当一九〇三年之时，日俄战争，业已迫于眉睫了。此时亦有主张我国应加入日本方面的。然（一）中国兵力，能帮助日本的地方很少。（二）而海陆万里，处处可以攻击，倘使加入，无论如何是不会全胜的。那么，日本即获胜利，亦变为半胜了，而议和之际，反受牵制，所以日本是决不愿意中国加入的。而且中国加入，则战祸益形扩大，于列强经济利益有碍，所以亦都不愿我们加入。中国的外交，自动的地方很少，而这时候确亦很难自动。于是日俄战事，于一九〇四年之初爆发，而中国亦于其时宣告中立，划辽河以东为战区。
日本海军，先袭败俄舰于旅顺和韩国的仁川，把旅顺港封锁了。海参崴的军舰，亦屡为日兵所击败。俄国太平洋舰队，失其效力，日军遂得纵横海上。其陆军：第一军自义州渡鸭绿江，连陷九连城、凤凰城，直迫摩天岭。后又别组第三军，以攻旅顺。旅顺天险，所以相持久之不下。这一年秋间，日本一、二两军，合攻辽阳，再加以从大孤山登陆的第四军，辽阳遂陷。俄国的运兵，比日本为迟，辽阳陷后，而其西方的精锐始渐集，乃反攻辽阳，不克。这时候，天气已渐寒冷了，两军乃夹浑河相峙。而日人于期间，竭全力攻陷旅顺。到明年，俄国西方之兵益集，日亦续调大军。日兵三十四万，俄兵四十三万，开始大战。经过两旬，俄军败退，日军遂陷奉天，北取开原。俄国波罗的海舰队，因英日同盟，不敢航行苏伊士运河，绕好望角东来，又为日人邀击于对马海峡，大败。于是俄国战斗之力穷，而朴茨茅斯的和议起。
《朴茨茅斯和约》，共十五条。其重要的：（一）俄承认日本对韩有政治上、军事上和经济上的卓绝利益。（二）租借地外，日俄在满洲的军队，尽数撤退，以其地交还中国。俄人在满洲不得有侵害中国主权，妨碍机会均等主义的领土上利益，暨优先及专属的让与权利。（三）中国因发达满洲的工商业，为各国共同的设置时，日俄两国，都不阻碍。（四）俄国以中国政府的承认，将旅、大租借地和长春、旅顺间的铁路，让与日本。（五）库页岛自北纬五十度以南，让与日本。（六）日人在日本海、鄂霍次克海、白令海的俄领沿岸，有渔业权。
此时日本可调的兵，差不多都已调尽，其财政亦异常竭蹶，其急于要议和的情形，反较俄国为切，所以赔款分文未得，而且一切条件，差不多都是照俄人的意思决定的。日本战争虽胜利，和议是屈辱的，所以其全国人民，大起骚扰，费了许多气力，才镇压定。然而日本虽未能大有所得于俄，而仍可以取偿于我。当战役将终时，我国舆论，有主张乘机废弃《俄约》，并向英交涉，收回威海，而自动地和日本订立新约的。列国的眼光，则不过要把东三省作为共同投资之地，不欲其为一国所把持，而又希望其地的和平秩序，可以维持，所以有主张以东三省为一永世中立之地的。我国这时候，希望立宪之心正盛，而满族皇室，终竟迟迟不肯放弃其权利，亦有就此议论，加以修正，主张以满洲为一王国，仿奥匈、瑞那之列，由中国皇帝兼其王位，而于其地试行宪政的。这许多议论，都成为画饼。仅于日、俄议和之时，由我国政府照会二国，说和约条件有涉及中国的，非得中国承认不生效力而已。
