不同植物根系发育程度不同，即使同一植物不同生长期，根系在土层中分布的深度也不相同。合理施肥应该把肥料大部分施在根系密集的层次，施在根系活力最强的部位，这样有利于植物吸收。小麦、水稻的根系主要分布在0～20厘米土层内，而棉花的根系大多分布在10～40厘米土层中。因此，同样肥料对不同植物应施在不同深度。
植物早期根系发育慢，多分布在表层，这时施用种肥就应浅些；而当植物生长到中期，根系下扎，如土壤养分不足时，应施用追肥，追肥深度就应考虑植物根系分布深度，采取沟施或穴施的办法，使施肥深度尽量与根系发展相适应。为满足全生育期对养分的需要，应该于种植植物前在根系分布的主要层次（如小麦、水稻在0～20厘米处）施足基肥，以满足植物不同发育阶段对肥料的需求。