发酵食品是人类巧妙地利用有益微生物加工制造的一类食品，具有独特的风味，丰富了我们的饮食生活，如酸奶、干酪、酒酿、泡菜、酱油、食醋、豆豉、乳腐、黄酒、啤酒、葡萄酒，甚至还可包括臭豆腐和臭冬瓜，这些都是颇具魅力而长期为人们喜爱的食品。
植物细胞有细胞壁，细胞内的一些成分人体往往难以消化利用，发酵时微生物分泌的酶能裂解细胞壁，就提高了营养素的利用程度。微生物还能合成一些B族维生素，特别是维生素B12，动物和植物自身都无法合成这一维生素，只有微生物能“生产”，所以发酵食品中维生素B12较为丰富，维生素B12还能预防老年痴呆症。
发酵食品一般脂肪含量较低，发酵过程中要消耗碳水化合物的能量，因此发酵食品的能量值比较低，这对欲控制热量摄入而减肥的人是首选的低热能食品。
在发酵过程中，微生物保留了原来食物中的一些活性成分，如多糖、膳食纤维、生物类黄酮等对机体有保健作用的物质，还能分解某些对人体不利的因子，如豆类中的低聚糖、胀气因子、豆腥味物质等。微生物新陈代谢时产生的不少代谢产物，多数有调节机体生物功能的作用，能抑制体内有害物的产生，最新的研究表明，不少发酵食品对预防肿瘤的发生有奇特的作用。
未经加热即食用的发酵食品，其含有的微生物被称为益生菌，能保持肠道内各种微生物之间的菌群平衡，改善肠胃道功能，不少微生态制剂的保健食品就是利用这一特点制造的。
毫不起眼的微生物为人类贡献了各种风味的发酵食品，既使我们享受了饮食的乐趣，又能保健养生。