戴笠此举虽然能够保住军统局的大部分人马，但他自己却在军统局撤销后，面临无处可去的下场，届时，戴笠的政敌们定会来为难他，在戴笠眼中，他那些政敌，不过是些跳梁小丑，他才不怕，但“虱子”多了，也是件非常麻烦的事情。为了保住自身的地位并避免陷入不利的境地，戴笠决定依靠美国政府的势力，夺取国民政府海军司令一职。
戴笠曾因建立中美情报技术合作所，与美国军方建立起密切的关系，所以，当戴笠找到美国驻津司令部师长，说明自己的来意后，美国驻津司令部师长当即拍着胸脯向戴笠保证，他一定会全力支持戴笠夺取海军司令一职。此时的蒋介石，依然一心想要清剿共产党，一心想要依靠美国等海外力量统一中国，因此，美国政府对戴笠的支持，让蒋介石看到，戴笠还有能量。也就是说，戴笠还是有利用价值的，至少戴笠还能够帮助自己疏通和美国军方的关系。
可是天有不测风云，1946年3月17日，戴笠为了获得美国政府的支持，决定飞往上海与美国政府的有关官员会见。
1946年3月17日上午11点45分，戴笠登上了飞机，飞机起飞后不久，突遇大雾，机长立刻向戴笠报告，这样恶劣的天气，无法继续飞行，一定要先找个安全的地点降落才行。戴笠沉思后，决定在南京降落。
1946年3月17日下午1点06分，飞机飞抵南京岱山上空，因为雨雾迷蒙，能见度较低，飞机撞在了岱山上，机上14人全部遇难，天才特工戴笠的传奇一生，也就这样潦草收场。
戴笠之死原因不明，是非春秋待后人说
戴笠的死，在局外人看来，完全是一场意外，然而这对于蒋介石来讲，却无疑是一件称心如意的“意外”。戴笠以这样的方式毙命，很让蒋介石满意，蒋介石再也不用担心戴笠手中的权力过大，也不用担心有人怀疑自己暗杀戴笠，从而使得自己背上背信弃义的骂名了。而且，戴笠以这种方式死去，也不会给国民政府的官员们造成任何的心理恐慌。
随后，蒋介石为了证明自己与戴笠的死亡没有任何关系，下令彻查戴笠的死因，可由于飞机失事，所有线索都在飞机爆炸时消灭殆尽，所以无据可查，戴笠也就只能被认定是死于飞机失事。
1946年3月21日，对戴笠之死一直心存怀疑的沈醉，在岱山附近追查戴笠的死亡原因时，意外地从当地老百姓手中得到一把没有剑鞘的宝剑，沈醉看到这把宝剑后不禁惊呼：“九龙宝剑！”
此剑一出，沈醉对戴笠的死，有了一个大胆的猜测，那就是，戴笠之死，很可能是马汉三所为。
说起这把九龙宝剑，话就长了。
这把九龙宝剑，原是戴笠在抗日战争时期交给马汉三保管的，然而抗日战争胜利后，戴笠却从日本女间谍川岛芳子的家中搜出了这把宝剑，当马汉三再次从戴笠手中看到这把九龙宝剑后，深怕自己做过汉奸的事情已被戴笠知道，马汉三担心受到军统局的惩罚，整日提心吊胆，可奇怪的是，戴笠却从未就此事质问过马汉三，对他反而比之前更加器重了。
这些事情沈醉也是知道的，因此，他根据九龙宝剑和这陈年往事推断，马汉三害死了戴笠。
也就是说，当时，戴笠反常的表现，让马汉三更加心慌，他总觉得戴笠是在下一盘大棋，准备在自己毫无防备的时候，再置自己于死地，于是马汉三认为，与其坐以待毙，不如先下手，将戴笠杀死！
于是，马汉三在得知戴笠准备去往青岛后，便派人在戴笠乘坐的飞机上安装了定时炸弹。正是这颗炸弹爆炸，才导致飞机跌落在岱山上，一代天才特工戴笠由此死于非命。
沈醉觉得自己的推测颇有些道理，于是，将自己的推测告知了蒋介石，蒋介石听罢，心情大为不快。刚刚失去戴笠时，蒋介石的确开心了一阵子，但兴奋过后，蒋介石却觉得内心空落落的，回想戴笠对自己的忠心耿耿，回想这些年来戴笠为自己立下的汗马功劳，蒋介石难免觉得遗憾，感叹国民政府里，再难有像戴笠一样懂他心思，对他忠心不二的属下了。因此，蒋介石听到沈醉重提戴笠之死，就决定为戴笠举行一个隆重的追悼会。
1946年4月1日，军统局在重庆为戴笠举行了隆重的追悼会。在追悼会上，蒋介石亲自主祭，他首先陈述了戴笠一生的功绩，然后，嘱咐军统局要完成戴笠的遗愿，继续做好特工工作。最后，蒋介石悲从心来，难以自已地落下了眼泪。
从1946年4月中旬开始，蒋介石命令全国各大城市，为戴笠举行公祭，他还亲自赠送了一个花圈给戴笠的家属，上书“碧血千秋，雄才冠群英山河澄清仗汝迹，奇祸从天降风云变幻痛予心”这副挽联，多少表达出蒋介石后来为失去戴笠而感到的遗憾和痛楚。
在各界名流为戴笠所写的挽联中，以章士钊先生所写的挽联最为概括，这副挽联是这样写的：“生为国家，死为国家，平生具侠义风，功罪盖棺犹未定。誉满天下，谤满天下，乱世行春秋事，是非留待后人评。”
1946年6月12日，蒋介石身着特级上将军服，亲自护送戴笠的灵柩，从南京中山路357号军统办事处一路送至钟山灵谷寺志公殿。
