“11·24”海难事故有部分遇难者下落不明，许多遇难者亲属寄希望于沉船打捞。经国务院事故调查处理领导小组批准，进一步明确了遇难者遗体、遗物处理的政策，并专门成立了遗体、遗物处理组。打捞工作开始以来，认真负责地处理所发现的每一具遇难者尸体。6月1日“大舜”号轮成功起浮拖航至锚地后，组织卫生防疫、尸体检验和现场勘察人员登上沉船，对沉船二层甲板以上旅客舱、船员舱、驾驶室等进行了全面彻底的清理。在打捞工作期间发现的遗体，按照尸体处理有关政策，对能够确认身份的，通知其亲属到烟台办理就地火化事宜。对无法确认身份的，保留遇难者衣物、遗体照片以及检验记录，遗体就地火化。
遇难者遗体、遗物的寻找和处理牵动着每一个遇难者亲属的心。因此在沉船打捞期间工作人员努力做好遇难者遗体、遗物的寻找和清理工作，尽量为遇难者亲属辨认提供方便。自4月初沉船打捞工作开始，距海难事故发生时已4个多月，遇难者遗体在海水中浸泡时间过长，均已高度腐烂，增加了寻找和辨认遇难者遗体的难度。不论是在沉船打捞过程中，还是沉船起浮后上船清理遗体、遗物，公安部门处理遗体的同志忍着尸体腐烂的恶臭，冒着可能被传染疫病的危险，一丝不苟地对遗体进行检验、拍照、登记，并逐一写出包括死者性别、身高、体貌特征等内容的法医报告，为遇难者亲属辨认遗体提供尽可能详细的材料。在打捞工作期间共发现遇难者遗体20具，发现清理出贵重物品156份。同时，烟台市政府在市直部门安排了100多个单位负责接待来烟遇难者亲属及车货主，耐心细致地做好车货主和遇难者亲属的接待和思想工作，把党和政府的关心和温暖直接送给每一个车货主和遇难者亲属，使绝大多数车货主和遇难者亲属对善后工作比较满意。
被切割后的“大舜”号轮三层舱面。