日、俄和议既定，日本乃派小村寿太郎到中国来，和中国订立《会议东三省事宜协约》，中国政府承认《日俄和约》第五、第六两条，而日本政府，承认遵行中俄租借地和筑路诸约。别结《附约》：（一）开凤凰城、辽阳、新民、铁岭、通江子、法库门、长春、吉林、哈尔滨、宁古塔、三姓、齐齐哈尔、海拉尔、瑷珲、满洲里为商埠。（二）安奉军用铁路，许日本政府接续经营，改为商运铁路，除运兵归国十二个月外，以两年为改良竣工之期。自竣工之日起，以十五年为限，届期请他国人评价，售与中国。（三）许设中日合办材木公司，采伐鸭绿江左岸森林。（四）满韩交界陆路通商，彼此以最惠国待遇。明年五月，日人设立南满洲铁道株式会社，七月，又设关东都督府。于是东北一隅，成为日俄两国划定范围，各肆攘夺的局面，不但介居两大之间而已。
《会议东三省事宜协约》，立于一九〇五年十二月二十六日。照约，安奉铁路的兴工，应在一九〇六年十二月二十七日之后，而其完工，则应在一九〇八年十二月二十六日之前。乃日人至一九〇九年，才要求派员会勘线路，邮传部命东三省交涉使和他会勘。会勘既竣，日人要收买土地，东三省总督锡良，忽然说路线不能改动。日人就自由行动，径行兴工。中国人无可如何，只得同他补结《协约》，承认了他。而所谓满洲五悬案，亦于此时解决。
（一）抚顺煤矿。日人主张是东省铁路的附属事业，中国人说在铁路线三十里之外，日人则说照该《铁路条例》，许俄人开矿，本没限定三十里。此时并烟台煤矿，都许日人开采。
（二）闲岛问题。图们江北的延吉厅，多韩民越垦，日人强名其地为闲岛，于其地设立理事官。这时候，仍认为中国之地，日所派理事官撤退，唯仍准韩民居住耕种，而中国又开龙井村、局子街、头道沟、百草沟为商埠。
（三）新法铁路。中国拟借英款兴造，日人指为南满铁路的平行线。这时候，许兴造时先和日本商议。
（四）东省铁路营口支路。是中俄《东省铁路公司契约》许俄人兴造的，这是为运料起见，所以原约规定八年之内，应行拆去，而日人抗不履行。至此，准其于南满铁路限满之日，一律交还。
（五）吉会铁路。满铁会社要求敷设新奉、吉长两路，业于一九〇七年订立契约。该会社又要求将吉长路展至延吉，和朝鲜会宁府铁路相接。至此，许由中国斟酌情形，至应开办时和日本商议。
自日俄战后，各国已认朝鲜为日本囊中之物了。所以日俄议和的一年，英日续订盟约，即删去保全朝鲜领土一条，然而对于中国门户开放，领土保全的条文，依然如故，一九〇七年的《日法协约》、《日俄协约》，一九〇八年的《日美照会》，都是如此。然而日本的行动，则大有唯我独尊，旁若无人的气概，列国自然不肯放手。而中国也总希望引进别国的势力，以抵制日俄两国的。当新法铁路照日本的意思解决，中国要求筑造锦齐铁路时，日不反对，日人亦要求昌洮路归其承造，彼此记入会议录中。悬案解决后，中国要借英美两国之款，将锦齐铁路，延长到瑷珲，改称锦瑷。日人嗾使俄人，出面抗议。于是美国人提议，各国共同出资，借给中国，由中国将满洲铁路赎回，此项借款未还清以前，由出资各国共同管理，禁止政治上、军事上的使用——此即所谓满洲铁路中立——其通牒，向中、英、德、法、俄、日六国提出。明年，日俄二国，共提抗议，这一年，日俄两国就订立新协约，约中明言维持满洲现状，现状被迫时，两国得互相商议。如此，英美的经营，反促成日俄的联合了。而这新约，或云别有密约，俄国承认日本并吞韩国，而日本则承认俄国在蒙新方面的举动，所以这《协约》于七月四日成立，而朝鲜即于八月三十日灭亡。而到明年，俄人对于蒙、新，就提出强硬的要求了。