在戴笠的葬礼上，蒋介石为戴笠诵读祭文，在祭文结束后，蒋介石悲痛难忍地说：“唯君之死，不可补偿！”
戴笠的一生，有功亦有过，无论功过，都已成为历史，是非成败当由后人评说。正如章士钊所写的挽联一样“乱世行春秋事，是非留待后人评”。
军统四面楚歌，被迫再三改组
戴笠死后，军统局四面楚歌，以陈立夫、陈果夫兄弟为首的中统局，想方设法打压军统局的势力。而军统局的元老贺衷寒、康泽等人，则想对军统局进行裁员，以巩固各自在军统局乃至国民政府内的地位。民主党派对军统局更是深恶痛绝，恨不能早日解散军统局。面对这种情况，唐纵、郑介民、毛人凤等军统大佬商定，既然军统局的金字招牌已经不在，不如换个名字，将军统更名为保密局，挂靠在国防部，以保自身周全。
1947年7月，军统局正式更名为保密局，依靠抗战时期收缴的现金和钱财独立运营，为了预防另一个戴笠的出现，蒋介石派出他的亲信毛庆祥与郑介民、唐纵、毛人凤四人组成委员会，共同管理保密局。
然而，毛庆祥、郑介民、唐纵、毛人凤四个人来共同管理保密局，固然能够起到相互牵制的作用，但是没过多久，弊端也就渐渐地凸显。四人共同管理，难免出现权力争斗。支持郑介民的军统成员，大部分是广东籍的特工和留苏学生；而浙江籍和原军统训练班的精英们，则更愿意服从与戴笠关系良好，同为浙江江山人的毛人凤的领导；湖南籍的特工，以及其他对毛人凤不满的特工，则更倾向于服从唐纵的领导。于是，郑介民、毛人凤、唐纵各领人马开展工作，而毛庆祥则是中间的调停人，负责调解三人之间的矛盾。
更为糟糕的是，郑介民、毛人凤、唐纵三人，对保密局的工作持不同的态度。
郑介民将保密局当成了取信于蒋介石的工具，如果不是为了让蒋介石更加信任自己，从而获得更好的前途，郑介民是根本看不上保密局的，更不想当特工头子。
唐纵和郑介民一样，从心眼里看不起保密局的特工，认为这份工作既见不得光又总是得罪人，而且这些特工大多数都是市井流氓，根本没什么知识，郑介民非常不屑于与这些特工打交道，要不是蒋介石十分重视特工工作，唐纵才不会屈就于此。
和郑介民、唐纵二人相比，毛人凤没有那么高的学历，也没有那么大的野心。戴笠活着时，毛人凤一心帮戴笠搞好军统，认真完成戴笠交代的事情；戴笠死后，他只想保住戴笠辛苦打下的家业，不让外人夺去军统局的掌控权。毛人凤认为，只有继续为军统局效力，才不枉和戴笠相交一场。
然而蒋介石对郑介民、毛人凤、唐纵三人相互制约的态势，却非常满意，不过他对他们三人的工作成绩颇感不满。在蒋介石看来，不论是郑介民、唐纵还是一直跟在戴笠身边的毛人凤，都没有戴笠那么能干。戴笠强大的组织能力、控制能力和情报能力，无人能及，甚至郑介民、毛人凤和唐纵三人的工作成绩加起来，都不及戴笠一人领导军统时取得的成绩。
1949年初，毛人凤见国民政府的败势已成定局，于是丧心病狂，决定反攻中国共产党。毛人凤安排保密局的特工潜伏在各个城市，伺机阻挠全国解放的步伐，同时，毛人凤命令保密局的大部分特工，在各大城市疯狂搜捕中国共产党党员及进步人士。为了阻挡中国共产党解放中国的脚步，激起人民群众对中国共产党的仇恨，毛人凤还命令保密局的特工破坏各大城市的水电、桥梁等设施，给百姓的生活制造麻烦。
1949年9月上旬，毛人凤派保密局的特务将抗日爱国将领杨虎城全家暗杀于松林坡。
重庆解放前夕，毛人凤又对关押在渣滓洞的一百多人进行了血腥的屠杀，最终，仅有15人幸存。
1949年，国民党败退台湾，毛人凤将保密局一部分人留在了大陆，命令他们继续暗杀中国共产党党员和进步人士，窃取中国共产党的情报，并伺机破坏中国共产党的各项计划。这些原军统成员在大陆肆意破坏，对国家的安定造成了很大的影响。直到20世纪50年代中期，中国共产党才将毛人凤留在大陆的特工彻底肃清。
话说，国民党败退台湾后，留守大陆的原军统特工，在大陆的日子也不好过。然而，毛人凤却继续培养特工，意欲有朝一日，重回大陆，为非作歹。1950年，保密局在台北市士林区芝山岩成立保密局本部，继续培养特工，从事情报搜集工作。
1952年，蒋介石对特务机构进行进一步改组，撤销“革命行动委员会”，增设两个特务机构，专门负责大陆的“敌后建党”、“心理作战”等特务活动。
1955年，保密局被改组为国防情报部，由毛人凤负责管理，此时的情报部门，专门负责战略预警收集和保防侦察工作。
此后，原“军统局”又经过多次调整，1958年，蒋介石将国防部二厅改组为“特情处”；1961年5月，又扩编为“特情室”；1972年5月，蒋介石又将“特情室”第三组和第六组合并为国民党中委会海外工作委员会；1985年7月，情报局与“特情室”合并，成立军事情报局。