天津、吴淞、青岛、山海关各埠，并以驻京陆军示威，进行军事恫吓。因此，在北京也竟出现了这样的咄咄怪事：驻京日军一个排，持枪游行示威，至中南海总统府门前横行而过，而中国守门之陆军不仅不加阻止，反而向其行礼，而骄横之日军则“傲然不顾”。按当年中南海总统府大门前有东西两门，是一般行人不能通过的，曾揭有“车马行人，不准经过”之明白告示。因此日军的这一行动显系违法，侵犯了我国主权。而中国守军之表现，则显系媚外，反映了中外反动派之间暧昧关系。
5月19日学生总罢课后，日本侵略者的干涉变本加厉。21日，日本公使向北京政府提出严厉责问的照会，要求取缔反日言论和“过激”言论。照会中说：“近来北京方面散布‘胶州亡矣！山东亡矣！’等传单，传之于各省各处，实行煽动，排斥日货。此种传单及其他之檄文、宣言等，不能不认为故意曲解、谗诬中伤之行动，本使殊难默视。”照会警告说：“而贵国政府，对于此等荒唐无嵇（稽）之无政府的主张，阻害友邦国交、挑拨两国国民恶感之言动，并不加以何等之取缔，本使甚为遗憾。若放任此等风潮，不仅酿成贵国内政上意外之扰乱，且引起两国国家上重大之交涉，深堪忧虑。兹特照请贵国政府，于此时深加考量，速筹适当之处置，是为至盼。”
对于日本公使这样一个蛮横无理的照会，《每周评论》编者陈独秀曾加以评论说：“有一班好说直话的人，以为小幡公使的照会，不是对等国的口气，简直是中央政府对于地方长官申饬的命令，未免太不客气了。”
5月23日，北京“东城学生演讲团复与日兵口角互殴，双方拘捕数人”，日本公使“借口上述事项两次提出严重交涉”。
英美和日本在争夺中国问题上有矛盾，在运动初期，它们的干涉并不像日本那样露骨，特别是英美等国的人民，还对运动表示了一定的同情。但是，当群众爱国运动的发展，使英美侵略者感到所有帝国主义在华的侵略和统治都受到威胁时，他们的态度就不同了。5月20日的美国《大陆报》以《列强对华的积极外交政策》为题发表社论说：“如果中国某些行政部门不放在外国人手中，交其控制，中国就站立不稳。”又说：“中国内部各种关键性事业，均应交由外人来监督。不如此，中国是没有希望的。”5月21日，各国驻京公使向北京政府外交部要求“会同调查”他们的旅华侨民是否因抵货运动而受到了损失，如有损失，应予“赔偿”。到了“六三”以后，当运动的中心转到西方帝国主义的侵华基地上海时，英美侵略者的凶残就更赤裸裸地暴露出来了。
在帝国主义干涉，特别是日本帝国主义的干涉下，中国反动派唯命是从，按照其主子的意旨，对运动进行破坏。特别是5月19日总罢课后，日本公使的历次责问和东城事件（23日）的发生，使反动派大为恐慌起来，“政府诸公群认学生之行动为妨碍邦交”，于是，他们展开了大规模的镇压活动。
5月23日，北京政府内务部在给京师警察厅的训令中说：“近闻京师地方排日风潮，愈演愈烈，竟有制成泥偶，指作日人，陈列道路，加以种种污辱。又各学校所组织之学生演说团游行街市，所有旗帜及宣言，有指日本为敌国，日人为敌人字样。似此昌言不讳指斥日本，不惟妨害国家友谊，亦且扰乱地方治安。且现闻安徽芜湖地方，并有击毁日人商店，殴打日人情事。万一京师地方亦遇有前项同一事实发生，殊非所以慎重邦交、维持治安之道。”因此，内务部要求北京警务机构严格取缔“排日风潮”。
接着，北京的警察厅和警备司令部派出了大批军警，禁止学生们的集合、讲演。“24日，商学界联合会在北京大学开会，突来武装警察200余名，包围该校，捕去学生6名。”
5月25日，北京政府以大总统名义向北京地方及各省的文武官员下了一道严厉镇压爱国运动的命令，令中说：“近日京师及外省各处，辄有集众游行、演说、散布传单事情。始因青岛问题，发为激切言论。继则群言泛滥，多轶范围。而不逞之徒，复借端构煽，淆惑人心……著责成京外该管文武长官剀切晓谕，严密稽察。如再有前项情事，务当悉力制止。其不服制止者，应即依法逮办，以遏乱萌。京师为首善之区，尤应注重。前已令饬该管长官等认真防弭，著即恪遵办理。倘奉行不力，或有疏虞，职责攸归，不能曲为宽假也。”
同日，北京政府教育部下令各校校长会同教职员于三日内“督率”学生一律上课。从这一天起，反动军警们对学生运动的镇压变本加厉。荷枪实弹的步兵、马队在北京的各街道上，来往穿梭；学生讲演团的旗帜被夺去，传单被撕毁，听众被驱散。