提高磷肥利用率必须根据植物需磷特性、土壤条件和磷肥性质综合考虑。
（1）根据不同植物的需磷特性施肥。在轮作中注意磷肥的合理调配。不同植物对磷的敏感性和吸收利用能力有很大不同，凡是对磷反应敏感的喜磷植物，如豆科植物、糖用植物、油菜、萝卜、荞麦、玉米等，在多数情况下施磷肥可取得不同程度的增产效果。因此，应将磷肥优先分配在喜磷植物上。
由于磷肥都有后效，前茬旱作上磷肥的残留磷在水田环境中可有较多磷的释放。因此，应该将磷肥的重点放在旱作上。在其他轮作制度中，也不需要每茬施用磷肥，可根据植物喜磷的强弱，将磷肥施在能最大限度发挥磷肥效果的茬口上。
施用磷肥，还要考虑植物磷素营养临界期，如水稻、小麦3叶期，棉花2～3叶期，油菜、玉米5叶期以前等，注意种肥、苗肥，以提高磷的肥效。
（2）根据土壤条件合理分配和施用磷肥。土壤的供磷情况，特别是速效磷的含量，是决定磷肥效果的重要条件，在缺磷土壤中，对绝大多数植物施用磷肥均能显著增产。因此，应把磷肥重点分配在缺磷土壤上。
土壤的磷素供应水平与有机质关系密切，一般有机质含量高的土壤，磷素水平高，增产效果不明显。因此，磷肥最好施在有机质含量低的土壤上。
（3）根据磷肥的特性，结合土壤条件及植物对养分的喜好施肥。对于普钙、重钙等水溶性速效磷肥，可将其施用在中性、石灰性土壤上，以防止磷的固定，而钙镁磷肥、磷矿粉等弱酸溶性和难溶性磷肥最好分配在酸性土壤上，以利于磷的酸解释放。
磷肥中含有一些副成分，如铵、钙、镁、硫、硅等，不同作物对它们喜嫌程度不一，在施用时，除考虑植物对磷的利用能力外，也要考虑植物对其他养分的喜好。钙镁磷肥含有硅、钙，可施在喜硅水稻和喜钙的豆科植物上，磷铵不宜施在能固氮的豆科植物上。水溶性磷肥可基施，或作种肥、追肥，水稻可蘸秧根；枸溶性和难溶性肥料宜作基施；水溶性磷肥少量时可条施，大量时可撒施、条施或穴施；枸溶性、难溶性磷肥宜碾细撒施。土壤严重缺磷，可将磷肥集中施于种下3厘米左右，土壤含有效磷中等时，以深施磷肥效果好。